BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-245E14
Chromosome8 (Build37)
Map Location 129,488,206 - 129,648,890
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRbm34, LOC100043368, Gabarapl2-ps8_1688.1, Pard3
Upstream geneKcnk1, Slc35f3, LOC668434, 1810063B05Rik, EG619653, Irf2bp2, Tomm20
Downstream geneEG628847
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-245E14.bB6Ng01-245E14.g
ACCGA054209GA054210
length1,122751
definitionB6Ng01-245E14.b B6Ng01-245E14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(129,647,783 - 129,648,890)(129,488,206 - 129,488,956)
sequence
gaattccttccacggagtgtttgtttgtgtggttgagctataagtccaca
aagtcaaagactcctcaaacatgaattgtcttttgcttttcaacagacgc
caacgttgattatgtggtcaggcaagcagacttgcctaggtctaagctaa
caacagcccaaagctaaaagctttcccaggcacttaggggagtctgcctt
caaggtttgcccttccatggcctgggagcgatgtcacacagggccacaaa
gcaaagtcacaccactcccgcagcaagcacaaccacaaggctatggtttg
aacatctgtgtgctgtctaagagtctggctgaaatgtaatccccacagca
acaacattaaaagagagagagtgtttcccaccgccaccctttttttatta
tttgttttttattagcatatattaagtatttataataatgggtttggagc
tggtacgaataagaggccccttaagtctcaggcgtgtaaatacttggccc
ccatttggggatacagtatgggaaagatgaagaaatgtggcttgccgaag
gaagtaagtcattgggggtaggctttgagttgacttaagtcaatctagtc
agttctctctacttcttgtttgtggttgaagatatgaccttacagctgct
gatccagccacctgccacctactacttcttctctgccagcatagactcta
accctggaagtataaacccaaaataaacccttcctcctgtaagttgtttt
ggtcatgctcactaagacaggctttcgtgatgacattttcacacttgtat
acaatgcacttgggtcacatcccaccctcttttggcctctcatgttgtta
ttactgctccattgatgccattccccttcctagctagctcccgttgactt
taatgtcttcttcttgggatgtgcaattcattagtgttgcttaggagagc
acgaattaccttactgggtggtttcaatccgctgaaataaatggcctctc
aaggagggtcttttttaagaagttagatgagtggttcttgtaagaggcaa
aggaacttagcttaacttgctggtccttctttcattcagcctgcgataca
aacaagtgtcttgggagacaga
gaattccatagtcattagttcatctaattaattcatgaaagttcattttc
atgttgatctgcagaaaatgtgcccagtagggtagctaccactcatgaag
tagtcacaccaggctataggcagtgcgggtctcctggtgtccattcacac
caagtgagataaatgagaagtgtggcaatgacaagcatgagaaaggacat
cagtcgaaagaagcaaccctgggactaagtctctggggccctgcctcacc
agagctcactcactgcagccaagcaagtggatggctgtctctagggagct
cacttgcccattgccggtcttcttgcatggtgtccaccatcagcacccaa
atgatggctcacaatcatccactacttcacttccagaggatctgatgcct
tctgacctccataggcaccagttatatatgcagtgcacatacgtgtggag
aaaatattcacccacataaaacaaatctaaaaagtaggtttatttaatta
aagggtagtacatgatatctttacaaatgaaagactagggaataaaagtc
actgtgttttctaagaataaaaatataaacccatccttccaaagatgaac
aggatttgagcctgaggtttgcatagactaccaactacacccacatagaa
ggcaaaactcattcttccacatagcaaatattctttgaacctttactgtg
ttaggcatcctctcatgtgtgcaagacagaacagtaaaggagggagggag
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_129647783_129648890
seq2: B6Ng01-245E14.b_47_1168 (reverse)

seq1  TCTGTCT-CCAAGACACTTG-TTGTATCCGCAGGCTGACTGAAAG-AGGA  47
      ||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||| |||||| ||||
seq2  TCTGTCTCCCAAGACACTTGTTTGTAT-CGCAGGCTGAATGAAAGAAGGA  49

seq1  CCAGCAAGTTTAGCTAGTTCCCTTTGGCCTCTTTACAAGA--CACTCATC  95
      |||||||||| |||||  | ||||| ||||| ||||||||  ||||||||
seq2  CCAGCAAGTTAAGCTAAGTTCCTTT-GCCTC-TTACAAGAACCACTCATC  97

seq1  TA--CTCTT--AAAAGACCCTCCTTTGAGA-GCCATTTATTTCAGCG--A  138
      ||   ||||  |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||   
seq2  TAACTTCTTAAAAAAGACCCTCC-TTGAGAGGCCATTTATTTCAGCGGAT  146

seq1  TGTAACCA-CCAGTAAGGT-ATTCGTGCTCTTCTAAGCAACACTAATGAA  186
      || ||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGAAACCACCCAGTAAGGTAATTCGTGCTCTCCTAAGCAACACTAATGAA  196

seq1  TTGCACAT-CCAAGAAG-AGACATTAAAGTCAACGGGAGCTAGCTAGGAA  234
      |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCACATCCCAAGAAGAAGACATTAAAGTCAACGGGAGCTAGCTAGGAA  246

seq1  GGGGAATGGCATCAATGGAGCAGT-ATAACAACATGAGAGGCCAAAAGAG  283
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAATGGCATCAATGGAGCAGTAATAACAACATGAGAGGCCAAAAGAG  296

seq1  GGTGGGATGTGACCCAAGTGCATTGTATACAAGTGTGAAAATGTCATCAC  333
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGATGTGACCCAAGTGCATTGTATACAAGTGTGAAAATGTCATCAC  346

seq1  G-AAGCCTGTCTTAGTGAGCATGACCAAAACAACTTACAGGAGGAAGGGT  382
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCCTGTCTTAGTGAGCATGACCAAAACAACTTACAGGAGGAAGGGT  396

seq1  TTATTTTGGGTTTATACTTCCAGGGTTAGAGTCTATGCTGGCAGAGAAGA  432
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTGGGTTTATACTTCCAGGGTTAGAGTCTATGCTGGCAGAGAAGA  446

seq1  AGTAGTAGGTGGCAGGTGGCTGGATCAGCAGCTGTAAGGTCATATCTTCA  482
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTAGGTGGCAGGTGGCTGGATCAGCAGCTGTAAGGTCATATCTTCA  496

seq1  ACCACAAACAAGAAGTAGAGAGAACTGACTAGATTGACTTAAGTCAACTC  532
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACAAACAAGAAGTAGAGAGAACTGACTAGATTGACTTAAGTCAACTC  546

seq1  AAAGCCTACCCCCAATGACTTACTTCCTTCGGCAAGCCACATTTCTTCAT  582
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCTACCCCCAATGACTTACTTCCTTCGGCAAGCCACATTTCTTCAT  596

seq1  CTTTCCCATACTGTATCCCCAAATGGGGGCCAAGTATTTACACGCCTGAG  632
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCCATACTGTATCCCCAAATGGGGGCCAAGTATTTACACGCCTGAG  646

seq1  ACTTAAGGGGCCTCTTATTCGTACCAGCTCCAAACCCATTATTATAAATA  682
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAGGGGCCTCTTATTCGTACCAGCTCCAAACCCATTATTATAAATA  696

seq1  CTTAATATATGCTAATAAAAAACAAATAATAAAAAAAGGGTGGCGGTGGG  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATATATGCTAATAAAAAACAAATAATAAAAAAAGGGTGGCGGTGGG  746

seq1  AAACACTCTCTCTCTTTTAATGTTGTTGCTGTGGGGATTACATTTCAGCC  782
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACTCTCTCTCTTTTAATGTTGTTGCTGTGGGGATTACATTTCAGCC  796

seq1  AGACTCTTAGACAGCACACAGATGTTCAAACCATAGCCTTGTGGTTGTGC  832
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCTTAGACAGCACACAGATGTTCAAACCATAGCCTTGTGGTTGTGC  846

seq1  TTGCTGCGGGAGTGGTGTGACTTTGCTTTGTGGCCCTGTGTGACATCGCT  882
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGCGGGAGTGGTGTGACTTTGCTTTGTGGCCCTGTGTGACATCGCT  896

seq1  CCCAGGCCATGGAAGGGCAAACCTTGAAGGCAGACTCCCCTAAGTGCCTG  932
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGCCATGGAAGGGCAAACCTTGAAGGCAGACTCCCCTAAGTGCCTG  946

seq1  GGAAAGCTTTTAGCTTTGGGCTGTTGTTAGCTTAGACCTAGGCAAGTCTG  982
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGCTTTTAGCTTTGGGCTGTTGTTAGCTTAGACCTAGGCAAGTCTG  996

seq1  CTTGCCTGACCACATAATCAACGTTGGCGTCTGTTGAAAAGCAAAAGACA  1032
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCTGACCACATAATCAACGTTGGCGTCTGTTGAAAAGCAAAAGACA  1046

seq1  ATTCATGTTTGAGGAGTCTTTGACTTTGTGGACTTATAGCTCAACCACAC  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATGTTTGAGGAGTCTTTGACTTTGTGGACTTATAGCTCAACCACAC  1096

seq1  AAACAAACACTCCGTGGAAGGAATTC  1108
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAACACTCCGTGGAAGGAATTC  1122

seq1: chr8_129488206_129488956
seq2: B6Ng01-245E14.g_67_817

seq1  GAATTCCATAGTCATTAGTTCATCTAATTAATTCATGAAAGTTCATTTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATAGTCATTAGTTCATCTAATTAATTCATGAAAGTTCATTTTC  50

seq1  ATGTTGATCTGCAGAAAATGTGCCCAGTAGGGTAGCTACCACTCATGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGATCTGCAGAAAATGTGCCCAGTAGGGTAGCTACCACTCATGAAG  100

seq1  TAGTCACACCAGGCTATAGGCAGTGCGGGTCTCCTGGTGTCCATTCACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCACACCAGGCTATAGGCAGTGCGGGTCTCCTGGTGTCCATTCACAC  150

seq1  CAAGTGAGATAAATGAGAAGTGTGGCAATGACAAGCATGAGAAAGGACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGAGATAAATGAGAAGTGTGGCAATGACAAGCATGAGAAAGGACAT  200

seq1  CAGTCGAAAGAAGCAACCCTGGGACTAAGTCTCTGGGGCCCTGCCTCACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCGAAAGAAGCAACCCTGGGACTAAGTCTCTGGGGCCCTGCCTCACC  250

seq1  AGAGCTCACTCACTGCAGCCAAGCAAGTGGATGGCTGTCTCTAGGGAGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTCACTCACTGCAGCCAAGCAAGTGGATGGCTGTCTCTAGGGAGCT  300

seq1  CACTTGCCCATTGCCGGTCTTCTTGCATGGTGTCCACCATCAGCACCCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGCCCATTGCCGGTCTTCTTGCATGGTGTCCACCATCAGCACCCAA  350

seq1  ATGATGGCTCACAATCATCCACTACTTCACTTCCAGAGGATCTGATGCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGCTCACAATCATCCACTACTTCACTTCCAGAGGATCTGATGCCT  400

seq1  TCTGACCTCCATAGGCACCAGTTATATATGCAGTGCACATACGTGTGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACCTCCATAGGCACCAGTTATATATGCAGTGCACATACGTGTGGAG  450

seq1  AAAATATTCACCCACATAAAACAAATCTAAAAAGTAGGTTTATTTAATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATTCACCCACATAAAACAAATCTAAAAAGTAGGTTTATTTAATTA  500

seq1  AAGGGTAGTACATGATATCTTTACAAATGAAAGACTAGGGAATAAAAGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTAGTACATGATATCTTTACAAATGAAAGACTAGGGAATAAAAGTC  550

seq1  ACTGTGTTTTCTAAGAATAAAAATATAAACCCATCCTTCCAAAGATGAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGTTTTCTAAGAATAAAAATATAAACCCATCCTTCCAAAGATGAAC  600

seq1  AGGATTTGAGCCTGAGGTTTGCATAGACTACCAACTACACCCACATAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTTGAGCCTGAGGTTTGCATAGACTACCAACTACACCCACATAGAA  650

seq1  GGCAAAACTCATTCTTCCACATAGCAAATATTCTTTGAACCTTTACTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAACTCATTCTTCCACATAGCAAATATTCTTTGAACCTTTACTGTG  700

seq1  TTAGGCATCCTCTCATGTGTGCAAGACAGAACAGTAAAGGAGGGAGGGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGCATCCTCTCATGTGTGCAAGACAGAACAGTAAAGGAGGGAGGGAG  750

seq1  G  751
      |
seq2  G  751