BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-214C03
Chromosome8 (Build37)
Map Location 65,455,005 - 65,621,547
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSpock3
Upstream geneBC013672, Anxa10, LOC100040775, LOC384830, LOC100040804, LOC665267
Downstream geneLOC384831, EG244495, Tll1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-214C03.bB6Ng01-214C03.g
ACCGA031466GA031467
length1,126915
definitionB6Ng01-214C03.b B6Ng01-214C03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,455,005 - 65,456,129)(65,620,633 - 65,621,547)
sequence
gaattctcacaaagttgattctatctcatctaaatggacaggaagcatca
gaagcatggtgccgttactggaaatattacatattgaagttgtcacattt
cttcagcttcctgaactacaaatagtactgtaataagataaaaacataaa
aacatcttttgtaaagtttacaaagaaacatgagatagtttataagaaaa
ggcagagttctgtgtcctgttttctaagatactgatcaaacagggttgga
tctgttattcaaggattcttggattctattagtcagaggctcctagagat
gctggcacctgtttctcaaagtcctccttttaagctctttattattaaca
tcttaggaaaatcaaagcttcaagttattgatctgattgactgctgggct
gaattcattcaaccaaagtaaaactagaaaatgttccagcacacagtaac
agcaagggactgtatttcagttcacaacataatggacatgccatttattt
agttcaatacaccacaatcttgctgttgaagattatgaatttaggtttaa
atgctataaataaagaatagttatggacttgttctgtcatcttgcagcca
gaatttctgtttggatgctgattctacatcttgtgattaaagaacactgt
aggttatcttatgcccgtattttctgatgatgtcaaagtgataataataa
taataatatatctttactggatattggaaaggactgcattaagccacata
gattcctatttcatactcttttggactgactacataatacatataaatca
tttttctgtcattgtaatagctatcttttaaaatatatagctcaatatat
gataagcacaaaaggatgtaataaaataatcatatgaataatatgggcca
ttcattattacaaataatgaaatgtattcattgcttgaaaattaaaccaa
atttaaattaagactatggtctgaaatatataacatctagtttttaaata
aattagatgatttgttcaaacagaaggagacacgtttctaaaaacttaca
tttggaaagaattcttaatatttgaaagaattctatctgtaatatgaaat
gtataatataataatatgtgggtgtg

gaattccaatggacaacaatgctcaatccatttctgttatgattgtactc
cccaagcttctgcagccatttaaataccgttatcaagtatcaagagatga
ggtaatagtttatattgtgtcacaaaaactgctctactagggtgcatggc
ctgagtgcatcatagatataggctgctttttcacctatggcttgtttctg
cataccactgcaagcaatgacttcaggttgtcactatgtgacttccaaca
caaatgcatgatgtaatgatttttttaatacaaaacttttattaaaacat
tcgtacatgaagatatgaacaaaactttatatttaaaatttataatcagt
attttagagtgtatttacaaaaggttaatacttcaacaactttaagttac
tgaataatcacctatccattgcctcctaatttgaatgactattattcatt
tgtctcagaattaaatattcaaggaagaaacattggtgtggtagtttgag
actgaattattgtatgatgtatactattttataggtttaaaattatacag
caagaattactactacatgcttttatatcactaaatattattccagttca
tgtactcactaatagccatattaatagctttcacctttacctattcattt
tgttctgtttgtctcctcccaactacatgtaattattgatggctatgatt
tgtgatattgtttttggatgtgttgttaggacagagtactagtttttata
aataatgtgtgacatcaagtatacaatttgattgaaagtcaaaattaaga
gagataaattatgaaagaaggaaggggaggcccttggtcatgtggagtct
tgatggctcagtgtaggggaatgctagggcactgatgcagtagtgggtag
gtaagtgggggtgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_65455005_65456129
seq2: B6Ng01-214C03.b_48_1173

seq1  GAATTCTCACAAAGTTGATTCTATCTCATCTAAATGGACAGGAAGCATCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACAAAGTTGATTCTATCTCATCTAAATGGACAGGAAGCATCA  50

seq1  GAAGCATGGTGCCGTTACTGGAAATATTACATATTGAAGTTGTCACATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCATGGTGCCGTTACTGGAAATATTACATATTGAAGTTGTCACATTT  100

seq1  CTTCAGCTTCCTGAACTACAAATAGTACTGTAATAAGATAAAAACATAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGCTTCCTGAACTACAAATAGTACTGTAATAAGATAAAAACATAAA  150

seq1  AACATCTTTTGTAAAGTTTACAAAGAAACATGAGATAGTTTATAAGAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCTTTTGTAAAGTTTACAAAGAAACATGAGATAGTTTATAAGAAAA  200

seq1  GGCAGAGTTCTGTGTCCTGTTTTCTAAGATACTGATCAAACAGGGTTGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGTTCTGTGTCCTGTTTTCTAAGATACTGATCAAACAGGGTTGGA  250

seq1  TCTGTTATTCAAGGATTCTTGGATTCTATTAGTCAGAGGCTCCTAGAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTATTCAAGGATTCTTGGATTCTATTAGTCAGAGGCTCCTAGAGAT  300

seq1  GCTGGCACCTGTTTCTCAAAGTCCTCCTTTTAAGCTCTTTATTATTAACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCACCTGTTTCTCAAAGTCCTCCTTTTAAGCTCTTTATTATTAACA  350

seq1  TCTTAGGAAAATCAAAGCTTCAAGTTATTGATCTGATTGACTGCTGGGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGGAAAATCAAAGCTTCAAGTTATTGATCTGATTGACTGCTGGGCT  400

seq1  GAATTCATTCAACCAAAGTAAAACTAGAAAATGTTCCAGCACACAGTAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCAACCAAAGTAAAACTAGAAAATGTTCCAGCACACAGTAAC  450

seq1  AGCAAGGGACTGTATTTCAGTTCACAACATAATGGACATGCCATTTATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGGGACTGTATTTCAGTTCACAACATAATGGACATGCCATTTATTT  500

seq1  AGTTCAATACACCACAATCTTGCTGTTGAAGATTATGAATTTAGGTTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAATACACCACAATCTTGCTGTTGAAGATTATGAATTTAGGTTTAA  550

seq1  ATGCTATAAATAAAGAATAGTTATGGACTTGTTCTGTCATCTTGCAGCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTATAAATAAAGAATAGTTATGGACTTGTTCTGTCATCTTGCAGCCA  600

seq1  GAATTTCTGTTTGGATGCTGATTCTACATCTTGTGATTAAAGAACACTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCTGTTTGGATGCTGATTCTACATCTTGTGATTAAAGAACACTGT  650

seq1  AGGTTATCTTATGCCCGTATTTTCTGATGATGTCAAAGTGATAATAATAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTATCTTATGCCCGTATTTTCTGATGATGTCAAAGTGATAATAATAA  700

seq1  TAATAATATATCTTTACTGGATATTGGAAAGGACTGCATTAAGCCACATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATATATCTTTACTGGATATTGGAAAGGACTGCATTAAGCCACATA  750

seq1  GATTCCTATTTCATACTCTTTTGGACTGACTACATAATACATATAAATCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCTATTTCATACTCTTTTGGACTGACTACATAATACATATAAATCA  800

seq1  TTTTTCTGTCATTGTAATAGCTATCTTTTAAAATATATAGCTCAATATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTGTCATTGTAATAGCTATCTTTTAAAATATATAGCTCAATATAT  850

seq1  GATAAGCACAAAAGGATGTAATAAAATAATCATATGAATAATAT-GGCCA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GATAAGCACAAAAGGATGTAATAAAATAATCATATGAATAATATGGGCCA  900

seq1  TTCATTATTACAAATAATGAAATGTATTCATTGCTTGAAAATTAAACCAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTATTACAAATAATGAAATGTATTCATTGCTTGAAAATTAAACCAA  950

seq1  ATTTAAATTAAGACTATGGTCTGAAATATATAACATCTAGTTTTTAAATA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAATTAAGACTATGGTCTGAAATATATAACATCTAGTTTTTAAATA  1000

seq1  AATTAGAATGATTTGTTCAAACAGAAGGAGACAACGTTTTCTAAAAACTT  1049
      |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||
seq2  AATTAG-ATGATTTGTTCAAACAGAAGGAGAC-ACG-TTTCTAAAAACTT  1047

seq1  ACATTTGGAAAGAATTCTT-ATATTTGGAAAGAATTCTATCTGTAATATG  1098
      ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTGGAAAGAATTCTTAATATTT-GAAAGAATTCTATCTGTAATATG  1096

seq1  AAATGTAT-ATATA--TATATGTGTGTGTG  1125
      |||||||| |||||   ||||||| |||||
seq2  AAATGTATAATATAATAATATGTGGGTGTG  1126


seq1: chr8_65620633_65621547
seq2: B6Ng01-214C03.g_63_977 (reverse)

seq1  TACACCCCCACTTACCTACCCACTACTGCATCAGTGCCCTAGCATTCCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACCCCCACTTACCTACCCACTACTGCATCAGTGCCCTAGCATTCCCC  50

seq1  TACACTGAGCCATCAAGACTCCACATGACCAAGGGCCTCCCCTTCCTTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTGAGCCATCAAGACTCCACATGACCAAGGGCCTCCCCTTCCTTCT  100

seq1  TTCATAATTTATCTCTCTTAATTTTGACTTTCAATCAAATTGTATACTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAATTTATCTCTCTTAATTTTGACTTTCAATCAAATTGTATACTTG  150

seq1  ATGTCACACATTATTTATAAAAACTAGTACTCTGTCCTAACAACACATCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCACACATTATTTATAAAAACTAGTACTCTGTCCTAACAACACATCC  200

seq1  AAAAACAATATCACAAATCATAGCCATCAATAATTACATGTAGTTGGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAATATCACAAATCATAGCCATCAATAATTACATGTAGTTGGGAG  250

seq1  GAGACAAACAGAACAAAATGAATAGGTAAAGGTGAAAGCTATTAATATGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAAACAGAACAAAATGAATAGGTAAAGGTGAAAGCTATTAATATGG  300

seq1  CTATTAGTGAGTACATGAACTGGAATAATATTTAGTGATATAAAAGCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTAGTGAGTACATGAACTGGAATAATATTTAGTGATATAAAAGCATG  350

seq1  TAGTAGTAATTCTTGCTGTATAATTTTAAACCTATAAAATAGTATACATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGTAATTCTTGCTGTATAATTTTAAACCTATAAAATAGTATACATC  400

seq1  ATACAATAATTCAGTCTCAAACTACCACACCAATGTTTCTTCCTTGAATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAATAATTCAGTCTCAAACTACCACACCAATGTTTCTTCCTTGAATA  450

seq1  TTTAATTCTGAGACAAATGAATAATAGTCATTCAAATTAGGAGGCAATGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTCTGAGACAAATGAATAATAGTCATTCAAATTAGGAGGCAATGG  500

seq1  ATAGGTGATTATTCAGTAACTTAAAGTTGTTGAAGTATTAACCTTTTGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTGATTATTCAGTAACTTAAAGTTGTTGAAGTATTAACCTTTTGTA  550

seq1  AATACACTCTAAAATACTGATTATAAATTTTAAATATAAAGTTTTGTTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACACTCTAAAATACTGATTATAAATTTTAAATATAAAGTTTTGTTCA  600

seq1  TATCTTCATGTACGAATGTTTTAATAAAAGTTTTGTATTAAAAAAATCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTCATGTACGAATGTTTTAATAAAAGTTTTGTATTAAAAAAATCAT  650

seq1  TACATCATGCATTTGTGTTGGAAGTCACATAGTGACAACCTGAAGTCATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCATGCATTTGTGTTGGAAGTCACATAGTGACAACCTGAAGTCATT  700

seq1  GCTTGCAGTGGTATGCAGAAACAAGCCATAGGTGAAAAAGCAGCCTATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCAGTGGTATGCAGAAACAAGCCATAGGTGAAAAAGCAGCCTATAT  750

seq1  CTATGATGCACTCAGGCCATGCACCCTAGTAGAGCAGTTTTTGTGACACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGATGCACTCAGGCCATGCACCCTAGTAGAGCAGTTTTTGTGACACA  800

seq1  ATATAAACTATTACCTCATCTCTTGATACTTGATAACGGTATTTAAATGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAACTATTACCTCATCTCTTGATACTTGATAACGGTATTTAAATGG  850

seq1  CTGCAGAAGCTTGGGGAGTACAATCATAACAGAAATGGATTGAGCATTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGAAGCTTGGGGAGTACAATCATAACAGAAATGGATTGAGCATTGT  900

seq1  TGTCCATTGGAATTC  915
      |||||||||||||||
seq2  TGTCCATTGGAATTC  915


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |