BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-202O12
Chromosome8 (Build37)
Map Location 115,456,687 - 115,522,977
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042061
Upstream gene4932417I16Rik, Gabarapl2, Adat1, Kars, Terf2ip, EG627828, LOC672498, LOC100042040, Cntnap4
Downstream geneMon1b, 4930481F22Rik, Adamts18
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-202O12.bB6Ng01-202O12.g
ACCGA023273GA023274
length1,0731,141
definitionB6Ng01-202O12.b B6Ng01-202O12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,521,901 - 115,522,977)(115,456,687 - 115,457,831)
sequence
gaattcagccatgttgggagtaggacctaatttagatgataaaacagagt
tctcaggaacttatcattgccctcacagcagagatgtccgtcatagggac
tgacttagttaccacaagaggaggctattatcaaaggaggatgccctgtt
tgttctgtctcttgctcttgtgctcagttgcctttctgatccttgtcatg
agtcaaagcagcacaggtcattgccagcagctaagcagaagccagcacta
ttaacctggatttctgggccctaaataccacaagccagtattaacccagc
tccttccttctgctttgaacctattatttttgcaaagtacccagcctcaa
atattttgttacagtaacagtacatggattaagataaccatgaaaaacaa
atacatgcatataagatagagctgaaataaaacataatgactaaatgtat
caggagggcaggggaggtgattcagtaaagcactttccttgctggcctga
gggcctgaggtcgatttccagagcgagggttgctggcgcacatctataat
cccccaaatgatgacctaggaggctgagccaggtagatctttgtatgaca
cgagccaggtagcaatgactacttagtgaagcttcaggccaatattgggc
cttttgagggaaaaaacgtgaaaaatgacaccagaggctaccttttgact
tccacatgtacacatatttacccacacataagtgaattcacacacacaca
cacacacacacacacacacacacacaaacacacacacggtgggatattaa
cgggatgagtggaattcaaagctatatgttctctgtaatgtcttgaagta
aggaagtactatctggattttctttcattagttatatttcacaatactgt
tatacagagtttaatatatttatgtgcatacattcatacaacaagggtgt
acatatatacttgtatatgtatatatatacatatacatatatccttataa
catttatgtacatacataatatacatatatgtatatgtttaatcctttaa
aacacatacatatgtatacacac

gaattcccataaatacttaactgtttgcaggaactcattagtgtagaaag
tgattgcctagctgctggtaagatgtctccgcaggtaagagaatttgctt
ccaagtctgacagcctgagttcaaaccttgggatacacatgatggaagag
gagatctgacatctgtaggttatcctctgacttacctacatgcaccttga
cgtaccacacattccctctctctctccctctccctctctctctccctctc
cctctccctctctcccctctccctgctcttctcctcactatgcccccaca
caccataaattaataaatgtaacttaaactgtttttttaaaagaaggaaa
taaattatatattgtgaaatcttgcaaaaaccttttggcatttgatcctc
cttatgtaactttcaaaatccactttctttcccctccattgttgtgtctg
gaaatatcactcataaaaatgaacacagtcaataaagtgtgctatctaat
acttctgtatattgcaacaaaatgcaaggtcctccgggaattgaatcatt
actatttatatttgaattactcttcaagcagatttctatctgaatataat
aaatataggtattttactatgctcacaaaacaacattttttaaaaccttc
cctttccctcagtaagcagagagtagcaacggtagctactgaaatgacgg
cagtggattatcagcatgaaagataatgctgaacctagttcatcgaaaga
gtttgggaaatttcatttccactatataacaactctgagaccgtcaagtt
ttttcctagcggaaacctctcactgtcatgagtcataaaacttcacgtac
ttgcagatggaacatttcatcaattaggaactgaatgggaagcgctctgt
tttacctcctgtaggtcagcctaagcatggcaggcctagttacaatcagt
gttagttaaaataccaccagctcattttacaccctatcaaagcaggcagc
tgactcatggcccaattttttattgaaagggaaaaaaaaaaaagaggaag
ttagggaacatgtcatactgaattcaaccaggtctttagatggtaacatg
aagcagcaggccataagcagtcctatccaggaacctgggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_115521901_115522977
seq2: B6Ng01-202O12.b_54_1126 (reverse)

seq1  GTGTGTATACATATGTTATGGTGTTTTAAAGGAATAAACATATACATATA  50
      ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GTGTGTATACATATG-TAT-GTGTTTTAAAGGATTAAACATATACATATA  48

seq1  TGTATATTATGTATGTACATAAATGTTATAAAGGGATATATGTATATGTA  100
      |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||
seq2  TGTATATTATGTATGTACATAAATGTTATAA--GGATATATGTATATGTA  96

seq1  TATATATACATATACAAGTATATATGTACACCC-TGTTGTATGAATGTAT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TATATATACATATACAAGTATATATGTACACCCTTGTTGTATGAATGTAT  146

seq1  GCACATAAATATATTAAACTCTGTATAACAGTATTGTGAAATATAAACTA  199
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GCACATAAATATATTAAACTCTGTATAACAGTATTGTGAAATAT-AACTA  195

seq1  ATGAAAGAAAATCCAGATAGTACTTCCTTACTTCAAGACATTACAGAGAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAAGAAAATCCAGATAGTACTTCCTTACTTCAAGACATTACAGAGAA  245

seq1  CATATAGCTTTGAATTCCACTCATCCCGTTAATATCCCACCGTGTGTGTG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAGCTTTGAATTCCACTCATCCCGTTAATATCCCACCGTGTGTGTG  295

seq1  TTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAATTCACTTA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAATTCACTTA  345

seq1  TGTGTGGGTAAATATGTGTACATGTGGAAGTCAAAAGGTAGCCTCTGGTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGGGTAAATATGTGTACATGTGGAAGTCAAAAGGTAGCCTCTGGTG  395

seq1  TCATTTTTCACGTTTTTTCCCTCAAAAGGCCCAATATTGGCCTGAAGCTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTTCACGTTTTTTCCCTCAAAAGGCCCAATATTGGCCTGAAGCTT  445

seq1  CACTAAGTAGTCATTGCTACCTGGCTCGTGTCATACAAAGATCTACCTGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAAGTAGTCATTGCTACCTGGCTCGTGTCATACAAAGATCTACCTGG  495

seq1  CTCAGCCTCCTAGGTCATCATTTGGGGGATTATAGATGTGCGCCAGCAAC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCCTCCTAGGTCATCATTTGGGGGATTATAGATGTGCGCCAGCAAC  545

seq1  CCTCGCTCTGGAAATCGACCTCAGGCCCTCAGGCCAGCAAGGAAAGTGCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCGCTCTGGAAATCGACCTCAGGCCCTCAGGCCAGCAAGGAAAGTGCT  595

seq1  TTACTGAATCACCTCCCCTGCCCTCCTGATACATTTAGTCATTATGTTTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGAATCACCTCCCCTGCCCTCCTGATACATTTAGTCATTATGTTTT  645

seq1  ATTTCAGCTCTATCTTATATGCATGTATTTGTTTTTCATGGTTATCTTAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAGCTCTATCTTATATGCATGTATTTGTTTTTCATGGTTATCTTAA  695

seq1  TCCATGTACTGTTACTGTAACAAAATATTTGAGGCTGGGTACTTTGCAAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGTACTGTTACTGTAACAAAATATTTGAGGCTGGGTACTTTGCAAA  745

seq1  AATAATAGGTTCAAAGCAGAAGGAAGGAGCTGGGTTAATACTGGCTTGTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATAGGTTCAAAGCAGAAGGAAGGAGCTGGGTTAATACTGGCTTGTG  795

seq1  GTATTTAGGGCCCAGAAATCCAGGTTAATAGTGCTGGCTTCTGCTTAGCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTAGGGCCCAGAAATCCAGGTTAATAGTGCTGGCTTCTGCTTAGCT  845

seq1  GCTGGCAATGACCTGTGCTGCTTTGACTCATGACAAGGATCAGAAAGGCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCAATGACCTGTGCTGCTTTGACTCATGACAAGGATCAGAAAGGCA  895

seq1  ACTGAGCACAAGAGCAAGAGACAGAACAAACAGGGCATCCTCCTTTGATA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGCACAAGAGCAAGAGACAGAACAAACAGGGCATCCTCCTTTGATA  945

seq1  ATAGCCTCCTCTTGTGGTAACTAAGTCAGTCCCTATGACGGACATCTCTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCTCCTCTTGTGGTAACTAAGTCAGTCCCTATGACGGACATCTCTG  995

seq1  CTGTGAGGGCAATGATAAGTTCCTGAGAACTCTGTTTTATCATCTAAATT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGAGGGCAATGATAAGTTCCTGAGAACTCTGTTTTATCATCTAAATT  1045

seq1  AGGTCCTACTCCCAACATGGCTGAATTC  1077
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCTACTCCCAACATGGCTGAATTC  1073


seq1: chr8_115456687_115457831
seq2: B6Ng01-202O12.g_69_1209

seq1  GAATTCCCATAAATACTTAACTGTTTGCAGGAACTCATTAGTGTAGAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCATAAATACTTAACTGTTTGCAGGAACTCATTAGTGTAGAAAG  50

seq1  TGATTGCCTAGCTGCTGGTAAGATGTCTCCGCAGGTAAGAGAATTTGCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGCCTAGCTGCTGGTAAGATGTCTCCGCAGGTAAGAGAATTTGCTT  100

seq1  CCAAGTCTGACAGCCTGAGTTCAAACCTTGGGATACACATGATGGAAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTCTGACAGCCTGAGTTCAAACCTTGGGATACACATGATGGAAGAG  150

seq1  GAGATCTGACATCTGTAGGTTATCCTCTGACTTACCTACATGCACCTTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATCTGACATCTGTAGGTTATCCTCTGACTTACCTACATGCACCTTGA  200

seq1  CGTACCACACATTCCCTCTCTCTCTCCCTCTCCCTCTCTCTCTCCCTCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTACCACACATTCCCTCTCTCTCTCCCTCTCCCTCTCTCTCTCCCTCTC  250

seq1  CCTCTCCCTCTCTCCCCTCTCCCTGCTCTTCTCCTCACTATGCCCCCACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCCTCTCTCCCCTCTCCCTGCTCTTCTCCTCACTATGCCCCCACA  300

seq1  CACCATAAATTAATAAATGTAACTTAAACTGTTTTTTTAAAAGAAGGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATAAATTAATAAATGTAACTTAAACTGTTTTTTTAAAAGAAGGAAA  350

seq1  TAAATTATATATTGTGAAATCTTGCAAAAACCTTTTGGCATTTGATCCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTATATATTGTGAAATCTTGCAAAAACCTTTTGGCATTTGATCCTC  400

seq1  CTTATGTAACTTTCAAAATCCACTTTCTTTCCCCTCCATTGTTGTGTCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGTAACTTTCAAAATCCACTTTCTTTCCCCTCCATTGTTGTGTCTG  450

seq1  GAAATATCACTCATAAAAATGAACACAGTCAATAAAGTGTGCTATCTAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATATCACTCATAAAAATGAACACAGTCAATAAAGTGTGCTATCTAAT  500

seq1  ACTTCTGTATATTGCAACAAAATGCAAGGTCCTCCGGGAATTGAATCATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTGTATATTGCAACAAAATGCAAGGTCCTCCGGGAATTGAATCATT  550

seq1  ACTATTTATATTTGAATTACTCTTCAAGCAGATTTCTATCTGAATATAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTTATATTTGAATTACTCTTCAAGCAGATTTCTATCTGAATATAAT  600

seq1  AAATATAGGTATTTTACTATGCTCACAAAACAACATTTTTTAAAACCTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATAGGTATTTTACTATGCTCACAAAACAACATTTTTTAAAACCTTC  650

seq1  CCTTTCCCTCAGTAAGCAGAGAGTAGCAACGGTAGCTACTGAAATGACGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCCTCAGTAAGCAGAGAGTAGCAACGGTAGCTACTGAAATGACGG  700

seq1  CAGTGGATTATCAGCATGAAAGATAATGCTGAACCTAGTTCATCGAAAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGATTATCAGCATGAAAGATAATGCTGAACCTAGTTCATCGAAAGA  750

seq1  GTTTGGGAAATTTCATTTCCACTATATAACAACTCTGAGACCGTCAAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGGAAATTTCATTTCCACTATATAACAACTCTGAGACCGTCAAGTT  800

seq1  TTTTCCTAGCGGAAACCTCTCACTGTCATGAGTCATAAAACTTCACGTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTAGCGGAAACCTCTCACTGTCATGAGTCATAAAACTTCACGTAC  850

seq1  TTGCAGATGGAACATTTCATCAAATTAGGAACTGAAT-GGAAGCGCTCTG  899
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTGCAGATGGAACATTTCATC-AATTAGGAACTGAATGGGAAGCGCTCTG  899

seq1  TTTTACCT-CTGTAGGTCAGCCT-AGCATGGCAGGCCTAGTTACAATCAG  947
      |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACCTCCTGTAGGTCAGCCTAAGCATGGCAGGCCTAGTTACAATCAG  949

seq1  TGTTAG-TAAAATACCACCAGCACATTTTACACCCATTCAAAGCAGGCAG  996
      |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||
seq2  TGTTAGTTAAAATACCACCAGCTCATTTTACACCCTATCAAAGCAGGCAG  999

seq1  CTGACTCATGGCCAAATTTTAT-TTGAAAGGAAAAAAAAAAAAAAGAGGA  1045
      ||||||||||||| |||||| | ||||||||  |||||||||||||||||
seq2  CTGACTCATGGCCCAATTTTTTATTGAAAGG-GAAAAAAAAAAAAGAGGA  1048

seq1  AGTTTAGGGGACATGTCAATACTGATTTCAACCAGGTCTTTAGAATGTAA  1095
      || |||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||  |
seq2  AG-TTAGGGAACATGTC-ATACTGAATTCAACCAGGTCTTTAG-ATGGTA  1095

seq1  ACATGAAGCCAGGCAAGGCAT-AGCAGTCCTTTAATCCCAGGAA-CTGGG  1143
      |||||||||   ||| | ||| ||||||||| |    ||||||| |||||
seq2  ACATGAAGC--AGCAGGCCATAAGCAGTCCTAT----CCAGGAACCTGGG  1139

seq1  GA  1145
      ||
seq2  GA  1141


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |