BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-215K19
Chromosome8 (Build37)
Map Location 120,402,847 - 120,564,601
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene2310061C15Rik, 2610510J17Rik, BC060631, 1700030J22Rik, Gcsh, Pkd1l2, Bcmo1, Gan, 4933407C03Rik, Plcg2, 4632417N05Rik, Hsd17b2, Mphosph6
Downstream geneCdh13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-215K19.bB6Ng01-215K19.g
ACCGA032569GA032570
length1,030288
definitionB6Ng01-215K19.b B6Ng01-215K19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(120,563,573 - 120,564,601)(120,402,847 - 120,403,134)
sequence
gaattcacatgtaagagactgtgatctcaagagagcccaattctaatgga
atcctttcagtgagctcaccggctgatacaccttttcttttcctatggac
ctccaagctcactcacatctgccccattaatttgggcctttggctctttc
tacttctcttctccgaaagatgtccatgctgtagatctatggatctcatc
caagagcctggggccactgatattctgagctcctgctacccagacgtggt
ctccctagatcaactgtctaagaggcacatggttgccccattcctgatga
tgaccatgtgggtaccaaacagaaggatacttctcatctttcacagctgc
agatatgcctaggatgctcgagatgcaagaagttagggatctgtaagttt
caagtaaattgatattttctcaacccaagcctcagagcttggcacatgtt
atcctgtctatgccacacattctcccagcacagccctatattttcccctt
ttcagctacactcattccctctcacattctgtccctttcaccgatgaatt
ctggttttcactagagaattctgggaggacagagacaagggtaggtttat
ctgtttcctggagccataggccctgccccatagtccagcatgctgtaagt
atttcacagtgttggcagagaagttggtaggtgactggcgcaaccacggg
gaaagatggcgactctgaataacagttcactgttggctgtttatggagaa
catctgcctatcctggggtgaattatgtattcagttcacagacaggcaga
tgaagacccagagaggggaaagtgtgtgcctaaagtccctggcatgctat
gctggctcgctcgcactgccacaacgaagtactggcccaagtggtttgat
gacataattgtttaaatggaggctagaagtatgagatcaaggtatgggtg
ggggctatggtatgtatataccacatataatatgtgtgtgtgtgtacata
tacaatatacctatatatgtggtggtgtat

ccccttggcttcgtttgttaggggtaaacattacttctaccccaggggaa
ggattaatgctaaaacgtgttgacattttgacatttttgacagcggttcc
atatgtcagctaggagaaatctggcaatatgttgttagattaaaaaaaaa
ataaagttacttgggtcatcatctgatgaccctgatcaatggaaatggta
atttggagcgtgaggacccatccagatcttctaatttgagagaacctttg
gtaggaaaatgctatgtgtgggtggtggtggtggtgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_120563573_120564601
seq2: B6Ng01-215K19.b_44_1073 (reverse)

seq1  ATACAC--ACACATATATATGTATATATGTATATGTACACACACACACAT  48
      ||||||   |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATACACCACCACATATATAGGTATAT-TGTATATGTACACACACACACAT  49

seq1  A-TATATGTGGTTATATACATAACCATAG-CCCCACCCATACCTTGATCT  96
      | ||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATGTGG-TATATACAT-ACCATAGCCCCCACCCATACCTTGATCT  97

seq1  CATACTTCTAGCCTCCATTTAAACAATTATGTCATCAAACCACTTGGGCC  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTTCTAGCCTCCATTTAAACAATTATGTCATCAAACCACTTGGGCC  147

seq1  AGTACTTCGTTGTGGCAGTGCGAGCGAGCCAGCATAGCATGCCAGGGACC  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGTACTTCGTTGTGGCAGTGCGAGCGAGCCAGCATAGCATGCCAGGGACT  197

seq1  TTAGGCACACACTTTCCCCTCTCTGGGTCTTCATCTGCCTGTCTGTGAAC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCACACACTTTCCCCTCTCTGGGTCTTCATCTGCCTGTCTGTGAAC  247

seq1  TGAATACATAATTCACCCCAGGATAGGCAGATGTTCTCCATAAACAGCCA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATACATAATTCACCCCAGGATAGGCAGATGTTCTCCATAAACAGCCA  297

seq1  ACAGTGAACTGTTATTCAGAGTCGCCATCTTTCCCCGTGGTTGCGCCAGT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGAACTGTTATTCAGAGTCGCCATCTTTCCCCGTGGTTGCGCCAGT  347

seq1  CACCTACCAACTTCTCTGCCAACACTGTGAAATACTTACAGCATGCTGGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTACCAACTTCTCTGCCAACACTGTGAAATACTTACAGCATGCTGGA  397

seq1  CTATGGGGCAGGGCCTATGGCTCCAGGAAACAGATAAACCTACCCTTGTC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGGGCAGGGCCTATGGCTCCAGGAAACAGATAAACCTACCCTTGTC  447

seq1  TCTGTCCTCCCAGAATTCTCTAGTGAAAACCAGAATTCATCGGTGAAAGG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCCTCCCAGAATTCTCTAGTGAAAACCAGAATTCATCGGTGAAAGG  497

seq1  GACAGAATGTGAGAGGGAATGAGTGTAGCTGAAAAGGGGAAAATATAGGG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAATGTGAGAGGGAATGAGTGTAGCTGAAAAGGGGAAAATATAGGG  547

seq1  CTGTGCTGGGAGAATGTGTGGCATAGACAGGATAACATGTGCCAAGCTCT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCTGGGAGAATGTGTGGCATAGACAGGATAACATGTGCCAAGCTCT  597

seq1  GAGGCTTGGGTTGAGAAAATATCAATTTACTTGAAACTTACAGATCCCTA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTTGGGTTGAGAAAATATCAATTTACTTGAAACTTACAGATCCCTA  647

seq1  ACTTCTTGCATCTCGAGCATCCTAGGCATATCTGCAGCTGTGAAAGATGA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTTGCATCTCGAGCATCCTAGGCATATCTGCAGCTGTGAAAGATGA  697

seq1  GAAGTATCCTTCTGTTTGGTACCCACATGGTCATCATCAGGAATGGGGCA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTATCCTTCTGTTTGGTACCCACATGGTCATCATCAGGAATGGGGCA  747

seq1  ACCATGTGCCTCTTAGACAGTTGATCTAGGGAGACCACGTCTGGGTAGCA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGTGCCTCTTAGACAGTTGATCTAGGGAGACCACGTCTGGGTAGCA  797

seq1  GGAGCTCAGAATATCAGTGGCCCCAGGCTCTTGGATGAGATCCATAGATC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTCAGAATATCAGTGGCCCCAGGCTCTTGGATGAGATCCATAGATC  847

seq1  TACAGCATGGACATCTTTCGGAGAAGAGAAGTAGAAAGAGCCAAAGGCCC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCATGGACATCTTTCGGAGAAGAGAAGTAGAAAGAGCCAAAGGCCC  897

seq1  AAATTAATGGGGCAGATGTGAGTGAGCTTGGAGGTCCATAGGAAAAGAAA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAATGGGGCAGATGTGAGTGAGCTTGGAGGTCCATAGGAAAAGAAA  947

seq1  AGGTGTATCAGCCGGTGAGCTCACTGAAAGGATTCCATTAGAATTGGGCT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTATCAGCCGGTGAGCTCACTGAAAGGATTCCATTAGAATTGGGCT  997

seq1  CTCTTGAGATCACAGTCTCTTACATGTGAATTC  1029
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGAGATCACAGTCTCTTACATGTGAATTC  1030


seq1: chr8_120402847_120403134
seq2: B6Ng01-215K19.g_73_360

seq1  CCCCTTGGCTTCGTTTGTTAGGGGTAAACATTACTTCTACCCCAGGGGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTTGGCTTCGTTTGTTAGGGGTAAACATTACTTCTACCCCAGGGGAA  50

seq1  GGATTAATGCTAAAACGTGTTGACATTTTGACATTTTTGACAGCGGTTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTAATGCTAAAACGTGTTGACATTTTGACATTTTTGACAGCGGTTCC  100

seq1  ATATGTCAGCTAGGAGAAATCTGGCAATATGTTGTTAGATTAAAAAAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTCAGCTAGGAGAAATCTGGCAATATGTTGTTAGATTAAAAAAAAA  150

seq1  ATAAAGTTACTTGGGTCATCATCTGATGACCCTGATCAATGGAAATGGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGTTACTTGGGTCATCATCTGATGACCCTGATCAATGGAAATGGTA  200

seq1  ATTTGGAGCGTGAGGACCCATCCAGATCTTCTAATTTGAGAGAACCTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGAGCGTGAGGACCCATCCAGATCTTCTAATTTGAGAGAACCTTTG  250

seq1  GTAGGAAAATGCTATGTGTGGGTGGTGGTGGTGGTGGA  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAAAATGCTATGTGTGGGTGGTGGTGGTGGTGGA  288


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |