BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-202H14
Chromosome8 (Build37)
Map Location 65,455,405 - 65,602,271
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSpock3
Upstream geneBC013672, Anxa10, LOC100040775, LOC384830, LOC100040804, LOC665267
Downstream geneLOC384831, EG244495, Tll1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-202H14.bB6Ng01-202H14.g
ACCGA022957GA022958
length1,1471,135
definitionB6Ng01-202H14.b B6Ng01-202H14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,455,405 - 65,456,549)(65,601,148 - 65,602,271)
sequence
gaattcattcaaccaaagtaaaactagaaaatgttccagcacacagtaac
agcaagggactgtatttcagttcacaacataatggacatgccatttattt
agttcaatacaccacaatcttgctgttgaagattatgaatttaggtttaa
atgctataaataaagaatagttatggacttgttctgtcatcttgcagcca
gaatttctgtttggatgctgattctacatcttgtgattaaagaacactgt
aggttatcttatgcccgtattttctgatgatgtcaaagtgataataataa
taataatatatctttactggatattggaaaggactgcattaagccacata
gattcctatttcatactcttttggactgactacataatacatataaatca
tttttctgtcattgtaatagctatcttttaaaatatatagctcaatatat
gataagcacaaaaggatgtaataaaataatcatatgaataatatggccat
tcattattacaaataatgaaatgtattcattgcttgaaaattaaaccaaa
tttaaattaagactatggtctgaaatatataacatctagtttttaaataa
attagaatgatttgttcaaacagaaggagacaacgttttctaaaaactta
catttggaaagaattcttatatttggaaagaattctatctgtaatatgaa
atgtatatatatatatgtgtgtgtgtgtatatatactcctttgtaattac
ctgggtactagcagtttgtcagtattccacctagttaatgtgggattaag
tgattggttttccttgaaatagcttatgaatataatcacttattatattc
tcaatatagaagaagaatgtgaacagttggacaatttcctatacaataaa
gagaataatgaatgtttaaaaggatatttacagtttaacacaaagactca
caaggatatgggagttttacagaacatgattgaatttttttacattgtat
tcagactgattataatctatactcatgtagaacacagatctctcagccag
catgtgaggtttgattcagattggatattcagaagttggagattccaacg
ttccagttgcatgatggccttgggctagagtcttacaaccttagtaa

gaattccattcagttccttcagcccttcacttagctctttcattggggtc
cccaggctcagtccaatggttggctgtatctacatctgtattggttaggt
gctgatagaaccccagtcatagcaggctcctgtgttcctgtattttcaat
tgttaaatctgtaccaacagagagctaagtgctggcaggattttggtatt
gttgtttctatggcccgtctctacttttctatatgtaaatgtttgtcctt
cctcacagaccattagatgaaggtcaggtagccttcctggcctaaattca
attctaagagatgaatgggacattgtcttactgcttattgggtcagacta
gacaaggtttttatataattaatagctgacaatggacctggggcaggatg
tagagtggtaggacttccaggaaaagaaaaggagaagatgtagaaaactg
atccacacagagagtggatgaaaaatcccagataagtttagatgggatag
ctaagagactactccaacctaaggccaattgcttcacactatatagaagt
ttccatgtcttatttaaactacaatcagctcaagaattccctgcaatatt
tcatcataaatcaactaattgataatgttataattgaagagtacatttgt
atataggaagtaaggattgattgaagaaaatagggcactggggtatactt
ttaaagggtatatcctgtccattgacacacacacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacacacacccaacacacacagcaggagataag
cagcaatttttctttccttaataaatacttatcttctatgatgtgcccac
tcaacaaatatttcatgggacagaaagtgaggtccacaaccttcccctta
ttaagcttttatgttcttcagatatttttgtcataataagaaaagagctg
aataaccataagttccaataatttggaattgaagtgccctaggtataaag
caaagtttttaaaaatatttgaactttcaaaagaaaattttaagtgttta
aagagattgaaccttttaaagtgctttaatataacgctgtgcaacctttt
aggatgtgggaatgctttatgaatatcatataagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_65455405_65456549
seq2: B6Ng01-202H14.b_46_1192

seq1  GAATTCATTCAACCAAAGTAAAACTAGAAAATGTTCCAGCACACAGTAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCAACCAAAGTAAAACTAGAAAATGTTCCAGCACACAGTAAC  50

seq1  AGCAAGGGACTGTATTTCAGTTCACAACATAATGGACATGCCATTTATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGGGACTGTATTTCAGTTCACAACATAATGGACATGCCATTTATTT  100

seq1  AGTTCAATACACCACAATCTTGCTGTTGAAGATTATGAATTTAGGTTTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAATACACCACAATCTTGCTGTTGAAGATTATGAATTTAGGTTTAA  150

seq1  ATGCTATAAATAAAGAATAGTTATGGACTTGTTCTGTCATCTTGCAGCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTATAAATAAAGAATAGTTATGGACTTGTTCTGTCATCTTGCAGCCA  200

seq1  GAATTTCTGTTTGGATGCTGATTCTACATCTTGTGATTAAAGAACACTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCTGTTTGGATGCTGATTCTACATCTTGTGATTAAAGAACACTGT  250

seq1  AGGTTATCTTATGCCCGTATTTTCTGATGATGTCAAAGTGATAATAATAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTATCTTATGCCCGTATTTTCTGATGATGTCAAAGTGATAATAATAA  300

seq1  TAATAATATATCTTTACTGGATATTGGAAAGGACTGCATTAAGCCACATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATATATCTTTACTGGATATTGGAAAGGACTGCATTAAGCCACATA  350

seq1  GATTCCTATTTCATACTCTTTTGGACTGACTACATAATACATATAAATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCTATTTCATACTCTTTTGGACTGACTACATAATACATATAAATCA  400

seq1  TTTTTCTGTCATTGTAATAGCTATCTTTTAAAATATATAGCTCAATATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTGTCATTGTAATAGCTATCTTTTAAAATATATAGCTCAATATAT  450

seq1  GATAAGCACAAAAGGATGTAATAAAATAATCATATGAATAATATGGCCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGCACAAAAGGATGTAATAAAATAATCATATGAATAATATGGCCAT  500

seq1  TCATTATTACAAATAATGAAATGTATTCATTGCTTGAAAATTAAACCAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTATTACAAATAATGAAATGTATTCATTGCTTGAAAATTAAACCAAA  550

seq1  TTTAAATTAAGACTATGGTCTGAAATATATAACATCTAGTTTTTAAATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATTAAGACTATGGTCTGAAATATATAACATCTAGTTTTTAAATAA  600

seq1  ATTAGAATGATTTGTTCAAACAGAAGGAGACAACGTTTTCTAAAAACTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGAATGATTTGTTCAAACAGAAGGAGACAACGTTTTCTAAAAACTTA  650

seq1  CATTTGGAAAGAATTCTTATATTTGGAAAGAATTCTATCTGTAATATGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGGAAAGAATTCTTATATTTGGAAAGAATTCTATCTGTAATATGAA  700

seq1  ATGTATATATATATATGTGTGTGTGTGTATATATACTCCTTTGTAATTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATATATATATATGTGTGTGTGTGTATATATACTCCTTTGTAATTAC  750

seq1  CTGGGTACTAGCAGTTTGTCAGTATTCCACCTAGTTAATGTGGGATTAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTACTAGCAGTTTGTCAGTATTCCACCTAGTTAATGTGGGATTAAG  800

seq1  TGATTGGTTTTCCTTGAAATAGCTTATGAATATAATCACTTATTATATTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGGTTTTCCTTGAAATAGCTTATGAATATAATCACTTATTATATTC  850

seq1  TCAATATAGAAGAAAGAATGTGAACAGTTGGACAATTTCCTATACAATAA  900
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATATAGAAG-AAGAATGTGAACAGTTGGACAATTTCCTATACAATAA  899

seq1  AGAGAATATGAAATGTTTAAAAGGATAATTTACAGTTTAAACACAAAGAC  950
      ||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  AGAGAATAATGAATGTTTAAAAGGAT-ATTTACAGTTT-AACACAAAGAC  947

seq1  TCACAAGGATATGGGAGTTTTACAGAAACATGATTGAA-TTTTTTACATT  999
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||
seq2  TCACAAGGATATGGGAGTTTTACAG-AACATGATTGAATTTTTTTACATT  996

seq1  GTA-TCAGACTGA-TATAATCTATACTCATGTAGAACACAGATCTCTCAG  1047
      ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCAGACTGATTATAATCTATACTCATGTAGAACACAGATCTCTCAG  1046

seq1  CCAGCATGTGAGG-TTGATTCAAGATTGGATTATCAGAGGTTGGAAGATC  1096
      ||||||||||||| ||||||| |||||||||  ||||| ||||| |||| 
seq2  CCAGCATGTGAGGTTTGATTC-AGATTGGATATTCAGAAGTTGG-AGATT  1094

seq1  CAAACG-TCCAGTGGAATGAT-GCCTTGGGCTAGAGTC-TACAACC-TAG  1142
      | |||| |||||| | ||||| |||||||||||||||| ||||||| |||
seq2  CCAACGTTCCAGTTGCATGATGGCCTTGGGCTAGAGTCTTACAACCTTAG  1144

seq1  TAA  1145
      |||
seq2  TAA  1147


seq1: chr8_65601148_65602271
seq2: B6Ng01-202H14.g_64_1198 (reverse)

seq1  CCTTATATTAATATCATAAAACATTCCCACAT-CTAAAA-GTTTCACAGC  48
      |||||||| |   ||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||||| 
seq2  CCTTATATGATATTCATAAAGCATTCCCACATCCTAAAAGGTTGCACAG-  49

seq1  CTTTATATTTTAAGCACTTTAAAA-GTTCAATCTCTTTAAACACTTAAAA  97
      | ||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTATA-TTAAAGCACTTTAAAAGGTTCAATCTCTTTAAACACTTAAAA  98

seq1  TTTTCTTTTG-AAGTTCAAATATTTTTAAAAACTTTGCTTTATACCTA-G  145
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTTTCTTTTGAAAGTTCAAATATTTTTAAAAACTTTGCTTTATACCTAGG  148

seq1  GCACTTCAATT-CAAATTATTGGAACTTAT-GTTATTCAGCTCTTTTCTT  193
      ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GCACTTCAATTCCAAATTATTGGAACTTATGGTTATTCAGCTCTTTTCTT  198

seq1  ATTATGAC-AAAATATCTGAAGAACATAAAAGCTTAATAA-GGGAAGGTT  241
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATTATGACAAAAATATCTGAAGAACATAAAAGCTTAATAAGGGGAAGGTT  248

seq1  GT-GACCTCACTTTCTGT-CCATG-AATATTTGTTGAGTTGGCACATCAT  288
      || ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||
seq2  GTGGACCTCACTTTCTGTCCCATGAAATATTTGTTGAGTGGGCACATCAT  298

seq1  AGAAGATAAGTA-TTATTAAGGAAAGAAAAATTGCTGCTTATCTCCTGCT  337
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGATAAGTATTTATTAAGGAAAGAAAAATTGCTGCTTATCTCCTGCT  348

seq1  GTGTGTGTTGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTTGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  398

seq1  TGTGTGTGTGTGTCAATGGACAGGATATACCCTTTAAAAGTATACCCCAG  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTCAATGGACAGGATATACCCTTTAAAAGTATACCCCAG  448

seq1  TGCCCTATTTTCTTCAATCAATCCTTACTTCCTATATACAAATGTACTCT  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTATTTTCTTCAATCAATCCTTACTTCCTATATACAAATGTACTCT  498

seq1  TCAATTATAACATTATCAATTAGTTGATTTATGATGAAATATTGCAGGGA  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTATAACATTATCAATTAGTTGATTTATGATGAAATATTGCAGGGA  548

seq1  ATTCTTGAGCTGATTGTAGTTTAAATAAGACATGGAAACTTCTATATAGT  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTGAGCTGATTGTAGTTTAAATAAGACATGGAAACTTCTATATAGT  598

seq1  GTGAAGCAATTGGCCTTAGGTTGGAGTAGTCTCTTAGCTATCCCATCTAA  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGCAATTGGCCTTAGGTTGGAGTAGTCTCTTAGCTATCCCATCTAA  648

seq1  ACTTATCTGGGATTTTTCATCCACTCTCTGTGTGGATCAGTTTTCTACAT  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATCTGGGATTTTTCATCCACTCTCTGTGTGGATCAGTTTTCTACAT  698

seq1  CTTCTCCTTTTCTTTTCCTGGAAGTCCTACCACTCTACATCCTGCCCCAG  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCCTTTTCTTTTCCTGGAAGTCCTACCACTCTACATCCTGCCCCAG  748

seq1  GTCCATTGTCAGCTATTAATTATATAAAAACCTTGTCTAGTCTGACCCAA  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATTGTCAGCTATTAATTATATAAAAACCTTGTCTAGTCTGACCCAA  798

seq1  TAAGCAGTAAGACAATGTCCCATTCATCTCTTAGAATTGAATTTAGGCCA  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCAGTAAGACAATGTCCCATTCATCTCTTAGAATTGAATTTAGGCCA  848

seq1  GGAAGGCTACCTGACCTTCATCTAATGGTCTGTGAGGAAGGACAAACATT  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGCTACCTGACCTTCATCTAATGGTCTGTGAGGAAGGACAAACATT  898

seq1  TACATATAGAAAAGTAGAGACGGGCCATAGAAACAACAATACCAAAATCC  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATAGAAAAGTAGAGACGGGCCATAGAAACAACAATACCAAAATCC  948

seq1  TGCCAGCACTTAGCTCTCTGTTGGTACAGATTTAACAATTGAAAATACAG  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGCACTTAGCTCTCTGTTGGTACAGATTTAACAATTGAAAATACAG  998

seq1  GAACACAGGAGCCTGCTATGACTGGGGTTCTATCAGCACCTAACCAATAC  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACAGGAGCCTGCTATGACTGGGGTTCTATCAGCACCTAACCAATAC  1048

seq1  AGATGTAGATACAGCCAACCATTGGACTGAGCCTGGGGACCCCAATGAAA  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTAGATACAGCCAACCATTGGACTGAGCCTGGGGACCCCAATGAAA  1098

seq1  GAGCTAAGTGAAGGGCTGAAGGAACTGAATGGAATTC  1124
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTAAGTGAAGGGCTGAAGGAACTGAATGGAATTC  1135


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |