BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-225A04
Chromosome8 (Build37)
Map Location 11,138,248 - 11,326,441
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol4a1, Col4a2
Upstream geneMyo16, LOC100040008, LOC384782, LOC100040507, LOC665306, Irs2
Downstream geneRab20, 0710008K08Rik, Cars2, Ing1, Ankrd10, 1700016D06Rik, EG665271, LOC665363, LOC624710, LOC665373, Arhgef7, 1700018L24Rik, LOC100040155
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-225A04.bB6Ng01-225A04.g
ACCGA039313GA039314
length1,138554
definitionB6Ng01-225A04.b B6Ng01-225A04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,138,248 - 11,139,367)(11,325,882 - 11,326,441)
sequence
gaattcctgacaggttgaaaccaaccagcctttgttacagatgggggtgc
tggcaggaggcctcctgctgagattgtcaggccagccatgcctagcagaa
tatggcctctgaaggaagtgactgtccagccctgctgtcctcataagctt
gtgtgcttgtacacttggtttgagaaggtcatggaacctttaggagttga
aggcttctgaaagaactgggtcacatggaagctgggtcacatgggatggg
cttgggtcccacttcctcttctctttctatgcctggctccttctggtcct
gccaacgcgatcctctctaccatgatagaatgcactgcttggcataaacc
agagtcaaccatttctgctctaatttattttcatgagcataccttatcac
aatagaggaaaagtaagtcacaaggcatgagccactgttcataggaagtt
tggacttttcccctgccaaggaagtggcacctaggaccctcatgggatcc
tgcgggtcttgcatgcagttggcctgaggggtgatacagtcggtcagaaa
gctcaacctgggccagtggacacatttaaacacagaagaaagggaactga
aaccactcacccagttaggtaaaatgcaggtgtatttggcaaacctaaca
gtcttggcagtttcttctatttcagtcaggctgctcaacgctaccctgag
cagccacctccaggttctgtgtttctaaagtctcacaggcaactaagcag
caatgaaagctccaaactcttcctttttagagatatatttccactcataa
acattcacagacatagaagaacgagcccaccaaaatgaatgtgaaggctg
gaagctgcacccactgtgagctcatacattaccagaagctgcacctactg
tgtgctcatacacaccacgagctccccatctcctgctctgcccgacacca
tcacttcctggcagggttcccacatacttagcatctcagctcctcttcct
ccgcatttgccattttgtttcaaggccacatctttagcccagattggagc
tgatatcatgggacatttacccttcactggccaaaggggattaaaggcat
ggaacagaaaggactaggaggggccttcccccggagac
ctttgccttctcacaggtaagcaaaagaaagcaaccctcctcactgccat
ctccgaacgcttgcctgtaggtgtgcaagctgccaggattaagatgtaga
tgctactggtgcccagacagcagtcccaggcagaccgaggtccccaaggt
agcaagggccccttgcagggtccctatcagagtcggaaaggcaaagtcca
gggctgcaggctgacccaggactgggatgtgaagggggaattggaaccgt
gtgcttgttcctgtcctcatttctgacctccaactaggggtgggactgtt
tctagtttggtattttatgtattcagggaaggaatcatggctcctctggg
ctcagacagttttgtcagagaccacactgaatgggacaaagtgccttttt
gggtaagctcccttgtccacaccacttggtggatgggtctcagaaggagt
gagtctggtggtccatattggatgtgattgggacactggtcctcagtgag
tgtgtgtttgtgagtgactgtgtatgtgtttgagtgtgagtgtgtatgta
tgtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_11138248_11139367
seq2: B6Ng01-225A04.b_45_1182

seq1  GAATTCCTGACAGGTTGAAACCAACCAGCCTTTGTTACAGATGGGGGTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGACAGGTTGAAACCAACCAGCCTTTGTTACAGATGGGGGTGC  50

seq1  TGGCAGGAGGCCTCCTGCTGAGATTGTCAGGCCAGCCATGCCTAGCAGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGGAGGCCTCCTGCTGAGATTGTCAGGCCAGCCATGCCTAGCAGAA  100

seq1  TATGGCCTCTGAAGGAAGTGACTGTCCAGCCCTGCTGTCCTCATAAGCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCCTCTGAAGGAAGTGACTGTCCAGCCCTGCTGTCCTCATAAGCTT  150

seq1  GTGTGCTTGTACACTTGGTTTGAGAAGGTCATGGAACCTTTAGGAGTTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCTTGTACACTTGGTTTGAGAAGGTCATGGAACCTTTAGGAGTTGA  200

seq1  AGGCTTCTGAAAGAACTGGGTCACATGGAAGCTGGGTCACATGGGATGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTCTGAAAGAACTGGGTCACATGGAAGCTGGGTCACATGGGATGGG  250

seq1  CTTGGGTCCCACTTCCTCTTCTCTTTCTATGCCTGGCTCCTTCTGGTCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGTCCCACTTCCTCTTCTCTTTCTATGCCTGGCTCCTTCTGGTCCT  300

seq1  GCCAACGCGATCCTCTCTACCATGATAGAATGCACTGCTTGGCATAAACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAACGCGATCCTCTCTACCATGATAGAATGCACTGCTTGGCATAAACC  350

seq1  AGAGTCAACCATTTCTGCTCTAATTTATTTTCATGAGCATACCTTATCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCAACCATTTCTGCTCTAATTTATTTTCATGAGCATACCTTATCAC  400

seq1  AATAGAGGAAAAGTAAGTCACAAGGCATGAGCCACTGTTCATAGGAAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAGGAAAAGTAAGTCACAAGGCATGAGCCACTGTTCATAGGAAGTT  450

seq1  TGGACTTTTCCCCTGCCAAGGAAGTGGCACCTAGGACCCTCATGGGATCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTTTTCCCCTGCCAAGGAAGTGGCACCTAGGACCCTCATGGGATCC  500

seq1  TGCGGGTCTTGCATGCAGTTGGCCTGAGGGGTGATACAGTCGGTCAGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGGGTCTTGCATGCAGTTGGCCTGAGGGGTGATACAGTCGGTCAGAAA  550

seq1  GCTCAACCTGGGCCAGTGGACACATTTAAACACAGAAGAAAGGGAACTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAACCTGGGCCAGTGGACACATTTAAACACAGAAGAAAGGGAACTGA  600

seq1  AACCACTCACCCAGTTAGGTAAAATGCAGGTGTATTTGGCAAACCTAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACTCACCCAGTTAGGTAAAATGCAGGTGTATTTGGCAAACCTAACA  650

seq1  GTCTTGGCAGTTTCTTCTATTTCAGTCAGGCTGCTCAACGCTACCCTGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGGCAGTTTCTTCTATTTCAGTCAGGCTGCTCAACGCTACCCTGAG  700

seq1  CAGCCACCTCCAGGTTCTGTGTTTCTAAAGTCTCACAGGCAACTAAGCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCACCTCCAGGTTCTGTGTTTCTAAAGTCTCACAGGCAACTAAGCAG  750

seq1  CAATGAAAGCTCCAAACTCTTCCTTTTTAGAGATATATTTCCACTCATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGAAAGCTCCAAACTCTTCCTTTTTAGAGATATATTTCCACTCATAA  800

seq1  ACATTCACAGACATAGAAGAACGAGCCCACCAAAATGAATGTGAAGGCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCACAGACATAGAAGAACGAGCCCACCAAAATGAATGTGAAGGCTG  850

seq1  GAAGCTGCACCCACTGTGAGCTCATACA-TACCAGAAGCTGCACCTACTG  899
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGCACCCACTGTGAGCTCATACATTACCAGAAGCTGCACCTACTG  900

seq1  TGTGCTCATACACACCACGAGCTCCCCATCTCCTGCTCTGCCCGACACCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTCATACACACCACGAGCTCCCCATCTCCTGCTCTGCCCGACACCA  950

seq1  TCACTTCCT-GCA-GGTTCCCACATACTTAGCATCTCAGCTCCTCTT-CT  996
      ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCACTTCCTGGCAGGGTTCCCACATACTTAGCATCTCAGCTCCTCTTCCT  1000

seq1  CCGCATTTGCCATTTTGTTTC-AGGCCACATCTTTAGCCCAGATT-GAGC  1044
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CCGCATTTGCCATTTTGTTTCAAGGCCACATCTTTAGCCCAGATTGGAGC  1050

seq1  TGATATCAT-GGACATTTA-CCTTCACTG--CCAAGGGGATTAAA-GCAT  1089
      ||||||||| ||||||||| |||||||||  | |||||||||||| ||||
seq2  TGATATCATGGGACATTTACCCTTCACTGGCCAAAGGGGATTAAAGGCAT  1100

seq1  -GAACAG-AAGGAC-AAGAGGG--CT--CCCCGGAGAC  1120
       |||||| |||||| | |||||  ||  ||||||||||
seq2  GGAACAGAAAGGACTAGGAGGGGCCTTCCCCCGGAGAC  1138

seq1: chr8_11325882_11326441
seq2: B6Ng01-225A04.g_66_625 (reverse)

seq1  GACATACATACACACTCACACTCAAACACATACACAGTCACTCACAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATACATACACACTCACACTCAAACACATACACAGTCACTCACAAACA  50

seq1  CACACTCACTGAGGACCAGTGTCCCAATCACATCCAATATGGACCACCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTCACTGAGGACCAGTGTCCCAATCACATCCAATATGGACCACCAG  100

seq1  ACTCACTCCTTCTGAGACCCATCCACCAAGTGGTGTGGACAAGGGAGCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACTCCTTCTGAGACCCATCCACCAAGTGGTGTGGACAAGGGAGCTT  150

seq1  ACCCAAAAAGGCACTTTGTCCCATTCAGTGTGGTCTCTGACAAAACTGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAAAAAGGCACTTTGTCCCATTCAGTGTGGTCTCTGACAAAACTGTC  200

seq1  TGAGCCCAGAGGAGCCATGATTCCTTCCCTGAATACATAAAATACCAAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCCAGAGGAGCCATGATTCCTTCCCTGAATACATAAAATACCAAAC  250

seq1  TAGAAACAGTCCCACCCCTAGTTGGAGGTCAGAAATGAGGACAGGAACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAACAGTCCCACCCCTAGTTGGAGGTCAGAAATGAGGACAGGAACAA  300

seq1  GCACACGGTTCCAATTCCCCCTTCACATCCCAGTCCTGGGTCAGCCTGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACGGTTCCAATTCCCCCTTCACATCCCAGTCCTGGGTCAGCCTGCA  350

seq1  GCCCTGGACTTTGCCTTTCCGACTCTGATAGGGACCCTGCAAGGGGCCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGGACTTTGCCTTTCCGACTCTGATAGGGACCCTGCAAGGGGCCCT  400

seq1  TGCTACCTTGGGGACCTCGGTCTGCCTGGGACTGCTGTCTGGGCACCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACCTTGGGGACCTCGGTCTGCCTGGGACTGCTGTCTGGGCACCAGT  450

seq1  AGCATCTACATCTTAATCCTGGCAGCTTGCACACCTACAGGCAAGCGTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTACATCTTAATCCTGGCAGCTTGCACACCTACAGGCAAGCGTTC  500

seq1  GGAGATGGCAGTGAGGAGGGTTGCTTTCTTTTGCTTACCTGTGAGAAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATGGCAGTGAGGAGGGTTGCTTTCTTTTGCTTACCTGTGAGAAGGC  550

seq1  AAAGGAATTC  560
      ||||||||||
seq2  AAAGGAATTC  560