BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-198D09
Chromosome8 (Build37)
Map Location 122,461,018 - 122,627,882
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUsp10, Crispld2, Zdhhc7
Upstream geneCdh13, Hsbp1, Mlycd, Osgin1, Efcbp2, Gm587, Mbtps1, Hsdl1, Lrrc50, Taf1c, EG628061, 4930403J07Rik, Kcng4, Wfdc1, Atp2c2, 4632415K11Rik, Cotl1, BC025816
Downstream gene6430548M08Rik, 1700120B06Rik, Gse1, 4833427B12Rik, LOC668301, 1190005I06Rik, Cox4nb, Cox4i1, Irf8, LOC100042333, Foxf1a, Mthfsd
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-198D09.bB6Ng01-198D09.g
ACCGA019866GA019867
length913991
definitionB6Ng01-198D09.b B6Ng01-198D09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,626,978 - 122,627,882)(122,461,018 - 122,461,995)
sequence
gaattcccttcctgctccgggatctcaacagaaggatcgtagacttggct
gtaggaaggaattcaggatgaaccgaacagaagcaaagctagtgacttta
ttaagtatggagacagtcacagaggagaaggataatacagtctcatgatg
ggtgtgtgggctttttccaggaagtcgtacttagctgtcttcacaatggc
cgcacatagcaacctacagcctgttaagtcacattcttcaaaagatgcag
tttataagctttcaagagtaatcaaagcttaacattttgtaaaggaggat
ggccttgaacttctgatcttcccaccttcactttccaagcgttgaaacta
caagcatgagttatcatgaccactaccaaggttattcagtacaggggatg
gaaccccaggcttcatggtaagtctgaggctaacccgggctatatgagat
cctgcctcaaaataactaattacataagttaatgttaagtaaaatacatg
agctggtaacttaaaaaaatttttttaattttatgtatatgagtgttttg
cacacatgtatgtatgtatgtatgtatgaatgtgcagcatgcgcctccaa
ggtcagaggagggcatcatgtcccctggaactgtagctcagatagttgtg
agctattgtgtgagtattgggaaccatacatgggtcctctgcaaaagcag
caagtgctattaattacagagccacctctccagccatctccaagtcaagc
ttatattttattcttgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgtgtgcatttgta
tgtctgcctggggtactccaaggccagagggtcctcaggggatgggggga
ttttttcaagacagggtctctttgctgagtaatggggctttatttattat
agcctaagctata
gaattctctatgttgttctcaaggcaaacaggagaagtcttgcaagcagt
gaggagggtctcatagcccacccgcacagtgccagttcctctaacaaggc
cacacctacccacagtgcctcggcccatgggccaagcatactcaaaccac
cacaactgccaagtcactcagattggcaggtgtgctttcaaggttgtgcc
acgctcactctgggcatggtaagttgtggtcaggagagaggtgctctagt
ctcctcagcaggccctggtgttgtgggtgtgtcatcccacatggctgtgc
tcaactctgccgggtccagggagttgttatagcagttggtgttcatgacc
catgcctgggcatttaggcctccagcatgagccctggccgatttatgcat
aagtgtcatgtttatcaaggtgcagcagtgtttgttactgaggtgtgttt
aagatatcctggctatgcagtcactgcaggcccacgtgatcatttctagt
caggattgttttaggttccttgcttccaagaaaaagaaaatctttttttt
ttttttttttttttaatagaaccagggattagattccatgattatctagc
atgtcagacctgtgttaattataaatcaggttcatgcatgaacttggaaa
gactacgggaatatctccaaaagtaagtatgttggcagtctgcagtttag
tgctgacgggagagcctgagggccagggcagtaacagcttagcatagtta
gcaaagtgagcagagctgcagaagccagctgtcctttgatctgctgctgt
ctagctccaggtgtgggcccgtggggcattcgcttgtgtggggcatcgct
tgtgtgtacttggcggtggtcatttctttacccttggtgggtaagacgtc
taggggtcctactgccctgcttgctcagtttattgggtataccacttaag
ggttcccttgtctcctaaaatctgggaagtgtttttggttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_122626978_122627882
seq2: B6Ng01-198D09.b_45_957 (reverse)

seq1  TCTAGCTTA-GCTA-AATAATAAAAGCACC-TTACTCAGC-AAGAGACCC  46
      | ||||||| |||| |||||  ||||| || ||||||||| |||||||||
seq2  TATAGCTTAGGCTATAATAAATAAAGCCCCATTACTCAGCAAAGAGACCC  50

seq1  TGTCTTGAAAAA--TCCCCCATCCCTTGAGGA-CCTCTGGCCTTGGAGTA  93
      ||||||||||||   |||||||||| |||||| |||||||||||||||||
seq2  TGTCTTGAAAAAATCCCCCCATCCCCTGAGGACCCTCTGGCCTTGGAGTA  100

seq1  -CCCAGGCAGACATACAAATGCACACACACACACATACACACACACACAA  142
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGGCAGACATACAAATGCACACACACACACATACACACACACACAA  150

seq1  GAATAAAATATAAGCTTGACTTGGAGATGGCTGGAGAGGTGGCTCTGTAA  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAAATATAAGCTTGACTTGGAGATGGCTGGAGAGGTGGCTCTGTAA  200

seq1  TTAATAGCACTTGCTGCTTTTGCAGAGGACCCATGTATGGTTCCCAATAC  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAGCACTTGCTGCTTTTGCAGAGGACCCATGTATGGTTCCCAATAC  250

seq1  TCACACAATAGCTCACAACTATCTGAGCTACAGTTCCAGGGGACATGATG  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACAATAGCTCACAACTATCTGAGCTACAGTTCCAGGGGACATGATG  300

seq1  CCCTCCTCTGACCTTGGAGGCGCATGCTGCACATTCATACATACATACAT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCTCTGACCTTGGAGGCGCATGCTGCACATTCATACATACATACAT  350

seq1  ACATACATGTGTGCAAAACACTCATATACATAAAATTAAAAAAATTTTTT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACATGTGTGCAAAACACTCATATACATAAAATTAAAAAAATTTTTT  400

seq1  TAAGTTACCAGCTCATGTATTTTACTTAACATTAACTTATGTAATTAGTT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTACCAGCTCATGTATTTTACTTAACATTAACTTATGTAATTAGTT  450

seq1  ATTTTGAGGCAGGATCTCATATAGCCCGGGTTAGCCTCAGACTTACCATG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGAGGCAGGATCTCATATAGCCCGGGTTAGCCTCAGACTTACCATG  500

seq1  AAGCCTGGGGTTCCATCCCCTGTACTGAATAACCTTGGTAGTGGTCATGA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTGGGGTTCCATCCCCTGTACTGAATAACCTTGGTAGTGGTCATGA  550

seq1  TAACTCATGCTTGTAGTTTCAACGCTTGGAAAGTGAAGGTGGGAAGATCA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCATGCTTGTAGTTTCAACGCTTGGAAAGTGAAGGTGGGAAGATCA  600

seq1  GAAGTTCAAGGCCATCCTCCTTTACAAAATGTTAAGCTTTGATTACTCTT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTCAAGGCCATCCTCCTTTACAAAATGTTAAGCTTTGATTACTCTT  650

seq1  GAAAGCTTATAAACTGCATCTTTTGAAGAATGTGACTTAACAGGCTGTAG  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCTTATAAACTGCATCTTTTGAAGAATGTGACTTAACAGGCTGTAG  700

seq1  GTTGCTATGTGCGGCCATTGTGAAGACAGCTAAGTACGACTTCCTGGAAA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCTATGTGCGGCCATTGTGAAGACAGCTAAGTACGACTTCCTGGAAA  750

seq1  AAGCCCACACACCCATCATGAGACTGTATTATCCTTCTCCTCTGTGACTG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCACACACCCATCATGAGACTGTATTATCCTTCTCCTCTGTGACTG  800

seq1  TCTCCATACTTAATAAAGTCACTAGCTTTGCTTCTGTTCGGTTCATCCTG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCATACTTAATAAAGTCACTAGCTTTGCTTCTGTTCGGTTCATCCTG  850

seq1  AATTCCTTCCTACAGCCAAGTCTACGATCCTTCTGTTGAGATCCCGGAGC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCTTCCTACAGCCAAGTCTACGATCCTTCTGTTGAGATCCCGGAGC  900

seq1  AGGAAGGGAATTC  905
      |||||||||||||
seq2  AGGAAGGGAATTC  913

seq1: chr8_122461018_122461995
seq2: B6Ng01-198D09.g_66_1056

seq1  GAATTCTCTATGTTGTTCTCAAGGCAAACAGGAGAAGTCTTGCAAGCAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTATGTTGTTCTCAAGGCAAACAGGAGAAGTCTTGCAAGCAGT  50

seq1  GAGGAGGGTCTCATAGCCCACCCGCACAGTGCCAGTTCCTCTAACAAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGGGTCTCATAGCCCACCCGCACAGTGCCAGTTCCTCTAACAAGGC  100

seq1  CACACCTACCCACAGTGCCTCGGCCCATGGGCCAAGCATACTCAAACCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCTACCCACAGTGCCTCGGCCCATGGGCCAAGCATACTCAAACCAC  150

seq1  CACAACTGCCAAGTCACTCAGATTGGCAGGTGTGCTTTCAAGGTTGTGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACTGCCAAGTCACTCAGATTGGCAGGTGTGCTTTCAAGGTTGTGCC  200

seq1  ACGCTCACTCTGGGCATGGTAAGTTGTGGTCAGGAGAGAGGTGCTCTAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCTCACTCTGGGCATGGTAAGTTGTGGTCAGGAGAGAGGTGCTCTAGT  250

seq1  CTCCTCAGCAGGCCCTGGTGTTGTGGGTGTGTCATCCCACATGGCTGTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCAGCAGGCCCTGGTGTTGTGGGTGTGTCATCCCACATGGCTGTGC  300

seq1  TCAACTCTGCCGGGTCCAGGGAGTTGTTATAGCAGTTGGTGTTCATGACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTCTGCCGGGTCCAGGGAGTTGTTATAGCAGTTGGTGTTCATGACC  350

seq1  CATGCCTGGGCATTTAGGCCTCCAGCATGAGCCCTGGCCGATTTATGCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCTGGGCATTTAGGCCTCCAGCATGAGCCCTGGCCGATTTATGCAT  400

seq1  AAGTGTCATGTTTATCAAGGTGCAGCAGTGTTTGTTACTGAGGTGTGTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTCATGTTTATCAAGGTGCAGCAGTGTTTGTTACTGAGGTGTGTTT  450

seq1  AAGATATCCTGGCTATGCAGTCACTGCAGGCCCACGTGATCATTTCTAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATATCCTGGCTATGCAGTCACTGCAGGCCCACGTGATCATTTCTAGT  500

seq1  CAGGATTGTTTTAGGTTCCTTGCTTCCAAGAAAAAGAAAATCTTTTTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATTGTTTTAGGTTCCTTGCTTCCAAGAAAAAGAAAATCTTTTTTTT  550

seq1  TTTTTTTTTTTTTTAATAGAACCAGGGATTAGATTCCATGATTATCTAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTTTTAATAGAACCAGGGATTAGATTCCATGATTATCTAGC  600

seq1  ATGTCAGACCTGTGTTAATTATAAATCAGGTTCATGCATGAACTTGGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAGACCTGTGTTAATTATAAATCAGGTTCATGCATGAACTTGGAAA  650

seq1  GACTACGGGAATATCTCCAAAAGTAAGTATGTTGGCAGTCTGCAGTTTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACGGGAATATCTCCAAAAGTAAGTATGTTGGCAGTCTGCAGTTTAG  700

seq1  TGCTGACGGGAGAGCCTGAGGGCCAGGGCAGTAACAGCTTAGCATAGTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGACGGGAGAGCCTGAGGGCCAGGGCAGTAACAGCTTAGCATAGTTA  750

seq1  GCAAAGTGAGCAGAGCTGCAGAAGCCAGCTGTCCTTTGATCTGCTGCTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGTGAGCAGAGCTGCAGAAGCCAGCTGTCCTTTGATCTGCTGCTGT  800

seq1  CTAGCTCCAGGTGTGGGCCCGTGGGGCA-TCGC-TGTGT-GGGCATCGC-  846
      |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| 
seq2  CTAGCTCCAGGTGTGGGCCCGTGGGGCATTCGCTTGTGTGGGGCATCGCT  850

seq1  TGTGTGTAC-TGGCGGTGGTCA-TTCTTTACCCT--GT-GGTAAGACGTC  891
      ||||||||| |||||||||||| |||||||||||  || |||||||||||
seq2  TGTGTGTACTTGGCGGTGGTCATTTCTTTACCCTTGGTGGGTAAGACGTC  900

seq1  TA-GGGTCCTACTG-CCTGCTTGCTCAGTTAATT-GGTATAACCACTTAA  938
      || ||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||
seq2  TAGGGGTCCTACTGCCCTGCTTGCTCAGTTTATTGGGTAT-ACCACTTAA  949

seq1  GGGTT-CCTTGTCT-CTAAAATCTGTGTAGTGTTTTTTGTTT  978
      ||||| |||||||| |||||||||| | ||||||||| ||||
seq2  GGGTTCCCTTGTCTCCTAAAATCTGGGAAGTGTTTTTGGTTT  991