BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-229F13
Chromosome8 (Build37)
Map Location 118,535,259 - 118,707,342
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneWwox, Maf
Downstream geneLOC384868, LOC668233, Dynlrb2, Cdyl2, LOC100043053, 2310061C15Rik, 2610510J17Rik, BC060631, 1700030J22Rik, Gcsh, Pkd1l2, Bcmo1, Gan
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-229F13.bB6Ng01-229F13.g
ACCGA042522GA042523
length1,195885
definitionB6Ng01-229F13.b B6Ng01-229F13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,535,259 - 118,536,461)(118,706,458 - 118,707,342)
sequence
gaattccgaagacagaattctgtgcagtgagttctagccgttgtgcattt
ggaaggtttagacattcaggcagtttgaacgcaacatgttgacaagttta
aattcaaagttgtcggctgcatcagttcagcttgaattcctagcagtgtg
gggaagttaacacagccaagtcatgtcatgtcactccagaaacaactgtc
catccatttactcagcaactggttagttgttgacagtactcattcaccct
tcagatgtgcctccattcaagagagatgctgattcctccattcattaacg
aataattgtgccttttaaagagtatttgggaagtttccattatgggtatg
acaggttcatgggacactgagcatctgtattattcttgtcatgagaccat
gaatcccaagaaagctccctcatgcagagaccatgtaatgattcatcttc
attgccaacttgattgaatttatttatttatttatttatttatttttgtt
tttcgagacagggtttctctgaatagtcctggctgtcctggaactcactc
tgtagaccaggctggcctcgaactcagaaattcgcctgcctctgcctccc
aagtgctgggattaaaggcgtgcgccaccacgcccggtttgattgaattt
agagtcaccatggaaacatggcgttacttcttagagtagctatgtgtgca
ttttcagaaaggatcaactatcaagacaagtcctacactgatggtaggtg
ataccaactcattatgaatataataataataataataataataataataa
taataataataaacataacaataaatagagaaagtgagcagaacaccagc
agtcatgcatttctatttccagaatgtgggtgcaatgtgaccagttacct
ccagcccctatttctacaacttctccatgactgttaccctgatacctgag
ccaaagttagcactccttttgtaaattgctttatgttcgagatcaagcaa
gggacaaggcaagtaagaatagtgtattaatgtgattattgttcttcagc
tcacaagtcttggtgtgaagtagattcagttccctctgctagcactttcc
ctttgtaaggagacagcctgagtgactttggatacagctttacttgcagg
tctaaactaggatcgtagagacgtactcttaaaatttcatggcca
gaattccagggcagcttagattgcatgagactatgaagaaagcaacaaga
taagagtaacagcaaagcacaaaaaccacccaaaaggatgagtgaccgta
aatataaatataaatataaatgaggagtcatgggtgtttatgtaggaata
cttacttgggaacaaggagaaattgaccctgtctgcttacagcatggtgg
aatgcattggtcatatatgtactgatatccgatatcttccaaaactactt
ccaagttcttccttgccttcaaagggctacaggagaattcatgaggcaga
ataccaaccagagccttcaatggtcagagtcagctctgtttgcagatcgc
actggggaaggccgtactgtgctgaccacatacatgtaagggaacagaat
aggttgtaggccccagggcttattgtgcaatgttcctacatagtaattct
gtgcggtgcttgagctatctttacaaagactcagagtcagggccatccca
ggttttacagtgacctagtttaggtgagccctatggtcctctcagctccg
tgactctgccaatggggctcaggcactgtttcaactttatctcttagctg
aactttattttttttttttcccaaagaccataaaaccaacctactgggca
accctactgtgagaagtcatggaccaacatgttcaaggccataaattata
aaccaattcatttcattttcttcctattttgccaacgctctctttgataa
gtaaataaagtcatgctgttctcacaatgacagctgtcatgatctagact
tgagattttagaaaattgaatgtaactaaatctctctctctctctctctc
tctctctctctctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_118535259_118536461
seq2: B6Ng01-229F13.b_50_1244

seq1  GAATTCCGAAGACAGAATTCTGTGCAGTGAGTTCTAGCCGTTGTGCATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCGAAGACAGAATTCTGTGCAGTGAGTTCTAGCCGTTGTGCATTT  50

seq1  GGAAGGTTTAGACATTCAGGCAGTTTGAACGCAACATGTTGACAAGTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGTTTAGACATTCAGGCAGTTTGAACGCAACATGTTGACAAGTTTA  100

seq1  AATTCAAAGTTGTCGGCTGCATCAGTTCAGCTTGAATTCCTAGCAGTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAAAGTTGTCGGCTGCATCAGTTCAGCTTGAATTCCTAGCAGTGTG  150

seq1  GGGAAGTTAACACAGCCAAGTCATGTCATGTCACTCCAGAAACAACTGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGTTAACACAGCCAAGTCATGTCATGTCACTCCAGAAACAACTGTC  200

seq1  CATCCATTTACTCAGCAACTGGTTAGTTGTTGACAGTACTCATTCACCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCATTTACTCAGCAACTGGTTAGTTGTTGACAGTACTCATTCACCCT  250

seq1  TCAGATGTGCCTCCATTCAAGAGAGATGCTGATTCCTCCATTCATTAACG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATGTGCCTCCATTCAAGAGAGATGCTGATTCCTCCATTCATTAACG  300

seq1  AATAATTGTGCCTTTTAAAGAGTATTTGGGAAGTTTCCATTATGGGTATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTGTGCCTTTTAAAGAGTATTTGGGAAGTTTCCATTATGGGTATG  350

seq1  ACAGGTTCATGGGACACTGAGCATCTGTATTATTCTTGTCATGAGACCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTTCATGGGACACTGAGCATCTGTATTATTCTTGTCATGAGACCAT  400

seq1  GAATCCCAAGAAAGCTCCCTCATGCAGAGACCATGTAATGATTCATCTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCCAAGAAAGCTCCCTCATGCAGAGACCATGTAATGATTCATCTTC  450

seq1  ATTGCCAACTTGATTGAATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTTGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCAACTTGATTGAATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTTGTT  500

seq1  TTTCGAGACAGGGTTTCTCTGAATAGTCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGAGACAGGGTTTCTCTGAATAGTCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTC  550

seq1  TGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATTCGCCTGCCTCTGCCTCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATTCGCCTGCCTCTGCCTCCC  600

seq1  AAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCACGCCCGGTTTGATTGAATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCACGCCCGGTTTGATTGAATTT  650

seq1  AGAGTCACCATGGAAACATGGCGTTACTTCTTAGAGTAGCTATGTGTGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCACCATGGAAACATGGCGTTACTTCTTAGAGTAGCTATGTGTGCA  700

seq1  TTTTCAGAAAGGATCAACTATCAAGACAAGTCCTACACTGATGGTAGGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAGAAAGGATCAACTATCAAGACAAGTCCTACACTGATGGTAGGTG  750

seq1  ATACCAACTCATTATGAATATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAACTCATTATGAATATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAA  800

seq1  TAATAATAATAAACAATAACAATAAATAGAGAAAGTGAGCAGAACACCAG  850
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATAATAAAC-ATAACAATAAATAGAGAAAGTGAGCAGAACACCAG  849

seq1  CAGTCATGCATTTCTATTTCCAGAATGTGGGTGCAATGTGACCAGTTACC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCATGCATTTCTATTTCCAGAATGTGGGTGCAATGTGACCAGTTACC  899

seq1  TCCAGCCCCTATTTCTACAACTTCTCCATGACTG-TACCCTGAAACCTGA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  TCCAGCCCCTATTTCTACAACTTCTCCATGACTGTTACCCTGATACCTGA  949

seq1  GCCAAAGTTAGCACTCCTTTGTTAAATTGCTTTATGTTCGAGATCCAAGC  999
      ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GCCAAAGTTAGCACTCCTTTTGTAAATTGCTTTATGTTCGAGAT-CAAGC  998

seq1  AAGGGAACAGGGCAAGTAAGGAATAGTGTATTAATGTGATTATTGTTCTT  1049
      ||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGG-ACAAGGCAAGTAA-GAATAGTGTATTAATGTGATTATTGTTCTT  1046

seq1  CAGCTCAC-AGTCT--GTGTGAGGTAGAATCAAGGTCCCTCTGCTAGCAC  1096
      |||||||| |||||  |||||| ||||| || || |||||||||||||||
seq2  CAGCTCACAAGTCTTGGTGTGAAGTAGATTC-AGTTCCCTCTGCTAGCAC  1095

seq1  TTTCCC-TTGTAAGGAGCAGGCGCTGAGTGACTTTGGGATACAGTTTTAC  1145
      |||||| ||||||||||   || |||||||||||| |||||||| |||||
seq2  TTTCCCTTTGTAAGGAGACAGC-CTGAGTGACTTT-GGATACAGCTTTAC  1143

seq1  TTGCAGTGCTAAAACTAAGTATCAGAGAGGACAGCACCTCTATAAAATTT  1195
      ||||||  || ||||| || |||  ||| ||| | | |||| ||||||||
seq2  TTGCAGGTCT-AAACT-AGGATCGTAGA-GAC-GTA-CTCT-TAAAATTT  1187

seq1  CATGGCCA  1203
      ||||||||
seq2  CATGGCCA  1195

seq1: chr8_118706458_118707342
seq2: B6Ng01-229F13.g_67_951 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  50

seq1  AGAGATTTAGTTACATTCAATTTTCTAAAATCTCAAGTCTAGATCATGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATTTAGTTACATTCAATTTTCTAAAATCTCAAGTCTAGATCATGAC  100

seq1  AGCTGTCATTGTGAGAACAGCATGACTTTATTTACTTATCAAAGAGAGCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTCATTGTGAGAACAGCATGACTTTATTTACTTATCAAAGAGAGCG  150

seq1  TTGGCAAAATAGGAAGAAAATGAAATGAATTGGTTTATAATTTATGGCCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAAAATAGGAAGAAAATGAAATGAATTGGTTTATAATTTATGGCCT  200

seq1  TGAACATGTTGGTCCATGACTTCTCACAGTAGGGTTGCCCAGTAGGTTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACATGTTGGTCCATGACTTCTCACAGTAGGGTTGCCCAGTAGGTTGG  250

seq1  TTTTATGGTCTTTGGGAAAAAAAAAAAATAAAGTTCAGCTAAGAGATAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGGTCTTTGGGAAAAAAAAAAAATAAAGTTCAGCTAAGAGATAAA  300

seq1  GTTGAAACAGTGCCTGAGCCCCATTGGCAGAGTCACGGAGCTGAGAGGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAACAGTGCCTGAGCCCCATTGGCAGAGTCACGGAGCTGAGAGGAC  350

seq1  CATAGGGCTCACCTAAACTAGGTCACTGTAAAACCTGGGATGGCCCTGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGGCTCACCTAAACTAGGTCACTGTAAAACCTGGGATGGCCCTGAC  400

seq1  TCTGAGTCTTTGTAAAGATAGCTCAAGCACCGCACAGAATTACTATGTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTCTTTGTAAAGATAGCTCAAGCACCGCACAGAATTACTATGTAG  450

seq1  GAACATTGCACAATAAGCCCTGGGGCCTACAACCTATTCTGTTCCCTTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATTGCACAATAAGCCCTGGGGCCTACAACCTATTCTGTTCCCTTAC  500

seq1  ATGTATGTGGTCAGCACAGTACGGCCTTCCCCAGTGCGATCTGCAAACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTGGTCAGCACAGTACGGCCTTCCCCAGTGCGATCTGCAAACAG  550

seq1  AGCTGACTCTGACCATTGAAGGCTCTGGTTGGTATTCTGCCTCATGAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGACTCTGACCATTGAAGGCTCTGGTTGGTATTCTGCCTCATGAATT  600

seq1  CTCCTGTAGCCCTTTGAAGGCAAGGAAGAACTTGGAAGTAGTTTTGGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGTAGCCCTTTGAAGGCAAGGAAGAACTTGGAAGTAGTTTTGGAAG  650

seq1  ATATCGGATATCAGTACATATATGACCAATGCATTCCACCATGCTGTAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCGGATATCAGTACATATATGACCAATGCATTCCACCATGCTGTAAG  700

seq1  CAGACAGGGTCAATTTCTCCTTGTTCCCAAGTAAGTATTCCTACATAAAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAGGGTCAATTTCTCCTTGTTCCCAAGTAAGTATTCCTACATAAAC  750

seq1  ACCCATGACTCCTCATTTATATTTATATTTATATTTACGGTCACTCATCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCATGACTCCTCATTTATATTTATATTTATATTTACGGTCACTCATCC  800

seq1  TTTTGGGTGGTTTTTGTGCTTTGCTGTTACTCTTATCTTGTTGCTTTCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGGTGGTTTTTGTGCTTTGCTGTTACTCTTATCTTGTTGCTTTCTT  850

seq1  CATAGTCTCATGCAATCTAAGCTGCCCTGGAATTC  885
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTCTCATGCAATCTAAGCTGCCCTGGAATTC  885