BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-217J24
Chromosome8 (Build37)
Map Location 52,959,962 - 53,089,310
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC623872
Upstream geneLOC667517
Downstream geneLOC100040220, LOC623935, 1190028D05Rik, LOC676688
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-217J24.bB6Ng01-217J24.g
ACCGA033979GA033980
length1,115397
definitionB6Ng01-217J24.b B6Ng01-217J24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,088,192 - 53,089,310)(52,959,962 - 52,960,364)
sequence
gaattccttgtttagctctctaccccatttctgttctctggaatctaatt
ttttgagttctatgtataattttgatattagccctctatcagatgtaggg
ttggtaaaattcttttcccaatctgtgggttgctgttttgccctgttgac
agtgccctttgccttacagaagcttttcaatttatgaggtcctaattttt
aatttttgatcttagagaataaaccattggtgttctgttcaggaaattat
cccctgaaccttgaaaacatcatgctacttttaattaattactaaagagt
aagggctgcctgtaataatatcaaaagtactttgagtagatatatatttc
ttctataaagtacatatgagaaaactatattatattgttgattattgtta
caacccctttaagtttacctgtcccatgacatatatttaatttgtataca
cacacacacacacacacacacacacacacacacacacactcatacagaga
cagaaatagagagagagtcatagagatatagacacttataacaaaaatta
actttaaaaaaatgccatggaattgaaggagatcaagtaaggttatatag
gaaggttttaaaatttttaaagagagaggagaaatgttaccattctatta
taatctcaaattaaaaaaaaagaattgattgaaaagtatcacccatacta
ttttacatgctgtcacattccatatcagaaactttaaaatttttgaagta
atctcttccctttctttcatttttactaaatgcttatcaatatcccttcc
ataaacttgaaataatttgtttctatttgcttctttctttctttatgttt
tccaagtacaaaatattctaatttgattattgttataattttctccttta
aaatgtctctctgttatcaggtaaacatattattaaatgtttcatttcat
acatgcaaatcttaatccatttttcttgcagtaacaatactgcagtccct
tgaactaggttgatatatttagtttgcaagaggactacttcattcagact
ctatacagcatcacagtgcccagattctctatgaatctgagcaaatcatg
aatgctagagaacat

aataaaatgtgactgcctggtaataacagttataacaaattgagctaaac
ataaacccacataatcctttgctaaaatgacatcaatgcttaggagaatg
atggaaaatgtagtggaggtctgagaaaataagtcattccaaatcgcatt
gtaagatgttcacaatgtgaataatataaggaatttgacaatttctttaa
catgccaataaactcagattcatgtaatttagtaatttttctgtcacttc
tgtcgaatgctatgaagtattgtgctattttgtttttctcaaatcccaaa
tggtactattatacatttaaagtgtgataacacctgtgtgtatttattag
ataatattcttgatatatatgtatatgtatatgtatatgtatatgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_53088192_53089310
seq2: B6Ng01-217J24.b_47_1161 (reverse)

seq1  ATGTTCTCT-GCA-TCATGATTTGCTCAAGATCATAGAGATTCTGGGCCA  48
      ||||||||| ||| ||||||||||||||   ||||||||| |||||||  
seq2  ATGTTCTCTAGCATTCATGATTTGCTCAGATTCATAGAGAATCTGGGCAC  50

seq1  TTTGTTGATGCTTGTATAGAGTTCTGGAATGAGTTAGTCTTCTTTGCAAA  98
      |    |||||| ||||||||| ||| ||||||  ||||| || |||||||
seq2  T---GTGATGC-TGTATAGAG-TCT-GAATGAAGTAGTCCTC-TTGCAAA  93

seq1  ACTTAAATATATCAAACTAGTTCAA-GGACTGCAGTATTGTTACTGCAAG  147
         |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  --CTAAATATATCAACCTAGTTCAAGGGACTGCAGTATTGTTACTGCAAG  141

seq1  AAAAATGGATTAAGATTTGCATGTATGAAATGAAACA-TTAAT-ATATGT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  AAAAATGGATTAAGATTTGCATGTATGAAATGAAACATTTAATAATATGT  191

seq1  TTACCTGATAACAGAGAGAACATTTT-AAGGAGAAAATTATAACAATAAT  244
      |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTGATAACAGAGAG-ACATTTTAAAGGAGAAAATTATAACAATAAT  240

seq1  CAAATTAGAATATTTTGTACTTGGAAAACATAAAGAAAGAAAGAAGCAAA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTAGAATATTTTGTACTTGGAAAACATAAAGAAAGAAAGAAGCAAA  290

seq1  TAGAAACAAATTATTTCAAGTTTATGGAAGGGATATTGATAAGCATTTAG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAACAAATTATTTCAAGTTTATGGAAGGGATATTGATAAGCATTTAG  340

seq1  TAAAAATGAAAGAAAGGGAAGAGATTACTTCAAAAATTTTAAAGTTTCTG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATGAAAGAAAGGGAAGAGATTACTTCAAAAATTTTAAAGTTTCTG  390

seq1  ATATGGAATGTGACAGCATGTAAAATAGTATGGGTGATACTTTTCAATCA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGAATGTGACAGCATGTAAAATAGTATGGGTGATACTTTTCAATCA  440

seq1  ATTCTTTTTTTTTAATTTGAGATTATAATAGAATGGTAACATTTCTCCTC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTTTTTTTAATTTGAGATTATAATAGAATGGTAACATTTCTCCTC  490

seq1  TCTCTTTAAAAATTTTAAAACCTTCCTATATAACCTTACTTGATCTCCTT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTAAAAATTTTAAAACCTTCCTATATAACCTTACTTGATCTCCTT  540

seq1  CAATTCCATGGCATTTTTTTAAAGTTAATTTTTGTTATAAGTGTCTATAT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCCATGGCATTTTTTTAAAGTTAATTTTTGTTATAAGTGTCTATAT  590

seq1  CTCTATGACTCTCTCTCTATTTCTGTCTCTGTATGAGTGTGTGTGTGTGT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATGACTCTCTCTCTATTTCTGTCTCTGTATGAGTGTGTGTGTGTGT  640

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATACAAATTAAATATATGTCAT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATACAAATTAAATATATGTCAT  690

seq1  GGGACAGGTAAACTTAAAGGGGTTGTAACAATAATCAACAATATAATATA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACAGGTAAACTTAAAGGGGTTGTAACAATAATCAACAATATAATATA  740

seq1  GTTTTCTCATATGTACTTTATAGAAGAAATATATATCTACTCAAAGTACT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTCATATGTACTTTATAGAAGAAATATATATCTACTCAAAGTACT  790

seq1  TTTGATATTATTACAGGCAGCCCTTACTCTTTAGTAATTAATTAAAAGTA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATATTATTACAGGCAGCCCTTACTCTTTAGTAATTAATTAAAAGTA  840

seq1  GCATGATGTTTTCAAGGTTCAGGGGATAATTTCCTGAACAGAACACCAAT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGATGTTTTCAAGGTTCAGGGGATAATTTCCTGAACAGAACACCAAT  890

seq1  GGTTTATTCTCTAAGATCAAAAATTAAAAATTAGGACCTCATAAATTGAA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTATTCTCTAAGATCAAAAATTAAAAATTAGGACCTCATAAATTGAA  940

seq1  AAGCTTCTGTAAGGCAAAGGGCACTGTCAACAGGGCAAAACAGCAACCCA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTCTGTAAGGCAAAGGGCACTGTCAACAGGGCAAAACAGCAACCCA  990

seq1  CAGATTGGGAAAAGAATTTTACCAACCCTACATCTGATAGAGGGCTAATA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATTGGGAAAAGAATTTTACCAACCCTACATCTGATAGAGGGCTAATA  1040

seq1  TCAAAATTATACATAGAACTCAAAAAATTAGATTCCAGAGAACAGAAATG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATTATACATAGAACTCAAAAAATTAGATTCCAGAGAACAGAAATG  1090

seq1  GGGTAGAGAGCTAAACAAGGAATTC  1119
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTAGAGAGCTAAACAAGGAATTC  1115


seq1: chr8_52959962_52960364
seq2: B6Ng01-217J24.g_69_471

seq1  GAATTCAATAAAATGTGACTGCCTGGTAATAACAGTTATAACAAATTGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATAAAATGTGACTGCCTGGTAATAACAGTTATAACAAATTGAG  50

seq1  CTAAACATAAACCCACATAATCCTTTGCTAAAATGACATCAATGCTTAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACATAAACCCACATAATCCTTTGCTAAAATGACATCAATGCTTAGG  100

seq1  AGAATGATGGAAAATGTAGTGGAGGTCTGAGAAAATAAGTCATTCCAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGATGGAAAATGTAGTGGAGGTCTGAGAAAATAAGTCATTCCAAAT  150

seq1  CGCATTGTAAGATGTTCACAATGTGAATAATATAAGGAATTTGACAATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCATTGTAAGATGTTCACAATGTGAATAATATAAGGAATTTGACAATTT  200

seq1  CTTTAACATGCCAATAAACTCAGATTCATGTAATTTAGTAATTTTTCTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAACATGCCAATAAACTCAGATTCATGTAATTTAGTAATTTTTCTGT  250

seq1  CACTTCTGTCGAATGCTATGAAGTATTGTGCTATTTTGTTTTTCTCAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCTGTCGAATGCTATGAAGTATTGTGCTATTTTGTTTTTCTCAAAT  300

seq1  CCCAAATGGTACTATTATACATTTAAAGTGTGATAACACCTGTGTGTATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAATGGTACTATTATACATTTAAAGTGTGATAACACCTGTGTGTATT  350

seq1  TATTAGATAATATTCTTGATATATATGTATATGTATATGTATATGTATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGATAATATTCTTGATATATATGTATATGTATATGTATATGTATAT  400

seq1  GTA  403
      |||
seq2  GTA  403


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |