BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-223O23
Chromosome8 (Build37)
Map Location 121,519,046 - 121,537,573
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdh13
Upstream genenone
Downstream geneHsbp1, Mlycd, Osgin1, Efcbp2, Gm587, Mbtps1, Hsdl1, Lrrc50, Taf1c, EG628061, 4930403J07Rik, Kcng4, Wfdc1, Atp2c2, 4632415K11Rik, Cotl1, BC025816, Usp10, Crispld2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-223O23.bB6Ng01-223O23.g
ACCGA038539GA038540
length1,1941,117
definitionB6Ng01-223O23.b B6Ng01-223O23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(121,519,046 - 121,520,096)(121,536,455 - 121,537,573)
sequence
gaattcctacgagacacaatcttgcaggaaatttcctgtttgttcctccg
gctcctacaatctctttacccctcttccacggttatccccaagtcttagg
tgcagaagtgttctgtagatgtatccatcaggactgggccctttgattgg
ctgtggttttctgtagtgggtctccatctgcttcagagtttccatgatgg
aggatgaagactatactcatctgtgggtctaaggacaaatgtttagatgg
tcgctaggtattgtgttggtttagtaaatgagagattgtaggtttccctc
taaggtccatggcgtcgctagcactaagtagttagctaggtttctagaac
cgggcaggatctccctctggttgagaagaccttaagtccaattagaaagc
tgttggttacggacaaggcatgtatgccactactgcaaccttagggctat
catgccgtagtggtcattgctgtgattcataggtgccgtagttggttagg
actccatctggaagcttgcttggcaccttcctatgccgtgaaagctattc
ctcagagaggatgttttcaggtctgttccatctcagtggcctctgccccc
tgtggctgaaatgcgttaggtcttcagaaataggtataccagtgcacaag
tttgagtcaactcttttattctaaggtgatccattggtataatgaagcag
caatttaacttgctaggtaggatgaacagctgacagattcctcatctaag
tccctttaattccatacgagcaagacagagccctccgcagctccccagcc
ccagctgccgtggtgaaattggctgcagctcaggctccagatgagccaag
cagagagagccgcagagttgcctgtgatctgtttacattacagaagggcc
cgttaattagaaggagcatgtttcttaattaaggaacaaattaattttta
agaagtgctgagacccccttgggtgaagtcagatgagggggctcatcatg
ggggtgtgtggctggcttattcttcgcaaagaggtctagagctgtcgcaa
caatccctagtagcagcgtgggaaaacagttagaacgcgagtcgatgctc
ttagtagctcagtgtgcacaggtaaagggctatgtttgggggaatgcttg
gaactcaagtgcataagtaggaacagaattcaaccttaatggag
gaattctggtaattactggactctgatgggggtcgcgatgggacatctgg
actggcttctgatggtttctccagaaagacccttcggtttgcttgctagc
cagtcatcatcacaaggaagcctctcccttggagagtccctcagcagggg
ctgcgtgtccccatactctgttcagaaggtgagaaccacattttcctgac
acttccatcctcaggggacagaaaccagcatggagcctgggacagcttag
caccagttctgggaggcatggatacttgaaccaccctgtctggatattgg
ggacacttttttttttgctttaagtagtactaatattatttggcagggaa
ctttgtctctcaaaagagacttctggcaagtccatggccccaagcttagg
tggacgattggtgaccctccatctacctccatgcccctgctcccagagtc
tctagctactcccatgttttgctccatcctccctgttgacccagattctc
ctcagttcccccggagccagcctgaaactcctctcttcttggaatatttc
atcgtctctctgctatataatttaaacagggcaccacataacttaacatg
ccatcctagacattaccctccatgcctgctggttctgtctttgaggttgg
ctgacacggaagctgagagcttgctctgggaagctgtggtcttggcaaag
gcccggagcacagaaccactatggccctggccagtgcagtgctctagctg
tgactccacgccataaggcagcttcaacactccatcaggggagccattgc
cacggtaatggtggctctagaatccaatttagctctctaaaacccatgaa
atggcactcggaatcctagctcattgctttcaagtccttactcatggtaa
ttttaagggcaatcagaaatatatataaattatgaataataactgcattc
atttattccttctaactccatggctaaaggaccctctgagatcggagcgg
gtaactctcaatccccaaccagttctgcagaggagcgagatgggggtggg
taatagaacagaccaggagctctttagcagtgattgccagggaatagcat
ttgtaactgccagtcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_121519046_121520096
seq2: B6Ng01-223O23.b_180_1236

seq1  GCCCTTTGATTGGCTGTGGTTTTCTGTAGTGGGTCTCCATCTGCTTCAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTTGATTGGCTGTGGTTTTCTGTAGTGGGTCTCCATCTGCTTCAGA  50

seq1  GTTTCCATGATGGAGGATGAAGACTATACTCATCTGTGGGTCTAAGGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCATGATGGAGGATGAAGACTATACTCATCTGTGGGTCTAAGGACA  100

seq1  AATGTTTAGATGGTCGCTAGGTATTGTGTTGGTTTAGTAAATGAGAGATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTAGATGGTCGCTAGGTATTGTGTTGGTTTAGTAAATGAGAGATT  150

seq1  GTAGGTTTCCCTCTAAGGTCCATGGCGTCGCTAGCACTAAGTAGTTAGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGTTTCCCTCTAAGGTCCATGGCGTCGCTAGCACTAAGTAGTTAGCT  200

seq1  AGGTTTCTAGAACCGGGCAGGATCTCCCTCTGGTTGAGAAGACCTTAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTCTAGAACCGGGCAGGATCTCCCTCTGGTTGAGAAGACCTTAAGT  250

seq1  CCAATTAGAAAGCTGTTGGTTACGGACAAGGCATGTATGCCACTACTGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTAGAAAGCTGTTGGTTACGGACAAGGCATGTATGCCACTACTGCA  300

seq1  ACCTTAGGGCTATCATGCCGTAGTGGTCATTGCTGTGATTCATAGGTGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTAGGGCTATCATGCCGTAGTGGTCATTGCTGTGATTCATAGGTGCC  350

seq1  GTAGTTGGTTAGGACTCCATCTGGAAGCTTGCTTGGCACCTTCCTATGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTGGTTAGGACTCCATCTGGAAGCTTGCTTGGCACCTTCCTATGCC  400

seq1  GTGAAAGCTATTCCTCAGAGAGGATGTTTTCAGGTCTGTTCCATCTCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAGCTATTCCTCAGAGAGGATGTTTTCAGGTCTGTTCCATCTCAGT  450

seq1  GGCCTCTGCCCCCTGTGGCTGAAATGCGTTAGGTCTTCAGAAATAGGTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCTGCCCCCTGTGGCTGAAATGCGTTAGGTCTTCAGAAATAGGTAT  500

seq1  ACCAGTGCACAAGTTTGAGTCAACTCTTTTATTCTAAGGTGATCCATTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTGCACAAGTTTGAGTCAACTCTTTTATTCTAAGGTGATCCATTGG  550

seq1  TATAATGAAGCAGCAATTTAACTTGCTAGGTAGGATGAACAGCTGACAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATGAAGCAGCAATTTAACTTGCTAGGTAGGATGAACAGCTGACAGA  600

seq1  TTCCTCATCTAAGTCCCTTTAATTCCATACGAGCAAGACAGAGCCCTCCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCATCTAAGTCCCTTTAATTCCATACGAGCAAGACAGAGCCCTCCG  650

seq1  CAGCTCCCCAGCCCCAGCTGCCGTGGTGAAATTGGCTGCAGCTCAGGCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCCCCAGCCCCAGCTGCCGTGGTGAAATTGGCTGCAGCTCAGGCTC  700

seq1  CAGATGAGCCAAGCAGAGAGAGCCGCAGAGTTGCCTGTGATCTGTTTACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGAGCCAAGCAGAGAGAGCCGCAGAGTTGCCTGTGATCTGTTTACA  750

seq1  TTACAGAAGGG-CCGTTAATTAGAAGGGAGCATGTTTCTTAATTAAGGAA  799
      ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGAAGGGCCCGTTAATTAGAA-GGAGCATGTTTCTTAATTAAGGAA  799

seq1  CAAATTAATTTTTAAAGAAGTGCTGAGACCCCCTTGGGTGAAGTCAGATG  849
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTAATTTTT-AAGAAGTGCTGAGACCCCCTTGGGTGAAGTCAGATG  848

seq1  AGGGGGCTCATCAT-GGGGTGTGTGGCTGGCTTATTCTTCGCAAAGAGGG  898
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGGGGGCTCATCATGGGGGTGTGTGGCTGGCTTATTCTTCGCAAAGA-GG  897

seq1  TCTAGAGCTGTCGC-ACAATCCCTAGTAGCAGCGTGGGAAAACAG-TAG-  945
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| 
seq2  TCTAGAGCTGTCGCAACAATCCCTAGTAGCAGCGTGGGAAAACAGTTAGA  947

seq1  ACGCGAGTCGATGCTTCTTAGTAGC-CAGTG-CCACAGGTAAGGGGCTAT  993
      |||||||||||||| |||||||||| |||||  ||||||||| |||||||
seq2  ACGCGAGTCGATGC-TCTTAGTAGCTCAGTGTGCACAGGTAAAGGGCTAT  996

seq1  GTT---GGGGATGCTGGGGACTCAAGGTGCATTAGGTAGG-ACAGATCCC  1039
      |||   ||| ||||| || |||||| ||||| || ||||| |||||   |
seq2  GTTTGGGGGAATGCTTGGAACTCAA-GTGCA-TAAGTAGGAACAGAATTC  1044

seq1  AACC-TAATGGAG  1051
      |||| ||||||||
seq2  AACCTTAATGGAG  1057

seq1: chr8_121536455_121537573
seq2: B6Ng01-223O23.g_63_1179 (reverse)

seq1  ATGACT-GCAGTTACAAAATTGCTAT--CCTGGC-ATCACTGCCTAAGAG  46
      |||||| |||||||||||  ||||||  |||||| ||||||||  |||||
seq2  ATGACTGGCAGTTACAAA--TGCTATTCCCTGGCAATCACTGCTAAAGAG  48

seq1  CTTCCTGGTCCTGTCCTATT-CCCACCCCCATCCTCGGCTTCCTCTGCAG  95
      | ||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||   ||||||||||
seq2  C-TCCTGGT-CTGTTCTATTACCCACCCCCAT-CTCG--CTCCTCTGCAG  93

seq1  AACTGGTTGGGGATGGAGAGTTA-CCGCTCCGATCTCAGAGGGTCCTTAG  144
      |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||  
seq2  AACTGGTTGGGGATTGAGAGTTACCCGCTCCGATCTCAGAGGGTCCTTTA  143

seq1  CCCATGGAGTTAGAAGGAATAAATGAATGCAGTTATTATTCATAATTTAT  194
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGGAGTTAGAAGGAATAAATGAATGCAGTTATTATTCATAATTTAT  193

seq1  ATATTATTTCTGATTGCCCTTAAAATTACCATGAGTAAGGACTTGAAAGC  244
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATA-TATTTCTGATTGCCCTTAAAATTACCATGAGTAAGGACTTGAAAGC  242

seq1  AATGAGCTAGGATTCCGAGTGCCATTTCATGGGTTTTAGAGAGCTAAATT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGCTAGGATTCCGAGTGCCATTTCATGGGTTTTAGAGAGCTAAATT  292

seq1  GGATTCTAGAGCCACCATTACCGTGGCAATGGCTCCCCTGATGGAGTGTT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTCTAGAGCCACCATTACCGTGGCAATGGCTCCCCTGATGGAGTGTT  342

seq1  GAAGCTGCCTTATGGCGTGGAGTCACAGCTAGAGCACTGCACTGGCCAGG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGCCTTATGGCGTGGAGTCACAGCTAGAGCACTGCACTGGCCAGG  392

seq1  GCCATAGTGGTTCTGTGCTCCGGGCCTTTGCCAAGACCACAGCTTCCCAG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATAGTGGTTCTGTGCTCCGGGCCTTTGCCAAGACCACAGCTTCCCAG  442

seq1  AGCAAGCTCTCAGCTTCCGTGTCAGCCAACCTCAAAGACAGAACCAGCAG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGCTCTCAGCTTCCGTGTCAGCCAACCTCAAAGACAGAACCAGCAG  492

seq1  GCATGGAGGGTAATGTCTAGGATGGCATGTTAAGTTATGTGGTGCCCTGT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGAGGGTAATGTCTAGGATGGCATGTTAAGTTATGTGGTGCCCTGT  542

seq1  TTAAATTATATAGCAGAGAGACGATGAAATATTCCAAGAAGAGAGGAGTT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTATATAGCAGAGAGACGATGAAATATTCCAAGAAGAGAGGAGTT  592

seq1  TCAGGCTGGCTCCGGGGGAACTGAGGAGAATCTGGGTCAACAGGGAGGAT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGCTGGCTCCGGGGGAACTGAGGAGAATCTGGGTCAACAGGGAGGAT  642

seq1  GGAGCAAAACATGGGAGTAGCTAGAGACTCTGGGAGCAGGGGCATGGAGG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAAAACATGGGAGTAGCTAGAGACTCTGGGAGCAGGGGCATGGAGG  692

seq1  TAGATGGAGGGTCACCAATCGTCCACCTAAGCTTGGGGCCATGGACTTGC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGGAGGGTCACCAATCGTCCACCTAAGCTTGGGGCCATGGACTTGC  742

seq1  CAGAAGTCTCTTTTGAGAGACAAAGTTCCCTGCCAAATAATATTAGTACT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGTCTCTTTTGAGAGACAAAGTTCCCTGCCAAATAATATTAGTACT  792

seq1  ACTTAAAGCAAAAAAAAAAGTGTCCCCAATATCCAGACAGGGTGGTTCAA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAAGCAAAAAAAAAAGTGTCCCCAATATCCAGACAGGGTGGTTCAA  842

seq1  GTATCCATGCCTCCCAGAACTGGTGCTAAGCTGTCCCAGGCTCCATGCTG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCCATGCCTCCCAGAACTGGTGCTAAGCTGTCCCAGGCTCCATGCTG  892

seq1  GTTTCTGTCCCCTGAGGATGGAAGTGTCAGGAAAATGTGGTTCTCACCTT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGTCCCCTGAGGATGGAAGTGTCAGGAAAATGTGGTTCTCACCTT  942

seq1  CTGAACAGAGTATGGGGACACGCAGCCCCTGCTGAGGGACTCTCCAAGGG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACAGAGTATGGGGACACGCAGCCCCTGCTGAGGGACTCTCCAAGGG  992

seq1  AGAGGCTTCCTTGTGATGATGACTGGCTAGCAAGCAAACCGAAGGGTCTT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCTTCCTTGTGATGATGACTGGCTAGCAAGCAAACCGAAGGGTCTT  1042

seq1  TCTGGAGAAACCATCAGAAGCCAGTCCAGATGTCCCATCGCGACCCCCAT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAGAAACCATCAGAAGCCAGTCCAGATGTCCCATCGCGACCCCCAT  1092

seq1  CAGAGTCCAGTAATTACCAGAATTC  1119
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTCCAGTAATTACCAGAATTC  1117