BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-247M01
Chromosome8 (Build37)
Map Location 100,265,395 - 100,394,200
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC333331, LOC546090, LOC636859
Downstream geneEG384885, LOC100041173, EG636915
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-247M01.bB6Ng01-247M01.g
ACCGA056007GA056008
length1,162942
definitionB6Ng01-247M01.b B6Ng01-247M01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(100,393,091 - 100,394,200)(100,265,395 - 100,266,344)
sequence
taattttactaattggtttaaacaaatcggtagttgatattcctaaaaaa
aggaaggggatatatctttaatagacaggtacaaagacttagtatatgga
ttactaagtttgaggatcataaacagccctatgtttatgtgtatgtgtgt
gcatttgtgtgtgtttattggaatttttcctaaaatctttgaataatctt
ttcttaaagatacctggaaagttctgtctctttattggaataatacttag
aggtgaagataacttttttgtcttaaccttagtgattgctaagggcaccc
cacagacagaaggcacaagttagcgtttctactgtctgacatagaagaaa
gctcctcttggcactgttacatttgcttcaatatgttgacaagtaagcaa
gtctgtgtctcggtaacaatagagcaatcctgatattgtccttaaaatat
ctaggaaaggatccattatctctgccttgcattaacacgaggtttagcag
cttttacatcaacaaatgctcagcccacagggtagcaaggaacccagcaa
atgctgtctttctatgttatagaatggtgtattgatagaaaacaagagag
aaaacaaacaaaccggctttgctggctgataaagctatgaatggatgtag
atctgcatgtaatagcaaactcccataatcctctcaataacaactcagtc
ctaaccacaccttacaactttacttatgtggcttattaaaaatactggta
agttattgcttgagttctacatgaccccttttactgtttacccaatctgt
tctcagctgtatttacaataacatgttcttcttgtgcacagtgtccctat
aggacagactcatgaaggaatgaaaatggagacgacaaaagaacccttag
attcatgcaaacactcattggaagttcatatagtcttgaagactaaagga
ccttgttttagcaaataaagaaaagattattggaggtgtatgaatggcaa
agaaatgacaaggaataaatccagacgaggcagcgaaccagacacatagt
gtaagctgtcgtgggggagaggtgtttattgtgagcagttatgagttcac
tgagcacatggcacttgttttattttatgataaatgactcctctttttat
actatgccaggg

gaattcactaaccaactcaactccattgctctacattcacggcactgact
cccacctgactgactcaactccactgcattgaattcaactgactgaacag
gactaagtcaatttactgaactgtctcgcagtttgaaatcactttcaaac
atggctactcctcctacaaaagtaagcttacctacatgctctgtactttg
tacatatgtactaaaggtgtgtgtgtgtgtgtgttgcagccagatcacac
agacctaagacgtctttggatgttattcatttctggagcagccaggttga
tggattaatattcctctacagtagaattatttgagaagtatggcattaac
tctttgaaagtttggtagaatgcttttctaatagaagggggaaggatctg
gttacttcccattaggaatgtatagctatttaattttattagataagagg
tgagagataacaatttaattagaataggttagcaatacagaagaagaaag
ggatttatctctaagacagtagtggtaaaatcagaaggttgtcagcacaa
atggaatccttctttctattatttagaagtaacccctgatctttcacttg
tgcaactctcctgaatttacaaatggagctactatctgaattgtgtttgg
atttttcttccacaataaacccatatttcacttctggactcaatgactaa
gtcagttcaatttgtgataatcaatctgatagagtaacttaagatggagg
tatttaagaattaatgggggaatggatgtaaggaattagttctaggagaa
tctataaagtacctgtcaatattttatggttaggtagtgctgtattgctt
aatttacttttccactattatcagtaatctgaatcttcttagtatattcc
ctgggatataatctctagaactcatatagataaaatatcatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_100393091_100394200
seq2: B6Ng01-247M01.b_60_1162 (reverse)

seq1  CCCTGTGCATAGTAT-AAAAGA-GAGTTCCATTTTAATCAT-AAATAAAA  47
      ||||| ||||||||| |||||| ||||  |||||  ||||| ||||||||
seq2  CCCTG-GCATAGTATAAAAAGAGGAGT--CATTT--ATCATAAAATAAAA  45

seq1  CAAGTGCCCATGGTGCTCAAGTG-ACTCCATACTGCTCACAATTAAACAC  96
      |||||| |||| |||||| |||| ||||   ||||||||||| |||||||
seq2  CAAGTG-CCAT-GTGCTC-AGTGAACTCATAACTGCTCACAA-TAAACAC  91

seq1  CTCT-CCCCACGACAGCTTACACCTTATGTGTCTGGTTCGCTGCCTCGTC  145
      |||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCCCCACGACAGCTTACAC--TATGTGTCTGGTTCGCTGCCTCGTC  139

seq1  TGGATTTATTCCTTGTCATTTCCTTTGCCATTCATACACCTCCAATAATC  195
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTTATTCCTTGTCATTT-CTTTGCCATTCATACACCTCCAATAATC  188

seq1  TTTTTCTTTATTTGCTAAAACAAGGTCC-TTAGTCTTCAAGACTATATGA  244
       ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  -TTTTCTTTATTTGCTAAAACAAGGTCCTTTAGTCTTCAAGACTATATGA  237

seq1  ACTTCCAATGAGTGTTTGCATGAATCTAAGGGTTCTTTTGTCGTCTCCAT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCAATGAGTGTTTGCATGAATCTAAGGGTTCTTTTGTCGTCTCCAT  287

seq1  TTTCATTCCTTCATGAGTCTGTCCTATAGGGACACTGTGCACAAGAAGAA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTCCTTCATGAGTCTGTCCTATAGGGACACTGTGCACAAGAAGAA  337

seq1  CATGTTATTGTAAATACAGCTGAGAACAGATTGGGTAAACAGTAAAAGGG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTATTGTAAATACAGCTGAGAACAGATTGGGTAAACAGTAAAAGGG  387

seq1  GTCATGTAGAACTCAAGCAATAACTTACCAGTATTTTTAATAAGCCACAT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGTAGAACTCAAGCAATAACTTACCAGTATTTTTAATAAGCCACAT  437

seq1  AAGTAAAGTTGTAAGGTGTGGTTAGGACTGAGTTGTTATTGAGAGGATTA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAAGTTGTAAGGTGTGGTTAGGACTGAGTTGTTATTGAGAGGATTA  487

seq1  TGGGAGTTTGCTATTACATGCAGATCTACATCCATTCATAGCTTTATCAG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGTTTGCTATTACATGCAGATCTACATCCATTCATAGCTTTATCAG  537

seq1  CCAGCAAAGCCGGTTTGTTTGTTTTCTCTCTTGTTTTCTATCAATACACC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAAAGCCGGTTTGTTTGTTTTCTCTCTTGTTTTCTATCAATACACC  587

seq1  ATTCTATAACATAGAAAGACAGCATTTGCTGGGTTCCTTGCTACCCTGTG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTATAACATAGAAAGACAGCATTTGCTGGGTTCCTTGCTACCCTGTG  637

seq1  GGCTGAGCATTTGTTGATGTAAAAGCTGCTAAACCTCGTGTTAATGCAAG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGAGCATTTGTTGATGTAAAAGCTGCTAAACCTCGTGTTAATGCAAG  687

seq1  GCAGAGATAATGGATCCTTTCCTAGATATTTTAAGGACAATATCAGGATT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGATAATGGATCCTTTCCTAGATATTTTAAGGACAATATCAGGATT  737

seq1  GCTCTATTGTTACCGAGACACAGACTTGCTTACTTGTCAACATATTGAAG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTATTGTTACCGAGACACAGACTTGCTTACTTGTCAACATATTGAAG  787

seq1  CAAATGTAACAGTGCCAAGAGGAGCTTTCTTCTATGTCAGACAGTAGAAA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGTAACAGTGCCAAGAGGAGCTTTCTTCTATGTCAGACAGTAGAAA  837

seq1  CGCTAACTTGTGCCTTCTGTCTGTGGGGTGCCCTTAGCAATCACTAAGGT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTAACTTGTGCCTTCTGTCTGTGGGGTGCCCTTAGCAATCACTAAGGT  887

seq1  TAAGACAAAAAAGTTATCTTCACCTCTAAGTATTATTCCAATAAAGAGAC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACAAAAAAGTTATCTTCACCTCTAAGTATTATTCCAATAAAGAGAC  937

seq1  AGAACTTTCCAGGTATCTTTAAGAAAAGATTATTCAAAGATTTTAGGAAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTTTCCAGGTATCTTTAAGAAAAGATTATTCAAAGATTTTAGGAAA  987

seq1  AATTCCAATAAACACACACAAATGCACACACATACACATAAACATAGGGC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCAATAAACACACACAAATGCACACACATACACATAAACATAGGGC  1037

seq1  TGTTTATGATCCTCAAACTTAGTAATCCATATACTAAGTCTTTGTACCTG  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATGATCCTCAAACTTAGTAATCCATATACTAAGTCTTTGTACCTG  1087

seq1  TCTATTAAAGATATAT  1110
      ||||||||||||||||
seq2  TCTATTAAAGATATAT  1103


seq1: chr8_100265395_100266344
seq2: B6Ng01-247M01.g_66_1007

seq1  GAATTCACTAACCAACTCAACTCCATTGCTCTACATTCACGGCACTGACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAACCAACTCAACTCCATTGCTCTACATTCACGGCACTGACT  50

seq1  CCCACCTGACTGACTCAACTCCACTGCATTGAATTCAACTGACTGAACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCTGACTGACTCAACTCCACTGCATTGAATTCAACTGACTGAACAG  100

seq1  GACTAAGTCAATTTACTGAACTGTCTCGCAGTTTGAAATCACTTTCAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAAGTCAATTTACTGAACTGTCTCGCAGTTTGAAATCACTTTCAAAC  150

seq1  ATGGCTACTCCTCCTACAAAAGTAAGCTTACCTACATGCTCTGTACTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTACTCCTCCTACAAAAGTAAGCTTACCTACATGCTCTGTACTTTG  200

seq1  TACATATGTACTAAAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGCAGCCAGATCACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATGTACTAAAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGCAGCCAGATCACAC  250

seq1  AGACCTAAGACGTCTTTGGATGTTATTCATTTCTGGAGCAGCCAGGTTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTAAGACGTCTTTGGATGTTATTCATTTCTGGAGCAGCCAGGTTGA  300

seq1  TGGATTAATATTCCTCTACAGTAGAATTATTTGAGAAGTATGGCATTAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTAATATTCCTCTACAGTAGAATTATTTGAGAAGTATGGCATTAAC  350

seq1  TCTTTGAAAGTTTGGTAGAATGCTTTTCTAATAGAAGGGGGAAGGATCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGAAAGTTTGGTAGAATGCTTTTCTAATAGAAGGGGGAAGGATCTG  400

seq1  GTTACTTCCCATTAGGAATGTATAGCTATTTAATTTTATTAGATAAGAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTTCCCATTAGGAATGTATAGCTATTTAATTTTATTAGATAAGAGG  450

seq1  TGAGAGATAACAATTTAATTAGAATAGGTTAGCAATACAGAAGAAGAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGATAACAATTTAATTAGAATAGGTTAGCAATACAGAAGAAGAAAG  500

seq1  GGATTTATCTCTAAGACAGTAGTGGTAAAATCAGAAGGTTGTCAGCACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTATCTCTAAGACAGTAGTGGTAAAATCAGAAGGTTGTCAGCACAA  550

seq1  ATGGAATCCTTCTTTCTATTATTTAGAAGTAACCCCTGATCTTTCACTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATCCTTCTTTCTATTATTTAGAAGTAACCCCTGATCTTTCACTTG  600

seq1  TGCAACTCTCCTGAATTTACAAATGGAGCTACTATCTGAATTGTGTTTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAACTCTCCTGAATTTACAAATGGAGCTACTATCTGAATTGTGTTTGG  650

seq1  ATTTTTCTTCCACAATAAACCCATATTTCACTTCTGGACTCAATGACTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCTTCCACAATAAACCCATATTTCACTTCTGGACTCAATGACTAA  700

seq1  GTCAGGTTCAATTTGTGATAATCAATCTGATAGAGTAACTTAAGATGGAG  750
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCA-GTTCAATTTGTGATAATCAATCTGATAGAGTAACTTAAGATGGAG  749

seq1  GTATTTAAGAATTAATGGGGGAATGGATGTAAGGAATTAGTTCTAGGAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTAAGAATTAATGGGGGAATGGATGTAAGGAATTAGTTCTAGGAGA  799

seq1  ATCTATAAAAGTACCTGTAAATATTTTATGGTTAGGTAGTGCTGTATTGC  850
      |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAT-AAAGTACCTGTCAATATTTTATGGTTAGGTAGTGCTGTATTGC  848

seq1  TTTAATTTACTTTTCCACTTATTATCAGTAATCTAAATTCTTCTTTAGTA  900
       ||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||| ||||||
seq2  -TTAATTTACTTTTCCAC-TATTATCAGTAATCTGAA-TCTTC-TTAGTA  894

seq1  TATT-CCTGGTATATAATCTCTTAGAACTTCATATTAGATAAAATATCAT  949
      |||| ||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||
seq2  TATTCCCTGGGATATAATCTC-TAGAAC-TCATA-TAGATAAAATATCAT  941

seq1  C  950
      |
seq2  C  942


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |