BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-220P21
Chromosome8 (Build37)
Map Location 12,291,527 - 12,464,130
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100040175, EG434280, EG434279, Sox1
Upstream geneCol4a1, Col4a2, Rab20, 0710008K08Rik, Cars2, Ing1, Ankrd10, 1700016D06Rik, EG665271, LOC665363, LOC624710, LOC665373, Arhgef7, 1700018L24Rik, LOC100040155
Downstream gene1700094C09Rik, Tubgcp3, Atp11a, LOC100040229, Mcf2l, F7, F10, Proz, Pcid2, Cul4a, Lamp1, Grtp1, Adprhl1, Dcun1d2, Tmco3, Tfdp1, Atp4b, Grk1, Gm687
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-220P21.bB6Ng01-220P21.g
ACCGA036410GA036411
length770842
definitionB6Ng01-220P21.b B6Ng01-220P21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,291,527 - 12,292,293)(12,463,294 - 12,464,130)
sequence
gaattctttacgttattattttaattgtgtgtgtatgtgctgcaatatac
cctctgttcagccctcagcatctgcacccaagttctactctaagtccctg
ttagagaggcaaccccagagcccctggaagcaggttcagtcttctccccc
tctccccccacttccccacttctcactgtttctcagcctccggcttcctg
gctggacttaggagtcaggatgtagtccttaagttaatgacttgtaacag
aatacattccaagtgttcatacacctctctctctctctctctctctctct
gtctctctctctctctctgtgtgtgtgtgtgtgtatacatatgcttacat
acatttgtgtacttgtgagtgtgtacgtgtgtatgtgcatgcatgtacgt
gtgtgcatacatgtgtacatacttgtcagtatctctaaggaaaggcttgg
catataaacaagttgaaagagtaatgaccaaaatgagatagctgacaagg
tgacaggatgtataacgacgggtggggcttgaaagctcatcactcagacc
tcagtgagctgctgttctgcatgtatgacaggattttccaactccacagc
taacctgtcaggctgcagaaagagcacgcctcacagctctggtgtcctta
ctgtggtaaagtgcctgacactaatgtggtcctcagattgcagcaccact
gagctgaaggggctgaggagctggggggtgagggagaagctgggagagag
ggagaagctggggggaggga
gaattcacgagtctcttgagatgctgagcataagaacttctacagttaca
aaaagggaacggggtgtctcagaaccgttagaaagtccatcccaaacaga
atctgattagcccccagatctgactacagctcaaaggaaatgcagaggag
actgccagaccagttggatgcaacagagaaagtaaactgtgagcatctca
ccgtgtggatagatggctggtgggcaggtggcggctcccccaggagtaaa
tcacacggactgaggaagagtgaagggtggtgagagagacctgcaaatca
aatgtcaggaaacatttgaaatcacagtcattcgagtcaaacgtgagtta
caaggcaaattgaaaaacaaaacctatattgcctctataacagttaattg
agaagtaagctggtctataattaggtcttttatggtgttaatgacttagt
ttaatttccacataatcctaatttaaaaaaagactccttctttgaagatt
cattcttaaatctttacatacaaccttatacattcgggacttgctggtgg
tggggtatggaataagtaagactctgagaactgctagttgttggtgctgg
acagagggtgtgaaccagttcataagaccccccttcgctgttgcagattt
gacatgagttttaaaaatgaaacacacacatatgcatgtgcgcaggaaca
cacatgtccgcatacacaggcactcacaggctcacatgctcagacacaga
ttacctcctctgctgaaacacagattttttttttctgtgtctgcagcttc
ccttgagtgtatacatgctccactaataaatagacatagcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_12291527_12292293
seq2: B6Ng01-220P21.b_44_813

seq1  GAATTCTTTACGTTATTATTTTAATTGTGTGTGTATGTGCTGCAATATAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTACGTTATTATTTTAATTGTGTGTGTATGTGCTGCAATATAC  50

seq1  CCTCTGTTCAGCCCTCAGCATCTGCACCCAAGTTCTACTCTAAGTCCCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGTTCAGCCCTCAGCATCTGCACCCAAGTTCTACTCTAAGTCCCTG  100

seq1  TTAGAGAGGCAACCCCAGAGCCCCTGGAAGCAGGTTCAGTCTTCTCCCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGAGGCAACCCCAGAGCCCCTGGAAGCAGGTTCAGTCTTCTCCCCC  150

seq1  TCTCCCCCCACTTCCCCACTTCTCACTGTTTCTCAGCCTCCGGCTTCCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCCCCACTTCCCCACTTCTCACTGTTTCTCAGCCTCCGGCTTCCTG  200

seq1  GCTGGACTTAGGAGTCAGGATGTAGTCCTTAAGTTAATGACTTGTAACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGACTTAGGAGTCAGGATGTAGTCCTTAAGTTAATGACTTGTAACAG  250

seq1  AATACATTCCAAGTGTTCATACACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACATTCCAAGTGTTCATACACCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  300

seq1  GTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTATACATATGCTTACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTATACATATGCTTACAT  350

seq1  ACATTTGTGTACTTGTGAGTGTGTACGTGTGTATGTGCATGCATGTACGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTGTGTACTTGTGAGTGTGTACGTGTGTATGTGCATGCATGTACGT  400

seq1  GTGTGCATACATGTGTACATACTTGTCAGTATCTCTAAGGAAAGGCTTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCATACATGTGTACATACTTGTCAGTATCTCTAAGGAAAGGCTTGG  450

seq1  CATATAAACAAGTTGAAAGAGTAATGACCAAAATGAGATAGCTGACAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAAACAAGTTGAAAGAGTAATGACCAAAATGAGATAGCTGACAAGG  500

seq1  TGACAGGATGTATAACGACGGGTGGGGCTTGAAAGCTCATCACTCAGACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGGATGTATAACGACGGGTGGGGCTTGAAAGCTCATCACTCAGACC  550

seq1  TCAGTGAGCTGCTGTTCTGCATGTATGACAGGATTTTCCAACTCCACAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGAGCTGCTGTTCTGCATGTATGACAGGATTTTCCAACTCCACAGC  600

seq1  TAACCTGTCAGGCTGCAGAAAGAGCACGCCTCACAGCTCTGGTGTCCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTGTCAGGCTGCAGAAAGAGCACGCCTCACAGCTCTGGTGTCCTTA  650

seq1  CTGTGGTAAAGTGCCTGACACTAATGTGGTCCTCAGATTGCAGCACCACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGTAAAGTGCCTGACACTAATGTGGTCCTCAGATTGCAGCACCACT  700

seq1  GAGCTGAAGGGGCTGAGGAGCT-GGGGGTGAGGGAGAAGCT-GGAGAGAG  748
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GAGCTGAAGGGGCTGAGGAGCTGGGGGGTGAGGGAGAAGCTGGGAGAGAG  750

seq1  GGAGAAGCT-GGGGGAGGGA  767
      ||||||||| ||||||||||
seq2  GGAGAAGCTGGGGGGAGGGA  770

seq1: chr8_12463294_12464130
seq2: B6Ng01-220P21.g_67_908 (reverse)

seq1  TAGCTATGTCTATTTA-TAGT-GAGCATGTATACACTCAA-GGAAGCTGC  47
      |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TAGCTATGTCTATTTATTAGTGGAGCATGTATACACTCAAGGGAAGCTGC  50

seq1  AGACACAG-AAAAAAAAATCTGTGTTTCAGCAGAGGAGGTAATCTGTGTC  96
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACAGAAAAAAAAAATCTGTGTTTCAGCAGAGGAGGTAATCTGTGTC  100

seq1  TGAGCATGTGAGCCTGTGAGTGCCTGTGTATGCGGACATGTGTGTTCCTG  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCATGTGAGCCTGTGAGTGCCTGTGTATGCGGACATGTGTGTTCCTG  150

seq1  CGCACATGCATATGTGTGTGTTTCA-TTTTAAAACTCATGTCAAATCTGC  195
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCACATGCATATGTGTGTGTTTCATTTTTAAAACTCATGTCAAATCTGC  200

seq1  AACAGCGAAGGGGGGTCTTATGAACTGGTTCACACCCTCTGTCCAGCACC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCGAAGGGGGGTCTTATGAACTGGTTCACACCCTCTGTCCAGCACC  250

seq1  AACAACTAGCAGTTCTCAGAGTCTTACTTATTCCATACCCCACCACCAGC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACTAGCAGTTCTCAGAGTCTTACTTATTCCATACCCCACCACCAGC  300

seq1  AAGTCCCGAATGTATAAGGTTGTATGTAAAGATTTAAGAATGAATCTTCA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCCGAATGTATAAGGTTGTATGTAAAGATTTAAGAATGAATCTTCA  350

seq1  AAGAAGGAGTCTTTTTTTAAATTAGGATTATGTGGAAATTAAACTAAGTC  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGGAGTCTTTTTTTAAATTAGGATTATGTGGAAATTAAACTAAGTC  400

seq1  ATTAACACCATAAAAGACCTAATTATAGACCAGCTTACTTCTCAATTAAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACACCATAAAAGACCTAATTATAGACCAGCTTACTTCTCAATTAAC  450

seq1  TGTTATAGAGGCAATATAGGTTTTGTTTTTCAATTTGCCTTGTAACTCAC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTATAGAGGCAATATAGGTTTTGTTTTTCAATTTGCCTTGTAACTCAC  500

seq1  GTTTGACTCGAATGACTGTGATTTCAAATGTTTCCTGACATTTGATTTGC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGACTCGAATGACTGTGATTTCAAATGTTTCCTGACATTTGATTTGC  550

seq1  AGGTCTCTCTCACCACCCTTCACTCTTCCTCAGTCCGTGTGATTTACTCC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTCTCTCACCACCCTTCACTCTTCCTCAGTCCGTGTGATTTACTCC  600

seq1  TGGGGGAGCCGCCACCTGCCCACCAGCCATCTATCCACACGGTGAGATGC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGAGCCGCCACCTGCCCACCAGCCATCTATCCACACGGTGAGATGC  650

seq1  TCACAGTTTACTTTCTCTGTTGCATCCAACTGGTCTGGCAGTCTCCTCTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGTTTACTTTCTCTGTTGCATCCAACTGGTCTGGCAGTCTCCTCTG  700

seq1  CATTTCCTTTGAGCTGTAGTCAGATCTGGGGGCTAATCAGATTCTGTTTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCCTTTGAGCTGTAGTCAGATCTGGGGGCTAATCAGATTCTGTTTG  750

seq1  GGATGGACTTTCTAACGGTTCTGAGACACCCCGTTCCCTTTTTGTAACTG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGACTTTCTAACGGTTCTGAGACACCCCGTTCCCTTTTTGTAACTG  800

seq1  TAGAAGTTCTTATGCTCAGCATCTCAAGAGACTCGTGAATTC  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAGTTCTTATGCTCAGCATCTCAAGAGACTCGTGAATTC  842