BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-202C03
Chromosome8 (Build37)
Map Location 49,762,981 - 49,943,474
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2900073C17Rik
Upstream geneLOC546058, Cdkn2aip, LOC100039801, Cldn22, Wwc2, LOC100040113, Dctd, Odz3
Downstream geneLOC100039866, 4930555F03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-202C03.bB6Ng01-202C03.g
ACCGA022713GA022714
length9711,031
definitionB6Ng01-202C03.b B6Ng01-202C03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,762,981 - 49,763,950)(49,942,448 - 49,943,474)
sequence
gaattctagggtgttgccgaacttctgcttctcaccttaagttgatatct
gtttaaagattagcgttcataatgatggcgttcagcataacccacaaccc
aaagtatgatgcttcaacttgctgtgcaactgacttttaattgtaaacag
gatgctctttgtaattttcatgatgcagttttatactcttatagattagg
ttaggtactcacagttctttgatatggtaacatgagtatactatcacaaa
aataagaaaccttgtggtactggtacatcaatgaaatgttaagctattag
cattcaaggtaactttagttttgttttatggtgcttgaaaccaacccagg
gccttgggaatggtagggacatatcatactacggagttatttctcaacct
ctctttcagagcctgttctttgtctgtttttccattagtgggcagagagg
tctagaactttttgttcccagttaattttttttccaggggtggggggagt
agagattctgctatctctttgggccaggctgtccttgaacttgtgatcct
gtgtctccgatttttgtatgctgacccatgcatatgggtcaccagacagt
gcaccaccacatccagccagtactctaacatcataggtcatgtgtaacac
aagataactgagttttatttgcaaggcaattctaaattgccaagataaat
caagataaatcacatgtgctatcaaagacgcaggcaatctgatcttagac
actcaaaaacaatgcaaagttctttgtatcgctcattctgcttttgtgca
tagttcagctctttgaggctcgaatcgacactgtaatgcctgcgactact
gacaagtctctgatggaagccaatgagctcactatcccctaaacgccgtt
tcttgggttatcgcctccactcaggcttgagaaggggaagattaagacat
gctaagtgtatgaagaggctc
gaattctcctctctttagtcagagactcagtttgtggatcttcacaggaa
gccagtgttgactgaggggactcagtcctgtctgagcattatatgtctag
gaagaaaagcaagtttgtaattaggcatccttctctttgtccttagccct
gagcagttgttactaggaaatctttaagacaaagttgcaaggttgtagca
atatattatctggtcattgtactatgtcgatgactaaaatacttaaggga
gactttgggttttgctaggtgctttgaaaggcaagaacaattaccggtta
gaaaaccaggcaatactactcataaatgcaaacctttcaagtttaataac
accgtctctgtggatgctttcaaacgctgagacgagagcctacagaaggg
actttctagtcctttttatgtggcaattttaaccccaagatgaaatgaaa
ttgtcatttgactaagtacccccctttgttagacaagatagtgatgtgca
ataccaaatagctatgaccaggccacctgcaaaaccaaatggaatttaat
tatttctatcactctctagtctatgagccatgttgaagtaaatataaaat
atacatgtggtagggggtgaggaagtgaagagcggacaaagggattgctt
tctacaacttaaccctgaacatatggcatgcccatacatgtaaaattaat
gtgaccagtataatcaatcatttaacagttgatcagtcactgcacgtcac
agtaaactacattgggctgcactaatatgcatctgttaagatgagaaacc
taaatggataagcgaggcacagcccgtaaatcatttctcttcctgtttat
gaatataataatgagtcttgcctttctttacactaattctgccttcttac
aaaataatgggtgtcaccattaaaattaaaattgtgtttaatgttcatgt
ttgaaattaagattcttatcattaatatgtcgtttcaccaatgaaacaaa
aataatatcaggttaatttctgctctgattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_49762981_49763950
seq2: B6Ng01-202C03.b_47_1017

seq1  GAATTCTAGGGTGTTGCCGAACTTCTGCTTCTCACCTTAAGTTGATATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGGTGTTGCCGAACTTCTGCTTCTCACCTTAAGTTGATATCT  50

seq1  GTTTAAAGATTAGCGTTCATAATGATGGCGTTCAGCATAACCCACAACCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAAGATTAGCGTTCATAATGATGGCGTTCAGCATAACCCACAACCC  100

seq1  AAAGTATGATGCTTCAACTTGCTGTGCAACTGACTTTTAATTGTAAACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATGATGCTTCAACTTGCTGTGCAACTGACTTTTAATTGTAAACAG  150

seq1  GATGCTCTTTGTAATTTTCATGATGCAGTTTTATACTCTTATAGATTAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTCTTTGTAATTTTCATGATGCAGTTTTATACTCTTATAGATTAGG  200

seq1  TTAGGTACTCACAGTTCTTTGATATGGTAACATGAGTATACTATCACAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTACTCACAGTTCTTTGATATGGTAACATGAGTATACTATCACAAA  250

seq1  AATAAGAAACCTTGTGGTACTGGTACATCAATGAAATGTTAAGCTATTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGAAACCTTGTGGTACTGGTACATCAATGAAATGTTAAGCTATTAG  300

seq1  CATTCAAGGTAACTTTAGTTTTGTTTTATGGTGCTTGAAACCAACCCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCAAGGTAACTTTAGTTTTGTTTTATGGTGCTTGAAACCAACCCAGG  350

seq1  GCCTTGGGAATGGTAGGGACATATCATACTACGGAGTTATTTCTCAACCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGGGAATGGTAGGGACATATCATACTACGGAGTTATTTCTCAACCT  400

seq1  CTCTTTCAGAGCCTGTTCTTTGTCTGTTTTTCCATTAGTGGGCAGAGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCAGAGCCTGTTCTTTGTCTGTTTTTCCATTAGTGGGCAGAGAGG  450

seq1  TCTAGAACTTTTTGTTCCCAGTTAATTTTTTTTCCAGGGGTGGGGGGAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAACTTTTTGTTCCCAGTTAATTTTTTTTCCAGGGGTGGGGGGAGT  500

seq1  AGAGATTCTGCTATCTCTTTGGGCCAGGCTGTCCTTGAACTTGTGATCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATTCTGCTATCTCTTTGGGCCAGGCTGTCCTTGAACTTGTGATCCT  550

seq1  GTGTCTCCGATTTTTGTATGCTGACCCATGCATATGGGTCACCAGACAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTCCGATTTTTGTATGCTGACCCATGCATATGGGTCACCAGACAGT  600

seq1  GCACCACCACATCCAGCCAGTACTCTAACATCATAGGTCATGTGTAACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCACCACATCCAGCCAGTACTCTAACATCATAGGTCATGTGTAACAC  650

seq1  AAGATAACTGAGTTTTATTTGCAAGGCAATTCTAAATTGCCAAGATAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATAACTGAGTTTTATTTGCAAGGCAATTCTAAATTGCCAAGATAAAT  700

seq1  CAAGATAAATCACATGTGCTATCAAAGACGCAGGCAATCTGATCTTAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATAAATCACATGTGCTATCAAAGACGCAGGCAATCTGATCTTAGAC  750

seq1  ACTC-AAAACAATGCAAAGTTCTTTGTATCGCTCATTCTGCTTTTGTGCA  799
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAAAACAATGCAAAGTTCTTTGTATCGCTCATTCTGCTTTTGTGCA  800

seq1  TAGTTCAGGCTCTTTGAGGCTCGAATCGACACTGTAATGCCTGCGACTAC  849
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCA-GCTCTTTGAGGCTCGAATCGACACTGTAATGCCTGCGACTAC  849

seq1  TGACAAGTCTCTGATGGAAGCCAATGAGTTCAATATGATTTCAAACGCCG  899
      |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    | ||||||||
seq2  TGACAAGTCTCTGATGGAAGCCAATGAGCTCACTATCCCCT-AAACGCCG  898

seq1  TTTCTTGGGTTATCGCCTCCACTCAAGGCTGAGAAGGGGAAGATTAAGAC  949
      ||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTGGGTTATCGCCTCCACTCAGGCTTGAGAAGGGGAAGATTAAGAC  948

seq1  ATGC-AAGTGTTTG-AGAGGCTC  970
      |||| |||||| || ||||||||
seq2  ATGCTAAGTGTATGAAGAGGCTC  971

seq1: chr8_49942448_49943474
seq2: B6Ng01-202C03.g_64_1094 (reverse)

seq1  AAATCAGAGCAGAAATTAAACCTGATATTTATTTTTGTTTCATTGGTTGA  50
      ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||
seq2  AAATCAGAGCAGAAATT-AACCTGATA-TTATTTTTGTTTCATTGG-TGA  47

seq1  AACGACATATTAATGATAAGAATCTTAATTTCAAACATGAACATTAAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGACATATTAATGATAAGAATCTTAATTTCAAACATGAACATTAAACA  97

seq1  C-ATTTTAATTTTAATGGTGACA-CCATTATTTTGTAAG-AGGCAGAATT  147
      | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CAATTTTAATTTTAATGGTGACACCCATTATTTTGTAAGAAGGCAGAATT  147

seq1  AGTGTAAAGAAAGGC-AGACTCA-TATTATATTCATAAACAGGAAGAGAA  195
      ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAAAGAAAGGCAAGACTCATTATTATATTCATAAACAGGAAGAGAA  197

seq1  ATGA-TTAC-GGCTGTGCCTCGCTTATCCATTTAGGTTTCTCATCTTAAC  243
      |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTTACGGGCTGTGCCTCGCTTATCCATTTAGGTTTCTCATCTTAAC  247

seq1  AGATGCATATTAGTGCAGCCCAATGTAGTTTACTGTGACGTGCAGTGACT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCATATTAGTGCAGCCCAATGTAGTTTACTGTGACGTGCAGTGACT  297

seq1  GATCAACTGTTAAATGATTGATTATACTGGTCACATTAATTTTACATGTA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAACTGTTAAATGATTGATTATACTGGTCACATTAATTTTACATGTA  347

seq1  TGGGCATGCCATATGTTCAGGGTTAAGTTGTAGAAAGCAATCCCTTTGTC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCATGCCATATGTTCAGGGTTAAGTTGTAGAAAGCAATCCCTTTGTC  397

seq1  CGCTCTTCACTTCCTCACCCCCTACCACATGTATATTTTATATTTACTTC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTCTTCACTTCCTCACCCCCTACCACATGTATATTTTATATTTACTTC  447

seq1  AACATGGCTCATAGACTAGAGAGTGATAGAAATAATTAAATTCCATTTGG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGGCTCATAGACTAGAGAGTGATAGAAATAATTAAATTCCATTTGG  497

seq1  TTTTGCAGGTGGCCTGGTCATAGCTATTTGGTATTGCACATCACTATCTT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCAGGTGGCCTGGTCATAGCTATTTGGTATTGCACATCACTATCTT  547

seq1  GTCTAACAAAGGGGGGTACTTAGTCAAATGACAATTTCATTTCATCTTGG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAACAAAGGGGGGTACTTAGTCAAATGACAATTTCATTTCATCTTGG  597

seq1  GGTTAAAATTGCCACATAAAAAGGACTAGAAAGTCCCTTCTGTAGGCTCT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAAAATTGCCACATAAAAAGGACTAGAAAGTCCCTTCTGTAGGCTCT  647

seq1  CGTCTCAGCGTTTGAAAGCATCCACAGAGACGGTGTTATTAAACTTGAAA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTCAGCGTTTGAAAGCATCCACAGAGACGGTGTTATTAAACTTGAAA  697

seq1  GGTTTGCATTTATGAGTAGTATTGCCTGGTTTTCTAACCGGTAATTGTTC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGCATTTATGAGTAGTATTGCCTGGTTTTCTAACCGGTAATTGTTC  747

seq1  TTGCCTTTCAAAGCACCTAGCAAAACCCAAAGTCTCCCTTAAGTATTTTA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTTTCAAAGCACCTAGCAAAACCCAAAGTCTCCCTTAAGTATTTTA  797

seq1  GTCATCGACATAGTACAATGACCAGATAATATATTGCTACAACCTTGCAA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCGACATAGTACAATGACCAGATAATATATTGCTACAACCTTGCAA  847

seq1  CTTTGTCTTAAAGATTTCCTAGTAACAACTGCTCAGGGCTAAGGACAAAG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTCTTAAAGATTTCCTAGTAACAACTGCTCAGGGCTAAGGACAAAG  897

seq1  AGAAGGATGCCTAATTACAAACTTGCTTTTCTTCCTAGACATATAATGCT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGATGCCTAATTACAAACTTGCTTTTCTTCCTAGACATATAATGCT  947

seq1  CAGACAGGACTGAGTCCCCTCAGTCAACACTGGCTTCCTGTGAAGATCCA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGGACTGAGTCCCCTCAGTCAACACTGGCTTCCTGTGAAGATCCA  997

seq1  CAAACTGAGTCTCTGACTAAAGAGAGGAGAATTC  1027
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTGAGTCTCTGACTAAAGAGAGGAGAATTC  1031