BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-196F04
Chromosome8 (Build37)
Map Location 88,872,616 - 88,968,570
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneD830007F02Rik, 4921524J17Rik, Gpt2, Dnaja2, Neto2, Itfg1, LOC100040798, Phkb, LOC671665, LOC100040165
Downstream geneAbcc12, Lonp2, Siah1a, ENSMUSG00000074178, BC004022, LOC666960, EG625298, EG330819
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-196F04.bB6Ng01-196F04.g
ACCGA018495GA018496
length1,0991,077
definitionB6Ng01-196F04.b B6Ng01-196F04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(88,872,616 - 88,873,727)(88,967,483 - 88,968,570)
sequence
gaattccagacagcacacagatgctgaaactatctgcagctggcaaaaca
acacctctactagaccatggggcaaatcatactcaactgtccaaagaagc
cccacccccacacatggaattaaagggaaatcgtactcttacaatacttc
tgtgctttttaaagaaaccaaaattccaaaatttcactacacaggcacat
atgtatacacatgcatatgcacatatgcacttacatgcacagacacacac
cataaacattcacaacacacacatacacacagacacacacacacacatac
tctgccataacttttaaaaataaaaaataatcagaaataataggtacatc
tgttaacaagggaggacaagatattgttcttccaggctgaaaaatactgc
atagcactgaaatacatgcgtgttcaattacatatgtgtgaccacatgga
aaaattactaagatacatagttgaatgtaaaaattgaacatagatacaaa
aacatagagaagatcccatttttgtacaataaaaggctttgtatatctga
ctataaatgcacaaaagtagtctagcaagtttggtatgaactataaactt
cagagaccaattcttgggagccaaacaacactggaagatagaggtagaaa
tgtatggacaaaagttacataatagttgctgttatttcttcatgctacta
acctttaaccatgagaatccagatgaaaattaccttttgtgatttgtttc
tttctttgttttgttttggctttttgagacctggtttctctatacagccc
tggttgtgctggaactcactttgtagaccaggctggcctcaaactcagaa
atccaccttctctgcctcccaagtgctgggattaaaggtgtgtgccacca
ctgcctgacttgttttgttttgttttgttttttaaaggcaaaccctggca
taatttgctcatataccctttaccctgagctagatactgacagcagctgt
gggatgcagcttctagcacaggatttctgtctcttgtagattctgtactc
tgcctaatggtatcttgtcctccttcttcagtcggactgtgagaataaa
gaattcctgttccgacttccttcagagatgaactacataagccaaatatg
aaattataagctaaataaaccctttcctcttcaacttgcttttggtcata
gggcttcatcacagcaatattatccctgcctaagacacaggaatggttca
taacccttcctttgcctagataggaagtatatctgcactctgcctcccta
cagatcatactccaacccacaaggtctaaagccttgctccacactgacag
ggttcctggctttgagctgccttctagcctcggtgaatcccacaaccctc
ttctgcagagctggagtgagggcagcagctatatcacacagagtgaggaa
taaatgtgatttcccctatggaagaggcttgcatcatgctgctttagaat
aagtggccaataaaggtcagacatctttatatcgttctgataatcggcat
gctgggggctatgtctgtctttcactcatgatctcatatgttagtgtaca
aaattaggaacatagctccctttgacccctagggtctactactactaggg
gctgtctgtctttgctactctgtgtagacaggtactctgcaatgtgtgtc
ctctctctcacacacacatgccacattaatgtcttcactcctgatggctt
gcatctgggcatctgggcactgtgcctgctgggtgagggcagaggcagga
gctggcatgtgacttccaagcctgaacacagtgatttgtgagtcaaggca
agttgtttctgtgggttgtcatgccgtttcagctgctccgtaaacacagc
ttgggccttggtggtgggtaaactgtgtgctcagacctgtatttaagatc
ttacttggacagaggctggcagtcagaggaccaagggtataatttagatt
agtgtatccctagcttccaggtttgcctaggccacagcagcctcttctgg
aatccgatttgtgactggctgtactacattgttaaggcactagatttgtt
cagaaagaaatagtgtgttatgtgaggtttctgagacactagcaccctgc
atgtcttgagctcatgtgcatgagcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_88872616_88873727
seq2: B6Ng01-196F04.b_45_1143

seq1  GAATTCCAGACAGCACACAGATGCTGAAACTATCTGCAGCTGGCAAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGACAGCACACAGATGCTGAAACTATCTGCAGCTGGCAAAACA  50

seq1  ACACCTCTACTAGACCATGGGGCAAATCATACTCAACTGTCCAAAGAAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTCTACTAGACCATGGGGCAAATCATACTCAACTGTCCAAAGAAGC  100

seq1  CCCACCCCCACACATGGAATTAAAGGGAAATCGTACTCTTACAATACTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCCCCACACATGGAATTAAAGGGAAATCGTACTCTTACAATACTTC  150

seq1  TGTGCTTTTTAAAGAAACCAAAATTCCAAAATTTCACTACACAGGCACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTTTTAAAGAAACCAAAATTCCAAAATTTCACTACACAGGCACAT  200

seq1  ATGTATACACATGCATATGCACATATGCACTTACATGCACAGACACACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATACACATGCATATGCACATATGCACTTACATGCACAGACACACAC  250

seq1  CATAAACATTCACAACACACACATACACACAGACACACACACACACATAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAACATTCACAACACACACATACACACAGACACACACACACACATAC  300

seq1  TCTGCCATAACTTTTAAAAATAAAAAATAATCAGAAATAATAGGTACATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCATAACTTTTAAAAATAAAAAATAATCAGAAATAATAGGTACATC  350

seq1  TGTTAACAAGGGAGGACAAGATATTGTTCTTCCAGGCTGAAAAATACTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAACAAGGGAGGACAAGATATTGTTCTTCCAGGCTGAAAAATACTGC  400

seq1  ATAGCACTGAAATACATGCGTGTTCAATTACATATGTGTGACCACATGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCACTGAAATACATGCGTGTTCAATTACATATGTGTGACCACATGGA  450

seq1  AAAATTACTAAGATACATAGTTGAATGTAAAAATTGAACATAGATACAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTACTAAGATACATAGTTGAATGTAAAAATTGAACATAGATACAAA  500

seq1  AACATAGAGAAGATCCCATTTTTGTACAATAAAAGGCTTTGTATATCTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAGAGAAGATCCCATTTTTGTACAATAAAAGGCTTTGTATATCTGA  550

seq1  CTATAAATGCACAAAAGTAGTCTAGCAAGTTTGGTATGAACTATAAACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAAATGCACAAAAGTAGTCTAGCAAGTTTGGTATGAACTATAAACTT  600

seq1  CAGAGACCAATTCTTGGGAGCCAAACAACACTGGAAGATAGAGGTAGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGACCAATTCTTGGGAGCCAAACAACACTGGAAGATAGAGGTAGAAA  650

seq1  TGTATGGACAAAAGTTACATAATAGTTGCTGTTATTTCTTCATGCTACTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGGACAAAAGTTACATAATAGTTGCTGTTATTTCTTCATGCTACTA  700

seq1  ACCTTTAACCATGAGAATCCAGATGAAAATTACCTTTTGTGATTTGTTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTAACCATGAGAATCCAGATGAAAATTACCTTTTGTGATTTGTTTC  750

seq1  TTTCTTTGTTTTGTTTTGGCTTTTTGAGACCTGGTTTCTCTATACAGCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTGTTTTGTTTTGGCTTTTTGAGACCTGGTTTCTCTATACAGCCC  800

seq1  TGGTTGTGCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGTGCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCAGAA  850

seq1  ATCCACCTTCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGTGCCACCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACCTTCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGTGCCACCA  900

seq1  CTGCCTGACTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTAAAGGCAAACCCTGGGC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  CTGCCTGACTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTAAAGGCAAACCCTGG--  948

seq1  AATAATTTGCTCATATACCCTTTTAACCCTGAGCTTAGATACTGACAGCA  1000
       ||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||
seq2  CATAATTTGCTCATATACCCTTT--ACCCTGAGC-TAGATACTGACAGCA  995

seq1  GCTGTGGGATGCAGGCTCTAGCACAGGGATTTCTTGTCTCTTGTTAGGAA  1050
      ||||||||||||||  ||||||||| ||||||| ||||||||| |||  |
seq2  GCTGTGGGATGCAGCTTCTAGCACA-GGATTTC-TGTCTCTTG-TAG--A  1040

seq1  TTCTGTACTCTGCCTAATGGGTATCTTGTCCTCCTCTTCCAGTCCGAACT  1100
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | |||| || |||
seq2  TTCTGTACTCTGCCTAAT-GGTATCTTGTCCTCCTTCTTCAGT-CGGACT  1088

seq1  GTGAAGAATAAA  1112
      ||| ||||||||
seq2  GTG-AGAATAAA  1099

seq1: chr8_88967483_88968570
seq2: B6Ng01-196F04.g_66_1142 (reverse)

seq1  GTGCTCATGCACATGAGCTCAGGAACATGCAAGGGGTGCTAGTTGGTCTC  50
      ||||||||||||||||||||| | |||||||  ||||||||||  |||||
seq2  GTGCTCATGCACATGAGCTCAAG-ACATGCA--GGGTGCTAGT--GTCTC  45

seq1  AGAAACCCTCACAT-ACACACTATTTTCCTTTCCTTGAACAAAATCTAGT  99
      ||||| |||||||| |||||||||||  |||||  ||||| |||||||||
seq2  AGAAA-CCTCACATAACACACTATTT--CTTTC--TGAAC-AAATCTAGT  89

seq1  GCC-TAACAATTGTAGTACAGCCAGTCACAAATCGGATTCCAGAAGAGGC  148
      ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTAACAA-TGTAGTACAGCCAGTCACAAATCGGATTCCAGAAGAGGC  138

seq1  TGCTGTGGCCTAGGCAAACCTGGAAGCTAGGGATACACTAATCTAAATTA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGGCCTAGGCAAACCTGGAAGCTAGGGATACACTAATCTAAATTA  188

seq1  TACCCTTGGTCCTCTGACTGCCAGCCTCTGTCCAAGTAAGATCTTAAATA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTTGGTCCTCTGACTGCCAGCCTCTGTCCAAGTAAGATCTTAAATA  238

seq1  CAGGTCTGAGCACACAGTTTACCCACCACCAAGGCCCAAGCTGTGTTTAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTCTGAGCACACAGTTTACCCACCACCAAGGCCCAAGCTGTGTTTAC  288

seq1  GGAGCAGCTGAAACGGCATGACAACCCACAGAAACAACTTGCCTTGACTC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAGCTGAAACGGCATGACAACCCACAGAAACAACTTGCCTTGACTC  338

seq1  ACAAATCACTGTGTTCAGGCTTGGAAGTCACATGCCAGCTCCTGCCTCTG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATCACTGTGTTCAGGCTTGGAAGTCACATGCCAGCTCCTGCCTCTG  388

seq1  CCCTCACCCAGCAGGCACAGTGCCCAGATGCCCCAGATGCAAGCCATCAG  448
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CCCTCACCCAGCAGGCACAGTGCCCAGATG-CCCAGATGCAAGCCATCAG  437

seq1  GAGTGAAGACATTAATGTGGCATGTGTGTGTGAGAGAGAGGACACACATT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAAGACATTAATGTGGCATGTGTGTGTGAGAGAGAGGACACACATT  487

seq1  GCAGAGTACCTGTCTACACAGAGTAGCAAAGACAGACAGCCCCTAGTAGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGTACCTGTCTACACAGAGTAGCAAAGACAGACAGCCCCTAGTAGT  537

seq1  AGTAGACCCTAGGGGTCAAAGGGAGCTATGTTCCTAATTTTGTACACTAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGACCCTAGGGGTCAAAGGGAGCTATGTTCCTAATTTTGTACACTAA  587

seq1  CATATGAGATCATGAGTGAAAGACAGACATAGCCCCCAGCATGCCGATTA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATGAGATCATGAGTGAAAGACAGACATAGCCCCCAGCATGCCGATTA  637

seq1  TCAGAACGATATAAAGATGTCTGACCTTTATTGGCCACTTATTCTAAAGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAACGATATAAAGATGTCTGACCTTTATTGGCCACTTATTCTAAAGC  687

seq1  AGCATGATGCAAGCCTCTTCCATAGGGGAAATCACATTTATTCCTCACTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGATGCAAGCCTCTTCCATAGGGGAAATCACATTTATTCCTCACTC  737

seq1  TGTGTGATATAGCTGCTGCCCTCACTCCAGCTCTGCAGAAGAGGGTTGTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGATATAGCTGCTGCCCTCACTCCAGCTCTGCAGAAGAGGGTTGTG  787

seq1  GGATTCACCGAGGCTAGAAGGCAGCTCAAAGCCAGGAACCCTGTCAGTGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCACCGAGGCTAGAAGGCAGCTCAAAGCCAGGAACCCTGTCAGTGT  837

seq1  GGAGCAAGGCTTTAGACCTTGTGGGTTGGAGTATGATCTGTAGGGAGGCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAAGGCTTTAGACCTTGTGGGTTGGAGTATGATCTGTAGGGAGGCA  887

seq1  GAGTGCAGATATACTTCCTATCTAGGCAAAGGAAGGGTTATGAACCATTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCAGATATACTTCCTATCTAGGCAAAGGAAGGGTTATGAACCATTC  937

seq1  CTGTGTCTTAGGCAGGGATAATATTGCTGTGATGAAGCCCTATGACCAAA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTCTTAGGCAGGGATAATATTGCTGTGATGAAGCCCTATGACCAAA  987

seq1  AGCAAGTTGAAGAGGAAAGGGTTTATTTAGCTTATAATTTCATATTTGGC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGTTGAAGAGGAAAGGGTTTATTTAGCTTATAATTTCATATTTGGC  1037

seq1  TTATGTAGTTCATCTCTGAAGGAAGTCGGAACAGGAATTC  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTAGTTCATCTCTGAAGGAAGTCGGAACAGGAATTC  1077