BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-232O02
Chromosome8 (Build37)
Map Location 113,341,239 - 113,498,630
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSf3b3, Cog4, Fuk, St3gal2
Upstream geneAp1g1, Phlppl, Marveld3, LOC100041884, Tat, Chst4, Zfp612, Gm1467, Calb2, BC025546, Hydin, LOC672398, Vac14, BC060632, 2010004A03Rik
Downstream geneDdx19a, Ddx19b, Aars, Exosc6, Mrcl, 4930402E16Rik, 9430091E24Rik, Glg1, Rfwd3, LOC547023, Mlkl, Fa2h, Wdr59, Znrf1, Ldhd, Zfp1, Ctrb1, Bcar1, Cfdp1, Tmem170, Chst5, 4932417I16Rik, Gabarapl2, Adat1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-232O02.bB6Ng01-232O02.g
ACCGA045104GA045105
length9701,127
definitionB6Ng01-232O02.b B6Ng01-232O02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,497,666 - 113,498,630)(113,341,239 - 113,342,352)
sequence
gaattcttgggtcagagttggaacatttgaagtcataattcaccaactct
gtagtattctcctactttttttgttgtttgagataagttctcactgtgta
gccctaattgtctttgaactcggaaatctgcctgcctctgcctcctaaat
gcttggattaaatgggtttatattatcaaattttaaaaaattatgtatag
tgtttgtactggctgtatgcatgctaaaagagggcattagatttcattac
agatggctatgaatccatgtggttgctgagaattgaactcaggactctgg
gtcagagcagcccatgcttttaacctctgagccatctctgcagcctttat
attatcagtttttaaaactttgccaatctaggagctggagagaagactca
atagtcaggagcacttgctgcccttataaaggacctttgtttgagtccca
gtgcccacatcatgtcaggtcattcacaactgcctggtacttcctttgct
tcagaggaagctggtacctctgctgtccttgggcacctggcagtcatgta
tactccactcccagagatgtaagttactttcaatcccagtgctctggtga
caagatcagtagttcctgaatatccggagttatattaagagaacatggct
caaaaacagaattaaaaccatctttcttgggagtcatttttatgttcatt
tagatcttaagatgttgtattggtgctcacctgtgaacctcgacagtgaa
ataaatatcaactgagcccagaattcatggatttagcctatacaacatta
ggaaaggacaaagattcaaacaaaacatgttttagactctttttgggatc
tgaaatatttttggtttccacagaagagaataccagatagatgtgtatgt
aggctagattttcagcccttgaatgatgttgaacacggagagcaggtaat
gagattgaaaatcacggtct
gaattccagcccttggaaagctgggaatagcaggatcattaagagttcct
ggcaagccagggttatggtctgagaccctatctccaaagcagtgtgtatg
tgacatggagaagagaattagaggtggtttctaaatttaaacttttctaa
acaacttcacaggcaggcgttttgaaattgcccctctggaggtcagagta
attacctcagccatctgctgctttctctgagcttttgtggcctcagtgta
ggcattgtgatccgtctcaatgatgataaggttgttactctcagggtgga
tgacaaacttcctgggtgtgtactgcaatgggaaggctacttgattgaag
acagcaccaagcttctctaaagccaaaatcctatggtaataggcaagaga
gttaaaggtgttggctcactcagctcagctgatgaaatgaagctgcttat
gccctaaggcaacacgataacaactgtgtacgattaaacgaccaccgtac
acgacaaggagatacacgcagatttccccttcagcaacacataccctgca
attgtgttttcaccactgaaacacactgaactagaaccttgcactgacat
tgtcaaacccttactattgcatagttaatgtaataacatgacgttcaggg
gacacggagaaggttcagttggtaaagtatttgtatggaaccatgatgac
ctgaattatgaaccctaaaacccacttaaaaggcagggcacagcagtacc
ccgtaatccctatgctaaggaaaaagagacaggaggttctctggggtttg
atagcagtcagttttgctagtttgcaaactactttcagtgagagatcctg
ccccaaaaaatagtcgactgtttatctctccagttggctttgtgaacctg
ggagatggggtctaaaaacgaggacaaacttctcatgtgacagccaactt
ttattcagaacatcagaccatttataaccctgaaggttaaagaagaggtc
acacgagtaaagttattcatttccaaggacaacacaacaggcaaaaccaa
tgtttgttttcaaagaagccaccatgagtaccaatgactgcttcagcttc
actccttatcttgctacaccttggaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_113497666_113498630
seq2: B6Ng01-232O02.b_43_1012 (reverse)

seq1  AGACCGTGATTTTCAATCTCA-TACCTGCTCTCCCGTGTTCACCATCATT  49
      ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||
seq2  AGACCGTGATTTTCAATCTCATTACCTGCTCT-CCGTGTTCAACATCATT  49

seq1  CAAGGGCTGAAACTCTAGCCTACATACACATCTATCTGGTACTTCTCTTC  99
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAAGGGCTGAAAATCTAGCCTACATACACATCTATCTGGTA-TTCTCTTC  98

seq1  TGTGGAA--CCAAAATATTTCAGATCC--AAAAGAGTCT-AAACATGTTT  144
      |||||||  | ||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||
seq2  TGTGGAAACCAAAAATATTTCAGATCCCAAAAAGAGTCTAAAACATGTTT  148

seq1  TGTTTG-ATCTTTGTCCTTTCCTATTGTTGTATAGGCTAAATCCCTGAAT  193
      |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGTTTGAATCTTTGTCCTTTCCTAATGTTGTATAGGCTAAATCCATGAAT  198

seq1  TCTGGGCTCAGTTGATATTTATTTCACTGTCGAGGTTCACAGGTGAGCAC  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGCTCAGTTGATATTTATTTCACTGTCGAGGTTCACAGGTGAGCAC  248

seq1  CAATACAACATCTTAAGATCTAAATGAACATAAAAATGACTCCCAAGAAA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACAACATCTTAAGATCTAAATGAACATAAAAATGACTCCCAAGAAA  298

seq1  GATGGTTTTAATTCTGTTTTTGAGCCATGTTCTCTTAATATAACTCCGGA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTTTTAATTCTGTTTTTGAGCCATGTTCTCTTAATATAACTCCGGA  348

seq1  TATTCAGGAACTACTGATCTTGTCACCAGAGCACTGGGATTGAAAGTAAC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCAGGAACTACTGATCTTGTCACCAGAGCACTGGGATTGAAAGTAAC  398

seq1  TTACATCTCTGGGAGTGGAGTATACATGACTGCCAGGTGCCCAAGGACAG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATCTCTGGGAGTGGAGTATACATGACTGCCAGGTGCCCAAGGACAG  448

seq1  CAGAGGTACCAGCTTCCTCTGAAGCAAAGGAAGTACCAGGCAGTTGTGAA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGTACCAGCTTCCTCTGAAGCAAAGGAAGTACCAGGCAGTTGTGAA  498

seq1  TGACCTGACATGATGTGGGCACTGGGACTCAAACAAAGGTCCTTTATAAG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTGACATGATGTGGGCACTGGGACTCAAACAAAGGTCCTTTATAAG  548

seq1  GGCAGCAAGTGCTCCTGACTATTGAGTCTTCTCTCCAGCTCCTAGATTGG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGCAAGTGCTCCTGACTATTGAGTCTTCTCTCCAGCTCCTAGATTGG  598

seq1  CAAAGTTTTAAAAACTGATAATATAAAGGCTGCAGAGATGGCTCAGAGGT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTTTTAAAAACTGATAATATAAAGGCTGCAGAGATGGCTCAGAGGT  648

seq1  TAAAAGCATGGGCTGCTCTGACCCAGAGTCCTGAGTTCAATTCTCAGCAA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGCATGGGCTGCTCTGACCCAGAGTCCTGAGTTCAATTCTCAGCAA  698

seq1  CCACATGGATTCATAGCCATCTGTAATGAAATCTAATGCCCTCTTTTAGC  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATGGATTCATAGCCATCTGTAATGAAATCTAATGCCCTCTTTTAGC  748

seq1  ATGCATACAGCCAGTACAAACACTATACATAATTTTTTAAAATTTGATAA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATACAGCCAGTACAAACACTATACATAATTTTTTAAAATTTGATAA  798

seq1  TATAAACCCATTTAATCCAAGCATTTAGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAACCCATTTAATCCAAGCATTTAGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTC  848

seq1  CGAGTTCAAAGACAATTAGGGCTACACAGTGAGAACTTATCTCAAACAAC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTTCAAAGACAATTAGGGCTACACAGTGAGAACTTATCTCAAACAAC  898

seq1  AAAAAAAGTAGGAGAATACTACAGAGTTGGTGAATTATGACTTCAAATGT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAGTAGGAGAATACTACAGAGTTGGTGAATTATGACTTCAAATGT  948

seq1  TCCAACTCTGACCCAAGAATTC  965
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAACTCTGACCCAAGAATTC  970

seq1: chr8_113341239_113342352
seq2: B6Ng01-232O02.g_65_1191

seq1  GAATTCCAGCCCTTGGAAAGCTGGGAATAGCAGGATCATTAAGAGTTCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCCCTTGGAAAGCTGGGAATAGCAGGATCATTAAGAGTTCCT  50

seq1  GGCAAGCCAGGGTTATGGTCTGAGACCCTATCTCCAAAGCAGTGTGTATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGCCAGGGTTATGGTCTGAGACCCTATCTCCAAAGCAGTGTGTATG  100

seq1  TGACATGGAGAAGAGAATTAGAGGTGGTTTCTAAATTTAAACTTTTCTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATGGAGAAGAGAATTAGAGGTGGTTTCTAAATTTAAACTTTTCTAA  150

seq1  ACAACTTCACAGGCAGGCGTTTTGAAATTGCCCCTCTGGAGGTCAGAGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTTCACAGGCAGGCGTTTTGAAATTGCCCCTCTGGAGGTCAGAGTA  200

seq1  ATTACCTCAGCCATCTGCTGCTTTCTCTGAGCTTTTGTGGCCTCAGTGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCTCAGCCATCTGCTGCTTTCTCTGAGCTTTTGTGGCCTCAGTGTA  250

seq1  GGCATTGTGATCCGTCTCAATGATGATAAGGTTGTTACTCTCAGGGTGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTGTGATCCGTCTCAATGATGATAAGGTTGTTACTCTCAGGGTGGA  300

seq1  TGACAAACTTCCTGGGTGTGTACTGCAATGGGAAGGCTACTTGATTGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAACTTCCTGGGTGTGTACTGCAATGGGAAGGCTACTTGATTGAAG  350

seq1  ACAGCACCAAGCTTCTCTAAAGCCAAAATCCTATGGTAATAGGCAAGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCACCAAGCTTCTCTAAAGCCAAAATCCTATGGTAATAGGCAAGAGA  400

seq1  GTTAAAGGTGTTGGCTCACTCAGCTCAGCTGATGAAATGAAGCTGCTTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAAGGTGTTGGCTCACTCAGCTCAGCTGATGAAATGAAGCTGCTTAT  450

seq1  GCCCTAAGGCAACACGATAACAACTGTGTACGATTAAACGACCACCGTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTAAGGCAACACGATAACAACTGTGTACGATTAAACGACCACCGTAC  500

seq1  ACGACAAGGAGATACACGCAGATTTCCCCTTCAGCAACACATACCCTGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGACAAGGAGATACACGCAGATTTCCCCTTCAGCAACACATACCCTGCA  550

seq1  ATTGTGTTTTCACCACTGAAACACACTGAACTAGAACCTTGCACTGACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGTTTTCACCACTGAAACACACTGAACTAGAACCTTGCACTGACAT  600

seq1  TGTCAAACCCTTACTATTGCATAGTTAATGTAATAACATGACGTTCAGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAACCCTTACTATTGCATAGTTAATGTAATAACATGACGTTCAGGG  650

seq1  GACACGGAGAAGGTTCAGTTGGTAAAGTATTTGTATGGAACCATGATGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACGGAGAAGGTTCAGTTGGTAAAGTATTTGTATGGAACCATGATGAC  700

seq1  CTGAATTATGAACCCTAAAACCCACTTAAAAGGCAGGGCACAGCAGTACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATTATGAACCCTAAAACCCACTTAAAAGGCAGGGCACAGCAGTACC  750

seq1  CCGTAATCCCTATGCTAAGGAAAAAGAGACAGGAGGTTCTCTGGGGTTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTAATCCCTATGCTAAGGAAAAAGAGACAGGAGGTTCTCTGGGGTTTG  800

seq1  ATAGCAGTCAGTTTTGCTAGTTTGCAAACTACTTTCAGTGAGAGATCCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAGTCAGTTTTGCTAGTTTGCAAACTACTTTCAGTGAGAGATCCTG  850

seq1  CCCCAAAAAATAGTCGACTGTTTATCTCTCCAGTTGGCTTTGTGAACCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAAAAATAGTCGACTGTTTATCTCTCCAGTTGGCTTTGTGAACCTG  900

seq1  GGAGAATGGGGTCTAAAAACGAGGACAAAC-TCTCATGTGACAGCCAAC-  948
      |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| 
seq2  GGAG-ATGGGGTCTAAAAACGAGGACAAACTTCTCATGTGACAGCCAACT  949

seq1  TTTATTCAGAACATCAGACAATTTAT-ACCCTGAAGGTT-AAGAAGA-GT  995
      ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||| ||
seq2  TTTATTCAGAACATCAGACCATTTATAACCCTGAAGGTTAAAGAAGAGGT  999

seq1  CACACGAGT-AAGGTATTCAATTCCAAGGACAACACAAACAGCAAAAACC  1044
      ||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||   |||||| | 
seq2  CACACGAGTAAAGTTATTCATTTCCAAGGACAACACAACAGGCAAAACCA  1049

seq1  ATGTT--GTTTCAAAGAAGC--ACATGAGTTAACAATGACTGC-TCAGC-  1088
      |||||   ||||||||||||   |||||| || |||||||||| ||||| 
seq2  ATGTTTGTTTTCAAAGAAGCCACCATGAG-TACCAATGACTGCTTCAGCT  1098

seq1  TCACTCC-TATC-TGCTACACC-TGGAAG  1114
      ||||||| |||| ||||||||| ||||||
seq2  TCACTCCTTATCTTGCTACACCTTGGAAG  1127