BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-243C04
Chromosome8 (Build37)
Map Location 11,046,382 - 11,200,649
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCol4a1
Upstream geneMyo16, LOC100040008, LOC384782, LOC100040507, LOC665306, Irs2
Downstream geneCol4a2, Rab20, 0710008K08Rik, Cars2, Ing1, Ankrd10, 1700016D06Rik, EG665271, LOC665363, LOC624710, LOC665373, Arhgef7, 1700018L24Rik, LOC100040155
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-243C04.bB6Ng01-243C04.g
ACCGA052603GA052604
length505732
definitionB6Ng01-243C04.b B6Ng01-243C04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,046,382 - 11,046,870)(11,199,517 - 11,200,649)
sequence
gaattctctagttcatggaggctgtgtattagtcagggttctctagagtc
acagaatttacggatagtctctatatagtaagggaatttgttataatgac
ttacagactgtagttaaactccccaacaatggtcagctgtaaatggcaag
tccaaggatctagtagttgctcagtcccacaagactaggagatccaacag
atgtgctagcaagtaaatgcaagcaggcgaatcttccatcttccaatgtc
cttatgtaggcctccaggagaaagtgtgtcccagattaaaagggtgtgta
tcaccacgtctggatctggggacttgtttttgtccccaggctgccccttg
aaactcagagatctagttgcctttagtctcctggggattcataagccact
atggcctcaagatcctccatgccaagatccaggttggaaaacttggctcc
tcccagccctcaagatctaaatcacgggtgaacccttcctcaattctaga
ttgta
gaattcaccttgctaatgactaaaataaggatcaagacgagtctcagctg
ctcagtgtctccccctctctctggcctcacctcaggccatgtgtattgaa
acactcccagggttatgaacagggtttgagtgtcagctcattactccagg
tttaccacttaccctaccatccaatgaaatgtaaggaacactcactgtca
aatattgtggagaaaaataatgttcttccataccctgggaaggctctaat
ctattagagacaatgaaaagctaattataggactagagacatggctcagt
ggttaagagcactgattgctcttccagaggccctgagttcaattctcagc
aaccacattgtttcacaaccatctgtaacgggatctgatgcactctcctg
ctgtgtatctgaagatagttacagtgtgcttgtataaagaaaaataaata
aattaataaaaatacatatttcttaaaaaaaaaaaaagaaaagctaatta
gtcctatggctgagaggtgtgatcttggctgggctccggtgggctcgtgc
atgtaggtaatgtctaaaacattcccatgttgtagaaccacagaccccag
ttgctgtttatcatcaatgtagacggatgtttatctggtcccttagggat
catagggctctggagctggggctacagaatttctgattctgtaagcacct
gcatttctgatgctccatgactcgctgttgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_11046382_11046870
seq2: B6Ng01-243C04.b_48_552

seq1  GAATTCTCTAGTTCATGGAGGCTGTGTATTAGTCAGGGTTCTCTAGAGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTAGTTCATGGAGGCTGTGTATTAGTCAGGGTTCTCTAGAGTC  50

seq1  ACAGAATTTACGGATAGTCTCTATATAGTAAGGGAATTTGTTATAATGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAATTTACGGATAGTCTCTATATAGTAAGGGAATTTGTTATAATGAC  100

seq1  TTACAGACTGTAGTTAAACTCCCCAACAATGGTCAGCTGTAAATGGCAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGACTGTAGTTAAACTCCCCAACAATGGTCAGCTGTAAATGGCAAG  150

seq1  TCCAAGGATCTAGTAGTTGCTCAGTCCCACAAGACTAGGAGATCCAACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGGATCTAGTAGTTGCTCAGTCCCACAAGACTAGGAGATCCAACAG  200

seq1  ATGTGCTAGCAAGTAAATGCAAGCAGGCGAATCTTCCATCTTCCAATGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCTAGCAAGTAAATGCAAGCAGGCGAATCTTCCATCTTCCAATGTC  250

seq1  CTTATGTAGGCCTCCAGGAGAAAGTGTGTCCCAGATTAAA--GGTGTGTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||
seq2  CTTATGTAGGCCTCCAGGAGAAAGTGTGTCCCAGATTAAAAGGGTGTGTA  300

seq1  TCACCACGTCTGGATCT-GGGACTTG-TTTTGT-CCCAGGCTG-CCCTTG  344
      ||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||| ||||||
seq2  TCACCACGTCTGGATCTGGGGACTTGTTTTTGTCCCCAGGCTGCCCCTTG  350

seq1  -AACTCAGAGATCTAGTTGCC-TTAGTCTCCT-GGGATTCAT-AGCCACT  390
       |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||
seq2  AAACTCAGAGATCTAGTTGCCTTTAGTCTCCTGGGGATTCATAAGCCACT  400

seq1  AT-GCCTCAAGAT-CTCCATGCCAAGATCCAGGTTGG-AAACTT-GCATC  436
      || |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||  |
seq2  ATGGCCTCAAGATCCTCCATGCCAAGATCCAGGTTGGAAAACTTGGCTCC  450

seq1  TCCCAG-CCTCAAGATCTAGATCACAGGTG-AGCCTTCCTCAATTCTAGA  484
      |||||| |||||||||||| ||||| |||| | |||||||||||||||||
seq2  TCCCAGCCCTCAAGATCTAAATCACGGGTGAACCCTTCCTCAATTCTAGA  500

seq1  TTGTA  489
      |||||
seq2  TTGTA  505

seq1: chr8_11199517_11200649
seq2: B6Ng01-243C04.g_65_1193 (reverse)

seq1  AATGCAATTCATCTTTTATTGGATCAGGAGCGCCATTTGGTATGTGCCAT  50
      ||||||| ||||| |||||| ||||||||||| || || |||||||||| 
seq2  AATGCAA-TCATC-TTTATT-GATCAGGAGCG-CAATTCGTATGTGCCAC  46

seq1  TATGGAAAGCTCTCCGCTGCCTGTCCTTCTCCTTCAGCAAACAGAGGCCA  100
      ||||  |||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||
seq2  TATG--AAGCTCTCGGCTGCCTGT-CATCTCCTTCAGCAAACAGAGGCCA  93

seq1  ACGAAGCGGGGTGTGTTAGTTACGCGAATCCCTATAAGGCACTTTATGGT  150
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACG-AGCGGGGTGTGTTAGTTACGCGAATCCCTATAAGGCACTTTATGGT  142

seq1  TTTCATAGTGGACAGTGAGGTACACA-GGATATAATTCTAGGGTTC-ATT  198
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||
seq2  TTTCATAGTGGACAGTGAGGTACACAGGGATATAATTCTAGGGTTCAATT  192

seq1  GCTGTTACAAATACAATGGGAGGGAGAAG-AGGACAAGGGGGGGGAGTAG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTACAAATACAATGGGAGGGAGAAGAAGGACAAGGGGGGGGAGTAG  242

seq1  CACCATGTTGTGACGGTGGCAGAGGCGAGCATCATAGTTATGTTCTTCTC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATGTTGTGACGGTGGCAGAGGCGAGCATCATAGTTATGTTCTTCTC  292

seq1  ATGCACACTT-GGCAGCGGCTGACGTGTGTTCGCAGCTCCCCTGCCTTCA  346
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACACTTGGGCAGCGGCTGACGTGTGTTCGCAGCTCCCCTGCCTTCA  342

seq1  AGGTGGATGGCGTGGGCTTCCTGCAACACAACAGAGTTACACCGTCAGCA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            
seq2  AGGTGGATGGCGTGGGCTTCCTGCAACACAACAGAGTTNNNNNNNNNNNN  392

seq1  GCAGCAGCAACAGCGAGTCATGGAGCATCAGAAATGCAGGTGCTTACAGA  446
           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  NNNNNAGCAACAGCGAGTCATGGAGCATCAGAAATGCAGGTGCTTACAGA  442

seq1  ATCAGAAATTCTGTAGCCCCAGCTCCAGAGCCCTATGATCCCTAAGGGAC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAAATTCTGTAGCCCCAGCTCCAGAGCCCTATGATCCCTAAGGGAC  492

seq1  CAGATAAACATCCGTCTACATTGATGATAAACAGCAACTGGGGTCTGTGG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATAAACATCCGTCTACATTGATGATAAACAGCAACTGGGGTCTGTGG  542

seq1  TTCTACAACATGGGAATGTTTTAGACATTACCTACATGCACGAGCCCACC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACAACATGGGAATGTTTTAGACATTACCTACATGCACGAGCCCACC  592

seq1  GGAGCCCAGCCAAGATCACACCTCTCAGCCATAGGACTAATTAGCTTTTC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCCCAGCCAAGATCACACCTCTCAGCCATAGGACTAATTAGCTTTTC  642

seq1  TTTTTTTTTTTTTAAGAAATATGTATTTTTATTAATTTATTTATTTTTCT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTTTAAGAAATATGTATTTTTATTAATTTATTTATTTTTCT  692

seq1  TTATACAAGCACACTGTAACTATCTTCAGATACACAGCAGGAGAGTGCAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACAAGCACACTGTAACTATCTTCAGATACACAGCAGGAGAGTGCAT  742

seq1  CAGATCCCGTTACAGATGGTTGTGAAACAATGTGGTTGCTGAGAATTGAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCCCGTTACAGATGGTTGTGAAACAATGTGGTTGCTGAGAATTGAA  792

seq1  CTCAGGGCCTCTGGAAGAGCAATCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATGTC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGGCCTCTGGAAGAGCAATCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATGTC  842

seq1  TCTAGTCCTATAATTAGCTTTTCATTGTCTCTAATAGATTAGAGCCTTCC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTCCTATAATTAGCTTTTCATTGTCTCTAATAGATTAGAGCCTTCC  892

seq1  CAGGGTATGGAAGAACATTATTTTTCTCCACAATATTTGACAGTGAGTGT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTATGGAAGAACATTATTTTTCTCCACAATATTTGACAGTGAGTGT  942

seq1  TCCTTACATTTCATTGGATGGTAGGGTAAGTGGTAAACCTGGAGTAATGA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTACATTTCATTGGATGGTAGGGTAAGTGGTAAACCTGGAGTAATGA  992

seq1  GCTGACACTCAAACCCTGTTCATAACCCTGGGAGTGTTTCAATACACATG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACACTCAAACCCTGTTCATAACCCTGGGAGTGTTTCAATACACATG  1042

seq1  GCCTGAGGTGAGGCCAGAGAGAGGGGGAGACACTGAGCAGCTGAGACTCG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGAGGTGAGGCCAGAGAGAGGGGGAGACACTGAGCAGCTGAGACTCG  1092

seq1  TCTTGATCCTTATTTTAGTCATTAGCAAGGTGAATTC  1133
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGATCCTTATTTTAGTCATTAGCAAGGTGAATTC  1129