BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-223G11
Chromosome8 (Build37)
Map Location 16,244,911 - 16,456,467
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCsmd1
Upstream geneEG234097, EG665619, LOC634008
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-223G11.bB6Ng01-223G11.g
ACCGA038157GA038158
length1,0811,140
definitionB6Ng01-223G11.b B6Ng01-223G11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,244,911 - 16,245,989)(16,455,326 - 16,456,467)
sequence
gaattctcagatgtttggcacctactcagacagttggaacctagtatgca
ctcctcaaaaccatttccaactaatattctctaccattacctccatttta
tcatttatttaattaaaatattgtgttatatatatttatagataccatgc
aaatggtgatatattgaaatatacaagtattatacaactgcattgcccta
actcatatatgcaaggcctatcataattttcattttattttgtggtatga
acactgattacatttttcttagcagattttaaaagcatgaaataaagaat
ggtccctcttattgctctcaactgaaaatttcctttccctattaagagaa
tccttgcagctctcttcaaaatcatttaacgacttccatagagtttggta
tttgcatgtgtatcctaaccatacctcccatttctgatggacacatgcac
gctcacttggaaaacagttatctaattcccaagtcattgagactacaggc
tggagtggcaggtttaaaaggacatcttaaataataattctgtgttttac
aacaatgtaaaagattgtgtttacatgcatattcatcctcgtattctatg
aaacacagtaaatgttattctattggctcagattaagacctgtacaaatt
gaaaattttctaagtgacagatgggcaattaaaacattcattttattaat
aaaattctagttgtatttgaaagtgtactttctagttgttctgtgaataa
ttttcaaagtttagctttgaggaataataatatttgatttgagagagtat
aaatccttgcctcccggtatcagatgcttttaacatctgttaattcttct
tttaaaaggtgatctttagatgcgcttcagggagccagatccttgttgct
catgagtaaaggactaagtgctatggaatagatggagacaacaaaataga
gaaaatagagaacaaccccataagctggagatgaattagcctgggattat
gatggattcctggaagcatttttataaagggggggttgttaccacacttg
acttaaacatcacctgaagtatgaataggga

gaattcagaacactccctggatagaggaggactgggaaaagatgtttatt
ccatgccaggtcatttcattaaaaatctgttctaaagatatcgaaagaat
gctgaaaacaatgcaaagacattatatttgttactgtctttatggaatta
cagagtttcacaaccaagctgacttctgtttcccagggaagaagaaatta
gattgtccataactgataaccttgccttcagtctatgagaagttttgaga
taaatatgccagagattttactgaggtgaacatgctcattatttagagcc
aattataaggaacttgatagatgctctgtgatgtggcccatgaaagggag
agttcagggatggggctgatataggcaatagagtaatggctctgcctttc
ttagtgttgttacaaaacttgatgcccaagatcagccagagtcacctagg
tgtgaactactaacctgcatactgtcaacctcctctgaagtctgacctct
gtcctgtaccttccaataagtgacatttacagactgataaagatgaggta
aaaagaagaggaggtgtgtgtgtgtttgcttgtgtgtgcatgtacacatt
tgtatgtatacttccaagtgctttccttttacaaggccttcattataccc
aacctccaggtgtttagtgctaattttgtcttgattcctatatatacaca
gtcctagaccatcatgtatgtaaaagcatgcaacttgtactcttgtggat
aggtcttgtcattcagcataactccccccaagttccaccctacttagagg
cttattttgggcttaatggattttcaaagccagatacaagccaggctaat
tactcattaacccttttgaaagatcatggatctgggttcagtatgagcaa
tacaaataaaaatgctacacacatttgccaacaagcttttgtacaatgaa
ggctttctcttcccttggatggatgcccagaggtagaattacttctatgc
tccatcatgacacatgtttaactagcaaaccagcaaattatcccactggc
cttctatagtagctgtcccactttacagtctcacagtcaccaaaccattg
taatatcatagcatcacacttttcttcaccacattcattc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_16244911_16245989
seq2: B6Ng01-223G11.b_43_1123

seq1  GAATTCTCAGATGTTTGGCACCTACTCAGACAGTTGGAACCTAGTATGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGATGTTTGGCACCTACTCAGACAGTTGGAACCTAGTATGCA  50

seq1  CTCCTCAAAACCATTTCCAACTAATATTCTCTACCATTACCTCCATTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCAAAACCATTTCCAACTAATATTCTCTACCATTACCTCCATTTTA  100

seq1  TCATTTATTTAATTAAAATATTGTGTTATATATATTTATAGATACCATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTATTTAATTAAAATATTGTGTTATATATATTTATAGATACCATGC  150

seq1  AAATGGTGATATATTGAAATATACAAGTATTATACAACTGCATTGCCCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGTGATATATTGAAATATACAAGTATTATACAACTGCATTGCCCTA  200

seq1  ACTCATATATGCAAGGCCTATCATAATTTTCATTTTATTTTGTGGTATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATATATGCAAGGCCTATCATAATTTTCATTTTATTTTGTGGTATGA  250

seq1  ACACTGATTACATTTTTCTTAGCAGATTTTAAAAGCATGAAATAAAGAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGATTACATTTTTCTTAGCAGATTTTAAAAGCATGAAATAAAGAAT  300

seq1  GGTCCCTCTTATTGCTCTCAACTGAAAATTTCCTTTCCCTATTAAGAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCCTCTTATTGCTCTCAACTGAAAATTTCCTTTCCCTATTAAGAGAA  350

seq1  TCCTTGCAGCTCTCTTCAAAATCATTTAACGACTTCCATAGAGTTTGGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGCAGCTCTCTTCAAAATCATTTAACGACTTCCATAGAGTTTGGTA  400

seq1  TTTGCATGTGTATCCTAACCATACCTCCCATTTCTGATGGACACATGCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCATGTGTATCCTAACCATACCTCCCATTTCTGATGGACACATGCAC  450

seq1  GCTCACTTGGAAAACAGTTATCTAATTCCCAAGTCATTGAGACTACAGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACTTGGAAAACAGTTATCTAATTCCCAAGTCATTGAGACTACAGGC  500

seq1  TGGAGTGGCAGGTTTAAAAGGACATCTTAAATAATAATTCTGTGTTTTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTGGCAGGTTTAAAAGGACATCTTAAATAATAATTCTGTGTTTTAC  550

seq1  AACAATGTAAAAGATTGTGTTTACATGCATATTCATCCTCGTATTCTATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGTAAAAGATTGTGTTTACATGCATATTCATCCTCGTATTCTATG  600

seq1  AAACACAGTAAATGTTATTCTATTGGCTCAGATTAAGACCTGTACAAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACAGTAAATGTTATTCTATTGGCTCAGATTAAGACCTGTACAAATT  650

seq1  GAAAATTTTCTAAGTGACAGATGGGCAATTAAAACATTCATTTTATTAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATTTTCTAAGTGACAGATGGGCAATTAAAACATTCATTTTATTAAT  700

seq1  AAAATTCTAGTTGTATTTGAAAGTGTACTTTCTAGTTGTTCTGTGAATAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTCTAGTTGTATTTGAAAGTGTACTTTCTAGTTGTTCTGTGAATAA  750

seq1  TTTTCAAAGTTTAGCTTTGAGGAATAATAATATTTGATTTGAGAGAGTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAAAGTTTAGCTTTGAGGAATAATAATATTTGATTTGAGAGAGTAT  800

seq1  AAATCCTTGCCTCCCGGTATCAGATGCTTTTAACATCTGTTAATTCTTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCTTGCCTCCCGGTATCAGATGCTTTTAACATCTGTTAATTCTTCT  850

seq1  TTTAAAAGGTGATCTTTAGATGCGCTTCAGGGAGCCAGATCCTTGTTGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAGGTGATCTTTAGATGCGCTTCAGGGAGCCAGATCCTTGTTGCT  900

seq1  CATGAGT-AAGGACTAAGTGCTATGGAATAGATGGAGAACAACAAAATAG  949
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CATGAGTAAAGGACTAAGTGCTATGGAATAGATGGAG-ACAACAAAATAG  949

seq1  AGAAAATAGAGAACAA-CCCATAAGCTGGAGATGAATTAGCCTGGGAATA  998
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGAAAATAGAGAACAACCCCATAAGCTGGAGATGAATTAGCCTGGGATTA  999

seq1  TGATGGATTCCTGGAAGCATTTTTATAAA-GGGGGGTTGTTA-CACACTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  TGATGGATTCCTGGAAGCATTTTTATAAAGGGGGGGTTGTTACCACACTT  1049

seq1  GAACTTTAAACATCACCTGAAGTATG-ATAGGGA  1079
      ||   ||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GA--CTTAAACATCACCTGAAGTATGAATAGGGA  1081


seq1: chr8_16455326_16456467
seq2: B6Ng01-223G11.g_70_1209 (reverse)

seq1  GAATGGATGTGGTTGAAGAAAAGTGTGATGCTATGATATTACATGTGTTT  50
      ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||   ||||
seq2  GAATGAATGTGG-TGAAGAAAAGTGTGATGCTATGATATTACAATGGTTT  49

seq1  GTTGCTGGTGGGCCTGTAAAGTGGGACAGCTACTATAGAAGG-CAGTTGG  99
      | ||   ||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
seq2  GGTGACTGTGAGACTGTAAAGTGGGACAGCTACTATAGAAGGCCAGTGGG  99

seq1  ATAATTTGCTAGTTTGCTAGTTAAACATGTGGTCATGATGGAGCATAGAA  149
      |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTGCTGGTTTGCTAGTTAAACATGT-GTCATGATGGAGCATAGAA  148

seq1  GTAATTCTACCTCTGGGCATCCATCCAAGGGAAGAGAAAGCCTTCATTGT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTAATTCTACCTCTGGGCATCCATCCAAGGGAAGAGAAAGCCTTCATTG-  197

seq1  TACAAAAGCTTGTTGGCAAATGTGTGTAGCATTTTTATTTGTAATTGCTC  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TACAAAAGCTTGTTGGCAAATGTGTGTAGCATTTTTATTTGT-ATTGCTC  246

seq1  ATACTGAACCCAGATCCATGATCTTTC-AAAGGGTTAATGAGTAATTAGC  298
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGAACCCAGATCCATGATCTTTCAAAAGGGTTAATGAGTAATTAGC  296

seq1  CTGGCTTGTATCTGGCTTTGAAAATCCATTAAGCCCAAAATAAGCCTCTA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTGTATCTGGCTTTGAAAATCCATTAAGCCCAAAATAAGCCTCTA  346

seq1  AGTAGGGTGGAACTTGGGGGGAGTTATGCTGAATGACAAGACCTATCCAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGGTGGAACTTGGGGGGAGTTATGCTGAATGACAAGACCTATCCAC  396

seq1  AAGAGTACAAGTTGCATGCTTTTACATACATGATGGTCTAGGACTGTGTA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTACAAGTTGCATGCTTTTACATACATGATGGTCTAGGACTGTGTA  446

seq1  TATATAGGAATCAAGACAAAATTAGCACTAAACACCTGGAGGTTGGGTAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATAGGAATCAAGACAAAATTAGCACTAAACACCTGGAGGTTGGGTAT  496

seq1  AATGAAGGCCTTGTAAAAGGAAAGCACTTGGAAGTATACATACAAATGTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGGCCTTGTAAAAGGAAAGCACTTGGAAGTATACATACAAATGTG  546

seq1  TACATGCACACACAAGCAAACACACACACACCTCCTCTTCTTTTTACCTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGCACACACAAGCAAACACACACACACCTCCTCTTCTTTTTACCTC  596

seq1  ATCTTTATCAGTCTGTAAATGTCACTTATTGGAAGGTACAGGACAGAGGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTATCAGTCTGTAAATGTCACTTATTGGAAGGTACAGGACAGAGGT  646

seq1  CAGACTTCAGAGGAGGTTGACAGTATGCAGGTTAGTAGTTCACACCTAGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTCAGAGGAGGTTGACAGTATGCAGGTTAGTAGTTCACACCTAGG  696

seq1  TGACTCTGGCTGATCTTGGGCATCAAGTTTTGTAACAACACTAAGAAAGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCTGGCTGATCTTGGGCATCAAGTTTTGTAACAACACTAAGAAAGG  746

seq1  CAGAGCCATTACTCTATTGCCTATATCAGCCCCATCCCTGAACTCTCCCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCCATTACTCTATTGCCTATATCAGCCCCATCCCTGAACTCTCCCT  796

seq1  TTCATGGGCCACATCACAGAGCATCTATCAAGTTCCTTATAATTGGCTCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGGCCACATCACAGAGCATCTATCAAGTTCCTTATAATTGGCTCT  846

seq1  AAATAATGAGCATGTTCACCTCAGTAAAATCTCTGGCATATTTATCTCAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATGAGCATGTTCACCTCAGTAAAATCTCTGGCATATTTATCTCAA  896

seq1  AACTTCTCATAGACTGAAGGCAAGGTTATCAGTTATGGACAATCTAATTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCTCATAGACTGAAGGCAAGGTTATCAGTTATGGACAATCTAATTT  946

seq1  CTTCTTCCCTGGGAAACAGAAGTCAGCTTGGTTGTGAAACTCTGTAATTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCCCTGGGAAACAGAAGTCAGCTTGGTTGTGAAACTCTGTAATTC  996

seq1  CATAAAGACAGTAACAAATATAATGTCTTTGCATTGTTTTCAGCATTCTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAGACAGTAACAAATATAATGTCTTTGCATTGTTTTCAGCATTCTT  1046

seq1  TCGATATCTTTAGAACAGATTTTTAATGAAATGACCTGGCATGGAATAAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGATATCTTTAGAACAGATTTTTAATGAAATGACCTGGCATGGAATAAA  1096

seq1  CATCTTTTCCCAGTCCTCCTCTATCCAGGGAGTGTTCTGAATTC  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTTCCCAGTCCTCCTCTATCCAGGGAGTGTTCTGAATTC  1140


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |