BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-240N18
Chromosome8 (Build37)
Map Location 15,774,118 - 15,960,182
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC634008, Csmd1
Upstream geneDlgap2, Cln8, Arhgef10, 2900016B01Rik, 5830468F06Rik, Kbtbd11, BB014433, Myom2, EG665599, EG234097, EG665619
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-240N18.bB6Ng01-240N18.g
ACCGA050920GA050921
length9611,082
definitionB6Ng01-240N18.b B6Ng01-240N18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,774,118 - 15,775,079)(15,959,090 - 15,960,182)
sequence
gaattccaattacaactgtgactgtgtctagttccccttcttcagaaacc
atgctgtgtgaagttcagtatggctttctttatgagctgttaagttattt
ccaatgagtttctgtctcttccactaagcaacccatattcctatttactg
gtcttcattttacagtttcatatatctttgagaacaaatctcaccttgct
gctcacaaacatttccagcagacagtacatgaagcctggcttcatcttat
agacaattttctgtccttccttggacaattgctccacctgtttgtgtctg
tgtgtgctgtgcgtatatgtgcatgtgtgaggtgtgcatgcacacgcatg
tgcttgtgtgtgtggaggctagagtaccgtaggtgtgtcccatcatcatg
gtccagctaacttctctaagacagggtgttcattggtctggaggtagctg
tttctactacagtgtctggcctacaagctccagtatcaacctctatccac
tttcccagtgctgagattacagctctgccatgtcaccttgacttttgtgt
gggagctggagcaccagactcaggccctcatgcttacacagaaagcactt
cttgagctgtctctccaaccccctacggagtttttatctaacgtaatcat
caaaattaaagtacatcacttatattccataattattgttatgttgttta
ctgcctgttcaaattggttttgttccttttatcctatcaaggtctaattt
cagataacaatattttgcacttatgcaaaatagaaatgcaacaatttgat
tttatttttcttctcatgatgtgtatggtgtttctgaaatattttatttc
tctttatttttatgactataagttaacaacacaattatctgcaaagcact
ttgccatctgcatatatatatatatatatatatatatatatatatgtata
tatatagatcc

gaattcactgagagcctaggtgaatagtggtacacagacattcagaaaca
cagaagcaacacgtgtcacattcaaccagtccttttcaagacactatttg
tacttaaaatgtaaacctactgggttatcacattctttcccccgttactg
tgaacagttaaaatcctatgaaaactaggactagtcctaggcacaagggt
gaacttccagttacacactgatggagaacgtggctgctttcgcagtgtgc
aggagtcactgggcaggagacaagaaggtatctgaagaccagacgggagc
aagtcttgtatgtatcaggcagcacctgcagcagtggccatgggcttgcc
ctatcacttttaaacagtagacagagaagcatgaggggacaagtcataat
ctgacagccaccctgcaaagcaggacaatgacccaccccaccccattcct
gggtaattcatttcaccaacatctgcgttagaaagaaaaggagaacctag
tcctctagagccttcgagctcttctgaggacaagaacctcctaaggaaac
tcattcctttctagagtcctttgtaaaactaatagagttgtgtatccagg
aactgagactacgggtggctctgtcatcattacccagactgacagctact
ttagactcagttactcgtgtttgctctagggctgacacaagatagcagca
acaaaactaatgttttttaaaaaaaaacaaaaaaaaaacaggcatttatt
tactgtctgtctggacagctagtcccaggaattacatccaggacatttaa
acttgactctgctataaaccagatggacagtgagtaaaaggaagagctta
gctgcaaaggtgcctgcatccctcctcagcagagctcagctttccattcc
attccacacactggaatttccccaccccatttctccaaatcaacagagat
gccaggaggactaaccttaccacactctgatctgatctgaagcagcaagc
tgagaaaaagcaataattcagctttcatttacagtcagtctgtgcatatc
agaacacatgtcattgaagaagtcacatgcca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_15774118_15775079
seq2: B6Ng01-240N18.b_49_1009

seq1  GAATTCCAATTACAACTGTGACTGTGTCTAGTTCCCCTTCTTCAGAAACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAATTACAACTGTGACTGTGTCTAGTTCCCCTTCTTCAGAAACC  50

seq1  ATGCTGTGTGAAGTTCAGTATGGCTTTCTTTATGAGCTGTTAAGTTATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTGTGAAGTTCAGTATGGCTTTCTTTATGAGCTGTTAAGTTATTT  100

seq1  CCAATGAGTTTCTGTCTCTTCCACTAAGCAACCCATATTCCTATTTACTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGAGTTTCTGTCTCTTCCACTAAGCAACCCATATTCCTATTTACTG  150

seq1  GTCTTCATTTTACAGTTTCATATATCTTTGAGAACAAATCTCACCTTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCATTTTACAGTTTCATATATCTTTGAGAACAAATCTCACCTTGCT  200

seq1  GCTCACAAACATTTCCAGCAGACAGTACATGAAGCCTGGCTTCATCTTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACAAACATTTCCAGCAGACAGTACATGAAGCCTGGCTTCATCTTAT  250

seq1  AGACAATTTTCTGTCCTTCCTTGGACAATTGCTCCACCTGTTTGTGTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAATTTTCTGTCCTTCCTTGGACAATTGCTCCACCTGTTTGTGTCTG  300

seq1  TGTGTGCTGTGCGTATATGTGCATGTGTGAGGTGTGCATGCACACGCATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCTGTGCGTATATGTGCATGTGTGAGGTGTGCATGCACACGCATG  350

seq1  TGCTTGTGTGTGTGGAGGCTAGAGTACCGTAGGTGTGTCCCATCATCATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGTGTGTGTGGAGGCTAGAGTACCGTAGGTGTGTCCCATCATCATG  400

seq1  GTCCAGCTAACTTCTCTAAGACAGGGTGTTCATTGGTCTGGAGGTAGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGCTAACTTCTCTAAGACAGGGTGTTCATTGGTCTGGAGGTAGCTG  450

seq1  TTTCTACTACAGTGTCTGGCCTACAAGCTCCAGTATCAACCTCTATCCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTACTACAGTGTCTGGCCTACAAGCTCCAGTATCAACCTCTATCCAC  500

seq1  TTTCCCAGTGCTGAGATTACAGCTCTGCCATGTCACCTTGACTTTTGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCAGTGCTGAGATTACAGCTCTGCCATGTCACCTTGACTTTTGTGT  550

seq1  GGGAGCTGGAGCACCAGACTCAGGCCCTCATGCTTACACAGAAAGCACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCTGGAGCACCAGACTCAGGCCCTCATGCTTACACAGAAAGCACTT  600

seq1  CTTGAGCTGTCTCTCCAACCCCCTACGGAGTTTTTATCTAACGTAATCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGCTGTCTCTCCAACCCCCTACGGAGTTTTTATCTAACGTAATCAT  650

seq1  CAAAATTAAAGTACATCACTTATATTCCATAATTATTGTTATGTTGTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATTAAAGTACATCACTTATATTCCATAATTATTGTTATGTTGTTTA  700

seq1  CTGCCTGTTCAAATTGGTTTTGTTCCTTTTATCCTATCAAGGTCTAATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTGTTCAAATTGGTTTTGTTCCTTTTATCCTATCAAGGTCTAATTT  750

seq1  CAGATAACAATATTTTGCACTTATGCAAAATAGAAATGCAACAATTTGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAACAATATTTTGCACTTATGCAAAATAGAAATGCAACAATTTGAT  800

seq1  TTTATTTTTCTTCTCATGATGTGTATGGTGTTTCTGAAATATTTTATTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTTCTTCTCATGATGTGTATGGTGTTTCTGAAATATTTTATTTC  850

seq1  TCTTTATTTTTATGACTATAAGTTAACAACACAAATTATCTGCAAAGCAC  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TCTTTATTTTTATGACTATAAGTTAACAACAC-AATTATCTGCAAAGCAC  899

seq1  TTTGCCATCTGCATATATATATATATATATATATATATATATATATGTAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCATCTGCATATATATATATATATATATATATATATATATATGTAT  949

seq1  ATATATATATCC  962
      ||||||| ||||
seq2  ATATATAGATCC  961


seq1: chr8_15959090_15960182
seq2: B6Ng01-240N18.g_66_1147 (reverse)

seq1  TGGCATGTGGCCTTTCTTCATTGACATGTG-TCTGATATGCACAGGCTGC  49
      ||||||||| |  ||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| 
seq2  TGGCATGTGAC--TTCTTCAATGACATGTGTTCTGATATGCACAGACTG-  47

seq1  CCTGTTAAATGGAAGCTTGAATTTATTGCTTTTTCTCAAGCTTGGCTGCT  99
       ||| |||||| |||| |||| ||||||||||||||| ||||| ||||| 
seq2  ACTG-TAAATGAAAGC-TGAA-TTATTGCTTTTTCTC-AGCTT-GCTGC-  91

seq1  TTCAGATCAGATCAGAGGTGTTGGTAGGTTAGTCCTCCTGGCATTCTCTG  149
      |||||||||||||||| |||| |  |||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTCAGATCAGATCAGA-GTGTGGTAAGGTTAGTCCTCCTGGCA-TCTCTG  139

seq1  TTGATTTTGGAGAAATGGGGTGGGGAAATTCCAGTGTGTGGAATGGAATG  199
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGA-TTTGGAGAAATGGGGTGGGGAAATTCCAGTGTGTGGAATGGAATG  188

seq1  GAAAGCTGAGCTCTGCTGAGGAGGGATGCAGGCACCTTTGCAGCTAAGCT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCTGAGCTCTGCTGAGGAGGGATGCAGGCACCTTTGCAGCTAAGCT  238

seq1  CTTCCTTTTACTCACTGTCCATCTGGTTTATAGCAGAGTCAAGTTTAAAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTTTACTCACTGTCCATCTGGTTTATAGCAGAGTCAAGTTTAAAT  288

seq1  GTCCTGGATGTAATTCCTGGGACTAGCTGTCCAGACAGACAGTAAATAAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGGATGTAATTCCTGGGACTAGCTGTCCAGACAGACAGTAAATAAA  338

seq1  TGCCTGTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTAAAAAACATTAGTTTTGTTGCTGC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTAAAAAACATTAGTTTTGTTGCTGC  388

seq1  TATCTTGTGTCAGCCCTAGAGCAAACACGAGTAACTGAGTCTAAAGTAGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTGTGTCAGCCCTAGAGCAAACACGAGTAACTGAGTCTAAAGTAGC  438

seq1  TGTCAGTCTGGGTAATGATGACAGAGCCACCCGTAGTCTCAGTTCCTGGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAGTCTGGGTAATGATGACAGAGCCACCCGTAGTCTCAGTTCCTGGA  488

seq1  TACACAACTCTATTAGTTTTACAAAGGACTCTAGAAAGGAATGAGTTTCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAACTCTATTAGTTTTACAAAGGACTCTAGAAAGGAATGAGTTTCC  538

seq1  TTAGGAGGTTCTTGTCCTCAGAAGAGCTCGAAGGCTCTAGAGGACTAGGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAGGTTCTTGTCCTCAGAAGAGCTCGAAGGCTCTAGAGGACTAGGT  588

seq1  TCTCCTTTTCTTTCTAACGCAGATGTTGGTGAAATGAATTACCCAGGAAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTTTCTTTCTAACGCAGATGTTGGTGAAATGAATTACCCAGGAAT  638

seq1  GGGGTGGGGTGGGTCATTGTCCTGCTTTGCAGGGTGGCTGTCAGATTATG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGGGGTGGGTCATTGTCCTGCTTTGCAGGGTGGCTGTCAGATTATG  688

seq1  ACTTGTCCCCTCATGCTTCTCTGTCTACTGTTTAAAAGTGATAGGGCAAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTCCCCTCATGCTTCTCTGTCTACTGTTTAAAAGTGATAGGGCAAG  738

seq1  CCCATGGCCACTGCTGCAGGTGCTGCCTGATACATACAAGACTTGCTCCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGGCCACTGCTGCAGGTGCTGCCTGATACATACAAGACTTGCTCCC  788

seq1  GTCTGGTCTTCAGATACCTTCTTGTCTCCTGCCCAGTGACTCCTGCACAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGGTCTTCAGATACCTTCTTGTCTCCTGCCCAGTGACTCCTGCACAC  838

seq1  TGCGAAAGCAGCCACGTTCTCCATCAGTGTGTAACTGGAAGTTCACCCTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGAAAGCAGCCACGTTCTCCATCAGTGTGTAACTGGAAGTTCACCCTT  888

seq1  GTGCCTAGGACTAGTCCTAGTTTTCATAGGATTTTAACTGTTCACAGTAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTAGGACTAGTCCTAGTTTTCATAGGATTTTAACTGTTCACAGTAA  938

seq1  CGGGGGAAAGAATGTGATAACCCAGTAGGTTTACATTTTAAGTACAAATA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGGGAAAGAATGTGATAACCCAGTAGGTTTACATTTTAAGTACAAATA  988

seq1  GTGTCTTGAAAAGGACTGGTTGAATGTGACACGTGTTGCTTCTGTGTTTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTTGAAAAGGACTGGTTGAATGTGACACGTGTTGCTTCTGTGTTTC  1038

seq1  TGAATGTCTGTGTACCACTATTCACCTAGGCTCTCAGTGAATTC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGTCTGTGTACCACTATTCACCTAGGCTCTCAGTGAATTC  1082


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |