BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-201C13
Chromosome8 (Build37)
Map Location 104,046,533 - 104,218,172
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100042092, LOC384895
Downstream geneCdh11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-201C13.bB6Ng01-201C13.g
ACCGA022013GA022014
length1,0761,179
definitionB6Ng01-201C13.b B6Ng01-201C13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,046,533 - 104,047,610)(104,216,983 - 104,218,172)
sequence
gaattcccttgatagaagaaagcatgccacttaaattaaatgaaagaatc
agaaatagattaagagtaatgtaaattctgagcctgaacttttaattttt
ttccatctaattattattttccattttcttgatcacattatattgaaatg
gtggaatgtcaatttcctctaccactttacttaatagaacctttgtctcc
tttgagctcttaagaagagttagctttaaatcacactgacttcacccttt
gcaatttacatatgttgaagaaataaaaggcttttcaagagtcactatgg
gccctgggaggcctccaaggagtattaagaccttgaattttatgtgagct
gcctcaaatacaaaccacaatccctccctatggaatactaatggcatttg
tgtacagttacattttcttgtgaatgtttttaaagtctagaggctgtcca
tgaataaaatagcctttgtgctggtggttaggaaatgtaattcccgctca
gatgcaaaaaagacagtgtttcatttgatgtttccagagtccagtttatt
ctgaaataattagtgcatggtttagaaggctaagaagcagtgcacattga
aactgcagctcatgttcctatgaaacttatccaaaaggacttttaagata
tccaatatgtaattagaaggttggtctttgatatctttcagtggatttaa
ttcaaattatcttttcctcacaactgcagtttccctttactttgtgaaaa
cataagcttggttttaaatatcaataggattcattaccagggtttaaaaa
ttcataggatactggtctcaaaaattgcccttgtattaggctattctcat
tcaattcacatgcctttatttgccctgagaagattgtaagcatacagaaa
gatgagatgcagtacgtcattctccatggagttgtggatcatacccagtg
aggaggttaataaagtgacataaatgccacactatggagaaggcaaattt
aaatcccattcccaagccttatctcatcatgttgtcactccaggactcct
cccatctttctttctctctctgtttt

gaattccatacttatatgagatcactgtgtatctgtcattttgtgccaaa
ttagttttatataacataatatgcttcagacacacacacacacactcaca
cacacaaacacacacagtgtttattgcatgactcttttggccatggtatg
gcatcaaccaattgagtacaaaagtattgatcttaatatggaatacaaaa
aggaaaacagcatagagcagaggcaccaacttggctaagaaatattggaa
ggaaaacagcagggtttattgaatttcttgaaataacatacttaaaatgt
aagtttggtacaaatgaaacatacgaattctgcagatgctgagggttgat
tttcagaaagctattgaagcttgaaatttccatttgacaagaaatgctgt
gacataaataggagatttattaaatagcacaaagactttcttggagcttt
gccttctgcaatttccaagttagcaaactttcagggttcggatgccttac
atgagtctacagcagctatgtgtgccactgataaaaaacagactcagaga
catggggacattttttgttgagtgattgaaaggaggtatttgtgaggacg
atctattttcctctgagttttaaattgtggtgtcacattcttccacaaat
gtgatacccttggcctccatcagtagcaagagctctctatattgacagaa
gtgcatcttaaataaattggcagaataaacactgcaatgtggaaagaaaa
tgcagagggaacagaaaggaagatgttctttcttgtcttaaattcctcca
acatagaagtaaagagggttcagatcagagcttatgtgtagagtatatta
taatatacacaaatccttttgctcactaataccacaaagaacaggaaaag
taaaaataaataaataaataaactgtctcttaagtggttatttactatga
aatataaagaaatctagtacatctcggagcttcatcattaccttattgtc
agatattcagaaacatgtctttggatcatggcacttcaaggtcatgtctt
gtgcctcttgtgacacctgggatgtcatatggcacgtgtattgactggat
gtctttgtgacagctctctttggctatggtatttcaattccccttctccc
tcgtcatctcctgtgcggcccttccaaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_104046533_104047610
seq2: B6Ng01-201C13.b_47_1122

seq1  GAATTCCCTTGATAGAAGAAAGCATGCCACTTAAATTAAATGAAAGAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTTGATAGAAGAAAGCATGCCACTTAAATTAAATGAAAGAATC  50

seq1  AGAAATAGATTAAGAGTAATGTAAATTCTGAGCCTGAACTTTTAATTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATAGATTAAGAGTAATGTAAATTCTGAGCCTGAACTTTTAATTTTT  100

seq1  TTCCATCTAATTATTATTTTCCATTTTCTTGATCACATTATATTGAAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATCTAATTATTATTTTCCATTTTCTTGATCACATTATATTGAAATG  150

seq1  GTGGAATGTCAATTTCCTCTACCACTTTACTTAATAGAACCTTTGTCTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAATGTCAATTTCCTCTACCACTTTACTTAATAGAACCTTTGTCTCC  200

seq1  TTTGAGCTCTTAAGAAGAGTTAGCTTTAAATCACACTGACTTCACCCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGCTCTTAAGAAGAGTTAGCTTTAAATCACACTGACTTCACCCTTT  250

seq1  GCAATTTACATATGTTGAAGAAATAAAAGGCTTTTCAAGAGTCACTATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTTACATATGTTGAAGAAATAAAAGGCTTTTCAAGAGTCACTATGG  300

seq1  GCCCTGGGAGGCCTCCAAGGAGTATTAAGACCTTGAATTTTATGTGAGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGGGAGGCCTCCAAGGAGTATTAAGACCTTGAATTTTATGTGAGCT  350

seq1  GCCTCAAATACAAACCACAATCCCTCCCTATGGAATACTAATGGCATTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAAATACAAACCACAATCCCTCCCTATGGAATACTAATGGCATTTG  400

seq1  TGTACAGTTACATTTTCTTGTGAATGTTTTTAAAGTCTAGAGGCTGTCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACAGTTACATTTTCTTGTGAATGTTTTTAAAGTCTAGAGGCTGTCCA  450

seq1  TGAATAAAATAGCCTTTGTGCTGGTGGTTAGGAAATGTAATTCCCGCTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAAAATAGCCTTTGTGCTGGTGGTTAGGAAATGTAATTCCCGCTCA  500

seq1  GATGCAAAAAAGACAGTGTTTCATTTGATGTTTCCAGAGTCCAGTTTATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCAAAAAAGACAGTGTTTCATTTGATGTTTCCAGAGTCCAGTTTATT  550

seq1  CTGAAATAATTAGTGCATGGTTTAGAAGGCTAAGAAGCAGTGCACATTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAATAATTAGTGCATGGTTTAGAAGGCTAAGAAGCAGTGCACATTGA  600

seq1  AACTGCAGCTCATGTTCCTATGAAACTTATCCAAAAGGACTTTTAAGATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCAGCTCATGTTCCTATGAAACTTATCCAAAAGGACTTTTAAGATA  650

seq1  TCCAATATGTAATTAGAAGGTTGGTCTTTGATATCTTTCAGTGGATTTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATATGTAATTAGAAGGTTGGTCTTTGATATCTTTCAGTGGATTTAA  700

seq1  TTCAAATTATCTTTTCCTCACAACTGCAGTTTCCCTTTACTTTGTGAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAATTATCTTTTCCTCACAACTGCAGTTTCCCTTTACTTTGTGAAAA  750

seq1  CATAAGCTTGGTTTTAAATATCAATAGGATTCATTACCAGGGTTTAAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGCTTGGTTTTAAATATCAATAGGATTCATTACCAGGGTTTAAAAA  800

seq1  TTCATAGGATACTGGTCTCAAAAATTGCCCTTGTATTAGGCTATTCTCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAGGATACTGGTCTCAAAAATTGCCCTTGTATTAGGCTATTCTCAT  850

seq1  TCAATTCACATGCCTTTATTTGCCCTGAGAAGATTGTAAGCATACAGAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TCAATTCACATGCCTTTATTTGCCCTGAGAAGATTGTAAGCATACAGAAA  900

seq1  GATGAAGATGCAGTACGTCATTCTCCATGGAGTTGTGGATCATACCCAGT  950
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATG-AGATGCAGTACGTCATTCTCCATGGAGTTGTGGATCATACCCAGT  949

seq1  GAGGAGGTTAATAAAAGTGACAATAAATGCCACACTATGGAGAAAGGCAA  1000
      |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GAGGAGGTTAAT-AAAGTGAC-ATAAATGCCACACTATGGAG-AAGGCAA  996

seq1  ATTTAAATCCCATTCCCAAGCC-TATCTCATCATG-TGTCACTCCAGGAC  1048
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATTTAAATCCCATTCCCAAGCCTTATCTCATCATGTTGTCACTCCAGGAC  1046

seq1  TCTCCCCATCTTTCTTTCTCTCTCTGTTTT  1078
      ||  ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCCATCTTTCTTTCTCTCTCTGTTTT  1076


seq1: chr8_104216983_104218172
seq2: B6Ng01-201C13.g_62_1240 (reverse)

seq1  CTTT-GAAGGACCGCACAGGAGAATGGAACAGAAGGGGAGAAAGGGGGAA  49
      |||| ||||| ||||||||||| |||  || ||  |||||||  ||||||
seq2  CTTTGGAAGGGCCGCACAGGAG-ATG--AC-GA--GGGAGAA--GGGGAA  42

seq1  ATTAGAAATA-CATAGCACAGGAGAGCTGTCAC-AAGACATTCCAGTCAT  97
        | |||||| ||||||  | |||||||||||| |||||| |||||||| 
seq2  --TTGAAATACCATAGCCAAAGAGAGCTGTCACAAAGACA-TCCAGTCAA  89

seq1  TCCACCTTCCATATGACATTCCCAGTGTCAC-AGA-GCAC-AGACATGGA  144
      | ||| | ||||||||||| ||  ||||||| ||| |||| |||||| ||
seq2  TACACGTGCCATATGACATCCCAGGTGTCACAAGAGGCACAAGACAT-GA  138

seq1  CCTTGAAGTGCCATGATCCAAAGACATGTTTCTGAATATCTGAACAATAA  194
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CCTTGAAGTGCCATGATCCAAAGACATGTTTCTGAATATCTG-ACAATAA  187

seq1  GGTAATGATTGAAGCCTCCGAGATGTACTAGATTTCTTTATTATTTCATA  244
      |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGTAATGA-TGAAG-CTCCGAGATGTACTAGATTTCTTTA-TATTTCATA  234

seq1  GTAAATAACCACTTAAGAGACAGTTTATTTATTTATTTATTTTTTACTTT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GTAAATAACCACTTAAGAGACAGTTTATTTATTTATTTA-TTTTTACTTT  283

seq1  TCCTGTTCTTTGTGGTATTAGTGAGCAAAAGGATTTGTGTATATTATAAT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTTCTTTGTGGTATTAGTGAGCAAAAGGATTTGTGTATATTATAAT  333

seq1  ATACTCTACACATAAGCTCTGATCTGAACCCTCTTTACTTCTATGTTGGA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTCTACACATAAGCTCTGATCTGAACCCTCTTTACTTCTATGTTGGA  383

seq1  GGAATTTAAGACAAGAAAGAACATCTTCCTTTCTGTTCCCTCTGCATTTT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTTAAGACAAGAAAGAACATCTTCCTTTCTGTTCCCTCTGCATTTT  433

seq1  CTTTCCACATTGCAGTGTTTATTCTGCCAATTTATTTAAGATGCACTTCT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCACATTGCAGTGTTTATTCTGCCAATTTATTTAAGATGCACTTCT  483

seq1  GTCAATATAGAGAGCTCTTGCTACTGATGGAGGCCAAGGGTATCACATTT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATATAGAGAGCTCTTGCTACTGATGGAGGCCAAGGGTATCACATTT  533

seq1  GTGGAAGAATGTGACACCACAATTTAAAACTCAGAGGAAAATAGATCGTC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAGAATGTGACACCACAATTTAAAACTCAGAGGAAAATAGATCGTC  583

seq1  CTCACAAATACCTCCTTTCAATCACTCAACAAAAAATGTCCCCATGTCTC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAAATACCTCCTTTCAATCACTCAACAAAAAATGTCCCCATGTCTC  633

seq1  TGAGTCTGTTTTTTATCAGTGGCACACATAGCTGCTGTAGACTCATGTAA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCTGTTTTTTATCAGTGGCACACATAGCTGCTGTAGACTCATGTAA  683

seq1  GGCATCCGAACCCTGAAAGTTTGCTAACTTGGAAATTGCAGAAGGCAAAG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATCCGAACCCTGAAAGTTTGCTAACTTGGAAATTGCAGAAGGCAAAG  733

seq1  CTCCAAGAAAGTCTTTGTGCTATTTAATAAATCTCCTATTTATGTCACAG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAGAAAGTCTTTGTGCTATTTAATAAATCTCCTATTTATGTCACAG  783

seq1  CATTTCTTGTCAAATGGAAATTTCAAGCTTCAATAGCTTTCTGAAAATCA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCTTGTCAAATGGAAATTTCAAGCTTCAATAGCTTTCTGAAAATCA  833

seq1  ACCCTCAGCATCTGCAGAATTCGTATGTTTCATTTGTACCAAACTTACAT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCAGCATCTGCAGAATTCGTATGTTTCATTTGTACCAAACTTACAT  883

seq1  TTTAAGTATGTTATTTCAAGAAATTCAATAAACCCTGCTGTTTTCCTTCC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGTATGTTATTTCAAGAAATTCAATAAACCCTGCTGTTTTCCTTCC  933

seq1  AATATTTCTTAGCCAAGTTGGTGCCTCTGCTCTATGCTGTTTTCCTTTTT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTCTTAGCCAAGTTGGTGCCTCTGCTCTATGCTGTTTTCCTTTTT  983

seq1  GTATTCCATATTAAGATCAATACTTTTGTACTCAATTGGTTGATGCCATA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCCATATTAAGATCAATACTTTTGTACTCAATTGGTTGATGCCATA  1033

seq1  CCATGGCCAAAAGAGTCATGCAATAAACACTGTGTGTGTTTGTGTGTGTG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGCCAAAAGAGTCATGCAATAAACACTGTGTGTGTTTGTGTGTGTG  1083

seq1  AGTGTGTGTGTGTGTGTCTGAAGCATATTATGTTATATAAAACTAATTTG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGTGTGTGTGTGTCTGAAGCATATTATGTTATATAAAACTAATTTG  1133

seq1  GCACAAAATGACAGATACACAGTGATCTCATATAAGTATGGAATTC  1190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAAAATGACAGATACACAGTGATCTCATATAAGTATGGAATTC  1179


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |