BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-196E05
Chromosome8 (Build37)
Map Location 32,892,489 - 33,016,860
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041340, Nrg1
Upstream geneLOC547008, Dusp26, Rnf122, BC019943, Rbm13, Fut10, LOC666330, LOC666568, 7420700N18Rik, LOC100041329, EG330731
Downstream gene2010007E15Rik, EG666589, EG546052, LOC100042715
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-196E05.bB6Ng01-196E05.g
ACCGA018449GA018450
length947987
definitionB6Ng01-196E05.b B6Ng01-196E05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,015,911 - 33,016,860)(32,892,489 - 32,893,471)
sequence
gaattccataataatctcactctcataggatgcaagacccattatcaaga
tgggctctgtaaatgaagagatggttcatgctatcaatggcaacagtgat
tttgaagtctctgagctttattaagtgagatcagggaagaactactagcg
tttaaagataggagtgatcatacagataagctggtcagtgcattttcctt
gacttacaaaaattaaaatccataagtgtgcaatcattggatcttaggtt
ccacgtgtatagttagtaagcttcaagaactggacaacaaggccctgaga
tcagaggatggtaggatgacagagtctgccagttactggcctcttaatag
tttgatctgctcaaagatgaaatactagctgttcactggaatgtgaggtg
gtattctagaagcatagaaattttttgcctaagacatttaggacataaga
agactaatgactatgaagaacagaatcaggcgtcctcagaccatgggtgt
ttcaatgtgattcttgggagcatgtcagtgaccctgaaggatcatgggta
ctaatgtaccaaggaaggccaagggcaaactaaagaaacatgctgggtac
ctagtgaatagactagtttggttggtatacaggggtggttagtcaacggg
tatcattgactaaccacatgttctatgctgagtgtttaacatgtgttatc
taatcttctcacaaatctacagtataggtattttccttcttttagaagtt
cgtgagacagaggaaataaatggtacagagacagtaacacaatagtcatg
atatagtactagtgttggtgataattggaatagagtaagggagtaggaaa
tgaagcacaggtgtaagctaggtcatagagacagagtccttggaaatatc
caggtggatggatagaaatgcttctgctctcataagacgtagaagtt
gaattcaggcatcagtaacaattaccagtttacatttctttgtttgtgga
tgagctccctctctagcgcctcgacaatgacagccagcagtgtgaaagaa
tattgggccaagtaaatgaaattaatagcactccattattttgacctaca
aaaatggtgatttcctcagtgtcagcctaatatgtgagaaagagatgtat
taggagtctggataggacatattatttaccactaagccactctctacaat
aacaagggcatatgctctgtgacccttaagaactcgctagaaggtgaagt
gcctctgatctgatcggtacataaacctttctcctaaatcctcacccaat
ccaatttctaacagtatgaactgccaccaaatcatcaatctgtcaggatg
atacagcagatttccagggtcctacagaatgacctatgtttgagctaatg
cttagctggaaagagcttgaaccctgacctgcataccccagaaattcctc
caggtgttttggcttccaagtaactacagggtttccttgtacatttgcat
aatccatctttatattgatttaaatataaaagaataccctttcagttcat
gggtttgaattacttgggcccaaatagccactgttggtgagaggtagtag
agctttggggaataataggcatgactggttgaaggtgggtcccctagaaa
gcataggtagaggtgttcttcaccaagttctcaaagctattgttagcaaa
ctatttgaaacccgctatgtgctactgagaatccaagttgtatggttcaa
tccacaagtggtgggttattagaccgtatagcatcgaaaacatgggccaa
attttacattgatgccacttgggatggaatgtcattatgaaccatattgc
tttagatatgggttattgctatgaaactagagaagagacatggacattct
gaaatggagcaccagttaagtgagagctgaccccttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_33015911_33016860
seq2: B6Ng01-196E05.b_47_993 (reverse)

seq1  AACCTCTACGTCCTAATGTGAGCAGAAGCATTTCTTTCCTTCCACCTTAG  50
      ||| ||||||| || ||| |||||||||||||||| ||| |||||| | |
seq2  AACTTCTACGT-CTTATGAGAGCAGAAGCATTTCTATCCATCCACC-TGG  48

seq1  ATTATTCCAAGGAATTCTGTCTCTATGACCTGGCTTACACCTGTGCTTCA  100
      ||  |||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATATTTCCAAGG-ACTCTGTCTCTATGACCTAGCTTACACCTGTGCTTCA  97

seq1  TTTCCTACTCCCTTACTCTATTCCAATTATCACCAACACTAGTACTATAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTACTCCCTTACTCTATTCCAATTATCACCAACACTAGTACTATAT  147

seq1  CATGACTATTGTGTTACTGTCTCTGTACCATTTATTTCCTCTGTCTCACG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACTATTGTGTTACTGTCTCTGTACCATTTATTTCCTCTGTCTCACG  197

seq1  AACTTCTAAAAGAAGGAAAATACCTATACTGTAGATTTGTGAGAAGATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCTAAAAGAAGGAAAATACCTATACTGTAGATTTGTGAGAAGATTA  247

seq1  GATAACACATGTTAAACACTCAGCATAGAACATGTGGTTAGTCAATGATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACACATGTTAAACACTCAGCATAGAACATGTGGTTAGTCAATGATA  297

seq1  CCCGTTGACTAACCACCCCTGTATACCAACCAAACTAGTCTATTCACTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTTGACTAACCACCCCTGTATACCAACCAAACTAGTCTATTCACTAG  347

seq1  GTACCCAGCATGTTTCTTTAGTTTGCCCTTGGCCTTCCTTGGTACATTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCCAGCATGTTTCTTTAGTTTGCCCTTGGCCTTCCTTGGTACATTAG  397

seq1  TACCCATGATCCTTCAGGGTCACTGACATGCTCCCAAGAATCACATTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCATGATCCTTCAGGGTCACTGACATGCTCCCAAGAATCACATTGAA  447

seq1  ACACCCATGGTCTGAGGACGCCTGATTCTGTTCTTCATAGTCATTAGTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCATGGTCTGAGGACGCCTGATTCTGTTCTTCATAGTCATTAGTCT  497

seq1  TCTTATGTCCTAAATGTCTTAGGCAAAAAATTTCTATGCTTCTAGAATAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATGTCCTAAATGTCTTAGGCAAAAAATTTCTATGCTTCTAGAATAC  547

seq1  CACCTCACATTCCAGTGAACAGCTAGTATTTCATCTTTGAGCAGATCAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCACATTCCAGTGAACAGCTAGTATTTCATCTTTGAGCAGATCAAA  597

seq1  CTATTAAGAGGCCAGTAACTGGCAGACTCTGTCATCCTACCATCCTCTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAAGAGGCCAGTAACTGGCAGACTCTGTCATCCTACCATCCTCTGA  647

seq1  TCTCAGGGCCTTGTTGTCCAGTTCTTGAAGCTTACTAACTATACACGTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGGGCCTTGTTGTCCAGTTCTTGAAGCTTACTAACTATACACGTGG  697

seq1  AACCTAAGATCCAATGATTGCACACTTATGGATTTTAATTTTTGTAAGTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTAAGATCCAATGATTGCACACTTATGGATTTTAATTTTTGTAAGTC  747

seq1  AAGGAAAATGCACTGACCAGCTTATCTGTATGATCACTCCTATCTTTAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAATGCACTGACCAGCTTATCTGTATGATCACTCCTATCTTTAAA  797

seq1  CGCTAGTAGTTCTTCCCTGATCTCACTTAATAAAGCTCAGAGACTTCAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTAGTAGTTCTTCCCTGATCTCACTTAATAAAGCTCAGAGACTTCAAA  847

seq1  ATCACTGTTGCCATTGATAGCATGAACCATCTCTTCATTTACAGAGCCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTGTTGCCATTGATAGCATGAACCATCTCTTCATTTACAGAGCCCA  897

seq1  TCTTGATAATGGGTCTTGCATCCTATGAGAGTGAGATTATTATGGAATTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGATAATGGGTCTTGCATCCTATGAGAGTGAGATTATTATGGAATTC  947

seq1: chr8_32892489_32893471
seq2: B6Ng01-196E05.g_65_1051

seq1  GAATTCAGGCATCAGTAACAATTACCAGTTTACATTTCTTTGTTTGTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGCATCAGTAACAATTACCAGTTTACATTTCTTTGTTTGTGGA  50

seq1  TGAGCTCCCTCTCTAGCGCCTCGACAATGACAGCCAGCAGTGTGAAAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTCCCTCTCTAGCGCCTCGACAATGACAGCCAGCAGTGTGAAAGAA  100

seq1  TATTGGGCCAAGTAAATGAAATTAATAGCACTCCATTATTTTGACCTACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGGCCAAGTAAATGAAATTAATAGCACTCCATTATTTTGACCTACA  150

seq1  AAAATGGTGATTTCCTCAGTGTCAGCCTAATATGTGAGAAAGAGATGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGTGATTTCCTCAGTGTCAGCCTAATATGTGAGAAAGAGATGTAT  200

seq1  TAGGAGTCTGGATAGGACATATTATTTACCACTAAGCCACTCTCTACAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGTCTGGATAGGACATATTATTTACCACTAAGCCACTCTCTACAAT  250

seq1  AACAAGGGCATATGCTCTGTGACCCTTAAGAACTCGCTAGAAGGTGAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGGGCATATGCTCTGTGACCCTTAAGAACTCGCTAGAAGGTGAAGT  300

seq1  GCCTCTGATCTGATCGGTACATAAACCTTTCTCCTAAATCCTCACCCAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTGATCTGATCGGTACATAAACCTTTCTCCTAAATCCTCACCCAAT  350

seq1  CCAATTTCTAACAGTATGAACTGCCACCAAATCATCAATCTGTCAGGATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTTCTAACAGTATGAACTGCCACCAAATCATCAATCTGTCAGGATG  400

seq1  ATACAGCAGATTTCCAGGGTCCTACAGAATGACCTATGTTTGAGCTAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGCAGATTTCCAGGGTCCTACAGAATGACCTATGTTTGAGCTAATG  450

seq1  CTTAGCTGGAAAGAGCTTGAACCCTGACCTGCATACCCCAGAAATTCCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCTGGAAAGAGCTTGAACCCTGACCTGCATACCCCAGAAATTCCTC  500

seq1  CAGGTGTTTTGGCTTCCAAGTAACTACAGGG-TTCCTTGTACATTTGCAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGTTTTGGCTTCCAAGTAACTACAGGGTTTCCTTGTACATTTGCAT  550

seq1  AATCCATCTTTATATTGATTTAAATATAAAAGAATACCC-TTCAGTTCAT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AATCCATCTTTATATTGATTTAAATATAAAAGAATACCCTTTCAGTTCAT  600

seq1  GGGTTTG-ATTACTTGGGCCCCAAATAG-CACTGTT-GTGAGAGGTAGTA  645
      ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||
seq2  GGGTTTGAATTACTTGGG-CCCAAATAGCCACTGTTGGTGAGAGGTAGTA  649

seq1  GAGCTTTGGGG-ATAATAGGCATGACTGG-TGAA-GTGGGTCCCCCTAGA  692
      ||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||
seq2  GAGCTTTGGGGAATAATAGGCATGACTGGTTGAAGGTGGGT-CCCCTAGA  698

seq1  AAGCATAGGTAGA-GTGTTC-TCACCAAGTTCTCAAAGCTA-TGTTAGCA  739
      ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AAGCATAGGTAGAGGTGTTCTTCACCAAGTTCTCAAAGCTATTGTTAGCA  748

seq1  AACTATTTGAAA-CCGCTATGTGCTACTGAG-ATTCAAGTTGTATTGGTT  787
      |||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||| |||||
seq2  AACTATTTGAAACCCGCTATGTGCTACTGAGAATCCAAGTTGTA-TGGTT  797

seq1  CAAT-CACAAGT-GTGGG-TATTAGACAGTATAGCATCGAAAAACATGGG  834
      |||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||
seq2  CAATCCACAAGTGGTGGGTTATTAGACCGTATAGCATCG-AAAACATGGG  846

seq1  GCAAATTTTACA-TGATG-CACTT-GGATGGAAATGTCATTATGAAACAT  881
       ||||||||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||||||| |||
seq2  CCAAATTTTACATTGATGCCACTTGGGATGG-AATGTCATTATGAACCAT  895

seq1  AATGCTTTAGATAATGGGTATATGCTAATTAAAAACTAAGAGAA-AGACA  930
      | |||||||||| ||||||   |||||     ||||| |||||| |||||
seq2  ATTGCTTTAGAT-ATGGGTTATTGCTA---TGAAACT-AGAGAAGAGACA  940

seq1  TAGAACATCTGAAAAGGGAAGCACACAGGTAGAAGTGAGAGCTGACCCAC  980
      | ||   ||||||| ||  ||||| ||| |  |||||||||||||||| |
seq2  TGGACATTCTGAAATGG--AGCAC-CAGTT--AAGTGAGAGCTGACCC-C  984

seq1  TTC  983
      |||
seq2  TTC  987