BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-220H17
Chromosome8 (Build37)
Map Location 93,573,475 - 93,706,941
singlet/doubletdoublet
Overlap geneChd9, Rbl2, Aktip, LOC667162, LOC100041222
Upstream geneTox3, LOC100041133, LOC100041156, EG626231
Downstream geneRpgrip1l, AJ237917, LOC100041254, LOC674324, LOC100040628, Irx3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-220H17.bB6Ng01-220H17.g
ACCGA036028GA036029
length1,1621,106
definitionB6Ng01-220H17.b B6Ng01-220H17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,573,475 - 93,574,638)(93,705,847 - 93,706,941)
sequence
gaattctgtacaactatttaaaaatgatgtcttagaaaattatctggaat
caagaggaaaaatgttggcaacacacaagtatcttcgtagttcagatctt
gggctgttagagcctaactacataataaatattctaaatatttattattt
ctataggtagtcaaatggaaaaggcaagttgtgagactaaattcattgta
actatgtttttattttggaaaggagtaaggagagtcataaaataaataca
aaacaattgatgcattgggcagtctaaatgctagcagtgctgggctgagt
ggcgagaggaacatggttttgttctctgtatttattgctgtactttcagc
agtgagccacaatgcttttgaagagaaaaaaaaaaaaaacaagcaaaaag
tagtgccattagatttcaccttagaccataacttacatctgcactccaca
gacagtggtcagccactaagcgcacggatcaaggtgtgctcaggctacaa
actgtactttctaggaacttggaggcatagttttaaaaaagaatataaga
catctcaatctctgtacattacataataaaatgaatacttttaggtcata
ttttatttaattagcctacattactaaaattcatgtggccactagaaaat
tttaaactacgtatgtgacatttcaactggagagtgctgttgaagaggtt
ataaaataaaactgaggaattttgcatcccagaacgccctaggagaatgc
catgaaggcagcacagacttcatttgtcctgggcgtggtcatgctagtag
caggttccatttgaactccaattcagccagctggaagccctcatctttcc
tcctttgtttttaatttttaattgcttatcacaaatatgtaatgtgagta
attatatagcaaatgcagaaccagatttttttcatattaatatttcatga
agccccctggctgtcataaaacatttacaaatgatagagatgtatacaca
tgcactcaagccctccattgcatccagataataatgggtagccaatgtct
gtccccttttgagggtgtcgtcttgtatcttggaccctgatacgttattt
acaagtgataggtcagagtgattgaagctcacaggttaactcagcttgtg
aacttcctgccc

gaattccagacagatcacacagacccagatcacgcaggtctttgcatgtg
atcagatcaaccttgttgctggattaaaattcctctacagtgttcacact
tctgtgaactctcaggcttcagtactgttccataaggaagagttaccagc
tcaggcaagccatgcttttgggtgtggcatctgaagcaggttattgctag
aggacaggtctaatgtgacaactcctccttgcactgagcagagatgacta
gatgtgatggctaatcgtggttgtccacctgacccacctaggaagagtga
gtttcctttgaggaatttcctccatcagattggcctgtggaagagttggg
ggagaacatttttcttggttgctaattgatggaggagggcctgtcccatt
ctggactgtaccactcctgggcgcatgaacctggattgtatgcgcaagct
agctgagcgcaagtagagcataagccattaagcagcttccctgcagggtt
cctaccctcacttccctcagacaaatgattactgaaaggtgtaagaagaa
acgagcccctttctccccaagttacctttggccctggtgtttatagcttc
aacagaaagcaagctagaacactcagaatcatggggtctcattgctggca
ctggcagctcctacagactgtacatgcaggctatttcaggctggcaagca
ggaaacttttccccagaagtgatgaaaaagagacctgagtgtggaagcct
ttgttgcctaccaaatacacaagcccaacatttgactgtgtgtcttcagc
atgagcactgcctgtgactctgtaccctgtcgttgtgtaaagctggaact
catgtaccacgatgtccaccatctcatgtagagcatccagcctttggtac
atttggaagcagttgcagtcactaccaaaatacatgctgccttctgagtg
atgactggagttaagtggaccgtgtctggtggggcatgggatggtgatga
cagtgggtaccagagggagtattgtcaccagtctttctgtgcattgggcc
atacattttatggaaaatttacatattcttgtatagccgaaacaccacaa
acaaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_93573475_93574638
seq2: B6Ng01-220H17.b_41_1202

seq1  GAATTCTGTACAACTATTTAAAAATGATGTCTTAGAAAATTATCTGGAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTACAACTATTTAAAAATGATGTCTTAGAAAATTATCTGGAAT  50

seq1  CAAGAGGAAAAATGTTGGCAACACACAAGTATCTTCGTAGTTCAGATCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGGAAAAATGTTGGCAACACACAAGTATCTTCGTAGTTCAGATCTT  100

seq1  GGGCTGTTAGAGCCTAACTACATAATAAATATTCTAAATATTTATTATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGTTAGAGCCTAACTACATAATAAATATTCTAAATATTTATTATTT  150

seq1  CTATAGGTAGTCAAATGGAAAAGGCAAGTTGTGAGACTAAATTCATTGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAGGTAGTCAAATGGAAAAGGCAAGTTGTGAGACTAAATTCATTGTA  200

seq1  ACTATGTTTTTATTTTGGAAAGGAGTAAGGAGAGTCATAAAATAAATACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGTTTTTATTTTGGAAAGGAGTAAGGAGAGTCATAAAATAAATACA  250

seq1  AAACAATTGATGCATTGGGCAGTCTAAATGCTAGCAGTGCTGGGCTGAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAATTGATGCATTGGGCAGTCTAAATGCTAGCAGTGCTGGGCTGAGT  300

seq1  GGCGAGAGGAACATGGTTTTGTTCTCTGTATTTATTGCTGTACTTTCAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGAGAGGAACATGGTTTTGTTCTCTGTATTTATTGCTGTACTTTCAGC  350

seq1  AGTGAGCCACAATGCTTTTGAAGAGAAAAAAAAAAAAAACAAGCAAAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGCCACAATGCTTTTGAAGAGAAAAAAAAAAAAAACAAGCAAAAAG  400

seq1  TAGTGCCATTAGATTTCACCTTAGACCATAACTTACATCTGCACTCCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGCCATTAGATTTCACCTTAGACCATAACTTACATCTGCACTCCACA  450

seq1  GACAGTGGTCAGCCACTAAGCGCACGGATCAAGGTGTGCTCAGGCTACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGTGGTCAGCCACTAAGCGCACGGATCAAGGTGTGCTCAGGCTACAA  500

seq1  ACTGTACTTTCTAGGAACTTGGAGGCATAGTTTTAAAAAAGAATATAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTACTTTCTAGGAACTTGGAGGCATAGTTTTAAAAAAGAATATAAGA  550

seq1  CATCTCAATCTCTGTACATTACATAATAAAATGAATACTTTTAGGTCATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCAATCTCTGTACATTACATAATAAAATGAATACTTTTAGGTCATA  600

seq1  TTTTATTTAATTAGCCTACATTACTAAAATTCATGTGGCCACTAGAAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTAATTAGCCTACATTACTAAAATTCATGTGGCCACTAGAAAAT  650

seq1  TTTAAACTACGTATGTGACATTTCAACTGGAGAGTGCTGTTGAAGAGGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAACTACGTATGTGACATTTCAACTGGAGAGTGCTGTTGAAGAGGTT  700

seq1  ATAAAATAAAACTGAGGAATTTTGCATCCCAGAACGCCCTAGGAGAATGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATAAAACTGAGGAATTTTGCATCCCAGAACGCCCTAGGAGAATGC  750

seq1  CATGAAGGCAGCACAGACTTCATTTGTCCTGGGCGTGGTCATGCTAGTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAGGCAGCACAGACTTCATTTGTCCTGGGCGTGGTCATGCTAGTAG  800

seq1  CAGGTTCCATTTGAACTCCAATTCAGCCAGCTGGAAGCCCTCATCTTTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTCCATTTGAACTCCAATTCAGCCAGCTGGAAGCCCTCATCTTTCC  850

seq1  TCCTTTGTTTTTAATTTTTAATTGCTTATCACAAATATGTAATGTGAGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGTTTTTAATTTTTAATTGCTTATCACAAATATGTAATGTGAGTA  900

seq1  ATTATATAGCAAATGCAGAACCAGA-TTTTTTCATA-TAATATTTCATGA  948
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||
seq2  ATTATATAGCAAATGCAGAACCAGATTTTTTTCATATTAATATTTCATGA  950

seq1  AGCCCCCTGGCTGTCAT-AAACATTTACAAATGATAGAGATGTATACACA  997
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCCTGGCTGTCATAAAACATTTACAAATGATAGAGATGTATACACA  1000

seq1  TGCACTCAAGCCC-CCATTGCATCCAGATAATAATGGGTAG-CAATGTCT  1045
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGCACTCAAGCCCTCCATTGCATCCAGATAATAATGGGTAGCCAATGTCT  1050

seq1  GTCCCCTTTTGAGTGTGTCGTC-TGTATCTTGG-CCCTGATTACCTTATT  1093
      ||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||| ||| |||||
seq2  GTCCCCTTTTGAGGGTGTCGTCTTGTATCTTGGACCCTGA-TACGTTATT  1099

seq1  TACAAAGTGATAGTCAAGAGTGATTTGAAGCTTCACAAGTTAACCTCAGC  1143
      ||| |||||||||   ||||||| ||||||| ||||| ||||| ||||||
seq2  TAC-AAGTGATAGGTCAGAGTGA-TTGAAGC-TCACAGGTTAA-CTCAGC  1145

seq1  CTTTGTGGACATCCCCTGCCC  1164
        ||||| || |  |||||||
seq2  --TTGTGAACTT--CCTGCCC  1162


seq1: chr8_93705847_93706941
seq2: B6Ng01-220H17.g_69_1174 (reverse)

seq1  ATTTGGTTTGTGGTGTT--GGCTATAC-AGAATATGTAA--TTTTCAT-A  44
      |||| ||||||||||||  |||||||| |||||||||||  ||| ||| |
seq2  ATTT-GTTTGTGGTGTTTCGGCTATACAAGAATATGTAAATTTTCCATAA  49

seq1  AATGTATG--CCCATGCACAGAA--GCTGGTTGACAATACTCCCTCTGGT  90
      ||||||||  || ||||||||||   |||| |||||||||||||||||||
seq2  AATGTATGGCCCAATGCACAGAAAGACTGG-TGACAATACTCCCTCTGGT  98

seq1  ACCCACTGTCATCACCAT-CCATGCCC--ACAGACACGGTCCACCTTAAC  137
      |||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||| ||||||
seq2  ACCCACTGTCATCACCATCCCATGCCCCACCAGACACGGTCCA-CTTAAC  147

seq1  TCCAGTCATCACTCAGAAGGCAGCATGTATTTTGGTAGTGACTGC-ACTG  186
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TCCAGTCATCACTCAGAAGGCAGCATGTATTTTGGTAGTGACTGCAACTG  197

seq1  CTTCCAAATGTACCAAAGGCTGGATGCTCTACATGAGATGGTGGACATCG  236
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAAATGTACCAAAGGCTGGATGCTCTACATGAGATGGTGGACATCG  247

seq1  TGGTACATGAGTTCCAGCTTTACACAACGACAGGGTACAGAGTCACAGGC  286
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACATGAGTTCCAGCTTTACACAACGACAGGGTACAGAGTCACAGGC  297

seq1  AGTGCTCATGCTGAAGACACACAGTCAAATGTTGGGCTTGTGTATTTGGT  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTCATGCTGAAGACACACAGTCAAATGTTGGGCTTGTGTATTTGGT  347

seq1  AGGCAACAAAGGCTTCCACACTCAGGTCTCTTTTTCATCACTTCTGGGGA  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAACAAAGGCTTCCACACTCAGGTCTCTTTTTCATCACTTCTGGGGA  397

seq1  AAAGTTTCCTGCTTGCCAGCCTGAAATAGCCTGCATGTACAGTCTGTAGG  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTCCTGCTTGCCAGCCTGAAATAGCCTGCATGTACAGTCTGTAGG  447

seq1  AGCTGCCAGTGCCAGCAATGAGACCCCATGATTCTGAGTGTTCTAGCTTG  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCCAGTGCCAGCAATGAGACCCCATGATTCTGAGTGTTCTAGCTTG  497

seq1  CTTTCTGTTGAAGCTATAAACACCAGGGCCAAAGGTAACTTGGGGAGAAA  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGTTGAAGCTATAAACACCAGGGCCAAAGGTAACTTGGGGAGAAA  547

seq1  GGGGCTCGTTTCTTCTTACACCTTTCAGTAATCATTTGTCTGAGGGAAGT  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTCGTTTCTTCTTACACCTTTCAGTAATCATTTGTCTGAGGGAAGT  597

seq1  GAGGGTAGGAACCCTGCAGGGAAGCTGCTTAATGGCTTATGCTCTACTTG  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTAGGAACCCTGCAGGGAAGCTGCTTAATGGCTTATGCTCTACTTG  647

seq1  CGCTCAGCTAGCTTGCGCATACAATCCAGGTTCATGCGCCCAGGAGTGGT  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTCAGCTAGCTTGCGCATACAATCCAGGTTCATGCGCCCAGGAGTGGT  697

seq1  ACAGTCCAGAATGGGACAGGCCCTCCTCCATCAATTAGCAACCAAGAAAA  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCCAGAATGGGACAGGCCCTCCTCCATCAATTAGCAACCAAGAAAA  747

seq1  ATGTTCTCCCCCAACTCTTCCACAGGCCAATCTGATGGAGGAAATTCCTC  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCTCCCCCAACTCTTCCACAGGCCAATCTGATGGAGGAAATTCCTC  797

seq1  AAAGGAAACTCACTCTTCCTAGGTGGGTCAGGTGGACAACCACGATTAGC  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGAAACTCACTCTTCCTAGGTGGGTCAGGTGGACAACCACGATTAGC  847

seq1  CATCACATCTAGTCATCTCTGCTCAGTGCAAGGAGGAGTTGTCACATTAG  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACATCTAGTCATCTCTGCTCAGTGCAAGGAGGAGTTGTCACATTAG  897

seq1  ACCTGTCCTCTAGCAATAACCTGCTTCAGATGCCACACCCAAAAGCATGG  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTCCTCTAGCAATAACCTGCTTCAGATGCCACACCCAAAAGCATGG  947

seq1  CTTGCCTGAGCTGGTAACTCTTCCTTATGGAACAGTACTGAAGCCTGAGA  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCTGAGCTGGTAACTCTTCCTTATGGAACAGTACTGAAGCCTGAGA  997

seq1  GTTCACAGAAGTGTGAACACTGTAGAGGAATTTTAATCCAGCAACAAGGT  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCACAGAAGTGTGAACACTGTAGAGGAATTTTAATCCAGCAACAAGGT  1047

seq1  TGATCTGATCACATGCAAAGACCTGCGTGATCTGGGTCTGTGTGATCTGT  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTGATCACATGCAAAGACCTGCGTGATCTGGGTCTGTGTGATCTGT  1097

seq1  CTGGAATTC  1095
      |||||||||
seq2  CTGGAATTC  1106


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |