BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-201G21
Chromosome8 (Build37)
Map Location 105,151,423 - 105,292,569
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdh11
Upstream genenone
Downstream geneEG667618, LOC100041368, 1600027J07Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-201G21.bB6Ng01-201G21.g
ACCGA022205GA022206
length1,1801,140
definitionB6Ng01-201G21.b B6Ng01-201G21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,151,423 - 105,152,624)(105,291,424 - 105,292,569)
sequence
gaattccatggggtcataatgatattaacatatgagaactagaaaaaagc
aagtcacctataaaaactaatatgtttgtaattctaatggctttgaatgc
tgtcctatttgcaagatgaaataactaatttacttcccagttttctttat
ctggctatagataaagaaaagcttccctaatatttcctcaatgcacattt
tgtgttaataatctaaaattttaaatttatgatttttaattttttaaatt
tattttatgtatatgcatatactatagctgtcttcagacataccaaaaga
ggtcatcagatcacattacagattattgtgaaccactatgtgatttctga
gaattgatctcaggacttctggaagagcagtcagtgctctaaaacactga
gccatcttttcagcccccacaaacttaaatgtaagtaaaagttgacacag
atatttgataatagcccactggcaatccttaacacactgtgatatatctt
caggtcaatattattaaactcatcatccatttattgaatcataaggaaaa
acagtttgctaattatactttaaaacaagcatagctaattttttctgagt
tattattttttctgagtaaggggaatggggagaatgtcatcaaagcatac
aataatttcaaatttccaagtgctgaaatgatggaagtattgtagttaag
ctcattagacttgtaatgaaaattggattctaattgtatgccttaaaatc
taaatatttctagagaagagttatgtgtctaataaaaggcagcaccatta
cttgaacaatgaggcaaaattatatcaaacatgaaattgcttatgttgga
gttgtcaaactatgtgcaattcttgacaagtgcaatcaaatttcaaatat
cagttgatacagagttcccatccaattgccctgagtaattgtgattgtca
attctagtgagtaaaattacgcctagggattagagaagcataacgtgttc
atgtgtctatgtgagtattttttatattacagttgaaacaatgagggcac
tgacttttcctggaatagattaattctacctgggagaatatggaacatta
gtatccctactgagaaaggtgatgggatatgacacatgtaggcatggaga
aagggaagtcactagggtatgcatctcctg

gaattcttagggcacttatactgtgcttttttaagataaataaacaaatg
atgtgactggattcttgtgctgtgatgggaaatccaaagtagtttggaag
ggagacctggaaagacagaagacactatagttaacatccaggaaccaagg
caaagagttatttatgtgttaacttgtaaatatctgctctctgatttact
gatccatatctatgttgctattaagatataagagtttacaacattgactt
ctgtctctctttatattttgaggcctttcttttgggcttatcgggcagaa
ttatttaaagtctatatcccactgtggcaataacaatagcacaaacacac
atccttctttgatcttggctttatgttttatcagttcattcagttttgtt
acagtatgagagtctcatctgtatatatagaattgatcaaaggttcaagt
gacaaaggggtttaaatgaattgtattcagttccctcactataatcttat
ctgagacttcagtgcaggctgcagctgttggacagagttttctatacaat
tagagtgaaggcagcacatagcaggtgttcagtgaatacttgccttggct
ttctctagttatgacaaagtatctgagggatgcatgttacagagagggct
ttatatggcccagggttttgaaggtttcagtttgtagtcacatagttacc
aggatgttggtgagacagaacaagatgattagcacatggtgagcagaact
cttcatctcatagtggctgggaagcataaagagtgcataagaaggttgag
ggttaagatagagactccagggaatcactttctccagctagaccccaacc
tctatgtttcaattacttgcctatagcccatctaattagcaaacaatgaa
tggagtatgccattgataaaatcccagggtctcacgagtcactcacatcc
ccaaagctccttctcaaaatattgatgcattaaggatcagaactgcgaca
tctgagcctttgagcatttcagagtcacagtactgacaatgtttctgcac
ttctagttattagtagtatggtttggttcttacggaggtggagataccaa
tgatgtctgtctctagctggattagtgtgttgggtgagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_105151423_105152624
seq2: B6Ng01-201G21.b_43_1222

seq1  GAATTCCATGGGGTCATAATGATATTAACATATGAGAACTAGAAAAAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGGGGTCATAATGATATTAACATATGAGAACTAGAAAAAAGC  50

seq1  AAGTCACCTATAAAAACTAATATGTTTGTAATTCTAATGGCTTTGAATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCACCTATAAAAACTAATATGTTTGTAATTCTAATGGCTTTGAATGC  100

seq1  TGTCCTATTTGCAAGATGAAATAACTAATTTACTTCCCAGTTTTCTTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTATTTGCAAGATGAAATAACTAATTTACTTCCCAGTTTTCTTTAT  150

seq1  CTGGCTATAGATAAAGAAAAGCTTCCCTAATATTTCCTCAATGCACATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTATAGATAAAGAAAAGCTTCCCTAATATTTCCTCAATGCACATTT  200

seq1  TGTGTTAATAATCTAAAATTTTAAATTTATGATTTTTAATTTTTTAAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTAATAATCTAAAATTTTAAATTTATGATTTTTAATTTTTTAAATT  250

seq1  TATTTTATGTATATGCATATACTATAGCTGTCTTCAGACATACCAAAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATGTATATGCATATACTATAGCTGTCTTCAGACATACCAAAAGA  300

seq1  GGTCATCAGATCACATTACAGATTATTGTGAACCACTATGTGATTTCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCATCAGATCACATTACAGATTATTGTGAACCACTATGTGATTTCTGA  350

seq1  GAATTGATCTCAGGACTTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTAAAACACTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGATCTCAGGACTTCTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTAAAACACTGA  400

seq1  GCCATCTTTTCAGCCCCCACAAACTTAAATGTAAGTAAAAGTTGACACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCTTTTCAGCCCCCACAAACTTAAATGTAAGTAAAAGTTGACACAG  450

seq1  ATATTTGATAATAGCCCACTGGCAATCCTTAACACACTGTGATATATCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGATAATAGCCCACTGGCAATCCTTAACACACTGTGATATATCTT  500

seq1  CAGGTCAATATTATTAAACTCATCATCCATTTATTGAATCATAAGGAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTCAATATTATTAAACTCATCATCCATTTATTGAATCATAAGGAAAA  550

seq1  ACAGTTTGCTAATTATACTTTAAAACAAGCATAGCTAATTTTTTCTGAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTTGCTAATTATACTTTAAAACAAGCATAGCTAATTTTTTCTGAGT  600

seq1  TATTATTTTTTCTGAGTAAGGGGAATGGGGAGAATGTCATCAAAGCATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTATTTTTTCTGAGTAAGGGGAATGGGGAGAATGTCATCAAAGCATAC  650

seq1  AATAATTTCAAATTTCCAAGTGCTGAAATGATGGAAGTATTGTAGTTAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTTCAAATTTCCAAGTGCTGAAATGATGGAAGTATTGTAGTTAAG  700

seq1  CTCATTAGACTTGTAATGAAAATTGGATTCTAATTGTATGCCTTAAAATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTAGACTTGTAATGAAAATTGGATTCTAATTGTATGCCTTAAAATC  750

seq1  TAAATATTTCTAGAGAAGAGTTATGTGTCTAATAAAAGGCAGCACCATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATTTCTAGAGAAGAGTTATGTGTCTAATAAAAGGCAGCACCATTA  800

seq1  CTTGAACAATGAGGCAAAATTATATCAAACATGAAATTGCTTATGTTGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAACAATGAGGCAAAATTATATCAAACATGAAATTGCTTATGTTGGA  850

seq1  GTTGTCAAACTATGTGCAATTCTTGACAAGTGCAATCAAATTTCAAATAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCAAACTATGTGCAATTCTTGACAAGTGCAATCAAATTTCAAATAT  900

seq1  CAGTTGATACAGAGTTCCCATCCAATTGCCCTGAGTAATTGTGATTGTCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGATACAGAGTTCCCATCCAATTGCCCTGAGTAATTGTGATTGTCA  950

seq1  ATTCTAGTGAGTAAAAATACGCCTAGGGATTAGAGAAGCAT-ACGTGTTC  999
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATTCTAGTGAGTAAAATTACGCCTAGGGATTAGAGAAGCATAACGTGTTC  1000

seq1  ATGTGTCTATGTGAGTA-TTTTTATA-TACAGTTGAAAC-ATGAGGGCAC  1046
      ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||
seq2  ATGTGTCTATGTGAGTATTTTTTATATTACAGTTGAAACAATGAGGGCAC  1050

seq1  TGACTTT--CTGG-ATAGATTAA-TCTA-CTGGGAG-ATATGGACATTTA  1090
      |||||||  |||| ||||||||| |||| ||||||| |||||||   |||
seq2  TGACTTTTCCTGGAATAGATTAATTCTACCTGGGAGAATATGGAACATTA  1100

seq1  GTAT-CCTACTGAG--AGGTGATGGGAATATG--ACATGTAGGGCATGGA  1135
      |||| |||||||||  |||||||||| |||||  ||||||| ||||||||
seq2  GTATCCCTACTGAGAAAGGTGATGGG-ATATGACACATGTA-GGCATGGA  1148

seq1  GGAA-GGAAGTCACTA-GGTATGCATC-CCTGACCCTCTGTCTTGCCCTG  1182
      | || ||||||||||| |||||||||| ||||                  
seq2  GAAAGGGAAGTCACTAGGGTATGCATCTCCTG------------------  1180

seq1  GTCTTTTCTTGGGGTTCCTG  1202
                          
seq2  --------------------  1180


seq1: chr8_105291424_105292569
seq2: B6Ng01-201G21.g_64_1203 (reverse)

seq1  CACTCACCAACCACACTACT-CAGCTTAGAGACAGACATCATTTGTATCT  49
      |||||||| | ||||||| | |||| ||||||||||||||||| ||||||
seq2  CACTCACCCAACACACTAATCCAGC-TAGAGACAGACATCATTGGTATCT  49

seq1  CCACTTCCCCTTAGAA-CAAAACATACTAACTATACTTAGAGTTGCAGAA  98
      |||| | || | |||| |||| |||||||   |||  ||||  |||||||
seq2  CCACCT-CCGTAAGAACCAAACCATACTACTAATAACTAGAAGTGCAGAA  98

seq1  ACCATTTGTCAAGTACTGTTGGACTCTGAAATGCTTCCAAAGGCTCAGAT  148
      ||   ||||| ||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||||
seq2  AC--ATTGTC-AGTACTGT--GACTCTGAAATGCT--CAAAGGCTCAGAT  141

seq1  GTCGCAGTTCTGATCCTTAATGCATCAATATTTTGAGAAGGAGCTTTGGG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGCAGTTCTGATCCTTAATGCATCAATATTTTGAGAAGGAGCTTTGGG  191

seq1  GATGTGAGTGACTCGTGAGA-CCTGGGATTTTATCAATGGCATACTCCAT  247
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGAGTGACTCGTGAGACCCTGGGATTTTATCAATGGCATACTCCAT  241

seq1  TCATTGTTTGCTAATTAGATGGGCTATAGGCAAGTAATTGAAACATAGAG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGTTTGCTAATTAGATGGGCTATAGGCAAGTAATTGAAACATAGAG  291

seq1  GTTGGGGTCTAGCTGGAGAAAGTGATTCCCTGGAGTCTCTATCTTAACCC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGGTCTAGCTGGAGAAAGTGATTCCCTGGAGTCTCTATCTTAACCC  341

seq1  TCAACCTTCTTATGCACTCTTTATGCTTCCCAGCCACTATGAGATGAAGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCTTCTTATGCACTCTTTATGCTTCCCAGCCACTATGAGATGAAGA  391

seq1  GTTCTGCTCACCATGTGCTAATCATCTTGTTCTGTCTCACCAACATCCTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGCTCACCATGTGCTAATCATCTTGTTCTGTCTCACCAACATCCTG  441

seq1  GTAACTATGTGACTACAAACTGAAACCTTCAAAACCCTGGGCCATATAAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTATGTGACTACAAACTGAAACCTTCAAAACCCTGGGCCATATAAA  491

seq1  GCCCTCTCTGTAACATGCATCCCTCAGATACTTTGTCATAACTAGAGAAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCTCTGTAACATGCATCCCTCAGATACTTTGTCATAACTAGAGAAA  541

seq1  GCCAAGGCAAGTATTCACTGAACACCTGCTATGTGCTGCCTTCACTCTAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGGCAAGTATTCACTGAACACCTGCTATGTGCTGCCTTCACTCTAA  591

seq1  TTGTATAGAAAACTCTGTCCAACAGCTGCAGCCTGCACTGAAGTCTCAGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATAGAAAACTCTGTCCAACAGCTGCAGCCTGCACTGAAGTCTCAGA  641

seq1  TAAGATTATAGTGAGGGAACTGAATACAATTCATTTAAACCCCTTTGTCA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATTATAGTGAGGGAACTGAATACAATTCATTTAAACCCCTTTGTCA  691

seq1  CTTGAACCTTTGATCAATTCTATATATACAGATGAGACTCTCATACTGTA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAACCTTTGATCAATTCTATATATACAGATGAGACTCTCATACTGTA  741

seq1  ACAAAACTGAATGAACTGATAAAACATAAAGCCAAGATCAAAGAAGGATG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACTGAATGAACTGATAAAACATAAAGCCAAGATCAAAGAAGGATG  791

seq1  TGTGTTTGTGCTATTGTTATTGCCACAGTGGGATATAGACTTTAAATAAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTGTGCTATTGTTATTGCCACAGTGGGATATAGACTTTAAATAAT  841

seq1  TCTGCCCGATAAGCCCAAAAGAAAGGCCTCAAAATATAAAGAGAGACAGA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCCGATAAGCCCAAAAGAAAGGCCTCAAAATATAAAGAGAGACAGA  891

seq1  AGTCAATGTTGTAAACTCTTATATCTTAATAGCAACATAGATATGGATCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAATGTTGTAAACTCTTATATCTTAATAGCAACATAGATATGGATCA  941

seq1  GTAAATCAGAGAGCAGATATTTACAAGTTAACACATAAATAACTCTTTGC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATCAGAGAGCAGATATTTACAAGTTAACACATAAATAACTCTTTGC  991

seq1  CTTGGTTCCTGGATGTTAACTATAGTGTCTTCTGTCTTTCCAGGTCTCCC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTTCCTGGATGTTAACTATAGTGTCTTCTGTCTTTCCAGGTCTCCC  1041

seq1  TTCCAAACTACTTTGGATTTCCCATCACAGCACAAGAATCCAGTCACATC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAACTACTTTGGATTTCCCATCACAGCACAAGAATCCAGTCACATC  1091

seq1  ATTTGTTTATTTATCTTAAAAAAGCACAGTATAAGTGCCCTAAGAATTC  1146
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTTATTTATCTTAAAAAAGCACAGTATAAGTGCCCTAAGAATTC  1140


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |