BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-243F04
Chromosome8 (Build37)
Map Location 93,061,472 - 93,256,229
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTox3
Downstream geneLOC100041133, Chd9, LOC100041156, EG626231, Rbl2, Aktip, LOC667162, LOC100041222, Rpgrip1l, AJ237917, LOC100041254, LOC674324, LOC100040628
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-243F04.bB6Ng01-243F04.g
ACCGA052740GA052741
length1,210524
definitionB6Ng01-243F04.b B6Ng01-243F04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,255,027 - 93,256,229)(93,061,472 - 93,062,001)
sequence
gaattctacattttgacccaaaggcagtaaaaggagactgtacagcacta
ggtgtagcttgagcatatgtaagatctcaaagcccaccgccacagtgaca
cacttcttccgacaaggccacatccattctaacaaggtcacacttcttaa
tagtgccactctttatgggccaagccttcaaaaacatgaatctatgggag
ccattcctattcaaacgactacaccacacacacacacacacacacacaca
cacacacacacgatatgtatgtggaatgcaagtttaaatatataggagaa
aatgtgatctttattttgagtatagcttagtttgcataaaaacaatctct
agtttggtccattttcatgggaatgttaggatttcatttttttttatgtc
aattagcatttatttactgcacataatagttggtttcatcattgcatctc
acatacatacatttgtgtgtatatatacaaatatacatacgtatataata
cagatgatagtttttaatcctccttaccacatcctgctcctctcccatcg
ctgccccttcctctaccccagccccctttccacttttcacgcattatttc
tgtttcctttttctttatcattgttacatttgcacacagatgtaaatgta
taaacacaacctagtgagtccgtctagtgttgcttgtgcatgtatgtttt
ttgggctgaccacttggtatttgttttttacagctgagtaagagtccctt
gtcccacattttcttgtttcttgtcaatgtcatgcatcccatatcgtgca
ttcttatgacttcccatccttctctctcaggtccctcttaccttgtcact
cctcctacttccttcccttcacaggctttcctcttagcagtcatgcccct
cccaacaccctacaaatccctttctcatgtccaactctttgtttgtttca
tgacccacccactgagttcagccaggggcacctgtgtgactgcaggttta
gactatccaatggagtctggtgggctgacaaacggagacgatgccacctt
ctcccagatctaacagtagtcagtgggtcctcagaagaggctctgttgac
tcccctccctcattccatgactgaacagctgataggctaattcttcttgc
agcccaagtctgatgctcccagctggctgttgagttcgtcttccgcaatt
gaccttgtgt

taggtgcaaggaatcatgggaactagataaatggaatctttgccctcatg
ggagttactgtcttagtgactgacatcaacagctattgaaaactaactct
aaagcagcagtagcaagaagggaggtgtatgcatgccagatctatactac
agaagacttaagttggtgccaacagtgcagaaatacaagcagcacaaata
agatacagatgaattaattagtcaaagacagttgattcgatctacatttg
agtaatttcaagactgaggcaagatttttctgcagttatgggcagtataa
tatggttggggatattcggttactcgaccagatactgatgatatttcaaa
ggtaataaagcaggtgtgatagtacacacccttaatcccagcactcctga
ggcagagccaggtggatttggtgagttcaaagccagcctagtctacatac
agagttgacaggattactatactattttgggatcttatttgtttgtttgt
ttgtttggttggttggttggttgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_93255027_93256229
seq2: B6Ng01-243F04.b_46_1255 (reverse)

seq1  ACACA--GTCAA-TGCGGAAGACGAACTC-ACAG-CAGCTGGGAGCATCA  45
      |||||  ||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
seq2  ACACAAGGTCAATTGCGGAAGACGAACTCAACAGCCAGCTGGGAGCATCA  50

seq1  GCACTGGGCCTGC-AGAAGATTGGCCCTATCAGCTG-TCAGTCATGG-AT  92
      | ||| || |||| |||||| |   ||||||||||| |||||||||| ||
seq2  G-ACTTGGGCTGCAAGAAGAATTAGCCTATCAGCTGTTCAGTCATGGAAT  99

seq1  GAGGGA-GGGAGTC-ACAGAGCCCTCTCTGAGAACCCACTGACTACTGTT  140
      |||||| ||||||| ||||||||   |||||| |||||||||||||||||
seq2  GAGGGAGGGGAGTCAACAGAGCCTCTTCTGAGGACCCACTGACTACTGTT  149

seq1  AGATTCTGGGGAGAAGGTGGCATCGTCTCCCGTTTGTCAGCCCACCAGAC  190
      ||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGA-TCT-GGGAGAAGGTGGCATCGTCT-CCGTTTGTCAGCCCACCAGAC  196

seq1  TCCATTGGATAGTTCTAAACCTGCAGTCACACAGGTGCCCCTGGCTGAAC  240
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTGGATAG-TCTAAACCTGCAGTCACACAGGTGCCCCTGGCTGAAC  245

seq1  TCAGTGGGTGGGTCATGAAACAAACAAAGAGTTGGACATGAGAAAGGGAT  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGGGTGGGTCATGAAACAAACAAAGAGTTGGACATGAGAAAGGGAT  295

seq1  TTGTAGGGTGTTGGGAGGGGCATGACTGCTAAGAGG-AAGCCTGTGAAGG  339
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTGTAGGGTGTTGGGAGGGGCATGACTGCTAAGAGGAAAGCCTGTGAAGG  345

seq1  GAAGGAAGTAGGAGGAGTGACAAGGTAAGAGGGACCTGAGAGAGAAGGAT  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAAGTAGGAGGAGTGACAAGGTAAGAGGGACCTGAGAGAGAAGGAT  395

seq1  GGGAAGTCATAAGAATGCACTATAT-ACATGCATGACATTGACAAGAAAC  438
      |||||||||||||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGTCATAAGAATGCACGATATGGGATGCATGACATTGACAAGAAAC  445

seq1  AAGAAAATGTGGGACAAGGGACTCTTACTCAGCTGTAAAAAACAAATACC  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAATGTGGGACAAGGGACTCTTACTCAGCTGTAAAAAACAAATACC  495

seq1  AAGTGGTCAGCCCAAAAAACATACATGCACAAGCAACACTAGACGGACTC  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGTCAGCCCAAAAAACATACATGCACAAGCAACACTAGACGGACTC  545

seq1  ACTAGGTTGTGTTTATACATTTACATCTGTGTGCAAATGTAACAATGATA  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGTTGTGTTTATACATTTACATCTGTGTGCAAATGTAACAATGATA  595

seq1  AAGAAAAAGGAAACAGAAATAATGCGTGAAAAGTGGAAAGGGGGCTGGGG  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAAGGAAACAGAAATAATGCGTGAAAAGTGGAAAGGGGGCTGGGG  645

seq1  TAGAGGAAGGGGCAGCGATGGGAGAGGAGCAGGATGTGGTAAGGAGGATT  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGAAGGGGCAGCGATGGGAGAGGAGCAGGATGTGGTAAGGAGGATT  695

seq1  AAAAACTATCATCTGTATTATATACGTATGTATATTTGTATATATACACA  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACTATCATCTGTATTATATACGTATGTATATTTGTATATATACACA  745

seq1  CAAATGTATGTATGTGAGATGCAATGATGAAACCAACTATTATGTGCAGT  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGTATGTATGTGAGATGCAATGATGAAACCAACTATTATGTGCAGT  795

seq1  AAATAAATGCTAATTGACATAAAAAAAAATGAAATCCTAACATTCCCATG  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATGCTAATTGACATAAAAAAAAATGAAATCCTAACATTCCCATG  845

seq1  AAAATGGACCAAACTAGAGATTGTTTTTATGCAAACTAAGCTATACTCAA  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGACCAAACTAGAGATTGTTTTTATGCAAACTAAGCTATACTCAA  895

seq1  AATAAAGATCACATTTTCTCCTATATATTTAAACTTGCATTCCACATACA  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAGATCACATTTTCTCCTATATATTTAAACTTGCATTCCACATACA  945

seq1  TATCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTGTAGTCG  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTGTAGTCG  995

seq1  TTTGAATAGGAATGGCTCCCATAGATTCATGTTTTTGAAGGCTTGGCCCA  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATAGGAATGGCTCCCATAGATTCATGTTTTTGAAGGCTTGGCCCA  1045

seq1  TAAAGAGTGGCACTATTAAGAAGTGTGACCTTGTTAGAATGGATGTGGCC  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAGTGGCACTATTAAGAAGTGTGACCTTGTTAGAATGGATGTGGCC  1095

seq1  TTGTCGGAAGAAGTGTGTCACTGTGGCGGTGGGCTTTGAGATCTTACATA  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCGGAAGAAGTGTGTCACTGTGGCGGTGGGCTTTGAGATCTTACATA  1145

seq1  TGCTCAAGCTACACCTAGTGCTGTACAGTCTCCTTTTACTGCCTTTGGGT  1188
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAAGCTACACCTAGTGCTGTACAGTCTCCTTTTACTGCCTTTGGGT  1195

seq1  CAAAATGTAGAATTC  1203
      |||||||||||||||
seq2  CAAAATGTAGAATTC  1210


seq1: chr8_93061472_93062001
seq2: B6Ng01-243F04.g_66_595

seq1  GAATTCTAGGTGCAAGGAATCATGGGAACTAGATAAATGGAATCTTTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGTGCAAGGAATCATGGGAACTAGATAAATGGAATCTTTGCC  50

seq1  CTCATGGGAGTTACTGTCTTAGTGACTGACATCAACAGCTATTGAAAACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGGGAGTTACTGTCTTAGTGACTGACATCAACAGCTATTGAAAACT  100

seq1  AACTCTAAAGCAGCAGTAGCAAGAAGGGAGGTGTATGCATGCCAGATCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTAAAGCAGCAGTAGCAAGAAGGGAGGTGTATGCATGCCAGATCTA  150

seq1  TACTACAGAAGACTTAAGTTGGTGCCAACAGTGCAGAAATACAAGCAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTACAGAAGACTTAAGTTGGTGCCAACAGTGCAGAAATACAAGCAGCA  200

seq1  CAAATAAGATACAGATGAATTAATTAGTCAAAGACAGTTGATTCGATCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAAGATACAGATGAATTAATTAGTCAAAGACAGTTGATTCGATCTA  250

seq1  CATTTGAGTAATTTCAAGACTGAGGCAAGATTTTTCTGCAGTTATGGGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGAGTAATTTCAAGACTGAGGCAAGATTTTTCTGCAGTTATGGGCA  300

seq1  GTATAATATGGTTGGGGATATTCGGTTACTCGACCAGATACTGATGATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAATATGGTTGGGGATATTCGGTTACTCGACCAGATACTGATGATAT  350

seq1  TTCAAAGGTAATAAAGCAGGTGTGATAGTACACACCCTTAATCCCAGCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAGGTAATAAAGCAGGTGTGATAGTACACACCCTTAATCCCAGCAC  400

seq1  TCCTGAGGCAGAGCCAGGTGGATTTGGTGAGTTCAAAGCCAGCCTAGTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAGGCAGAGCCAGGTGGATTTGGTGAGTTCAAAGCCAGCCTAGTCT  450

seq1  ACATACAGAGTTGACAGGATTACTATACTATTTTGGGATCTTATTTGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACAGAGTTGACAGGATTACTATACTATTTTGGGATCTTATTTGTTT  500

seq1  GTTTGTTTGTTTGGTTGGTTGGTTGGTTGG  530
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTTTGTTTGGTTGGTTGGTTGGTTGG  530


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |