BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-217J22
Chromosome8 (Build37)
Map Location 115,383,052 - 115,522,977
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCntnap4, LOC100042061
Upstream geneTmem170, Chst5, 4932417I16Rik, Gabarapl2, Adat1, Kars, Terf2ip, EG627828, LOC672498, LOC100042040
Downstream geneMon1b, 4930481F22Rik, Adamts18
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-217J22.bB6Ng01-217J22.g
ACCGA033975GA033976
length9021,065
definitionB6Ng01-217J22.b B6Ng01-217J22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,383,052 - 115,383,952)(115,521,918 - 115,522,977)
sequence
gaattcagtgcagtcaaatctttggtactgggcagaatgctaggtaagta
aaaacagtgaatcttttccctagtcataacgtgtaagcatgaatcagaac
gaacatgcacacatgcacacacacacgcacacacacacatcttatcatgt
caaaaggagtaccttgccttattttagttgggtaggaatcgatggtggag
gtatctatcagtagtggtggtatcctttgactgaagatggcactggtctc
tgccatgtgtcagtcatcgtaattgtgctggatagtttcatgtcaacttg
acacaagctaaagtcatctgagaggagggaacttcaatgaagaaaatatc
taataaaaaatgtgcaaaaagaaaaagaaaagaaaatgcatgcatacgat
caggctgtcatctagcctatggggtattttcttagttaatgattaataag
gaagggcccagtccgttgtgggtggtgctatccctgggctagtggtcctg
ggctctataagaaatcaggcttcagcattcttccagggcctctgcatcag
cttccgcctccaggttcctggcctgcttgacttcgtactggcattgcttt
tggtgatgaactgccagatggaagggactgtgagggaaataaaccccttc
cctcttccagttgcttttggtaatggggtatcagcacagcaatggtaatc
ctgactaaaacaataataaaacctgatattattttcctacatcaaaaata
ccaaggtaggaacagcagtgggctattgtttgaatgtcacctatccctat
aggctcacgtgtttgtgatccccagctagtgatgttgctataacctttta
gaatgtagagctgtgaaaggtgatgtttatcaccgggggagggggagaag
at
gaattcagccatgttgggagtaggacctaatttagatgataaaacagagt
tctcaggaacttatcattgccctcacagcagagatgtccgtcatagggac
tgacttagttaccacaagaggaggctattatcaaaggaggatgccctgtt
tgttctgtctcttgctcttgtgctcagttgcctttctgatccttgtcatg
agtcaaagcagcacaggtcattgccagcagctaagcagaagccagcacta
ttaacctggatttctgggccctaaataccacaagccagtattaacccagc
tccttccttctgctttgaacctattatttttgcaaagtacccagcctcaa
atattttgttacagtaacagtacatggattaagataaccatgaaaaacaa
atacatgcatataagatagagctgaaataaaacataatgactaaatgtat
caggagggcaggggaggtgattcagtaaagcactttccttgctggcctga
gggcctgaggtcgatttccagagcgagggttgctggcgcacatctataat
cccccaaatgatgacctaggaggctgagccaggtagatctttgtatgaca
cgagccaggtagcaatgactacttagtgaagcttcaggccaatattgggc
cttttgagggaaaaaacgtgaaaaatgacaccagaggctaccttttgact
tccacatgtacacatatttacccacacataagtgaattcacacacacaca
cacacacacacacacacacacacacaaacacacacacggtgggatattaa
cgggatgagtggaattcaaagctatatgttctctgtaatgtcttgaagta
aggaagtactatctgggattttctttcattagtttatatttccacaatac
tgttatacagagtttaatatattttatgtgcatacattcatacaacaggg
tgtacatatatactgtatatgtatatatatacatatacatatatcccatt
atacatttatgtacatacataatatacaataatatggtatatgtttttcc
ctttaaaacaaccat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_115383052_115383952
seq2: B6Ng01-217J22.b_45_946

seq1  GAATTCAGTGCAGTCAAATCTTTGGTACTGGGCAGAATGCTAGGTAAGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTGCAGTCAAATCTTTGGTACTGGGCAGAATGCTAGGTAAGTA  50

seq1  AAAACAGTGAATCTTTTCCCTAGTCATAACGTGTAAGCATGAATCAGAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGTGAATCTTTTCCCTAGTCATAACGTGTAAGCATGAATCAGAAC  100

seq1  GAACATGCACACATGCACACACACACGCACACACACACATCTTATCATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATGCACACATGCACACACACACGCACACACACACATCTTATCATGT  150

seq1  CAAAAGGAGTACCTTGCCTTATTTTAGTTGGGTAGGAATCGATGGTGGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGGAGTACCTTGCCTTATTTTAGTTGGGTAGGAATCGATGGTGGAG  200

seq1  GTATCTATCAGTAGTGGTGGTATCCTTTGACTGAAGATGGCACTGGTCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTATCAGTAGTGGTGGTATCCTTTGACTGAAGATGGCACTGGTCTC  250

seq1  TGCCATGTGTCAGTCATCGTAATTGTGCTGGATAGTTTCATGTCAACTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATGTGTCAGTCATCGTAATTGTGCTGGATAGTTTCATGTCAACTTG  300

seq1  ACACAAGCTAAAGTCATCTGAGAGGAGGGAACTTCAATGAAGAAAATATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAGCTAAAGTCATCTGAGAGGAGGGAACTTCAATGAAGAAAATATC  350

seq1  TAATAAAAAATGTGCAAAAAGAAAAAGAAAAGAAAATGCATGCATACGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAAAAATGTGCAAAAAGAAAAAGAAAAGAAAATGCATGCATACGAT  400

seq1  CAGGCTGTCATCTAGCCTATGGGGTATTTTCTTAGTTAATGATTAATAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTGTCATCTAGCCTATGGGGTATTTTCTTAGTTAATGATTAATAAG  450

seq1  GAAGGGCCCAGTCCGTTGTGGGTGGTGCTATCCCTGGGCTAGTGGTCCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGCCCAGTCCGTTGTGGGTGGTGCTATCCCTGGGCTAGTGGTCCTG  500

seq1  GGCTCTATAAGAAATCAGGCTTCAGCATTCTTCCAGGGCCTCTGCATCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTATAAGAAATCAGGCTTCAGCATTCTTCCAGGGCCTCTGCATCAG  550

seq1  CTTCCGCCTCCAGGTTCCTGGCCTGCTTGACTTCGTACTGGCATTGCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCGCCTCCAGGTTCCTGGCCTGCTTGACTTCGTACTGGCATTGCTTT  600

seq1  TGGTGATGAACTGCCAGATGGAAGGGACTGTGAGGGAAATAAACCCCTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGATGAACTGCCAGATGGAAGGGACTGTGAGGGAAATAAACCCCTTC  650

seq1  CCTCTTCCAGTTGCTTTTGGTAATGGGGTATCAGCACAGCAATGGTAATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCCAGTTGCTTTTGGTAATGGGGTATCAGCACAGCAATGGTAATC  700

seq1  CTGACTAAAACAATAATAAAACCTGATATTATTTTCCTACATCAAAAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTAAAACAATAATAAAACCTGATATTATTTTCCTACATCAAAAATA  750

seq1  CCAAGGTAGGAACAGCAGTGGGCTATTGTTTGAATGTCACCTATCCCTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGTAGGAACAGCAGTGGGCTATTGTTTGAATGTCACCTATCCCTAT  800

seq1  AGGCTCACGTGTTTGTGATCCCCAGCTAGTGATGTTGCTATAACC-TTTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AGGCTCACGTGTTTGTGATCCCCAGCTAGTGATGTTGCTATAACCTTTTA  850

seq1  GAATGTAGAGCTGTGAAAGGTGATGTTTATCACCGGGGGAGGGGGAGAAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTAGAGCTGTGAAAGGTGATGTTTATCACCGGGGGAGGGGGAGAAG  900

seq1  AT  901
      ||
seq2  AT  902

seq1: chr8_115521918_115522977
seq2: B6Ng01-217J22.g_65_1129 (reverse)

seq1  ATGG-TGTTTTAAAGGAATAAACATATA-CATAT--ATGTATATTATGTA  46
      |||| ||||||||||| | ||||||||| |||||   |||||||||||||
seq2  ATGGTTGTTTTAAAGGGAAAAACATATACCATATTATTGTATATTATGTA  50

seq1  TGTACATAAATGTTATAAAGGGATATATGTATATGTATATATATACATAT  96
      |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACATAAATG-TATAATGGGATATATGTATATGTATATATATACATAT  99

seq1  ACAAGTATATATGTACACCCTGTTGTATGAATGTATGCACAT-AAATATA  145
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AC-AGTATATATGTACACCCTGTTGTATGAATGTATGCACATAAAATATA  148

seq1  TTAAACTCTGTATAACAGTATTGT-GAAATATAAACTAATGAAAGAAAAT  194
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACTCTGTATAACAGTATTGTGGAAATATAAACTAATGAAAGAAAAT  198

seq1  -CCAGATAGTACTTCCTTACTTCAAGACATTACAGAGAACATATAGCTTT  243
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGATAGTACTTCCTTACTTCAAGACATTACAGAGAACATATAGCTTT  248

seq1  GAATTCCACTCATCCCGTTAATATCCCACCGTGTGTGTGTTTGTGTGTGT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTCATCCCGTTAATATCCCACCGTGTGTGTGTTTGTGTGTGT  298

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAATTCACTTATGTGTGGGTAA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAATTCACTTATGTGTGGGTAA  348

seq1  ATATGTGTACATGTGGAAGTCAAAAGGTAGCCTCTGGTGTCATTTTTCAC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTGTACATGTGGAAGTCAAAAGGTAGCCTCTGGTGTCATTTTTCAC  398

seq1  GTTTTTTCCCTCAAAAGGCCCAATATTGGCCTGAAGCTTCACTAAGTAGT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTTCCCTCAAAAGGCCCAATATTGGCCTGAAGCTTCACTAAGTAGT  448

seq1  CATTGCTACCTGGCTCGTGTCATACAAAGATCTACCTGGCTCAGCCTCCT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCTACCTGGCTCGTGTCATACAAAGATCTACCTGGCTCAGCCTCCT  498

seq1  AGGTCATCATTTGGGGGATTATAGATGTGCGCCAGCAACCCTCGCTCTGG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCATCATTTGGGGGATTATAGATGTGCGCCAGCAACCCTCGCTCTGG  548

seq1  AAATCGACCTCAGGCCCTCAGGCCAGCAAGGAAAGTGCTTTACTGAATCA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCGACCTCAGGCCCTCAGGCCAGCAAGGAAAGTGCTTTACTGAATCA  598

seq1  CCTCCCCTGCCCTCCTGATACATTTAGTCATTATGTTTTATTTCAGCTCT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCTGCCCTCCTGATACATTTAGTCATTATGTTTTATTTCAGCTCT  648

seq1  ATCTTATATGCATGTATTTGTTTTTCATGGTTATCTTAATCCATGTACTG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTATATGCATGTATTTGTTTTTCATGGTTATCTTAATCCATGTACTG  698

seq1  TTACTGTAACAAAATATTTGAGGCTGGGTACTTTGCAAAAATAATAGGTT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGTAACAAAATATTTGAGGCTGGGTACTTTGCAAAAATAATAGGTT  748

seq1  CAAAGCAGAAGGAAGGAGCTGGGTTAATACTGGCTTGTGGTATTTAGGGC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCAGAAGGAAGGAGCTGGGTTAATACTGGCTTGTGGTATTTAGGGC  798

seq1  CCAGAAATCCAGGTTAATAGTGCTGGCTTCTGCTTAGCTGCTGGCAATGA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAATCCAGGTTAATAGTGCTGGCTTCTGCTTAGCTGCTGGCAATGA  848

seq1  CCTGTGCTGCTTTGACTCATGACAAGGATCAGAAAGGCAACTGAGCACAA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGCTGCTTTGACTCATGACAAGGATCAGAAAGGCAACTGAGCACAA  898

seq1  GAGCAAGAGACAGAACAAACAGGGCATCCTCCTTTGATAATAGCCTCCTC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGAGACAGAACAAACAGGGCATCCTCCTTTGATAATAGCCTCCTC  948

seq1  TTGTGGTAACTAAGTCAGTCCCTATGACGGACATCTCTGCTGTGAGGGCA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGTAACTAAGTCAGTCCCTATGACGGACATCTCTGCTGTGAGGGCA  998

seq1  ATGATAAGTTCCTGAGAACTCTGTTTTATCATCTAAATTAGGTCCTACTC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAAGTTCCTGAGAACTCTGTTTTATCATCTAAATTAGGTCCTACTC  1048

seq1  CCAACATGGCTGAATTC  1060
      |||||||||||||||||
seq2  CCAACATGGCTGAATTC  1065