BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-197P24
Chromosome8 (Build37)
Map Location 70,348,627 - 70,480,009
singlet/doubletdoublet
Overlap genePsd3
Upstream geneBC053440, LOC665453, Nat1, Nat2, LOC100041265, Nat3
Downstream geneSh2d4a, LOC665510, 4732435N03Rik, Ints10, Lpl
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-197P24.bB6Ng01-197P24.g
ACCGA019714GA019715
length1,0481,039
definitionB6Ng01-197P24.b B6Ng01-197P24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(70,348,627 - 70,349,673)(70,478,978 - 70,480,009)
sequence
gaattcttggactatatcaacagatgttccttaatgtactacaatcttaa
tgtttgcactgggtaaaatcagaggcagcaaggatctgccaatggtgcac
atgaatatggaatttatttaattgctgctattgccttaaaggtttacttt
aactcacagcaacaccactgtaagataatagctgtggcaagaatcattca
tcacagaagatatgagaaattgttattttgtggtcgttttctgtatccaa
gtccttagttttacaaacagcacaataagcaaattgtctatgctggttag
ttattattcaaatatctaagccactaagcccatctggaatcccaatcatc
atcatcatcatcatcatcaccaccactactacaacaactactttcccctt
ctctcttatcatataggaggttaaaaaatatttttaaggcttaaagctgt
actctggggtttcagaagtccatttccagaaacagaaagtctaggtggga
gtttagaccaataccagcttgccctcaagtatactcctgaatgttttaga
aaaaccctgaagcatttctctgatcactatggactttgaacatttcttta
ggtgcttctcagccatttgagattccatatgttagacattatgtggagaa
agaggaactctcctccattgctggtggggttgcaaactggtacaaccact
ctggaaattaatctggaggctcctcagaaaattggaaatagatctacctg
aaaacccagctataccactcgggaatatatccaaaagattccccaccatg
ccacagaggcacgtgttccattatgctcatggtagcattatttgtgatag
ccagaagctgaaaacaacctagatgtcccatgacagaagaatggatacag
aaaatggtggtttcatttacacaatggaatagtactcagctattaagaat
gaggacttccgagtttttaagcaattggatggaaatagaaaaatatcctg
gagttgagtaactcagacctcaaagacatgcatgctatgtactcacta

gaattcacagtgaaacctaattttgaatgttactttagttatttagtagg
ggtgtagttgtgaaaagacagaatctctcccaaagagaaaataaaattaa
tagtaactattataattgaagaagtaacaaatgagatgaagcaaaaacaa
acaaaaacaaatcaaaaaaggacaatcgggttgctaagagtgtcagaggc
ttagtaaagggtaggagaatgagatagctgctgataagagagagggaaag
tcagctagccactcctcaacacctagctgtcagacagactcccagccctg
agctttcagaggcttcctggaacatggctttcctatacaaagcactgtgc
ggtagggggttgcagaagggggcataaacatggggataaagagcagcttc
atcttggacagcttgattgatttgtggaaatccgtcttttatttggtgaa
gtagaaatatccctaccaactaatttaattttggtgtatgaatttgcaga
gtgtgaggtttaatctgttcatggtttacacagaggtctgagtaattctt
cgaagtataataggaaaatagataagaaaaatcttgggaaagaaaaaagt
acaaggaagattgggtcagtgtttcaatatggggcagttggggttgggtc
aaggtaactttagacttcaaacacagatctaactcactgaaccccaaaac
tgtcacaggagttgcatacagaatccaggtttgtaggagtcacctggcaa
gttcagcatttgtgaaatagtgtggtcagtcatttactggaaggttgatg
gactgtggaattgaaaggtcattgcagagaccccgggatcaccctcttac
tgatatacactttccaatggagggtgggtgaggacagttatacatggaag
aactcggggtgtctcattgtgggaccctactaattttttttgtacaaaat
ataatttacacaggctttccaaatttttggtggtgatgattggcgaggtg
gtcttttaacaaatacaactttcaatgaataaagggtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_70348627_70349673
seq2: B6Ng01-197P24.b_44_1091

seq1  GAATTCTTGGACTATATCAACAGATGTTCCTTAATGTACTACAATCTTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGGACTATATCAACAGATGTTCCTTAATGTACTACAATCTTAA  50

seq1  TGTTTGCACTGGGTAAAATCAGAGGCAGCAAGGATCTGCCAATGGTGCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGCACTGGGTAAAATCAGAGGCAGCAAGGATCTGCCAATGGTGCAC  100

seq1  ATGAATATGGAATTTATTTAATTGCTGCTATTGCCTTAAAGGTTTACTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATATGGAATTTATTTAATTGCTGCTATTGCCTTAAAGGTTTACTTT  150

seq1  AACTCACAGCAACACCACTGTAAGATAATAGCTGTGGCAAGAATCATTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCACAGCAACACCACTGTAAGATAATAGCTGTGGCAAGAATCATTCA  200

seq1  TCACAGAAGATATGAGAAATTGTTATTTTGTGGTCGTTTTCTGTATCCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGAAGATATGAGAAATTGTTATTTTGTGGTCGTTTTCTGTATCCAA  250

seq1  GTCCTTAGTTTTACAAACAGCACAATAAGCAAATTGTCTATGCTGGTTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTAGTTTTACAAACAGCACAATAAGCAAATTGTCTATGCTGGTTAG  300

seq1  TTATTATTCAAATATCTAAGCCACTAAGCCCATCTGGAATCCCAATCATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATTCAAATATCTAAGCCACTAAGCCCATCTGGAATCCCAATCATC  350

seq1  ATCATCATCATCATCATCACCACCACTACTACAACAACTACTTTCCCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCATCATCATCATCACCACCACTACTACAACAACTACTTTCCCCTT  400

seq1  CTCTCTTATCATATAGGAGGTTAAAAAATATTTTTAAGGCTTAAAGCTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTATCATATAGGAGGTTAAAAAATATTTTTAAGGCTTAAAGCTGT  450

seq1  ACTCTGGGGTTTCAGAAGTCCATTTCCAGAAACAGAAAGTCTAGGTGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGGGGTTTCAGAAGTCCATTTCCAGAAACAGAAAGTCTAGGTGGGA  500

seq1  GTTTAGACCAATACCAGCTTGCCCTCAAGTATACTCCTGAATGTTTTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAGACCAATACCAGCTTGCCCTCAAGTATACTCCTGAATGTTTTAGA  550

seq1  AAAACCCTGAAGCATTTCTCTGATCACTATGGACTTTGAACATTTCTTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCCTGAAGCATTTCTCTGATCACTATGGACTTTGAACATTTCTTTA  600

seq1  GGTGCTTCTCAGCCATTTGAGATTCCATATGTTAGACATTATGTGGAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTTCTCAGCCATTTGAGATTCCATATGTTAGACATTATGTGGAGAA  650

seq1  AGAGGAACTCTCCTCCATTGCTGGTGGGGTTGCAAACTGGTACAACCACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAACTCTCCTCCATTGCTGGTGGGGTTGCAAACTGGTACAACCACT  700

seq1  CTGGAAATTAATCTGGAGGCTCCTCAGAAAATTGGAAATAGATCTACCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAATTAATCTGGAGGCTCCTCAGAAAATTGGAAATAGATCTACCTG  750

seq1  AAAACCCAGCTATACCACTCGGGAATATATCCAAAAGATTCCCCACCATG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCCAGCTATACCACTCGGGAATATATCCAAAAGATTCCCCACCATG  800

seq1  CCACAGAGGCACGTGTTCCATTATGCTCATGGTAGCATTATTTGTGATAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGAGGCACGTGTTCCATTATGCTCATGGTAGCATTATTTGTGATAG  850

seq1  CCAGAAGCTGAAAACAACCTAGATGTCCCATGACAGAAGAATGGATACAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAGCTGAAAACAACCTAGATGTCCCATGACAGAAGAATGGATACAG  900

seq1  AAAAT-GTGG-TTCATTTACACAATGGAATAGTACTCAGCTATTAAGAAT  948
      ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGTGGTTTCATTTACACAATGGAATAGTACTCAGCTATTAAGAAT  950

seq1  GAGGACTTCCGGAGTTTTTAAGGCAAATGGATGGAAATAG-AAAATATCC  997
      |||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||
seq2  GAGGACTTCC-GAGTTTTTAA-GCAATTGGATGGAAATAGAAAAATATCC  998

seq1  T-GAGTGAGGTAACTCAGACCCAAAAGGACATGCATGGTATGTACTCACT  1046
      | ||||   ||||||||||||  ||| |||||||||| ||||||||||||
seq2  TGGAGTTGAGTAACTCAGACCTCAAA-GACATGCATGCTATGTACTCACT  1047

seq1  A  1047
      |
seq2  A  1048


seq1: chr8_70478978_70480009
seq2: B6Ng01-197P24.g_62_1100 (reverse)

seq1  CCACACCTTTA-TCATTTGAAGTTGTATTTGTTAAAAGACCACCTCGCCA  49
      |||| |||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAC-CCTTTATTCATTGAAAGTTGTATTTGTTAAAAGACCACCTCGCCA  49

seq1  ATCATCA-CACC-AAAATTTGGAAAGCCTGTGTAAATTATATTTTGTAC-  96
      ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATCATCACCACCAAAAATTTGGAAAGCCTGTGTAAATTATATTTTGTACA  99

seq1  AAAAAAATTAGTAGGGT-CCACAATG-GACA-CCCGGGTTCTTCCATGTA  143
      ||||||||||||||||| |||||||| |||| |||| |||||||||||||
seq2  AAAAAAATTAGTAGGGTCCCACAATGAGACACCCCGAGTTCTTCCATGTA  149

seq1  TAACTGTCCTCA-CCACCCTCCCATTGGAAAGTGTATATCAGTAAGAGGG  192
      |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGTCCTCACCCACCCT-CCATTGGAAAGTGTATATCAGTAAGAGGG  198

seq1  TGATCCCGGGGTCTCTGCAATGACC-TTCAATTCCACAGTCCATCAACCT  241
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCCGGGGTCTCTGCAATGACCTTTCAATTCCACAGTCCATCAACCT  248

seq1  TCCAGTAAATGACTGACCACACTATTTCACAAATGCTGAACTTGCCAGGT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTAAATGACTGACCACACTATTTCACAAATGCTGAACTTGCCAGGT  298

seq1  GACTCCTACAAACCTGGATTCTGTATGCAACTCCTGTGACAGTTTTGGGG  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCTACAAACCTGGATTCTGTATGCAACTCCTGTGACAGTTTTGGGG  348

seq1  TTCAGTGAGTTAGATCTGTGTTTGAAGTCTAAAGTTACCTTGACCCAACC  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTGAGTTAGATCTGTGTTTGAAGTCTAAAGTTACCTTGACCCAACC  398

seq1  CCAACTGCCCCATATTGAAACACTGACCCAATCTTCCTTGTACTTTTTTC  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTGCCCCATATTGAAACACTGACCCAATCTTCCTTGTACTTTTTTC  448

seq1  TTTCCCAAGATTTTTCTTATCTATTTTCCTATTATACTTCGAAGAATTAC  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCAAGATTTTTCTTATCTATTTTCCTATTATACTTCGAAGAATTAC  498

seq1  TCAGACCTCTGTGTAAACCATGAACAGATTAAACCTCACACTCTGCAAAT  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACCTCTGTGTAAACCATGAACAGATTAAACCTCACACTCTGCAAAT  548

seq1  TCATACACCAAAATTAAATTAGTTGGTAGGGATATTTCTACTTCACCAAA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACACCAAAATTAAATTAGTTGGTAGGGATATTTCTACTTCACCAAA  598

seq1  TAAAAGACGGATTTCCACAAATCAATCAAGCTGTCCAAGATGAAGCTGCT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGACGGATTTCCACAAATCAATCAAGCTGTCCAAGATGAAGCTGCT  648

seq1  CTTTATCCCCATGTTTATGCCCCCTTCTGCAACCCCCTACCGCACAGTGC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATCCCCATGTTTATGCCCCCTTCTGCAACCCCCTACCGCACAGTGC  698

seq1  TTTGTATAGGAAAGCCATGTTCCAGGAAGCCTCTGAAAGCTCAGGGCTGG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTATAGGAAAGCCATGTTCCAGGAAGCCTCTGAAAGCTCAGGGCTGG  748

seq1  GAGTCTGTCTGACAGCTAGGTGTTGAGGAGTGGCTAGCTGACTTTCCCTC  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTGTCTGACAGCTAGGTGTTGAGGAGTGGCTAGCTGACTTTCCCTC  798

seq1  TCTCTTATCAGCAGCTATCTCATTCTCCTACCCTTTACTAAGCCTCTGAC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTATCAGCAGCTATCTCATTCTCCTACCCTTTACTAAGCCTCTGAC  848

seq1  ACTCTTAGCAACCCGATTGTCCTTTTTTGATTTGTTTTTGTTTGTTTTTG  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTAGCAACCCGATTGTCCTTTTTTGATTTGTTTTTGTTTGTTTTTG  898

seq1  CTTCATCTCATTTGTTACTTCTTCAATTATAATAGTTACTATTAATTTTA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATCTCATTTGTTACTTCTTCAATTATAATAGTTACTATTAATTTTA  948

seq1  TTTTCTCTTTGGGAGAGATTCTGTCTTTTCACAACTACACCCCTACTAAA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCTTTGGGAGAGATTCTGTCTTTTCACAACTACACCCCTACTAAA  998

seq1  TAACTAAAGTAACATTCAAAATTAGGTTTCACTGTGAATTC  1032
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTAAAGTAACATTCAAAATTAGGTTTCACTGTGAATTC  1039


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |