BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-218O12
Chromosome8 (Build37)
Map Location 11,996,140 - 12,109,685
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040155
Upstream geneIrs2, Col4a1, Col4a2, Rab20, 0710008K08Rik, Cars2, Ing1, Ankrd10, 1700016D06Rik, EG665271, LOC665363, LOC624710, LOC665373, Arhgef7, 1700018L24Rik
Downstream geneLOC100040175, EG434280, EG434279, Sox1, 1700094C09Rik, Tubgcp3, Atp11a, LOC100040229, Mcf2l, F7, F10, Proz, Pcid2, Cul4a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-218O12.bB6Ng01-218O12.g
ACCGA034905GA034906
length1,1991,090
definitionB6Ng01-218O12.b B6Ng01-218O12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,108,494 - 12,109,685)(11,996,140 - 11,997,231)
sequence
gaattccactgattcgctaaaatgtatttccccctcgggacagcacctgc
ccctcccacagcctggagctttctgcagcagcacccgcttgctcaggggc
aagggattaggaggctcaggcaggcacacatctctttcttacctccccta
aacccaagacaggcagcctgaggtaaggcctgctctttccacttttaaaa
gtcattcttaataatgttttgttttgaaatggagtctaactgcgataccc
atgccagccttgttagatctcctgggctcacaagaccctctggctacaga
actaccctgaccctgccacactgagaagggtctggaccagtgctgggata
gataagcagccctctctctccctcagtgcatggaggaggagcagtctgct
gagggtgggttgtctggccccacactggggagaaggtacttcagggggca
gtttgaggctgctcaaagcagaaaggacataaaggacccctcacaccaac
ctatgctggtgtctcccatgtctctcttgagcaggctgacagaagcctca
aagaaagaacccgctttccttaagtctggggctgaaggacgagataggct
caggactgtcagacagatctcaggcgctaaggacaaaataaattcaacac
acgctccgtctttctaaagcttgaccttgaccactaaagtcgtttttctc
ttaaataaattgccaatacataaaataaactcactaacccctcctaaagg
atagagttcctttctcatgccaaaagtacacaccaaacagaacatggtgc
tgctctgaatctcgatgagccggagaccagagctgcaactgcctgaagcc
aaacactgcggcctgaggggaggtccaggcacagcatggacagagcagag
gcccaatcacagcatggacaggtgaggcccaatcacagcacagacaggtg
aaacctgcaccgggcctttctgttgacaaggtgggagccgacagcacctg
ctgctatcttgcagactttcacatacaacacacacacacacacacacaca
cacacatatatttacataacacatatgtactacacacaatacatactcct
cacagggtgaaatacaatagaaacaaggctattaataagcactttgaacc
acccagttgagcctgagaacttcaatctctaagaacatcatcaacccgg
gaattccttgattttcccagtgtctcacaaaatagaactctctctgtgtg
tgttacccaagcattagagatggagtcccctctctgtaccccctttctac
ctagagtttgcatgttcacaaatatcacttcgcatagtcctcactagaag
cacacactgtcctgtctctgttctacaggtgaggagcgtgaggttggcgg
tgactcgcctgagttcatcccaggaagccatctctgtctctcacaaagcc
ccgtgtgagcaaaggttcacacaactggcacagccatgcagttgtggccc
tgctgtaccttggaaaagatgcaagacacagcctgtgtgtttccaggatg
cgctgttccacactcgtgcttctgctgatgttggaggtgtgttagaagct
tgtctcactagaacattctccgagttctttatatactcagaattatacct
tgagggaggtcagcgtaacatgggcctcagagagaccctcctctccccat
ctggatcctctccaggaggatcttcacacctcatgcttgtcctctttgag
tccttgtcatgaggactgtctctagttctggtgacctactcacactttgc
aaaccaccctaagagctaatcttcacagatgcctaagtatatctctgtat
aacttggctgcatctttcctagcagggagcagaaacttgagagtgtgtaa
gttgtaatgtgtcctaccccggatcccatgatgcaagggaaaggcgaagc
tgaggaggtacagcaaggtgtcttcagtggacacagactgaagctggctc
taaccacgtgcatctggcgatggaattggcagctcaagggcaggctgcca
tatgcctttccaaggtccctctggtgtaacagaacaaggatgactgcatt
gctccagcccctgggataataacgcacctgctcgtttgcagtagattggg
catgagaaaggaggtgaatgccacagtcagttcagtcccaggctatcatt
acattatcggaggcataccgcattgtgttggggacaaagtcccttctctg
gtgtcccgagcctgcttttgtggtgtgggtgacacttaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_12108494_12109685
seq2: B6Ng01-218O12.b_49_1247 (reverse)

seq1  CCGGG-TGATGAATGTCTTAGAGATGGAAGTTC-CA-GCTCAACT-GGTG  46
      ||||| ||||||   |||||||||| ||||||| || |||||||| ||||
seq2  CCGGGTTGATGATGTTCTTAGAGATTGAAGTTCTCAGGCTCAACTGGGTG  50

seq1  GTCAAAAGTGC-TAT--ATAG-CTTG-TTCTA-TGTATTTCACCCCTGTG  90
      ||  ||||||| |||  |||| |||| ||||| ||||||||| |||||||
seq2  GTTCAAAGTGCTTATTAATAGCCTTGTTTCTATTGTATTTCA-CCCTGTG  99

seq1  A-GAGTATGTA-TGTGTGTAGGTACATATGTG-TATGTAAATATATGTGT  137
      | ||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGGAGTATGTATTGTGTGTA-GTACATATGTGTTATGTAAATATATGTGT  148

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTATGGTTGAAAGTCTGGCAAGAT  187
      ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG-TTGTATG--TGAAAGTCT-GCAAGAT  194

seq1  AGCAGGCAGGTGCTGTCGGCTCCCACCTTGTCAACAGAAAGG-CCGGTGC  236
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGCA-GCAGGTGCTGTCGGCTCCCACCTTGTCAACAGAAAGGCCCGGTGC  243

seq1  AGGTTTCACCTGTCTGTGCTGTGATTGGGCCTCACCTGTCCATGCTGTGA  286
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTCACCTGTCTGTGCTGTGATTGGGCCTCACCTGTCCATGCTGTGA  293

seq1  TTGGGCCTCTGCTCTGTCCATGCTGTGCCTGGACCTCCCCTCAGGCCGCA  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCCTCTGCTCTGTCCATGCTGTGCCTGGACCTCCCCTCAGGCCGCA  343

seq1  GTGTTTGGCTTCAGGCAGTTGCAGCTCTGGTCTCCGGCTCATCGAGATTC  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGGCTTCAGGCAGTTGCAGCTCTGGTCTCCGGCTCATCGAGATTC  393

seq1  AGAGCAGCACCATGTTCTGTTTGGTGTGTACTTTTGGCATGAGAAAGGAA  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAGCACCATGTTCTGTTTGGTGTGTACTTTTGGCATGAGAAAGGAA  443

seq1  CTCTATCCTTTAGGAGGGGTTAGTGAGTTTATTTTATGTATTGGCAATTT  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATCCTTTAGGAGGGGTTAGTGAGTTTATTTTATGTATTGGCAATTT  493

seq1  ATTTAAGAGAAAAACGACTTTAGTGGTCAAGGTCAAGCTTTAGAAAGACG  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAGAGAAAAACGACTTTAGTGGTCAAGGTCAAGCTTTAGAAAGACG  543

seq1  GAGCGTGTGTTGAATTTATTTTGTCCTTAGCGCCTGAGATCTGTCTGACA  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCGTGTGTTGAATTTATTTTGTCCTTAGCGCCTGAGATCTGTCTGACA  593

seq1  GTCCTGAGCCTATCTCGTCCTTCAGCCCCAGACTTAAGGAAAGCGGGTTC  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGAGCCTATCTCGTCCTTCAGCCCCAGACTTAAGGAAAGCGGGTTC  643

seq1  TTTCTTTGAGGCTTCTGTCAGCCTGCTCAAGAGAGACATGGGAGACACCA  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTGAGGCTTCTGTCAGCCTGCTCAAGAGAGACATGGGAGACACCA  693

seq1  GCATAGGTTGGTGTGAGGGGTCCTTTATGTCCTTTCTGCTTTGAGCAGCC  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGGTTGGTGTGAGGGGTCCTTTATGTCCTTTCTGCTTTGAGCAGCC  743

seq1  TCAAACTGCCCCCTGAAGTACCTTCTCCCCAGTGTGGGGCCAGACAACCC  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACTGCCCCCTGAAGTACCTTCTCCCCAGTGTGGGGCCAGACAACCC  793

seq1  ACCCTCAGCAGACTGCTCCTCCTCCATGCACTGAGGGAGAGAGAGGGCTG  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCAGCAGACTGCTCCTCCTCCATGCACTGAGGGAGAGAGAGGGCTG  843

seq1  CTTATCTATCCCAGCACTGGTCCAGACCCTTCTCAGTGTGGCAGGGTCAG  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCTATCCCAGCACTGGTCCAGACCCTTCTCAGTGTGGCAGGGTCAG  893

seq1  GGTAGTTCTGTAGCCAGAGGGTCTTGTGAGCCCAGGAGATCTAACAAGGC  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGTTCTGTAGCCAGAGGGTCTTGTGAGCCCAGGAGATCTAACAAGGC  943

seq1  TGGCATGGGTATCGCAGTTAGACTCCATTTCAAAACAAAACATTATTAAG  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATGGGTATCGCAGTTAGACTCCATTTCAAAACAAAACATTATTAAG  993

seq1  AATGACTTTTAAAAGTGGAAAGAGCAGGCCTTACCTCAGGCTGCCTGTCT  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACTTTTAAAAGTGGAAAGAGCAGGCCTTACCTCAGGCTGCCTGTCT  1043

seq1  TGGGTTTAGGGGAGGTAAGAAAGAGATGTGTGCCTGCCTGAGCCTCCTAA  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTTAGGGGAGGTAAGAAAGAGATGTGTGCCTGCCTGAGCCTCCTAA  1093

seq1  TCCCTTGCCCCTGAGCAAGCGGGTGCTGCTGCAGAAAGCTCCAGGCTGTG  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTGCCCCTGAGCAAGCGGGTGCTGCTGCAGAAAGCTCCAGGCTGTG  1143

seq1  GGAGGGGCAGGTGCTGTCCCGAGGGGGAAATACATTTTAGCGAATCAGTG  1186
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGGCAGGTGCTGTCCCGAGGGGGAAATACATTTTAGCGAATCAGTG  1193

seq1  GAATTC  1192
      ||||||
seq2  GAATTC  1199

seq1: chr8_11996140_11997231
seq2: B6Ng01-218O12.g_64_1153

seq1  GAATTCCTTGATTTTCCCAGTGTCTCACAAAATAGAACTCTCTCTGTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTGATTTTCCCAGTGTCTCACAAAATAGAACTCTCTCTGTGTG  50

seq1  TGTTACCCAAGCATTAGAGATGGAGTCCCCTCTCTGTACCCCCTTTCTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACCCAAGCATTAGAGATGGAGTCCCCTCTCTGTACCCCCTTTCTAC  100

seq1  CTAGAGTTTGCATGTTCACAAATATCACTTCGCATAGTCCTCACTAGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGTTTGCATGTTCACAAATATCACTTCGCATAGTCCTCACTAGAAG  150

seq1  CACACACTGTCCTGTCTCTGTTCTACAGGTGAGGAGCGTGAGGTTGGCGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACTGTCCTGTCTCTGTTCTACAGGTGAGGAGCGTGAGGTTGGCGG  200

seq1  TGACTCGCCTGAGTTCATCCCAGGAAGCCATCTCTGTCTCTCACAAAGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCGCCTGAGTTCATCCCAGGAAGCCATCTCTGTCTCTCACAAAGCC  250

seq1  CCGTGTGAGCAAAGGTTCACACAACTGGCACAGCCATGCAGTTGTGGCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGTGAGCAAAGGTTCACACAACTGGCACAGCCATGCAGTTGTGGCCC  300

seq1  TGCTGTACCTTGGAAAAGATGCAAGACACAGCCTGTGTGTTTCCAGGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTACCTTGGAAAAGATGCAAGACACAGCCTGTGTGTTTCCAGGATG  350

seq1  CGCTGTTCCACACTCGTGCTTCTGCTGATGTTGGAGGTGTGTTAGAAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGTTCCACACTCGTGCTTCTGCTGATGTTGGAGGTGTGTTAGAAGCT  400

seq1  TGTCTCACTAGAACATTCTCCGAGTTCTTTATATACTCAGAATTATACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCACTAGAACATTCTCCGAGTTCTTTATATACTCAGAATTATACCT  450

seq1  TGAGGGAGGTCAGCGTAACATGGGCCTCAGAGAGACCCTCCTCTCCCCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGAGGTCAGCGTAACATGGGCCTCAGAGAGACCCTCCTCTCCCCAT  500

seq1  CTGGATCCTCTCCAGGAGGATCTTCACACCTCATGCTTGTCCTCTTTGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATCCTCTCCAGGAGGATCTTCACACCTCATGCTTGTCCTCTTTGAG  550

seq1  TCCTTGTCATGAGGACTGTCTCTAGTTCTGGTGACCTACTCACACTTTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTCATGAGGACTGTCTCTAGTTCTGGTGACCTACTCACACTTTGC  600

seq1  AAACCACCCTAAGAGCTAATCTTCACAGATGCCTAAGTATATCTCTGTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCACCCTAAGAGCTAATCTTCACAGATGCCTAAGTATATCTCTGTAT  650

seq1  AACTTGGCTGCATCTTTCCTAGCAGGGAGCAGAAACTTGAGAGTGTGTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGGCTGCATCTTTCCTAGCAGGGAGCAGAAACTTGAGAGTGTGTAA  700

seq1  GTTGTAATGTGTCCTACCCCGGATCCCATGATGCAAGGGAAAGGCGAAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTAATGTGTCCTACCCCGGATCCCATGATGCAAGGGAAAGGCGAAGC  750

seq1  TGAGGAGGTACAGCAAGGTGTCTTCAGTGGACACAGACTGAAGCTGGCTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAGGTACAGCAAGGTGTCTTCAGTGGACACAGACTGAAGCTGGCTC  800

seq1  TAACCACGTGCATCTGGCGATGGAATTGGCAGCTCAAGGGCAGGCTGCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCACGTGCATCTGGCGATGGAATTGGCAGCTCAAGGGCAGGCTGCCA  850

seq1  TATGCC-TTCCAAGGTCCCTCTGGTGTAACAGAACAAGGATGACTGCATT  899
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCTTTCCAAGGTCCCTCTGGTGTAACAGAACAAGGATGACTGCATT  900

seq1  GCTCCAGCCCCTGGGATAATAACGCACCTGCTCGTTTGCAGTAGATTGGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAGCCCCTGGGATAATAACGCACCTGCTCGTTTGCAGTAGATTGGG  950

seq1  CATGAGAAAGGAGGTGAATGCCACAGTCAGTTCAGTCCCAGGCTAATCAT  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CATGAGAAAGGAGGTGAATGCCACAGTCAGTTCAGTCCCAGGCT-ATCAT  999

seq1  TACAATTATCGGAGGCATACCGCATTGTG-TGGGGACAAAAGTCCCTTCC  1048
      ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |
seq2  TAC-ATTATCGGAGGCATACCGCATTGTGTTGGGGAC-AAAGTCCCTT-C  1046

seq1  TCTGGTGTCCCCGAG-CTGGCTTTGTGGTGTGGGTGACACTTAAG  1092
      |||||||| |||||| |||  ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTGT-CCCGAGCCTGCTTTTGTGGTGTGGGTGACACTTAAG  1090