BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-208E12
Chromosome8 (Build37)
Map Location 17,277,949 - 17,422,482
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCsmd1
Upstream genenone
Downstream geneLOC665638, LOC100040466
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-208E12.bB6Ng01-208E12.g
ACCGA027204GA027205
length1,1271,179
definitionB6Ng01-208E12.b B6Ng01-208E12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,421,349 - 17,422,482)(17,277,949 - 17,279,144)
sequence
gaattctttaacgtgtcctacatatttagttaaatccgtgttattaccca
gcaggggacaggaccataagccatctgtattttccttttttgctgttgtt
caagccacgctgaacttactgtacttttgttataacattaatgtgctagg
agatctgaatgtttaggctttatactgaaattctgaattgatattcttat
aataggaaaaaatatattttagaataaaatatataaaatgatgatgttgg
taatgaggcaatttcttcgagttgttctaaagaagtaaagatttgattat
atagttattgagacaatagctgagtacagagactcagacctgtagttccc
ttgcttgagaatctgtaatggggccggggaaggattgccacaagttcagg
ataagcctggatacgtagtgaattctaggtatccctgggctcagtgtgag
attctgactcacagatgaaactagtttaaattattaagcagtgcttgtat
gtcagtaacctttaaacctatggctgttggtgtgcatcttcttatgggac
agtatttcccgtagtttctgatctccacttaagtgtttccattgcttaaa
ttttctgaatttgtcttgtctggttgtggtggttgtgcttgtttgtttct
gctttttccagtcacaccctgctagaaacaagcttaatggcgaggccaac
ttctcattttggaaaccaggctcatgctgctgcttggatcgaacagcaga
tggcgctagacaaatggcaatgctttatctcatggcaaagctcaagggcg
ttgcttgcctcaaaatcgatctaaattgctctcacttttattcaaattta
aaataaaacccgtggttaataattcattctggagaaatagtagctttggg
agaagaaataggtcatttgtcaattccaaaatattaggtgactgtcatgt
attacaaggcctgatcattattttcaaagtgagaagtctgcaagcttgtg
gatgttcagatagccttgggtattccacattgttcattacaataccctat
gttattttaatcattattttaaacattactggtgtgaaggaggagatttg
tcgaatatgttagccagatacgtatca

gaattctcacccaaggaataccaaatggctgagaagcacctgaaaaaatg
ttcaacatctttaatcatcagagaaatgcaaatcaaaacaaccctgagat
tcaacctgctttcttattggacccagtaccacagcccagggatgggacca
cccaccttgggctggacctgccctcactaatcagtagttgataaaatgcc
ttacagcttgatttcatgatatagattataatctatatctgatgatatat
attattttcttagttgaaggttcctcctttcagataactctagcttgtat
caaattgacataaaagtgtccaacacaaatgagtatgtagttagatgata
tagatgatacatctgtatgatgcagatacatagatattgatgagtgatag
agttaaaatatccaaactcaaattaaagaaaatattacatttacaaaaca
tcaaggcatgttgaaaatgtatattttaaagattacaaaacttcataata
attattaactgttgatgtaaaagaaacatcctcagcatacatttgtagag
gggaaaaaatcataagttctgaaatgtgaagaagaggaactagcattcct
tcctttaatctcggttattatgttctctggaagctgtgagagatgagcaa
atcagggatgagagtgaacagcagaagcaggctgagagagggaaggatgt
gaagtgggaaggatgcacaggagcgaccctggctctaaactgtgcctgtg
ctcacagtgcctctagggctgacacaagtgaagaaaggcctttctttcat
gggaagagcattactgaccccagcccatccttctcttcctctcccagttg
ttccaagctgttgtcccttccttagaaccccacacctccacacacatgtc
agttgcatttcttctaagacatgaccccttatttttcttcacatacttta
caagtaaattaaccactagacacctttaacagcctacttctttaactctg
ctaataactatggcatctctacagtgctctacagaatttgggatggatgc
cttttatctgcttgtcaagagttaggtttgcaattacttagtgctccaga
tgcagttaatttggattataattccagtaagctagacttcagtattcaac
cttccgaatgcactgtaaattctgaatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_17421349_17422482
seq2: B6Ng01-208E12.b_48_1174 (reverse)

seq1  TGATACGTATTCTGCCT-ACATATTTCGAACAAATCTCCTTCCTTTCAAC  49
      ||||||||| |||| || ||||| |||| |||||||||| |||||    |
seq2  TGATACGTA-TCTGGCTAACATA-TTCG-ACAAATCTCC-TCCTT----C  42

seq1  ACA-CAGTAATGTTTTAAAATTAATGATTAAAATAAACATAAGGTATTGT  98
      ||| |||||||||||  ||| ||||||||||||| |||||| ||||||||
seq2  ACACCAGTAATGTTT--AAAATAATGATTAAAAT-AACATAGGGTATTGT  89

seq1  AAATGAACAAATGTG--ATACCCAA-GCTATCTGACAATCCACAAGCTTG  145
       ||||||| ||||||  |||||||| |||||||||  |||||||||||||
seq2  -AATGAAC-AATGTGGAATACCCAAGGCTATCTGAACATCCACAAGCTTG  137

seq1  CAGAC-TCTCACTTTGAAAAT-ATGATCAGGCCTTGTAATACATGACAGT  193
      ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTCTCACTTTGAAAATAATGATCAGGCCTTGTAATACATGACAGT  187

seq1  CACCTAATATTTTGGAATTGACAAATGACCTATTTTCTTCTCCCAAAGCT  243
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CACCTAATATTTTGGAATTGACAAATGACCTA-TTTCTTCTCCCAAAGCT  236

seq1  ACTATTTCTCCAGAATGAATTATTAACCACGGGTTTTATTTTAAATTTGA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATTTCTCCAGAATGAATTATTAACCACGGGTTTTATTTTAAATTTGA  286

seq1  ATAAAAGTGAGAGCAATTTAGATCGATTTTGAGGCAAGCAACGCCCTTGA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGTGAGAGCAATTTAGATCGATTTTGAGGCAAGCAACGCCCTTGA  336

seq1  GCTTTGCCATGAGATAAAGCATTGCCATTTGTCTAGCGCCATCTGCTGTT  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGCCATGAGATAAAGCATTGCCATTTGTCTAGCGCCATCTGCTGTT  386

seq1  CGATCCAAGCAGCAGCATGAGCCTGGTTTCCAAAATGAGAAGTTGGCCTC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATCCAAGCAGCAGCATGAGCCTGGTTTCCAAAATGAGAAGTTGGCCTC  436

seq1  GCCATTAAGCTTGTTTCTAGCAGGGTGTGACTGGAAAAAGCAGAAACAAA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTAAGCTTGTTTCTAGCAGGGTGTGACTGGAAAAAGCAGAAACAAA  486

seq1  CAAGCACAACCACCACAACCAGACAAGACAAATTCAGAAAATTTAAGCAA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCACAACCACCACAACCAGACAAGACAAATTCAGAAAATTTAAGCAA  536

seq1  TGGAAACACTTAAGTGGAGATCAGAAACTACGGGAAATACTGTCCCATAA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAACACTTAAGTGGAGATCAGAAACTACGGGAAATACTGTCCCATAA  586

seq1  GAAGATGCACACCAACAGCCATAGGTTTAAAGGTTACTGACATACAAGCA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGCACACCAACAGCCATAGGTTTAAAGGTTACTGACATACAAGCA  636

seq1  CTGCTTAATAATTTAAACTAGTTTCATCTGTGAGTCAGAATCTCACACTG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTAATAATTTAAACTAGTTTCATCTGTGAGTCAGAATCTCACACTG  686

seq1  AGCCCAGGGATACCTAGAATTCACTACGTATCCAGGCTTATCCTGAACTT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAGGGATACCTAGAATTCACTACGTATCCAGGCTTATCCTGAACTT  736

seq1  GTGGCAATCCTTCCCCGGCCCCATTACAGATTCTCAAGCAAGGGAACTAC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCAATCCTTCCCCGGCCCCATTACAGATTCTCAAGCAAGGGAACTAC  786

seq1  AGGTCTGAGTCTCTGTACTCAGCTATTGTCTCAATAACTATATAATCAAA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTGAGTCTCTGTACTCAGCTATTGTCTCAATAACTATATAATCAAA  836

seq1  TCTTTACTTCTTTAGAACAACTCGAAGAAATTGCCTCATTACCAACATCA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTACTTCTTTAGAACAACTCGAAGAAATTGCCTCATTACCAACATCA  886

seq1  TCATTTTATATATTTTATTCTAAAATATATTTTTTCCTATTATAAGAATA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTATATATTTTATTCTAAAATATATTTTTTCCTATTATAAGAATA  936

seq1  TCAATTCAGAATTTCAGTATAAAGCCTAAACATTCAGATCTCCTAGCACA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTCAGAATTTCAGTATAAAGCCTAAACATTCAGATCTCCTAGCACA  986

seq1  TTAATGTTATAACAAAAGTACAGTAAGTTCAGCGTGGCTTGAACAACAGC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGTTATAACAAAAGTACAGTAAGTTCAGCGTGGCTTGAACAACAGC  1036

seq1  AAAAAAGGAAAATACAGATGGCTTATGGTCCTGTCCCCTGCTGGGTAATA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAGGAAAATACAGATGGCTTATGGTCCTGTCCCCTGCTGGGTAATA  1086

seq1  ACACGGATTTAACTAAATATGTAGGACACGTTAAAGAATTC  1134
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGGATTTAACTAAATATGTAGGACACGTTAAAGAATTC  1127


seq1: chr8_17277949_17279144
seq2: B6Ng01-208E12.g_67_1245

seq1  GAATTCTCACCCAAGGAATACCAAATGGCTGAGAAGCACCTGAAAAAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACCCAAGGAATACCAAATGGCTGAGAAGCACCTGAAAAAATG  50

seq1  TTCAACATCTTTAATCATCAGAGAAATGCAAATCAAAACAACCCTGAGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACATCTTTAATCATCAGAGAAATGCAAATCAAAACAACCCTGAGAT  100

seq1  TCAACCTGCTTTCTTATTGGACCCAGTACCACAGCCCAGGGATGGGACCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCTGCTTTCTTATTGGACCCAGTACCACAGCCCAGGGATGGGACCA  150

seq1  CCCACCTTGGGCTGGACCTGCCCTCACTAATCAGTAGTTGATAAAATGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCTTGGGCTGGACCTGCCCTCACTAATCAGTAGTTGATAAAATGCC  200

seq1  TTACAGCTTGATTTCATGATATAGATTATAATCTATATCTGATGATATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGCTTGATTTCATGATATAGATTATAATCTATATCTGATGATATAT  250

seq1  ATTATTTTCTTAGTTGAAGGTTCCTCCTTTCAGATAACTCTAGCTTGTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTTCTTAGTTGAAGGTTCCTCCTTTCAGATAACTCTAGCTTGTAT  300

seq1  CAAATTGACATAAAAGTGTCCAACACAAATGAGTATGTAGTTAGATGATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTGACATAAAAGTGTCCAACACAAATGAGTATGTAGTTAGATGATA  350

seq1  TAGATGATACATCTGTATGATGCAGATACATAGATATTGATGAGTGATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGATACATCTGTATGATGCAGATACATAGATATTGATGAGTGATAG  400

seq1  AGTTAAAATATCCAAACTCAAATTAAAGAAAATATTACATTTACAAAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAAATATCCAAACTCAAATTAAAGAAAATATTACATTTACAAAACA  450

seq1  TCAAGGCATGTTGAAAATGTATATTTTAAAGATTACAAAACTTCATAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGCATGTTGAAAATGTATATTTTAAAGATTACAAAACTTCATAATA  500

seq1  ATTATTAACTGTTGATGTAAAAGAAACATCCTCAGCATACATTTGTAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTAACTGTTGATGTAAAAGAAACATCCTCAGCATACATTTGTAGAG  550

seq1  GGGAAAAAATCATAAGTTCTGAAATGTGAAGAAGAGGAACTAGCATTCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAAAATCATAAGTTCTGAAATGTGAAGAAGAGGAACTAGCATTCCT  600

seq1  TCCTTTAATCTCGGTTATTATGTTCTCTGGAAGCTGTGAGAGATGAGCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTAATCTCGGTTATTATGTTCTCTGGAAGCTGTGAGAGATGAGCAA  650

seq1  ATCAGGGATGAGAGTGAACAGCAGAAGCAGGCTGAGAGAGGGAAGGATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGGATGAGAGTGAACAGCAGAAGCAGGCTGAGAGAGGGAAGGATGT  700

seq1  GAAGTGGGAAGGATGCACAGGAGCGACCCTGGCTCTAAACTGTGCCTGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGGGAAGGATGCACAGGAGCGACCCTGGCTCTAAACTGTGCCTGTG  750

seq1  CTCACAGTGCCTCTAGGGCTGACACAAGTGAAGAAAGGCCTTTCTTTCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGTGCCTCTAGGGCTGACACAAGTGAAGAAAGGCCTTTCTTTCAT  800

seq1  GGGAAGAGCATTACTGACCCCAGCCCATCCTTCTCTTCCTCTCCCAGTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGAGCATTACTGACCCCAGCCCATCCTTCTCTTCCTCTCCCAGTTG  850

seq1  TTCCAAGCTGTTGTCCCTTCCTTAGAACCCCACACCTCCACACACATGTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAGCTGTTGTCCCTTCCTTAGAACCCCACACCTCCACACACATGTC  900

seq1  AGTTGCATTTCTTCTAAGACATGACCCCTTA-TTTTCTTCACATACTTTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCATTTCTTCTAAGACATGACCCCTTATTTTTCTTCACATACTTTA  950

seq1  CAAGTAAATTAACCACTAGACAACTTTAACAGCCTACTTCTTTAACTCTG  999
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTAAATTAACCACTAGACACCTTTAACAGCCTACTTCTTTAACTCTG  1000

seq1  CTAATAACTATGGCAATCTCTACAGTGCTCTACAGAATTTGGGGATGGAA  1049
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
seq2  CTAATAACTATGGC-ATCTCTACAGTGCTCTACAGAATTT-GGGATGG-A  1047

seq1  TGCCTTTTAATCCTGCTTGTTCAAGAGTTAAGTTTGCATTTACTTAGTGC  1099
      |||||||||   ||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||
seq2  TGCCTTTTA--TCTGCTTG-TCAAGAGTTAGGTTTGCAATTACTTAGTGC  1094

seq1  TCCCAGATGCAGTTAATTTGATTTATAAATTTCAGTAAAGGCTAAGAACT  1149
      | ||||||||||||||||||  |||| |||| ||||||  ||||   |||
seq2  T-CCAGATGCAGTTAATTTGGATTAT-AATTCCAGTAA--GCTA--GACT  1138

seq1  TTAAATTATTTAAAACATTCCCAAAATGCACTTGTAATTCTGAATGG  1196
      |   | ||||   ||| ||||   ||||||||   ||||||||||||
seq2  T--CAGTATT--CAACCTTCC--GAATGCACTGTAAATTCTGAATGG  1179


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |