BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-207L06
Chromosome8 (Build37)
Map Location 105,096,297 - 105,253,118
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdh11
Upstream genenone
Downstream geneEG667618, LOC100041368, 1600027J07Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-207L06.bB6Ng01-207L06.g
ACCGA026781GA026782
length1,0651,088
definitionB6Ng01-207L06.b B6Ng01-207L06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(105,252,057 - 105,253,118)(105,096,297 - 105,097,372)
sequence
gaattcatgccacctatcatgtatcagattcccacagagttgaaatgcct
cacttggaaataattttctaaattcagtattggcaaaagcactggcattt
aatgcaaataagaacatgcctgttgtttgggcactttttattataaaagc
catggttttgttttgataaacgacaaggacaaacctcatagtgtaatgtt
ccattattaaggatgagtagtttgaacatgatcatagttcttggacctaa
tcacaagttattactgtcatctaatacatacatgggaaatattttagtca
cacacatatgtgtacatacatataaatacatttgttctcactctgatttt
tcctactgtcatttattaggtactacagtaagtgagccttaaagaggaca
atgaaaatgagtgcaagatgcattgctgccttcaggtagcttacagtttc
tttgggtgcaaagttgtgaagggaagatagctacaatcacaaagactttc
tgtctgtaagacaattaaaaaggcataggatgtagtaaggaactccagtg
tggaatactaagaggattctgaagttctttgagttagcgtgatgaagtca
tgtgaaggtccagtgatgtgccaccaacagtgactgaagagtttagataa
gaaacagcatggccagaaatgcacagaggctgtcagtcaccaagccatag
aacaggacttcctcatgcaaaaggtatggtggggaggtgaggctgagaca
gactcaggaacaaatacctcccaatctgtaaagaaactgctgaatggggc
ttagaaatgggacgatggctatgagtacttgctgttcttctagaggatgc
tcgttcggttttctatcaggaatcttacaaccatttttgcaattgtagct
ccaaggaaactgatgccttcatcttgactttctttagtcacctgcacaca
tagggtgcacatacaacaagtaggtatacacatatgtacatgattaattg
ttaaaaagaattaccttgatattttactatcttcataatcacattatttg
tatgtgttagatagg

gaattcaaagggaccacactcagcaatgaatacagcattagaaaggctga
gtatgtcaaatgtgccaagtatttgaccactggcattgaaccccaaacat
tcaaagccatgggggaaaaatgagtagaagaaagaatcagcaactaacaa
gaacacagactatgctgtgggaatgtggagtgcaccagaaccttgacttt
agtcaagactatgctgtgctggtttcgccagacctaactaagcttataag
tatagatataatgcactctgagttttgagaagaaagcagagcaaattttg
aagccactgctgtgctgcttctattgtttagtttctggtggatgatgggt
gtgtttattcacgtctctaagttcatgtgtcaagtttattcattcacttt
ggagctttatgcaggaagaagataaaacacaacaattagcttattgccct
gcaattattaaaaagactatggcggcagtccccaaagagaccataccatt
gtgcaacgctctaggaagaaaatatacccttactttcaactcgttactta
ttacattgtatgtcacaggagtcttccaccatagtcagtataaccagtac
caaccttctaaacctaacaatattaaatttgcatgcataaattgagtctc
ggctgtatcacagtcaattattatgcagataacagactctgaaaattaaa
aaccagaaatgaaaaatcaaagtccaccaaaaaatctttaatgattctct
aatatacaggtaacaagattcaaaattctgtagaatttcaattctgtaga
atttgaattataatctctccctgcacacaatttttccattccttcagttt
catctctttctcactattcttaaatcttatgggtcaaacctacaggaggt
acagacccagccattgtccaattggaacctctcagcacactcttcccaga
ctttagattatttcactaactttggtacaattttgagtaccatatttaaa
gaactagcccaaggagaaccattccccaccttcagctttctcctttccca
tgaccccctcaccgtttattaccatagcattggtcagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_105252057_105253118
seq2: B6Ng01-207L06.b_46_1110 (reverse)

seq1  CCTATCTAACACATACAAAT-ATGTGTATATGAAGATATTAAAATATTCA  49
      |||||||||||||||||||| |||||  |||||||||| ||||||||  |
seq2  CCTATCTAACACATACAAATAATGTGATTATGAAGATAGTAAAATATCAA  50

seq1  GGTAATTCTTTTTTAACAATTATTCATGTACATATGTGTATACCTACTTG  99
      |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATTC-TTTTTAACAATTAATCATGTACATATGTGTATACCTACTTG  99

seq1  TTTGTATGTGCACCCTATGTGTGCAGGTGACTAAAG-AAGTC-AGATGAA  147
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
seq2  -TTGTATGTGCACCCTATGTGTGCAGGTGACTAAAGAAAGTCAAGATGAA  148

seq1  GGCATCAGTTTCCTTGGAGCTACAATTGC--AAATGGTTGTAAGATTCCT  195
      |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||
seq2  GGCATCAGTTTCCTTGGAGCTACAATTGCAAAAATGGTTGTAAGATTCCT  198

seq1  GATAGAAAACCGAACGAGCATCCTCTAGAAGAACAGCAAGTACTCATAGC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGAAAACCGAACGAGCATCCTCTAGAAGAACAGCAAGTACTCATAGC  248

seq1  CATCGTCCCATTTCTAAGCCCCATTCAGCAGTTTCTTTACAGATTGGGAG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGTCCCATTTCTAAGCCCCATTCAGCAGTTTCTTTACAGATTGGGAG  298

seq1  GTATTTGTTCCTGAGTCTGTCTCAGCCTCACCTCCCCACCATACCTTTTG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTGTTCCTGAGTCTGTCTCAGCCTCACCTCCCCACCATACCTTTTG  348

seq1  CATGAGGAAGTCCTGTTCTATGGCTTGGTGACTGACAGCCTCTGTGCATT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGGAAGTCCTGTTCTATGGCTTGGTGACTGACAGCCTCTGTGCATT  398

seq1  TCTGGCCATGCTGTTTCTTATCTAAACTCTTCAGTCACTGTTGGTGGCAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCCATGCTGTTTCTTATCTAAACTCTTCAGTCACTGTTGGTGGCAC  448

seq1  ATCACTGGACCTTCACATGACTTCATCACGCTAACTCAAAGAACTTCAGA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTGGACCTTCACATGACTTCATCACGCTAACTCAAAGAACTTCAGA  498

seq1  ATCCTCTTAGTATTCCACACTGGAGTTCCTTACTACATCCTATGCCTTTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCTTAGTATTCCACACTGGAGTTCCTTACTACATCCTATGCCTTTT  548

seq1  TAATTGTCTTACAGACAGAAAGTCTTTGTGATTGTAGCTATCTTCCCTTC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGTCTTACAGACAGAAAGTCTTTGTGATTGTAGCTATCTTCCCTTC  598

seq1  ACAACTTTGCACCCAAAGAAACTGTAAGCTACCTGAAGGCAGCAATGCAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTTTGCACCCAAAGAAACTGTAAGCTACCTGAAGGCAGCAATGCAT  648

seq1  CTTGCACTCATTTTCATTGTCCTCTTTAAGGCTCACTTACTGTAGTACCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCACTCATTTTCATTGTCCTCTTTAAGGCTCACTTACTGTAGTACCT  698

seq1  AATAAATGACAGTAGGAAAAATCAGAGTGAGAACAAATGTATTTATATGT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATGACAGTAGGAAAAATCAGAGTGAGAACAAATGTATTTATATGT  748

seq1  ATGTACACATATGTGTGTGACTAAAATATTTCCCATGTATGTATTAGATG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACACATATGTGTGTGACTAAAATATTTCCCATGTATGTATTAGATG  798

seq1  ACAGTAATAACTTGTGATTAGGTCCAAGAACTATGATCATGTTCAAACTA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTAATAACTTGTGATTAGGTCCAAGAACTATGATCATGTTCAAACTA  848

seq1  CTCATCCTTAATAATGGAACATTACACTATGAGGTTTGTCCTTGTCGTTT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCCTTAATAATGGAACATTACACTATGAGGTTTGTCCTTGTCGTTT  898

seq1  ATCAAAACAAAACCATGGCTTTTATAATAAAAAGTGCCCAAACAACAGGC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAACAAAACCATGGCTTTTATAATAAAAAGTGCCCAAACAACAGGC  948

seq1  ATGTTCTTATTTGCATTAAATGCCAGTGCTTTTGCCAATACTGAATTTAG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCTTATTTGCATTAAATGCCAGTGCTTTTGCCAATACTGAATTTAG  998

seq1  AAAATTATTTCCAAGTGAGGCATTTCAACTCTGTGGGAATCTGATACATG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTATTTCCAAGTGAGGCATTTCAACTCTGTGGGAATCTGATACATG  1048

seq1  ATAGGTGGCATGAATTC  1062
      |||||||||||||||||
seq2  ATAGGTGGCATGAATTC  1065


seq1: chr8_105096297_105097372
seq2: B6Ng01-207L06.g_63_1150

seq1  GAATTCAAAGGGACCACACTCAGCAATGAATACAGCATTAGAAAGGCTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGGGACCACACTCAGCAATGAATACAGCATTAGAAAGGCTGA  50

seq1  GTATGTCAAATGTGCCAAGTATTTGACCACTGGCATTGAACCCCAAACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTCAAATGTGCCAAGTATTTGACCACTGGCATTGAACCCCAAACAT  100

seq1  TCAAAGCCATGGGGGAAAAATGAGTAGAAGAAAGAATCAGCAACTAACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGCCATGGGGGAAAAATGAGTAGAAGAAAGAATCAGCAACTAACAA  150

seq1  GAACACAGACTATGCTGTGGGAATGTGGAGTGCACCAGAACCTTGACTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACAGACTATGCTGTGGGAATGTGGAGTGCACCAGAACCTTGACTTT  200

seq1  AGTCAAGACTATGCTGTGCTGGTTTCGCCAGACCTAACTAAGCTTATAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAGACTATGCTGTGCTGGTTTCGCCAGACCTAACTAAGCTTATAAG  250

seq1  TATAGATATAATGCACTCTGAGTTTTGAGAAGAAAGCAGAGCAAATTTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGATATAATGCACTCTGAGTTTTGAGAAGAAAGCAGAGCAAATTTTG  300

seq1  AAGCCACTGCTGTGCTGCTTCTATTGTTTAGTTTCTGGTGGATGATGGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCACTGCTGTGCTGCTTCTATTGTTTAGTTTCTGGTGGATGATGGGT  350

seq1  GTGTTTATTCACGTCTCTAAGTTCATGTGTCAAGTTTATTCATTCACTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTATTCACGTCTCTAAGTTCATGTGTCAAGTTTATTCATTCACTTT  400

seq1  GGAGCTTTATGCAGGAAGAAGATAAAACACAACAATTAGCTTATTGCCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTTTATGCAGGAAGAAGATAAAACACAACAATTAGCTTATTGCCCT  450

seq1  GCAATTATTAAAAAGACTATGGCGGCAGTCCCCAAAGAGACCATACCATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTATTAAAAAGACTATGGCGGCAGTCCCCAAAGAGACCATACCATT  500

seq1  GTGCAACGCTCTAGGAAGAAAATATACCCTTACTTTCAACTCGTTACTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAACGCTCTAGGAAGAAAATATACCCTTACTTTCAACTCGTTACTTA  550

seq1  TTACATTGTATGTCACAGGAGTCTTCCACCATAGTCAGTATAACCAGTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATTGTATGTCACAGGAGTCTTCCACCATAGTCAGTATAACCAGTAC  600

seq1  CAACCTTCTAAACCTAACAATATTAAA-TTGCATGCATAAATTGAGTCTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTTCTAAACCTAACAATATTAAATTTGCATGCATAAATTGAGTCTC  650

seq1  GGCTGTATCACAGTCAATTATTATGCAGATAACAGACTCTGAAAATTAAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTATCACAGTCAATTATTATGCAGATAACAGACTCTGAAAATTAAA  700

seq1  AACCAGAAATGAAAAATCAAAGTCCACCAAAAAATCTTTAATGATTCTCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGAAATGAAAAATCAAAGTCCACCAAAAAATCTTTAATGATTCTCT  750

seq1  AATATACAGGTAACAAGATTC-AAATTCTGTAGAATTTCAATTCTGTAGA  798
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATACAGGTAACAAGATTCAAAATTCTGTAGAATTTCAATTCTGTAGA  800

seq1  ATTTGAATTAT-ATCTCTCCCTGCACACAATTTTTCCATTCCTTCAGTTT  847
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAATTATAATCTCTCCCTGCACACAATTTTTCCATTCCTTCAGTTT  850

seq1  CATCTCTTTCTCACTATTCTTAAATCTTATGGTTCAAA-CTACAGGAGGT  896
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
seq2  CATCTCTTTCTCACTATTCTTAAATCTTATGGGTCAAACCTACAGGAGGT  900

seq1  ACAGA-CCAGCCATTGTCCAA-TGGGACCTCTCAGCACACTCTTCCCAGG  944
      ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACAGACCCAGCCATTGTCCAATTGGAACCTCTCAGCACACTCTTCCCAGA  950

seq1  ACTTAGATTA-TTCACTAAC-TTGGTACA--TTTGAGTACAATA-TTAAA  989
        |||||||| ||||||||| ||||||||  ||||||||| ||| |||||
seq2  CTTTAGATTATTTCACTAACTTTGGTACAATTTTGAGTACCATATTTAAA  1000

seq1  GAACTAGCCCAAGTGAGAATCATTCCC--ACTTCAGTCTTCTCTTTTCCC  1037
      ||||||||||||| ||||| |||||||   ||||||  ||||| ||||||
seq2  GAACTAGCCCAAG-GAGAACCATTCCCCACCTTCAGCTTTCTCCTTTCCC  1049

seq1  ATGA-CCTCTCTACGTTTATTTACCATAGCATTTGTCAGT  1076
      |||| || |||  |||||| ||||||||||||| ||||||
seq2  ATGACCCCCTCACCGTTTA-TTACCATAGCATTGGTCAGT  1088


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |