BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-212I11
Chromosome8 (Build37)
Map Location 116,612,745 - 116,763,453
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNudt7, AI427515
Upstream geneMon1b, 4930481F22Rik, Adamts18
Downstream geneClec3a, Wwox
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-212I11.bB6Ng01-212I11.g
ACCGA030300GA030301
length1,1311,158
definitionB6Ng01-212I11.b B6Ng01-212I11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,612,745 - 116,613,870)(116,762,287 - 116,763,453)
sequence
gaattcaacagatgtcagctgccatctactggagcatcttaggaaaaatg
aattgggattagagaaggaaggatagagtgcgaagctgagatactccata
tctgatgccctgaacatagtgacgccattgattctggactcgtgttcatt
actgctttatcattttgcctcagggatattgggaatgctctccttattcc
agaaggttcattggatgttgctatggagatgggaattgctctgacatctg
catgcacatgcacacacacacacacacacacacacacacacacacacctc
agccctatctgctagcttttccagtaaacacttaattacgtgttgtactc
tacaatcagtatggttggaagagagtttgcttagctgattccagactaaa
gatgagttctcctttgcagggaaatgctttcataagtctgtggagtgtaa
ttttaataagtggagtgaaatctctaagcgtaggtgagaaaatcagacaa
ataagaaggcaagggatggggctaattgcttcagaaaccttagctgtata
atagcctaccagtatcacacagacaaactttactccatgctggaagccct
gttaattccggaagaaagaaagacgttgctacatcatgaccttagcagga
aaatcaaacaatagcagaacagacttggagacttatctatccaggagaaa
ggccttatgcacaatataactctttgttaggttggagattgtcaactcga
gagtaagcaccttggatctgtgacttagtgtcataattatacaaagatta
ttgtttctgtttatatagacacatttttcggtagagagtctgtaaccaca
ctggtgagttattattgtcgactttcctggctcaagcaagaatcactata
gaacacaattccaggactgcctataaggacttttctaggccagcttaact
gaagtggggaaattcactcctctctccttcttgactgcagatgcaatgtg
accagctgctttatgttccctgctgtcatgccttcttcaccgtgatgtac
tgtttcttttcgactgtgagccaaaaaatctcttcccttgagctgctttg
gttgacatgtttagtaaccaccagtgagcaa

gaattcaagcaacaacctggagtcaggtagcagaggctgtgtcgcgtaca
ggctccctcagcctgatttcttatgttatccaggctctcctccccaggag
aactccacatcaatcattaagaaaattcccccacagccttgtccatgggc
cagtctgttaaaggcaattccccaattgcgatcccctcttctgagacctg
tctagcgccaatacatatatcttgtcttctttgtcccctctcatatgtga
ctgcttctcaggggctctttgtcttttttattttcatgaccttgtcaggt
ttgagaagtactggctagatgtttttgaaggattccctttgatctgagct
tgtatgatgctttgtgattaaactgtataaatttgagtagagatgaggtg
tcatacctttaaaagtatgatctatgaatgagagtaaaaccttgcctgca
tcaaatctttgccagaaatgataagttatccatccacgctttaggtccaa
gattgttcctggtactatgaatataaaggtcagcctcactttgcctctct
gtatctgttttccccttcattctttccaaatctccattccttcaccatcc
tttcttttctcactcttcctctctccctaccccgtcattcgcccctttct
ctggaaaattagtgggctttatgtcagacataattttaactccactttct
ctttttcatgtgatgtcataaggcagacaatggcattgccactttctaga
ttttaaattgctcacaagcatctagctattggaagacagatctgagtgtt
gaacgcgtggtttttgaccacacaaccatccatgctttctactagataac
aggttagaccatgaaacgctgctcaggagaaaccatctgaaaggaaatcc
ttgtggctatgaggattattctgtagcatttgcaaaggggattacctaga
cctggactgctgtatggcttctcagaggagtgacatttgaatcctgtgag
aagataactatggaaagaagaactaggttgtgagaaagcacagagttttg
agtgatgatgtgctctgagaagagtgagcaggtcaagcatgctgagaagc
taggatagagatattaattctgcacattcttcttggagtccttaacgagg
actctgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_116612745_116613870
seq2: B6Ng01-212I11.b_42_1172

seq1  GAATTCAACAGATGTCAGCTGCCATCTACTGGAGCATCTTAGGAAAAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACAGATGTCAGCTGCCATCTACTGGAGCATCTTAGGAAAAATG  50

seq1  AATTGGGATTAGAGAAGGAAGGATAGAGTGCGAAGCTGAGATACTCCATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGGATTAGAGAAGGAAGGATAGAGTGCGAAGCTGAGATACTCCATA  100

seq1  TCTGATGCCCTGAACATAGTGACGCCATTGATTCTGGACTCGTGTTCATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATGCCCTGAACATAGTGACGCCATTGATTCTGGACTCGTGTTCATT  150

seq1  ACTGCTTTATCATTTTGCCTCAGGGATATTGGGAATGCTCTCCTTATTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTTTATCATTTTGCCTCAGGGATATTGGGAATGCTCTCCTTATTCC  200

seq1  AGAAGGTTCATTGGATGTTGCTATGGAGATGGGAATTGCTCTGACATCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGTTCATTGGATGTTGCTATGGAGATGGGAATTGCTCTGACATCTG  250

seq1  CATGCACATGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCACATGCACACACACACACACACACACACACACACACACACACCTC  300

seq1  AGCCCTATCTGCTAGCTTTTCCAGTAAACACTTAATTACGTGTTGTACTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTATCTGCTAGCTTTTCCAGTAAACACTTAATTACGTGTTGTACTC  350

seq1  TACAATCAGTATGGTTGGAAGAGAGTTTGCTTAGCTGATTCCAGACTAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATCAGTATGGTTGGAAGAGAGTTTGCTTAGCTGATTCCAGACTAAA  400

seq1  GATGAGTTCTCCTTTGCAGGGAAATGCTTTCATAAGTCTGTGGAGTGTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGTTCTCCTTTGCAGGGAAATGCTTTCATAAGTCTGTGGAGTGTAA  450

seq1  TTTTAATAAGTGGAGTGAAATCTCTAAGCGTAGGTGAGAAAATCAGACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATAAGTGGAGTGAAATCTCTAAGCGTAGGTGAGAAAATCAGACAA  500

seq1  ATAAGAAGGCAAGGGATGGGGCTAATTGCTTCAGAAACCTTAGCTGTATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAAGGCAAGGGATGGGGCTAATTGCTTCAGAAACCTTAGCTGTATA  550

seq1  ATAGCCTACCAGTATCACACAGACAAACTTTACTCCATGCTGGAAGCCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCTACCAGTATCACACAGACAAACTTTACTCCATGCTGGAAGCCCT  600

seq1  GTTAATTCCGGAAGAAAGAAAGACGTTGCTACATCATGACCTTAGCAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATTCCGGAAGAAAGAAAGACGTTGCTACATCATGACCTTAGCAGGA  650

seq1  AAATCAAACAATAGCAGAACAGACTTGGAGACTTATCTATCCAGGAGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAAACAATAGCAGAACAGACTTGGAGACTTATCTATCCAGGAGAAA  700

seq1  GGCCTTATGCACAATATAACTCTTTGTTAGGTTGGAGATTGTCAACTCGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTATGCACAATATAACTCTTTGTTAGGTTGGAGATTGTCAACTCGA  750

seq1  GAGTAAGCACCTTGGATCTGTGACTTAGTGTCATAATTATACAAAGATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAAGCACCTTGGATCTGTGACTTAGTGTCATAATTATACAAAGATTA  800

seq1  TTGTTTCTGTTTATATAGACACATTTTTCGGTAGAGAGTCTGTAACCACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCTGTTTATATAGACACATTTTTCGGTAGAGAGTCTGTAACCACA  850

seq1  CTGGTGAGTTATTATTGTCGACTTTCCTGGCTCAAGCAAGAATCACTATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGAGTTATTATTGTCGACTTTCCTGGCTCAAGCAAGAATCACTATA  900

seq1  GAACACAATTCCAGGACTGCCTATAAGGACTTTTCTAGGCCAGCTTAACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACAATTCCAGGACTGCCTATAAGGACTTTTCTAGGCCAGCTTAACT  950

seq1  GAAGTGGGGAAATTCACTCCTCTCTCCTTCTTGACTGCAGATGCAATGTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTGGGGAAATTCACTCCTCTCTCCTTCTTGACTGCAGATGCAATGTG  1000

seq1  ACCAGCTGCTTTATG-TCCCTGCTGTCATGCCTTCTTCACCGTGATGTAC  1049
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCTGCTTTATGTTCCCTGCTGTCATGCCTTCTTCACCGTGATGTAC  1050

seq1  TG-TTCCTTTCGACTGTGAGCCAAAAAAGCCCTTCCC-TGAGCTGCTTTG  1097
      || ||| ||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||
seq2  TGTTTCTTTTCGACTGTGAGCCAAAAAATCTCTTCCCTTGAGCTGCTTTG  1100

seq1  G-TGACATGTTTAGTAACCA-CAGTGAGCAA  1126
      | |||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GTTGACATGTTTAGTAACCACCAGTGAGCAA  1131


seq1: chr8_116762287_116763453
seq2: B6Ng01-212I11.g_63_1220 (reverse)

seq1  TACAGAGCTCCTCGGTAAAGGACTCCAGGAAGATGGTGCCAGATTAATAT  50
      ||||||| ||||| || |||||||||| |||||  ||||   ||||||||
seq2  TACAGAG-TCCTC-GTTAAGGACTCCAAGAAGAATGTGCAGAATTAATAT  48

seq1  CTCTATCCCTAGCTTCCTTCCAGCCATGC-TGACCTGCTCACTCTTCTCA  99
      |||||| |||||||||    ||| ||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAT-CCTAGCTTC---TCAG-CATGCTTGACCTGCTCACTCTTCTCA  93

seq1  GAGCACATCAACCACTCAAAAACTCTGTGCTTTCTCACACCCTAGTTCTT  149
      ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GAGCACATC-ATCACTC-AAAACTCTGTGCTTTCTCACAACCTAGTTCTT  141

seq1  CTTTCCATAGTTATCTTCTCACAGGATTCAAATGTCACCTCCTCTGAGAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTTTCCATAGTTATCTTCTCACAGGATTCAAATGTCA-CTCCTCTGAGAA  190

seq1  GCCATACAGCAGTCCAGGTCTAGGTAATCCCCTTTGCAAATGCTACAGAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATACAGCAGTCCAGGTCTAGGTAATCCCCTTTGCAAATGCTACAGAA  240

seq1  TAATCCTCATAGCCACAAGGATTTCCTTTCAGATGGTTTCTCCTGAGCAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCTCATAGCCACAAGGATTTCCTTTCAGATGGTTTCTCCTGAGCAG  290

seq1  CGTTTCATGGTCTAACCTGTTATCTAGTAGAAAGCATGGATGGTTGTGTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTCATGGTCTAACCTGTTATCTAGTAGAAAGCATGGATGGTTGTGTG  340

seq1  GTCAAAAACCACGCGTTCAACACTCAGATCTGTCTTCCAATAGCTAGATG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAAAACCACGCGTTCAACACTCAGATCTGTCTTCCAATAGCTAGATG  390

seq1  CTTGTGAGCAATTTAAAATCTAGAAAGTGGCAATGCCATTGTCTGCCTTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGAGCAATTTAAAATCTAGAAAGTGGCAATGCCATTGTCTGCCTTA  440

seq1  TGACATCACATGAAAAAGAGAAAGTGGAGTTAAAATTATGTCTGACATAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATCACATGAAAAAGAGAAAGTGGAGTTAAAATTATGTCTGACATAA  490

seq1  AGCCCACTAATTTTCCAGAGAAAGGGGCGAATGACGGGGTAGGGAGAGAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCACTAATTTTCCAGAGAAAGGGGCGAATGACGGGGTAGGGAGAGAG  540

seq1  GAAGAGTGAGAAAAGAAAGGATGGTGAAGGAATGGAGATTTGGAAAGAAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGTGAGAAAAGAAAGGATGGTGAAGGAATGGAGATTTGGAAAGAAT  590

seq1  GAAGGGGAAAACAGATACAGAGAGGCAAAGTGAGGCTGACCTTTATATTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGGAAAACAGATACAGAGAGGCAAAGTGAGGCTGACCTTTATATTC  640

seq1  ATAGTACCAGGAACAATCTTGGACCTAAAGCGTGGATGGATAACTTATCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTACCAGGAACAATCTTGGACCTAAAGCGTGGATGGATAACTTATCA  690

seq1  TTTCTGGCAAAGATTTGATGCAGGCAAGGTTTTACTCTCATTCATAGATC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGGCAAAGATTTGATGCAGGCAAGGTTTTACTCTCATTCATAGATC  740

seq1  ATACTTTTAAAGGTATGACACCTCATCTCTACTCAAATTTATACAGTTTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTTAAAGGTATGACACCTCATCTCTACTCAAATTTATACAGTTTA  790

seq1  ATCACAAAGCATCATACAAGCTCAGATCAAAGGGAATCCTTCAAAAACAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAAAGCATCATACAAGCTCAGATCAAAGGGAATCCTTCAAAAACAT  840

seq1  CTAGCCAGTACTTCTCAAACCTGACAAGGTCATGAAAATAAAAAAGACAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCCAGTACTTCTCAAACCTGACAAGGTCATGAAAATAAAAAAGACAA  890

seq1  AGAGCCCCTGAGAAGCAGTCACATATGAGAGGGGACAAAGAAGACAAGAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCCCTGAGAAGCAGTCACATATGAGAGGGGACAAAGAAGACAAGAT  940

seq1  ATATGTATTGGCGCTAGACAGGTCTCAGAAGAGGGGATCGCAATTGGGGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTATTGGCGCTAGACAGGTCTCAGAAGAGGGGATCGCAATTGGGGA  990

seq1  ATTGCCTTTAACAGACTGGCCCATGGACAAGGCTGTGGGGGAATTTTCTT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCTTTAACAGACTGGCCCATGGACAAGGCTGTGGGGGAATTTTCTT  1040

seq1  AATGATTGATGTGGAGTTCTCCTGGGGAGGAGAGCCTGGATAACATAAGA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATTGATGTGGAGTTCTCCTGGGGAGGAGAGCCTGGATAACATAAGA  1090

seq1  AATCAGGCTGAGGGAGCCTGTACGCGACACAGCCTCTGCTACCTGACTCC  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGGCTGAGGGAGCCTGTACGCGACACAGCCTCTGCTACCTGACTCC  1140

seq1  AGGTTGTTGCTTGAATTC  1167
      ||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGTTGCTTGAATTC  1158


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |