BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242D23
Chromosome8 (Build37)
Map Location 47,687,984 - 47,780,832
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCcdc111, Casp3
Upstream geneSorbs2, Pdlim3, Ccdc110, 1700029J07Rik, 1810047C23Rik, Ankrd37, Lrp2bp, Snx25, 4933411K20Rik, Slc25a4, LOC621269, LOC100039875, LOC667325, Helt, LOC667337, Acsl1, Mlf1ip
Downstream geneIrf2, Enpp6, Stox2, 4930448N21Rik, D030016E14Rik, Rwdd4a, LOC384819, LOC667422, Ing2, LOC546058
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242D23.bB6Ng01-242D23.g
ACCGA051944GA051945
length1,1581,133
definitionB6Ng01-242D23.b B6Ng01-242D23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(47,779,667 - 47,780,832)(47,687,984 - 47,689,118)
sequence
gaattctctttgcacctctgtcaaaaaccaactgtgtatttgtgtctgta
gatacttctggtctctctgtccctgtctacgtactgtcccccagtcttag
ttatacaatgccactataatgagctttgaaattgggtagagttagccctc
caaccaagtattcttcaattttctaattatttttatttttctagaccctc
taatgattatatccatgtgacctttagaatcagctattatattttattta
cttatttagagatggggggagggaccctgggcattgagccctgggttatc
aggcctggtggcatagctcctatcatattagactcttcaagagcattaaa
taataaaactcagaggaagaaacatagaaactttcaggccttgccttaca
cctaacacatcaaaggaaaataaactaaactggtgggttggataagaatg
ggccttgttggtatatagatttgaatgcttagtcaccagggagaggcact
gtttgaaaggattgaaaggatttcaatgtatggctttgttggaggaactg
tgtcacttggggtaggcttttaggcttcaaaagccaaaaccagactggat
gtccttcagccatccaatcagaatgtagctctcagatgcttctcctgcac
catccctgccatgatgataatggaccaagcctctgaaactgtaggcaatc
ccccatttaaatgcttaattttataagagttgctgtggtgatggtgtctc
ttcataacaatacaatagtggctaagatatcagacatcagatgttaaaaa
aaaaaaattaagtttaagccaagcctggtagcacaggcctgtaattccag
cacccaggaggctgaggcaagtatctccacaaactctcaagaccagcctg
gactacagaaatgagaccctgtctcaaaaaaaaattaatgactggaaatc
tttttgatgagcatgatcagagaggtgaaaagacactgataaattgaaaa
aaatatatagatagccaatccacatatgtacatcatcagtatcaggaata
ttaaacaacctaataccagtgtgaagttagatcctgaattccgggcctgt
gagcttgacctcggagttaaagagtacttctgctctgatagcccagttca
gttcccgg
gaattctgtgctttgacattacagagaatacactcagtggctctttagtt
ttagtaattaaccattcctaaattatatttcccaagttaaactgtaaaca
gaattatagttatttatgcaactacactacagaacttggaggttaaaaca
tatacttacttaagcaatctgcattaatgacaaaatgcattagcaccaga
attcatcctaattggtaggagtggctttactgatatgtatcagtacccaa
aggtatcaacagtatagccagttatcattaaagtgttatttattaactgt
ctgttaatttaaagacaagaataatcaagtgtgttgggtgtggtggtaca
cacctgtaatctaagcacttaattgggagacagaggcagaaggatcagag
gttcagggtttccacggctacatagtgagttggacgccatttggggctac
atgtaaccttgctttggccagcaacatggctcagtgaataaaggcacctg
gtggcacctgtttgacaccccagacctacatggtggaatgaagtccagca
agttctcttctcacatccacaggtgaactgtggcacatgcatgccaaaac
ccaaaaacaaataacactaaaatataaaaaggaaacaacaaatagcaaac
ctaagtaaagccttatcagactcaaagagtatttactagactataacata
gttacatgcaaagaaacttagatttcaatatacttattaagttatattaa
aacaacactaatatgaactgcactatcaagtagtacacatgttaaataaa
attgttatgcaattttgaagttagatttctacaatggtttccatattttc
ctgatataaattggttcttcagtgtttatatcaataagatataatgaatt
aaaagagaaaaatttaaacttagacacctttccatgtgtttattaaatct
gttacagaagtgtggtagcctggtgttggttacattagggatatttctac
gctgtaatacattgtagaactttaataggaacaaattatgtttagcagca
atggaaaaactctgaattcttagaatctttgtaccatctggtgtaagaaa
tctatctagactgctgactatatcacataccag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_47779667_47780832
seq2: B6Ng01-242D23.b_46_1203 (reverse)

seq1  CCGGGAACTGAACCTGGGCTATTCAAGAGCAGGAAGTACTC-TTAACTCC  49
      |||||||||||| |||||||||   |||||| ||||||||| ||||||||
seq2  CCGGGAACTGAA-CTGGGCTAT--CAGAGCA-GAAGTACTCTTTAACTCC  46

seq1  CGAGCCACGCTC-CAGGCCCCGGATTTCA-GATCTTAACTCCACACTGTT  97
         | || |||| |||| |||||| |||| |||| ||||| ||||||| |
seq2  GAGGTCAAGCTCACAGG-CCCGGAATTCAGGATC-TAACTTCACACTGGT  94

seq1  ATTAGGGTTGTTTAATATTCTTGATACCTGATGTTTGTTACATATGT-GA  146
      |||| ||||||||||||||| ||||| |||||| |   ||||||||| ||
seq2  ATTA-GGTTGTTTAATATTCCTGATA-CTGATGAT--GTACATATGTGGA  140

seq1  TTTGCTATTCTATATATTTTTTTTCAATTTTATCAGTTGTCTTTTCACCT  196
      || |||| |||||||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||
seq2  TTGGCTA-TCTATATA-TTTTTTTCAA-TTTATCAG-TGTCTTTTCACCT  186

seq1  CTCTGATCATGCTCATC-AAAAGATTTCCAGTCATTAATTTTTTTTTGAG  245
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGATCATGCTCATCAAAAAGATTTCCAGTCATTAATTTTTTTTTGAG  236

seq1  ACAGGGTCTCA-TTCTGTAGTCCAGGCTGGTCTTGAGAGTTTGTGGAGAT  294
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGTCTCATTTCTGTAGTCCAGGCTGGTCTTGAGAGTTTGTGGAGAT  286

seq1  ACTTGCCTCAGCCTCCTGGGTGCTGGAATTACAGGCCTGTGCTACCAGGC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCCTCAGCCTCCTGGGTGCTGGAATTACAGGCCTGTGCTACCAGGC  336

seq1  TTGGCTTAAACTTAATTTTTTTTTTTTAACATCTGATGTCTGATATCTTA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTTAAACTTAATTTTTTTTTTTTAACATCTGATGTCTGATATCTTA  386

seq1  GCCACTATTGTATTGTTATGAAGAGACACCATCACCACAGCAACTCTTAT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTATTGTATTGTTATGAAGAGACACCATCACCACAGCAACTCTTAT  436

seq1  AAAATTAAGCATTTAAATGGGGGATTGCCTACAGTTTCAGAGGCTTGGTC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTAAGCATTTAAATGGGGGATTGCCTACAGTTTCAGAGGCTTGGTC  486

seq1  CATTATCATCATGGCAGGGATGGTGCAGGAGAAGCATCTGAGAGCTACAT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTATCATCATGGCAGGGATGGTGCAGGAGAAGCATCTGAGAGCTACAT  536

seq1  TCTGATTGGATGGCTGAAGGACATCCAGTCTGGTTTTGGCTTTTGAAGCC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATTGGATGGCTGAAGGACATCCAGTCTGGTTTTGGCTTTTGAAGCC  586

seq1  TAAAAGCCTACCCCAAGTGACACAGTTCCTCCAACAAAGCCATACATTGA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGCCTACCCCAAGTGACACAGTTCCTCCAACAAAGCCATACATTGA  636

seq1  AATCCTTTCAATCCTTTCAAACAGTGCCTCTCCCTGGTGACTAAGCATTC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTTTCAATCCTTTCAAACAGTGCCTCTCCCTGGTGACTAAGCATTC  686

seq1  AAATCTATATACCAACAAGGCCCATTCTTATCCAACCCACCAGTTTAGTT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTATATACCAACAAGGCCCATTCTTATCCAACCCACCAGTTTAGTT  736

seq1  TATTTTCCTTTGATGTGTTAGGTGTAAGGCAAGGCCTGAAAGTTTCTATG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCCTTTGATGTGTTAGGTGTAAGGCAAGGCCTGAAAGTTTCTATG  786

seq1  TTTCTTCCTCTGAGTTTTATTATTTAATGCTCTTGAAGAGTCTAATATGA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCCTCTGAGTTTTATTATTTAATGCTCTTGAAGAGTCTAATATGA  836

seq1  TAGGAGCTATGCCACCAGGCCTGATAACCCAGGGCTCAATGCCCAGGGTC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGCTATGCCACCAGGCCTGATAACCCAGGGCTCAATGCCCAGGGTC  886

seq1  CCTCCCCCCATCTCTAAATAAGTAAATAAAATATAATAGCTGATTCTAAA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCCCCATCTCTAAATAAGTAAATAAAATATAATAGCTGATTCTAAA  936

seq1  GGTCACATGGATATAATCATTAGAGGGTCTAGAAAAATAAAAATAATTAG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACATGGATATAATCATTAGAGGGTCTAGAAAAATAAAAATAATTAG  986

seq1  AAAATTGAAGAATACTTGGTTGGAGGGCTAACTCTACCCAATTTCAAAGC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTGAAGAATACTTGGTTGGAGGGCTAACTCTACCCAATTTCAAAGC  1036

seq1  TCATTATAGTGGCATTGTATAACTAAGACTGGGGGACAGTACGTAGACAG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTATAGTGGCATTGTATAACTAAGACTGGGGGACAGTACGTAGACAG  1086

seq1  GGACAGAGAGACCAGAAGTATCTACAGACACAAATACACAGTTGGTTTTT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGAGAGACCAGAAGTATCTACAGACACAAATACACAGTTGGTTTTT  1136

seq1  GACAGAGGTGCAAAGAGAATTC  1166
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAGGTGCAAAGAGAATTC  1158

seq1: chr8_47687984_47689118
seq2: B6Ng01-242D23.g_67_1199

seq1  GAATTCTGTGCTTTGACATTACAGAGAATACACTCAGTGGCTCTTTAGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGCTTTGACATTACAGAGAATACACTCAGTGGCTCTTTAGTT  50

seq1  TTAGTAATTAACCATTCCTAAATTATATTTCCCAAGTTAAACTGTAAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTAATTAACCATTCCTAAATTATATTTCCCAAGTTAAACTGTAAACA  100

seq1  GAATTATAGTTATTTATGCAACTACACTACAGAACTTGGAGGTTAAAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTATAGTTATTTATGCAACTACACTACAGAACTTGGAGGTTAAAACA  150

seq1  TATACTTACTTAAGCAATCTGCATTAATGACAAAATGCATTAGCACCAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTTACTTAAGCAATCTGCATTAATGACAAAATGCATTAGCACCAGA  200

seq1  ATTCATCCTAATTGGTAGGAGTGGCTTTACTGATATGTATCAGTACCCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATCCTAATTGGTAGGAGTGGCTTTACTGATATGTATCAGTACCCAA  250

seq1  AGGTATCAACAGTATAGCCAGTTATCATTAAAGTGTTATTTATTAACTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATCAACAGTATAGCCAGTTATCATTAAAGTGTTATTTATTAACTGT  300

seq1  CTGTTAATTTAAAGACAAGAATAATCAAGTGTGTTGGGTGTGGTGGTACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTAATTTAAAGACAAGAATAATCAAGTGTGTTGGGTGTGGTGGTACA  350

seq1  CACCTGTAATCTAAGCACTTAATTGGGAGACAGAGGCAGAAGGATCAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGTAATCTAAGCACTTAATTGGGAGACAGAGGCAGAAGGATCAGAG  400

seq1  GTTCAGGGTTTCCACGGCTACATAGTGAGTTGGACGCCATTTGGGGCTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGGGTTTCCACGGCTACATAGTGAGTTGGACGCCATTTGGGGCTAC  450

seq1  ATGTAACCTTGCTTTGGCCAGCAACATGGCTCAGTGAATAAAGGCACCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAACCTTGCTTTGGCCAGCAACATGGCTCAGTGAATAAAGGCACCTG  500

seq1  GTGGCACCTGTTTGACACCCCAGACCTACATGGTGGAATGAAGTCCAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCACCTGTTTGACACCCCAGACCTACATGGTGGAATGAAGTCCAGCA  550

seq1  AGTTCTCTTCTCACATCCACAGGTGAACTGTGGCACATGCATGCCAAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTCTTCTCACATCCACAGGTGAACTGTGGCACATGCATGCCAAAAC  600

seq1  CCAAAAACAAATAACACTAAAATATAAAAAGGAAACAACAAATAGCAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAAACAAATAACACTAAAATATAAAAAGGAAACAACAAATAGCAAAC  650

seq1  CTAAGTAAAGCCTTATCAGACTCAAAGAGTATTTACTAGACTATAACATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTAAAGCCTTATCAGACTCAAAGAGTATTTACTAGACTATAACATA  700

seq1  GTTACATGCAAAGAAACTTAGATTTCAATATACTTATTAAGTTATATTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACATGCAAAGAAACTTAGATTTCAATATACTTATTAAGTTATATTAA  750

seq1  AACAACACTAATATGAACTGCACTATCAAGTAGTACACATGTTAAATAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACACTAATATGAACTGCACTATCAAGTAGTACACATGTTAAATAAA  800

seq1  ATTGTTATGCAATTTTGAAGTTAGATTTCTACAATGGTTTCCATATTTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTATGCAATTTTGAAGTTAGATTTCTACAATGGTTTCCATATTTTC  850

seq1  CTGATATAAATTGGTTCTTCAGTGTTTATATCAATAAGATATAATGAATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATATAAATTGGTTCTTCAGTGTTTATATCAATAAGATATAATGAATT  900

seq1  AAAAGAGAAAAATTTAAACTTAGACAACCTTTCCATGTGTTTATTAAATC  950
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGAAAAATTTAAACTTAGAC-ACCTTTCCATGTGTTTATTAAATC  949

seq1  TGTTACAGAAGTGTGGTAGCCTGGTGTTGGTTACATTAGGGATATTTCTA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACAGAAGTGTGGTAGCCTGGTGTTGGTTACATTAGGGATATTTCTA  999

seq1  CGCTGTAATACATTGTAGAACTTTAATAGGAACAA--TATGTTTAAGCAG  1048
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||
seq2  CGCTGTAATACATTGTAGAACTTTAATAGGAACAAATTATGTTT-AGCAG  1048

seq1  CAATGAAAAACCTCTGAA-TCTTAG-ATCTTTGTAACCCATCT-GTGTAA  1095
      ||||| |||| ||||||| |||||| |||||||||  |||||| ||||||
seq2  CAATGGAAAAACTCTGAATTCTTAGAATCTTTGTA--CCATCTGGTGTAA  1096

seq1  GAAATCCTATCTTAGACTGCTGAACTATATCACATACCAG  1135
      ||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GAAAT-CTATC-TAGACTGCTG-ACTATATCACATACCAG  1133