BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-239K12
Chromosome8 (Build37)
Map Location 88,537,160 - 88,538,278
singlet/doubletsinglet
Overlap genePhkb
Upstream geneBest2, Asna1, 2310036O22Rik, Tnpo2, Fbxw9, EG436049, Dhps, 1500041N16Rik, BC056474, Man2b1, EG244556, EG624855, Olfr371, Vps35, Orc6l, D830007F02Rik, 4921524J17Rik, Gpt2, Dnaja2, Neto2, Itfg1, LOC100040798
Downstream geneLOC671665, LOC100040165, Abcc12, Lonp2, Siah1a, ENSMUSG00000074178, BC004022, LOC666960
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-239K12.bB6Ng01-239K12.g
ACCGA050023GA050024
length1,122635
definitionB6Ng01-239K12.b B6Ng01-239K12.g
singlet/doubletsinglet---
BLAST hituniqueno hit data
sequence
gaattcaaagcttcccattgtgtactgttaggcacagactatctatcagc
tgagatagtactacaccgatagtactacagaatagaaaggaagggtagtc
ctgataagcatggccttaaaacaaattaacccaaacctcattcttcaagt
ctaattagaatgagtacagttttagtggtaggtaatcttctatttgatga
catgcaattcaaatgtaaaaggtcagtcagcataaataacaaaccacttg
aaagttgcttttatctattcttcagcaatcatgtggcatatgaagcacta
tgggtcacttaaatgacctctgagtctactgatgtgtatggtataagcaa
caacaacaacaacaacaacaacaacacagttaattatagtccactctgat
gatagctacaataggtgtttgtgccaagtgctgtgggatcacagagacaa
tggaaagcattccaagtatctgagtcaggcttgtcctgacttacatttca
ttgttgtaaacatgatcttagcaaatgatatatactttggtggtggaata
tgacttaagacaaatttgtgaccaagagccctgcttctctgtgcttgtgt
gaagatggaagagtgtatgttgattgtgggaacatcctgtcttccaaacc
agctgctatgtgggcttcctcccctaggatatgttgtttaaaaccacgca
ttgtaagtctgccttttaacagaaaaaaaaaaaaaggtattctcacaaat
tatattttgatgcacacatcttggtggcagtcactgctccctttcttctg
ataagctgcatcctgtttcaatacactaatgagggtatagggacagacaa
ctgggaagcagggcttctgcctgtacgctggaaacttgcaatgtgatgag
tgctgatctgaatacagtatgaacttagtatgaagcatgtctgtgttcct
aagtggtgtgcgcacttccacatgtttcggcacactagttacatggttac
aaggcaaccacctacttaacttgtcaaagctcccttgccatggttcagaa
aaaataaagaagaactttactatgctaaagaagtaacaggtccaagtaag
ctgattttagcttgtccatgat

gaattcccaagatacaatttgcaaaacacatgaaactcaagatgaaggaa
gaccaaagagtggatacttcaacccttcttagaagtgagaacaaaatacc
catggaaggagttacagagacaaactgtggggcagagactgaaggaatga
caatccaaagactgccctacctggggatccatcccatataaaccaccaaa
cccagacactattgtggatgccaacaaatgcttgctgacaggatcctgat
atacctgtcttctgagaggctctgccagtgcctaacaaatacagaagtac
atgctcacagccatccattggatggagcacagggtccccaatgaaggagt
tagagaaagtacctaaggagctgaaggggtttgcagccccataggaggaa
caacaatatgaactaaccagtaaccccagagctccctgggactaaaccga
agaaaacacatggtgggactcatggctgtagctgcatatgtatcagagga
tcgcctgatcggttatcaatgggaggaaacgccctttgtcctgtgaaggt
tccatgccccagtaaaggggcattccagggccaggaagcaggagtgagtg
ggttggtgagccagggggatggggaggggataggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_88537160_88538278
seq2: B6Ng01-239K12.b_44_1165

seq1  GAATTCAAAGCTTCCCATTGTGTACTGTTAGGCACAGACTATCTATCAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGCTTCCCATTGTGTACTGTTAGGCACAGACTATCTATCAGC  50

seq1  TGAGATAGTACTACACCGATAGTACTACAGAATAGAAAGGAAGGGTAGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATAGTACTACACCGATAGTACTACAGAATAGAAAGGAAGGGTAGTC  100

seq1  CTGATAAGCATGGCCTTAAAACAAATTAACCCAAACCTCATTCTTCAAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAAGCATGGCCTTAAAACAAATTAACCCAAACCTCATTCTTCAAGT  150

seq1  CTAATTAGAATGAGTACAGTTTTAGTGGTAGGTAATCTTCTATTTGATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTAGAATGAGTACAGTTTTAGTGGTAGGTAATCTTCTATTTGATGA  200

seq1  CATGCAATTCAAATGTAAAAGGTCAGTCAGCATAAATAACAAACCACTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAATTCAAATGTAAAAGGTCAGTCAGCATAAATAACAAACCACTTG  250

seq1  AAAGTTGCTTTTATCTATTCTTCAGCAATCATGTGGCATATGAAGCACTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTGCTTTTATCTATTCTTCAGCAATCATGTGGCATATGAAGCACTA  300

seq1  TGGGTCACTTAAATGACCTCTGAGTCTACTGATGTGTATGGTATAAGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCACTTAAATGACCTCTGAGTCTACTGATGTGTATGGTATAAGCAA  350

seq1  CAACAACAACAACAACAACAACAACACAGTTAATTATAGTCCACTCTGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAACAACAACAACAACAACAACACAGTTAATTATAGTCCACTCTGAT  400

seq1  GATAGCTACAATAGGTGTTTGTGCCAAGTGCTGTGGGATCACAGAGACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCTACAATAGGTGTTTGTGCCAAGTGCTGTGGGATCACAGAGACAA  450

seq1  TGGAAAGCATTCCAAGTATCTGAGTCAGGCTTGTCCTGACTTACATTTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGCATTCCAAGTATCTGAGTCAGGCTTGTCCTGACTTACATTTCA  500

seq1  TTGTTGTAAACATGATCTTAGCAAATGATATATACTTTGGTGGTGGAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGTAAACATGATCTTAGCAAATGATATATACTTTGGTGGTGGAATA  550

seq1  TGACTTAAGACAAATTTGTGACCAAGAGCCCTGCTTCTCTGTGCTTGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTAAGACAAATTTGTGACCAAGAGCCCTGCTTCTCTGTGCTTGTGT  600

seq1  GAAGATGGAAGAGTGTATGTTGATTGTGGGAACATCCTGTCTTCCAAACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGGAAGAGTGTATGTTGATTGTGGGAACATCCTGTCTTCCAAACC  650

seq1  AGCTGCTATGTGGGCTTCCTCCCCTAGGATATGTTGTTTAAAACCACGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCTATGTGGGCTTCCTCCCCTAGGATATGTTGTTTAAAACCACGCA  700

seq1  TTGTAAGTCTGCCTTTTAACAGAAAAAAAAAAAAAGGTATTCTCACAAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAGTCTGCCTTTTAACAGAAAAAAAAAAAAAGGTATTCTCACAAAT  750

seq1  TATATTTTGATGCACACATCTTGGTGGCAGTCACTGCTCCCTTTCTTCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTTGATGCACACATCTTGGTGGCAGTCACTGCTCCCTTTCTTCTG  800

seq1  ATAAGCTGCATCCTGTTTCAATACACTAATGAGGGTATAGGGACAGACAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCTGCATCCTGTTTCAATACACTAATGAGGGTATAGGGACAGACAA  850

seq1  CTGGG-AGCAGGGCTTCTGCCTGTACGCTGGAAACTTGCAATGTGATGAG  899
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAAGCAGGGCTTCTGCCTGTACGCTGGAAACTTGCAATGTGATGAG  900

seq1  TGCTGATCTGAATACAGTATGAACTTAGTATGAAGCATGTCTGTGTTCCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGATCTGAATACAGTATGAACTTAGTATGAAGCATGTCTGTGTTCCT  950

seq1  AAGTGGTGTGCGCACTTCCACATGTTTCGGCACACTAGTTACATGGGTAC  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AAGTGGTGTGCGCACTTCCACATGTTTCGGCACACTAGTTACATGGTTAC  1000

seq1  CAGGC-ACCACCTACTTAAC-TGTCAAAGCTCCCTTGCCATGGTTCAG--  1045
       |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  
seq2  AAGGCAACCACCTACTTAACTTGTCAAAGCTCCCTTGCCATGGTTCAGAA  1050

seq1  AAAATAAAGAAGAACCTTTTACTATGCTAAAG-AGTAACAGTCCCAAAGT  1094
      |||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||  || ||||
seq2  AAAATAAAGAAGAAC--TTTACTATGCTAAAGAAGTAACAGGTCC-AAGT  1097

seq1  AAGCTGATTTTAGCTTGTTCATGAT  1119
      |||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAGCTGATTTTAGCTTGTCCATGAT  1122


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |