BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-214M14
Chromosome8 (Build37)
Map Location 12,162,453 - 12,265,761
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCol4a1, Col4a2, Rab20, 0710008K08Rik, Cars2, Ing1, Ankrd10, 1700016D06Rik, EG665271, LOC665363, LOC624710, LOC665373, Arhgef7, 1700018L24Rik, LOC100040155
Downstream geneLOC100040175, EG434280, EG434279, Sox1, 1700094C09Rik, Tubgcp3, Atp11a, LOC100040229, Mcf2l, F7, F10, Proz, Pcid2, Cul4a, Lamp1, Grtp1, Adprhl1, Dcun1d2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-214M14.bB6Ng01-214M14.g
ACCGA031941GA031942
length1,1571,077
definitionB6Ng01-214M14.b B6Ng01-214M14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,264,594 - 12,265,761)(12,162,453 - 12,163,535)
sequence
gaattcttatatacatgttataaattataaactgcttacaaactaattaa
tacttggaagattgctagctgtgcttttttagtaaagtagaacttagaga
ggctcagatatgtcattgcacaatgatgtccccagccctggggcacttga
gcaagtgcatgctagggatccggtcacatgactgatgacttgggggatct
ggtcacatgactgatggcttggggggtctggtcacatgactgatggcttg
ggggatctggtcacatgaccgatggcttgggggatctggtcacatgactg
atgacttgggggatctggtcacatgactgatggcttggggggtctggtca
catgactgatggcttgggggatctggtcacatgaccgatggcttggggga
tctggtcacatgactgatgacttgggggtgactgctggggatgtgcatcg
gaaattcatgcacacgtgtaaggggccgtcagtgggcaagctgcgtcacg
ggcagagtgctctcaatggactgttggtgggcatgccagcttcttgagta
tttcagatgggcatatggcaagatgcccaaaccagattttcaacggccgt
gatcccagtcacattgagcttcaacacaagtggccactgccattcatgct
ttgaacatacaaaggtggggtcagagccacccaggaagtcccagtcccta
cccttcccttcccttcatttccattagtagcttataggatgctctggaat
ggcccagatgcagtctgctcaaaagggatggcttttaaaggaaggtccgg
atggttactgggtgggatgcggtccacgaggtttattgtagggtctgccc
ttggagtcagaagattcgaacatgtgctcaaattaaacacagcaatggtc
tttacccatctctcaaaacagccacacaggacttccaggacccccacccc
gagtctgctagcttcttcctcttcccacagctgtgggatgatgctaaccc
tacatccgtgcgcatgctcaagtcttctacgctccagatgtctgtctgtt
cctctatgtggttgctcccacctgtcatctgaaagctggtttcctagatc
agattctcggagtgcacctcttgtcttcccatcctgttaacctcattcct
gctgcaa
gaattcaacttttctggaaaacaacaaaaatgttcagtccatgtcagaag
ggaagggatgaagagattctcaggtggttcatgtgcactgtagtgctccc
taatgcagagaagtacccaggggctgttcctggtatggattgaggagatg
tcttctgtaacattacctgccacacagaatcctgctcacacagagacaac
cgtcaggtcgacagtctggagagggtacacagtgaagagccttgctctag
atgcaacagaagaatgaaaggcaggagagggtcttgaaccatgggcagca
agacaggaaggggctgggtgagaaggctgggcagagcctgctcagctcag
agtccccaagagttaaccttccctccctcctgacagactcacttaggaag
gaatgagttgtgtcctcactgtcttgcctcttcactgtgctgagctgact
cctcctcagccgtggatctactacaacgaggcaaaaatttgctttgactg
cagtgacttttgagctcacgtggagctgttggcggagggacagaggggca
gcctcacccggagtcaggggaggaagaaactaggttatttggcttctgcc
ttccaggcttcggtgctgggtgttgtttgcatctatctttctggctaaag
aaatcttccctaactgcaaagaggttcacactgcattgggatcctattac
cccgagtcttctaccgctcaggaattcgaatgaaattcttgactcgtaac
cagggagagaacatgaccagtttttacgaaacacccacaacaggcagtgc
gccctgtgcacggaggaactgggagctagaaggaggaagagggaaccttc
agttggcgaaagagaggggctatcccttttaattgcctctttgtaagata
atctctcctggccgtatccccttccctcaccctgaggtgggggggagcct
taaacaggaaaggttaatctaagtatacatttagcttttaaaggctcata
cagactattatgctaaaagaaacacacctgcatgccacggctctagtgta
tcaagcagactgtcgtaatgactcact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_12264594_12265761
seq2: B6Ng01-214M14.b_47_1203 (reverse)

seq1  TTGCAGCAGGGATTGAGGT--ACAGGATGGGGAAGACATAGGAGGTTCCA  48
      |||||||| ||| ||||||  ||||||| ||||||||  | |||| | ||
seq2  TTGCAGCA-GGAATGAGGTTAACAGGAT-GGGAAGAC--AAGAGG-TGCA  45

seq1  CTTCCGAGATACTGACCCAGGAAACCCAGCTTTCCAGATGACAGGTTGGG  98
      | |||||||  |||| | |||||| |||||||| ||||||||||||  ||
seq2  C-TCCGAGAATCTGATCTAGGAAA-CCAGCTTT-CAGATGACAGGT--GG  90

seq1  AAGCACACACATAGAGGGACAGACAGACATCTGGAGCCGTGAGAAGGACC  148
       ||||  |||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||| ||| 
seq2  GAGCAACCACATAGAGGAACAGACAGACATCTGGAG-CGT-AGAA-GACT  137

seq1  TGAGCATGCGCACGGATGTAGGGTTAGCATCATCCCACAGCTGTGGGGAA  198
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |
seq2  TGAGCATGCGCACGGATGTAGGGTTAGCATCATCCCACAGCTGTGGG--A  185

seq1  AGAGGAAGAAGCTAGCAGACTCGGGGTGGGGGTCCTGGAAGTCCTGTGTG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAAGAAGCTAGCAGACTCGGGGTGGGGGTCCTGGAAGTCCTGTGTG  235

seq1  GCTGTTTTGAGAGAT-GGTAAAGACCATTGCTGTGTTTTATTTGAGCACA  297
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GCTGTTTTGAGAGATGGGTAAAGACCATTGCTGTGTTTAATTTGAGCACA  285

seq1  TGTTCGAATCTTCTGACTCCAA-GGCAGACCCTACAATAAACCTCGTGGA  346
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCGAATCTTCTGACTCCAAGGGCAGACCCTACAATAAACCTCGTGGA  335

seq1  CCGCATCCCACCCAGTAACCATCCGGACCTTCCTTTAAAAGCCATCCCTT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCATCCCACCCAGTAACCATCCGGACCTTCCTTTAAAAGCCATCCCTT  385

seq1  TTGAGCAGACTGCATCTGGGCCATTCCAGAGCATCCTATAAGCTACTAAT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCAGACTGCATCTGGGCCATTCCAGAGCATCCTATAAGCTACTAAT  435

seq1  GGAAATGAAGGGAAGGGAAGGGTAGGGACTGGGACTTCCTGGGTGGCTCT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATGAAGGGAAGGGAAGGGTAGGGACTGGGACTTCCTGGGTGGCTCT  485

seq1  GACCCCACCTTTGTATGTTCAAAGCATGAATGGCAGTGGCCACTTGTGTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCCACCTTTGTATGTTCAAAGCATGAATGGCAGTGGCCACTTGTGTT  535

seq1  GAAGCTCAATGTGACTGGGATCACGGCCGTTGAAAATCTGGTTTGGGCAT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTCAATGTGACTGGGATCACGGCCGTTGAAAATCTGGTTTGGGCAT  585

seq1  CTTGCCATATGCCCATCTGAAATACTCAAGAAGCTGGCATGCCCACCAAC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCATATGCCCATCTGAAATACTCAAGAAGCTGGCATGCCCACCAAC  635

seq1  AGTCCATTGAGAGCACTCTGCCCGTGACGCAGCTTGCCCACTGACGGCCC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCATTGAGAGCACTCTGCCCGTGACGCAGCTTGCCCACTGACGGCCC  685

seq1  CTTACACGTGTGCATGAATTTCCGATGCACATCCCCAGCAGTCACCCCCA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACACGTGTGCATGAATTTCCGATGCACATCCCCAGCAGTCACCCCCA  735

seq1  AGTCATCAGTCATGTGACCAGATCCCCCAAGCCATCGGTCATGTGACCAG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATCAGTCATGTGACCAGATCCCCCAAGCCATCGGTCATGTGACCAG  785

seq1  ATCCCCCAAGCCATCAGTCATGTGACCAGACCCCCCAAGCCATCAGTCAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCCAAGCCATCAGTCATGTGACCAGACCCCCCAAGCCATCAGTCAT  835

seq1  GTGACCAGATCCCCCAAGTCATCAGTCATGTGACCAGATCCCCCAAGCCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCAGATCCCCCAAGTCATCAGTCATGTGACCAGATCCCCCAAGCCA  885

seq1  TCGGTCATGTGACCAGATCCCCCAAGCCATCAGTCATGTGACCAGACCCC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTCATGTGACCAGATCCCCCAAGCCATCAGTCATGTGACCAGACCCC  935

seq1  CCAAGCCATCAGTCATGTGACCAGATCCCCCAAGTCATCAGTCATGTGAC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCCATCAGTCATGTGACCAGATCCCCCAAGTCATCAGTCATGTGAC  985

seq1  CGGATCCCTAGCATGCACTTGCTCAAGTGCCCCAGGGCTGGGGACATCAT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGATCCCTAGCATGCACTTGCTCAAGTGCCCCAGGGCTGGGGACATCAT  1035

seq1  TGTGCAATGACATATCTGAGCCTCTCTAAGTTCTACTTTACTAAAAAAGC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCAATGACATATCTGAGCCTCTCTAAGTTCTACTTTACTAAAAAAGC  1085

seq1  ACAGCTAGCAATCTTCCAAGTATTAATTAGTTTGTAAGCAGTTTATAATT  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTAGCAATCTTCCAAGTATTAATTAGTTTGTAAGCAGTTTATAATT  1135

seq1  TATAACATGTATATAAGAATTC  1168
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACATGTATATAAGAATTC  1157

seq1: chr8_12162453_12163535
seq2: B6Ng01-214M14.g_67_1143

seq1  GAATTCAACTTTTCTGGAAAACAACAAAAATGTTCAGTCCATGTCAGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACTTTTCTGGAAAACAACAAAAATGTTCAGTCCATGTCAGAAG  50

seq1  GGAAGGGATGAAGAGATTCTCAGGTGGTTCATGTGCACTGTAGTGCTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGGATGAAGAGATTCTCAGGTGGTTCATGTGCACTGTAGTGCTCCC  100

seq1  TAATGCAGAGAAGTACCCAGGGGCTGTTCCTGGTATGGATTGAGGAGATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCAGAGAAGTACCCAGGGGCTGTTCCTGGTATGGATTGAGGAGATG  150

seq1  TCTTCTGTAACATTACCTGCCACACAGAATCCTGCTCACACAGAGACAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTGTAACATTACCTGCCACACAGAATCCTGCTCACACAGAGACAAC  200

seq1  CGTCAGGTCGACAGTCTGGAGAGGGTACACAGTGAAGAGCCTTGCTCTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCAGGTCGACAGTCTGGAGAGGGTACACAGTGAAGAGCCTTGCTCTAG  250

seq1  ATGCAACAGAAGAATGAAAGGCAGGAGAGGGTCTTGAACCATGGGCAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAACAGAAGAATGAAAGGCAGGAGAGGGTCTTGAACCATGGGCAGCA  300

seq1  AGACAGGAAGGGGCTGGGTGAGAAGGCTGGGCAGAGCCTGCTCAGCTCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGGAAGGGGCTGGGTGAGAAGGCTGGGCAGAGCCTGCTCAGCTCAG  350

seq1  AGTCCCCAAGAGTTAACCTTCCCTCCCTCCTGACAGACTCACTTAGGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCCCAAGAGTTAACCTTCCCTCCCTCCTGACAGACTCACTTAGGAAG  400

seq1  GAATGAGTTGTGTCCTCACTGTCTTGCCTCTTCACTGTGCTGAGCTGACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAGTTGTGTCCTCACTGTCTTGCCTCTTCACTGTGCTGAGCTGACT  450

seq1  CCTCCTCAGCCGTGGATCTACTACAACGAGGCAAAAATTTGCTTTGACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCAGCCGTGGATCTACTACAACGAGGCAAAAATTTGCTTTGACTG  500

seq1  CAGTGACTTTTGAGCTCACGTGGAGCTGTTGGCGGAGGGACAGAGGGGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGACTTTTGAGCTCACGTGGAGCTGTTGGCGGAGGGACAGAGGGGCA  550

seq1  GCCTCACCCGGAGTCAGGGGAGGAAGAAACTAGGTTATTTGGCTTCTGCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCACCCGGAGTCAGGGGAGGAAGAAACTAGGTTATTTGGCTTCTGCC  600

seq1  TTCCAGGCTTCGGTGCTGGGTGTTGTTTGCATCTATCTTTCTGGCTAAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGGCTTCGGTGCTGGGTGTTGTTTGCATCTATCTTTCTGGCTAAAG  650

seq1  AAATCTTCCCTAACTGCAAAGAGGTTCACACTGCATTGGGATCCTATTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTCCCTAACTGCAAAGAGGTTCACACTGCATTGGGATCCTATTAC  700

seq1  CCCGAGTCTTCTACCGCTCAGGAATTCGAATGAAATTCTTGACTCGTAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGAGTCTTCTACCGCTCAGGAATTCGAATGAAATTCTTGACTCGTAAC  750

seq1  CAGGGAGAGAACATGACCAGTTTTTACGAAACACCCACAACAGGCAGTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAGAGAACATGACCAGTTTTTACGAAACACCCACAACAGGCAGTGC  800

seq1  GCCCTGTGCACGGAGGAACTGGGAGCTAGAAGGAGGAAGAGGGAACCTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGTGCACGGAGGAACTGGGAGCTAGAAGGAGGAAGAGGGAACCTTC  850

seq1  AGTTGGCGAAAGAGAGGGGCTATCCC-TTTAATTGCCTCTTTGTAAGATT  899
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| 
seq2  AGTTGGCGAAAGAGAGGGGCTATCCCTTTTAATTGCCTCTTTGTAAGATA  900

seq1  ATCTCTCCTGGCCGTATCCCC-TCCCCCACCCTGAGGT-GGGGGGAGCCC  947
      ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||| 
seq2  ATCTCTCCTGGCCGTATCCCCTTCCCTCACCCTGAGGTGGGGGGGAGCCT  950

seq1  TAAAACAGAAAGGTTAATCTAAGTATACATTTTAGGCTTTTAAAGGCTCC  997
      ||||   |||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||| 
seq2  TAAACAGGAAAGGTTAATCTAAGTATACATTT--AGCTTTTAAAGGCTC-  997

seq1  ATTACAGGACTTATTATGCTAAAAGAAACACACCTGGCATGCCACGGCTT  1047
        |||| ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
seq2  -ATACA-GAC-TATTATGCTAAAAGAAACACACCT-GCATGCCACGGC-T  1042

seq1  CTAAGTGTATCAGGCAGGCTGTCGTAATGACTCACT  1083
      || ||||||||| |||| ||||||||||||||||||
seq2  CT-AGTGTATCAAGCAGACTGTCGTAATGACTCACT  1077