BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-243K18
Chromosome8 (Build37)
Map Location 121,132,978 - 121,264,512
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdh13
Upstream genePlcg2, 4632417N05Rik, Hsd17b2, Mphosph6
Downstream geneHsbp1, Mlycd, Osgin1, Efcbp2, Gm587, Mbtps1, Hsdl1, Lrrc50, Taf1c, EG628061, 4930403J07Rik, Kcng4, Wfdc1, Atp2c2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-243K18.bB6Ng01-243K18.g
ACCGA052992GA052993
length1,1081,116
definitionB6Ng01-243K18.b B6Ng01-243K18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(121,132,978 - 121,134,062)(121,263,394 - 121,264,512)
sequence
gaattcatcaataatatgtacaagggcgtgtgcatgtgcgtgtgagtgtg
tgtgtgtgtgattgcatctcaatagaactttatttatatgtgcaggaaga
acaataactgggctttattccaaggccaggactgaattctgtgaactcct
gagcttctcattggctgattcatcttccctgggaaaaggctcgtttttct
tggttaattcttgctgtatttaaggtcccaacatcaatctcacttggttg
gggaaactccttgacctgcaggacagattaagtcccaacattttatttta
caaagtacctctccatcctttgtcagggcactcgtcagtgctgactgcat
tcgttttgtctcttggatcttagtgacttggtcagagagaacagatccat
tgtccctactagtttctgaagtcagtacctctccagttcatggtactatg
aaccctctccaagtactttgtgaatgtccatataaataaacaaaggcttc
catagagaatggcttatgaaactgtgcaacagcttagcagatgctgtggg
tgctcccccctcccaccctgtctctcatcccaccctcaccctgacaaggt
gcataggcatgacttagcaatcttctttatgaggagtatgcacatacccc
tcacaagccagcagcagcaggtatgtatattccccagcacactcccctct
ccagtagggtaaagaaatgtctagagtttaccagcaggttctagttccaa
tgtcctcagctggctcttatgctgagaacaaccctgttttgtctctcgac
tctgctttatctcattctctgttctcatatggatatttcccttctcttgc
caactaaacatggacagtggggtcttcagtttaagcacctttccctctgg
ctgtgtgaaatggggatgggactgtagtagatgggtgcaaaatgtcgtat
tttacagccagcgctgtgaggttatgttctactctagtgtgatggagagg
taaactcactgatttaaaagttaccagatgctacacctctaggaggaccc
atgtccaaattcccggatgttacatggccttctttgccagtggaaaaatt
tgaatgtt
gaattcctgcgagcgctacgtgactcagacaagctaagtccatacctcat
cctggtctgtgctaatgactggtgcaggctgatggcttatggagcaaggt
ctacatcatacatttcttctgagttttgcatataaagttcgggagttatg
aagttcaaggtgataacgcacttgctgttttacggcctctgcctaggcct
ttctaaactcatggtcaacctttatagaatttctcagttactctggcttc
cagtaagcttataaaaatccctgggtggcagcatcattgcctccttgcat
cgagcctcttattgtgtgttatctatccatcacatggatctgttgccctt
aggaagaggaacaatctggagtttctgtaggctgtcctacagtatgagca
tttgtacccctgctctataaaaccttaatcaatacctcccgtagaagtca
ctgttctcagttagccaggatgtacctgcccgttcaactaacaagtcaat
aaacttgcactaagcacctaccacatgctaaaggttgggccagtgttgtg
ctgcccaaacgtggtagatgaccttagaagtctgtctcttggggaaggaa
tacaatgagacaaaaatatgacaaagtactatagccgcagctttaactga
gagttgctgatgaccacagagggcagagtagcacccaccaatggcgtagg
gggagggaagagcatgacctatccatcagtggaggaattgtagttcccat
ggtcttcatgtgttagtagcagtagcagatacctatgtacagctcctaat
ctatattcatgttgcttccccccttttttttattggtgtcttggggtaga
tcagtcttgtatcccatgttgataggtcagtggatatgatttttgagtgg
atatgaaaatttgggctaaagatgaaagacatgagacccaaaggataata
atgtctccaccccaacttcacgaggtcacgctgggaggtttggaactaag
agcttggcgcattacaccatggcaggtggggtgggaattctgttagctac
tcctcagcatttttttttctaggggagctggattgtttcacaatggggct
ggtctggcttctcagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_121132978_121134062
seq2: B6Ng01-243K18.b_44_1151

seq1  GAATTCATCAATAATATGTACAAGGGCGTGTGCATGTGCGTGTGAGTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCAATAATATGTACAAGGGCGTGTGCATGTGCGTGTGAGTGTG  50

seq1  TGTGTGTGTGATTGCATCTCAATAGAACTTTATTTATATGTGCAGGAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGATTGCATCTCAATAGAACTTTATTTATATGTGCAGGAAGA  100

seq1  ACAATAACTGGGCTTTATTCCAAGGCCAGGACTGAATTCTGTGAACTCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAACTGGGCTTTATTCCAAGGCCAGGACTGAATTCTGTGAACTCCT  150

seq1  GAGCTTCTCATTGGCTGATTCATCTTCCCTGGGAAAAGGCTCGTTTTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTCTCATTGGCTGATTCATCTTCCCTGGGAAAAGGCTCGTTTTTCT  200

seq1  TGGTTAATTCTTGCTGTATTTAAGGTCCCAACATCAATCTCACTTGGTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTAATTCTTGCTGTATTTAAGGTCCCAACATCAATCTCACTTGGTTG  250

seq1  GGGAAACTCCTTGACCTGCAGGACAGATTAAGTCCCAACATTTTATTTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAACTCCTTGACCTGCAGGACAGATTAAGTCCCAACATTTTATTTTA  300

seq1  CAAAGTACCTCTCCATCCTTTGTCAGGGCACTCGTCAGTGCTGACTGCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTACCTCTCCATCCTTTGTCAGGGCACTCGTCAGTGCTGACTGCAT  350

seq1  TCGTTTTGTCTCTTGGATCTTAGTGACTTGGTCAGAGAGAACAGATCCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTTTGTCTCTTGGATCTTAGTGACTTGGTCAGAGAGAACAGATCCAT  400

seq1  TGTCCCTACTAGTTTCTGAAGTCAGTACCTCTCCAGTTCATGGTACTATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCTACTAGTTTCTGAAGTCAGTACCTCTCCAGTTCATGGTACTATG  450

seq1  AACCCTCTCCAAGTACTTTGTGAATGTCCATATAAATAAACAAAGGCTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTCTCCAAGTACTTTGTGAATGTCCATATAAATAAACAAAGGCTTC  500

seq1  CATAGAGAATGGCTTATGAAACTGTGCAACAGCTTAGCAGATGCTGTGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAGAATGGCTTATGAAACTGTGCAACAGCTTAGCAGATGCTGTGGG  550

seq1  TGCTCCCCCCTCCCACCCTGTCTCTCATCCCACCCTCACCCTGACAAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCCCCCTCCCACCCTGTCTCTCATCCCACCCTCACCCTGACAAGGT  600

seq1  GCATAGGCATGACTTAGCAATCTTCTTTATGAGGAGTATGCACATACCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAGGCATGACTTAGCAATCTTCTTTATGAGGAGTATGCACATACCCC  650

seq1  TCACAAGCCAGCAGCAGCAGGTATGTATATTCCCCAGCACACTCCCCTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAGCCAGCAGCAGCAGGTATGTATATTCCCCAGCACACTCCCCTCT  700

seq1  CCAGTAGGGTAAAGAAATGTCTAGAGTTTACCAGCAGGTTCTAGTTCCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTAGGGTAAAGAAATGTCTAGAGTTTACCAGCAGGTTCTAGTTCCAA  750

seq1  TGTCCTCAGCTGGCTCTTATGCTGAGAACAACCCTGTTTTGTCTCTCGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTCAGCTGGCTCTTATGCTGAGAACAACCCTGTTTTGTCTCTCGAC  800

seq1  TCTGCTTTATCTCATTCTCTGTTCTCATATGGATATTT-CCTTCTCTTGC  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCTGCTTTATCTCATTCTCTGTTCTCATATGGATATTTCCCTTCTCTTGC  850

seq1  CAACTAAACATGGACAGT-GGGTCTTCAG-TTAAGCACCTTT-CCTCTGG  896
      |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  CAACTAAACATGGACAGTGGGGTCTTCAGTTTAAGCACCTTTCCCTCTGG  900

seq1  CTGTGTGAAATGGGGAT-GGACTGTAGTAGAT-GGTGCAAAATGTCGTA-  943
      ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| 
seq2  CTGTGTGAAATGGGGATGGGACTGTAGTAGATGGGTGCAAAATGTCGTAT  950

seq1  TTTACAG-CAGCGCTGTGAGG-TATG-TCTAC-CTAGTGTGATGGAGAGG  989
      ||||||| ||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||
seq2  TTTACAGCCAGCGCTGTGAGGTTATGTTCTACTCTAGTGTGATGGAGAGG  1000

seq1  T-AACTCACTGATTTAAAAG-TACCAGATGCTACA-CTCTA-GAGGACCC  1035
      | |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  TAAACTCACTGATTTAAAAGTTACCAGATGCTACACCTCTAGGAGGACCC  1050

seq1  ATGTCCAA--TTCCGGATG-TACATGG-CTTCTTTG-CAGTG--AAAATT  1078
      ||||||||  | ||||||| ||||||| |||||||| |||||  ||||||
seq2  ATGTCCAAATTCCCGGATGTTACATGGCCTTCTTTGCCAGTGGAAAAATT  1100

seq1  TG-ATGTT  1085
      || |||||
seq2  TGAATGTT  1108

seq1: chr8_121263394_121264512
seq2: B6Ng01-243K18.g_66_1181 (reverse)

seq1  CCTGAGAAGAACCTTTCTTGAGAGCAGACCAGCCC--ATGTGGAACAAT-  47
      |||||||||               |||||||||||   |||| |||||| 
seq2  CCTGAGAAG--------------CCAGACCAGCCCCATTGTGAAACAATC  36

seq1  CAGCT-CCCTAG--AAAAAAATGCTGAGGAGTAGCTTAACAGAAT--CCA  92
      ||||| ||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||  |||
seq2  CAGCTCCCCTAGAAAAAAAAATGCTGAGGAGTAGC-TAACAGAATTCCCA  85

seq1  CCC--ACTGCCATGGTGTAAATGCGCCAAGCTCTTAGTTC--AAACTCCC  138
      |||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||  || |||||
seq2  CCCCACCTGCCATGGTGT-AATGCGCCAAGCTCTTAGTTCCAAACCTCCC  134

seq1  AGCGTGACCTCGTGAAGTT-GGGTGGAGACATTATTTATCCTTTGGGTCT  187
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGCGTGACCTCGTGAAGTTGGGGTGGAGACATTA-TTATCCTTTGGGTCT  183

seq1  CATGTCTTTCATCTTTAGCCCAAATTTTCATATCCACTCAAAAATCATAT  237
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTCTTTCATCTTTAGCCCAAATTTTCATATCCACTCAAAAATCATAT  233

seq1  CCACTGACCTATCAACATGGGATACAAGACTGATCTA-CCCAAGACACCA  286
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCACTGACCTATCAACATGGGATACAAGACTGATCTACCCCAAGACACCA  283

seq1  ATAAAAAAAAGGGGGGAAGCAACATGAATATAGATTAGGAGCTGTACATA  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAAAAAGGGGGGAAGCAACATGAATATAGATTAGGAGCTGTACATA  333

seq1  GGTATCTGCTACTGCTACTAACACATGAAGACCATGGGAACTACAATTCC  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATCTGCTACTGCTACTAACACATGAAGACCATGGGAACTACAATTCC  383

seq1  TCCACTGATGGATAGGTCATGCTCTTCCCTCCCCCTACGCCATTGGTGGG  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTGATGGATAGGTCATGCTCTTCCCTCCCCCTACGCCATTGGTGGG  433

seq1  TGCTACTCTGCCCTCTGTGGTCATCAGCAACTCTCAGTTAAAGCTGCGGC  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACTCTGCCCTCTGTGGTCATCAGCAACTCTCAGTTAAAGCTGCGGC  483

seq1  TATAGTACTTTGTCATATTTTTGTCTCATTGTATTCCTTCCCCAAGAGAC  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTACTTTGTCATATTTTTGTCTCATTGTATTCCTTCCCCAAGAGAC  533

seq1  AGACTTCTAAGGTCATCTACCACGTTTGGGCAGCACAACACTGGCCCAAC  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTCTAAGGTCATCTACCACGTTTGGGCAGCACAACACTGGCCCAAC  583

seq1  CTTTAGCATGTGGTAGGTGCTTAGTGCAAGTTTATTGACTTGTTAGTTGA  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGCATGTGGTAGGTGCTTAGTGCAAGTTTATTGACTTGTTAGTTGA  633

seq1  ACGGGCAGGTACATCCTGGCTAACTGAGAACAGTGACTTCTACGGGAGGT  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGGCAGGTACATCCTGGCTAACTGAGAACAGTGACTTCTACGGGAGGT  683

seq1  ATTGATTAAGGTTTTATAGAGCAGGGGTACAAATGCTCATACTGTAGGAC  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATTAAGGTTTTATAGAGCAGGGGTACAAATGCTCATACTGTAGGAC  733

seq1  AGCCTACAGAAACTCCAGATTGTTCCTCTTCCTAAGGGCAACAGATCCAT  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTACAGAAACTCCAGATTGTTCCTCTTCCTAAGGGCAACAGATCCAT  783

seq1  GTGATGGATAGATAACACACAATAAGAGGCTCGATGCAAGGAGGCAATGA  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATGGATAGATAACACACAATAAGAGGCTCGATGCAAGGAGGCAATGA  833

seq1  TGCTGCCACCCAGGGATTTTTATAAGCTTACTGGAAGCCAGAGTAACTGA  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCCACCCAGGGATTTTTATAAGCTTACTGGAAGCCAGAGTAACTGA  883

seq1  GAAATTCTATAAAGGTTGACCATGAGTTTAGAAAGGCCTAGGCAGAGGCC  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTCTATAAAGGTTGACCATGAGTTTAGAAAGGCCTAGGCAGAGGCC  933

seq1  GTAAAACAGCAAGTGCGTTATCACCTTGAACTTCATAACTCCCGAACTTT  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAACAGCAAGTGCGTTATCACCTTGAACTTCATAACTCCCGAACTTT  983

seq1  ATATGCAAAACTCAGAAGAAATGTATGATGTAGACCTTGCTCCATAAGCC  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGCAAAACTCAGAAGAAATGTATGATGTAGACCTTGCTCCATAAGCC  1033

seq1  ATCAGCCTGCACCAGTCATTAGCACAGACCAGGATGAGGTATGGACTTAG  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGCCTGCACCAGTCATTAGCACAGACCAGGATGAGGTATGGACTTAG  1083

seq1  CTTGTCTGAGTCACGTAGCGCTCGCAGGAATTC  1119
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCTGAGTCACGTAGCGCTCGCAGGAATTC  1116