BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-221P13
Chromosome8 (Build37)
Map Location 107,277,500 - 107,399,116
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC628050, 4932416K20Rik, BC015286, Matr3-ps2, Ces2, LOC667754
Upstream geneLOC100041397, LOC667656, Cdh5, Bean, Tk2, Cklf, Cmtm2a, Cmtm2b, Cmtm3, Cmtm4, Dync1li2, Ccdc79, Appbp1, Car7, LOC628007, 4833426J09Rik, Cdh16, Rrad, 1110019N10Rik, EG637550, LOC382052, LOC100041473, Ces6
Downstream geneLOC667760, Ces5, 2310038E17Rik, 2210023G05Rik, LOC436058, EG436059, Es31, EG13909, LOC667774, BC026374, LOC100042408, Cbfb, D230025D16Rik, C76566, Tradd, Fbxl8, Hsf4, Nol3, 4931428F04Rik, Exoc3l, E2f4, Elmo3, Lrrc29, Hspc171, Fhod1, Slc9a5, Plekhg4, Kctd19, Lrrc36, 2700055K07Rik, Zdhhc1, LOC667837, Hsd11b2, Atp6v0d1, Agrp, EG667846, 2310066E14Rik, LOC546100, Ctcf, EG546101, D130029J02Rik, Acd, Pard6a, E130303B06Rik, 4933405L10Rik, Gfod2, Ranbp10, Tsnaxip1, Cenpt, LOC100041617, Thap11, Nutf2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-221P13.bB6Ng01-221P13.g
ACCGA037119GA037120
length7591,113
definitionB6Ng01-221P13.b B6Ng01-221P13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,277,500 - 107,278,249)(107,398,039 - 107,399,116)
sequence
gaattctttgtgactggtcctgttactaaataaaacccctttgagagtca
gctatgtcatttggttgacagtataattccacatattcatacaacacatt
ttagccactcctcagttgatgcacatctagctgaccttattgtgactgtt
tttaactgagctcttacgaacttttaaaagtatgaatctttctgattggt
gtcttcaattccttgaattgaggatctgaggtcgaattactcagccacag
gatagatatgtttcacttttaaagagactgtcaaactgacatctataatg
actctaacattttgtatctcctctagccatgtatgagagtgctagtgttt
ccgtatgtctttgccaacacttggatctatggatcttaaatgtgattata
ctgaatgggcatatagaagtatgttattaatggattttcatggagctgaa
catctacattctctctctctctctctctctctctctctctctctctctct
ctggtgtgcatgtatgtgtatgtgtgtatctgtgtgtgtccatttctcac
tctgtctcttacatctctgttttatctctcatgctctccatactcacccc
ctcttttccacagagcagaacctgagtatcttcttcattttcacattttt
cgctgtggccatggccatcaccaacactgggcctctgagtgatggtgcat
tgaggaaccagagcacacaggggtatttccctagctgagctaacagaaaa
tgtctggga
gaattccagagactggtagactcttcagaatgatgagtctacaactgctt
ttatatcagctgctcgaatgctgtaatttttccttagttaaggaccactg
ctctactcacacaagcttgtcaaccactttaggagtagagccactgatat
ttcaacagtgccctaccttataaatgtggaaactcaatcactgggatatc
ctatatttagacaattgacacagcctgggcttgtttttgatgacatatat
caatgccatccccaagagcatctaacattccacccataatttcttcttga
gctatctctgggattgcagaaatatcaagttgattatctcattgttgtaa
aagatcccttcctcataacttcatatgtatgtcaaccacattaggttgta
acttccctgtttttccttctgggcacacatcaatccatggtatactttat
tttatttgagacaattttctaatttctacaaactgtatacaaacctactg
caatgtccccatcctggagttggtgagaaaattgcttttcaagtctttaa
tgcttgagaggagatggatggatgacttttctcacaagcttagctacagc
agaaggttaatctccaaatccaagccttagcagctgccctgacaccaact
atatctctgcaaagggaacagggaggttgtgcatgtcctaccccacccag
gaccagcctaagtcaactctggtaagggtctgttttaatatatgattaca
aaaggtattggtcctgctggtgcttcaacctgtggcagcccaccaagcca
tgccctgcctgcaaaaagccatactaaaactcaacatgctccccatgcag
atttgccctcggttcaatttgggagttcatggtgttttgggaataacatt
ccaaacctcctgaatggcatttaaagcttaagggaaagcaagttttctgt
tgccaatttttaaatataggaaaacattaacttgctgagaatagacacag
gatttttgtcacagacaacattccctggagcatccacttcatttgagaag
gtcttgggaacttgggagaagaaggagaattgaagaacgggggagaagat
aatggtaagaagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_107277500_107278249
seq2: B6Ng01-221P13.b_43_801

seq1  GAATTCTTTGTGACTGGTCCTGTTACTAAATAAAACCCCTTTGAGAGTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTGACTGGTCCTGTTACTAAATAAAACCCCTTTGAGAGTCA  50

seq1  GCTATGTCATTTGGTTGACAGTATAATTCCACATATTCATACAACACATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGTCATTTGGTTGACAGTATAATTCCACATATTCATACAACACATT  100

seq1  TTAGCCACTCCTCAGTTGATGCACATCTAGCTGACCTTATTGTGACTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCCACTCCTCAGTTGATGCACATCTAGCTGACCTTATTGTGACTGTT  150

seq1  TTTAACTGAGCTCTTACGAACTTTTAAAAGTATGAATCTTTCTGATTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACTGAGCTCTTACGAACTTTTAAAAGTATGAATCTTTCTGATTGGT  200

seq1  GTCTTCAATTCCTTGAATTGAGGATCTGAGGTCGAATTACTCAGCCACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCAATTCCTTGAATTGAGGATCTGAGGTCGAATTACTCAGCCACAG  250

seq1  GATAGATATGTTTCACTTTTAAAGAGACTGTCAAACTGACATCTATAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATATGTTTCACTTTTAAAGAGACTGTCAAACTGACATCTATAATG  300

seq1  ACTCTAACATTTTGTATCTCCTCTAGCCATGTATGAGAGTGCTAGTGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTAACATTTTGTATCTCCTCTAGCCATGTATGAGAGTGCTAGTGTTT  350

seq1  CCGTATGTCTTTGCCAACACTTGGATCTATGGATCTTAAATGTGATTATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTATGTCTTTGCCAACACTTGGATCTATGGATCTTAAATGTGATTATA  400

seq1  CTGAATGGGCATATAGAAGTATGTTATTAATGGATTTTCATGGAGCTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATGGGCATATAGAAGTATGTTATTAATGGATTTTCATGGAGCTGAA  450

seq1  CATCTACATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTACATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  500

seq1  CTGGTGTGCATGTATGTGTATGTGTGTACCTGTGTGTGTCCATTTCTCAC  550
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGTGCATGTATGTGTATGTGTGTATCTGTGTGTGTCCATTTCTCAC  550

seq1  TCTGTCTCTTACATCTCTG-TTTATCTCTCATGCTCTCCATACTCACCCC  599
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTCTTACATCTCTGTTTTATCTCTCATGCTCTCCATACTCACCCC  600

seq1  CTC-TTTCCACAGAGCAGAACCTGAGTATCTTCTTCA-TTTCACA-TTTT  646
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||
seq2  CTCTTTTCCACAGAGCAGAACCTGAGTATCTTCTTCATTTTCACATTTTT  650

seq1  CGCTGTGGCCATGGCCATCACCAACACGGGGCCTCTGAGTGATGGTGCAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTGTGGCCATGGCCATCACCAACACTGGGCCTCTGAGTGATGGTGCAT  700

seq1  TGAGG-AGCAGAGCACACAGGG--ATTTCCCAAGCTGAGCT-ACAG-AAA  741
      ||||| | ||||||||||||||  ||||||| ||||||||| |||| |||
seq2  TGAGGAACCAGAGCACACAGGGGTATTTCCCTAGCTGAGCTAACAGAAAA  750

seq1  TGTCTGGGA  750
      |||||||||
seq2  TGTCTGGGA  759

seq1: chr8_107398039_107399116
seq2: B6Ng01-221P13.g_90_1180 (reverse)

seq1  CCTTCTTTCCATTATCTTCTCCCC--GTCTTC-ATTCTCC-TCTTCT-CC  45
      ||||||| ||||||||||||||||   ||||| ||||||| |||||| ||
seq2  CCTTCTTACCATTATCTTCTCCCCCGTTCTTCAATTCTCCTTCTTCTCCC  50

seq1  AAGT--CCCAGACCTTCTTCAAATGAAGTGGATGCTCCAGGGAATGTTTG  93
      ||||  || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AAGTTCCCAAGACCTTC-TCAAATGAAGTGGATGCTCCAGGGAATG-TTG  98

seq1  TCTGTGACAAAAATCCTGTGTCTATTCTCAGCAAGTT-ATGTTTTCTTAT  142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||
seq2  TCTGTGACAAAAATCCTGTGTCTATTCTCAGCAAGTTAATGTTTTCCTAT  148

seq1  ATTT-AAAATTGGCAACAGAAAACTTGCTTTCCC-TAAGCTTT-ATTGCC  189
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||
seq2  ATTTAAAAATTGGCAACAGAAAACTTGCTTTCCCTTAAGCTTTAAATGCC  198

seq1  -TTCAGGA-GTTTGGAATGTTATTCCCAAAACACCATGAACT-CCAAATT  236
       ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATTCAGGAGGTTTGGAATGTTATTCCCAAAACACCATGAACTCCCAAATT  248

seq1  GAACCGAGGGCAAATCTGCATGGGGAGCATGTTGAGTTTTAGTATGGCTT  286
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCGAGGGCAAATCTGCATGGGGAGCATGTTGAGTTTTAGTATGGCTT  298

seq1  TTTGCAGGCAGGGCATGGCTTGGTGGGCTGCCACAGGTTGAAGCACCAGC  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAGGCAGGGCATGGCTTGGTGGGCTGCCACAGGTTGAAGCACCAGC  348

seq1  AGGACCAATACCTTTTGTAATCATATATT-AAACAGACCCTTACCAGAGT  385
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCAATACCTTTTGTAATCATATATTAAAACAGACCCTTACCAGAGT  398

seq1  TGACTTAGGCTGGTCCTGGGTGGGGTAGGACATGCACAACCTCCCTGTTC  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTAGGCTGGTCCTGGGTGGGGTAGGACATGCACAACCTCCCTGTTC  448

seq1  CCTTTGCAGAGATATAGTTGGTGTCAGGGCAGCTGCTAAGGCTTGGATTT  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGCAGAGATATAGTTGGTGTCAGGGCAGCTGCTAAGGCTTGGATTT  498

seq1  GGAGATTAACCTTCTGCTGTAGCTAAGCTTGTGAGAAAAGTCATCCATCC  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATTAACCTTCTGCTGTAGCTAAGCTTGTGAGAAAAGTCATCCATCC  548

seq1  ATCTCCTCTCAAGCATTAAAGACTTGAAAAGCAATTTTCTCACCAACTCC  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCTCTCAAGCATTAAAGACTTGAAAAGCAATTTTCTCACCAACTCC  598

seq1  AGGATGGGGACATTGCAGTAGGTTTGTATACAGTTTGTAGAAATTAGAAA  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGGGGACATTGCAGTAGGTTTGTATACAGTTTGTAGAAATTAGAAA  648

seq1  ATTGTCTCAAATAAAATAAAGTATACCATGGATTGATGTGTGCCCAGAAG  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCTCAAATAAAATAAAGTATACCATGGATTGATGTGTGCCCAGAAG  698

seq1  GAAAAACAGGGAAGTTACAACCTAATGTGGTTGACATACATATGAAGTTA  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAACAGGGAAGTTACAACCTAATGTGGTTGACATACATATGAAGTTA  748

seq1  TGAGGAAGGGATCTTTTACAACAATGAGATAATCAACTTGATATTTCTGC  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAAGGGATCTTTTACAACAATGAGATAATCAACTTGATATTTCTGC  798

seq1  AATCCCAGAGATAGCTCAAGAAGAAATTATGGGTGGAATGTTAGATGCTC  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCAGAGATAGCTCAAGAAGAAATTATGGGTGGAATGTTAGATGCTC  848

seq1  TTGGGGATGGCATTGATATATGTCATCAAAAACAAGCCCAGGCTGTGTCA  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGATGGCATTGATATATGTCATCAAAAACAAGCCCAGGCTGTGTCA  898

seq1  ATTGTCTAAATATAGGATATCCCAGTGATTGAGTTTCCACATTTATAAGG  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCTAAATATAGGATATCCCAGTGATTGAGTTTCCACATTTATAAGG  948

seq1  TAGGGCACTGTTGAAATATCAGTGGCTCTACTCCTAAAGTGGTTGACAAG  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGCACTGTTGAAATATCAGTGGCTCTACTCCTAAAGTGGTTGACAAG  998

seq1  CTTGTGTGAGTAGAGCAGTGGTCCTTAACTAAGGAAAAATTACAGCATTC  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGTGAGTAGAGCAGTGGTCCTTAACTAAGGAAAAATTACAGCATTC  1048

seq1  GAGCAGCTGATATAAAAGCAGTTGTAGACTCATCATTCTGAAG  1078
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGCTGATATAAAAGCAGTTGTAGACTCATCATTCTGAAG  1091