BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-249L18
Chromosome8 (Build37)
Map Location 111,810,750 - 111,958,968
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGm1943, LOC100042829
Upstream geneAtbf1, 4922502B01Rik
Downstream genePmfbp1, Dhx38, Txnl4b, Hp, Dhodh, Pkd1l3, 2400003C14Rik, 4930566A11Rik, D8Ertd587e, LOC668089, LOC672735, Ap1g1, Phlppl, Marveld3, LOC100041884, Tat, Chst4, Zfp612, Gm1467, Calb2, BC025546, Hydin
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-249L18.bB6Ng01-249L18.g
ACCGA057475GA057476
length1,0791,170
definitionB6Ng01-249L18.b B6Ng01-249L18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(111,957,893 - 111,958,968)(111,810,750 - 111,811,926)
sequence
gaattccatttctagggacagctgcaaccttatgggtagtatttaatatt
atttggatcttttgagtaaagggaagaggggataatcccgggcattaatg
agagccaggctggcttgtcataacacacagcctcactgggtcaaggatct
gagctcgggctgtgagtgggatttgagggcaggacaggggatgcgcggcg
cctttatcgagctttctcagggcaccttgaaggcagggaggaagaacgcc
atgctgaagggagaaaggtgaaggtggaggagacacaccgcgtcacattc
tccactgcttcctgccttgccccagaggcagccgacagggggcggtagct
ggtagactggttttgtaacctctgggattcagtggcagcccagtgggttg
tgtcatatcgttgcttttgtttaatctaattgttaatagatgggatggag
gtcttcataacaggtgtgctggcccatcaattgcgatggggtcagtaatg
ggccagagatgcaggatctgggtgaacccacatctgggtgttctgagatg
gccctagctgttactcacagctggtgtctcttctgacccatcgaggctgg
tcctgtaaagaatcactctgtgctttgggagagccaggtcaaggcagagt
cagaaaattggaaacatgagaaaatatatcctaggtgggttgatcaccta
ctttaatcataatgcaagggccaaaatatttgatctggtgagtaccctgg
gcaggggggaaaaaaaagactataaagacagttgactccccaaagctttg
ctaagagaaagttgtctaatggctacgggagctggaatcacttctggaca
catgcaggcttgctgtgccacaggcaaagagcaatgacacactggaaacc
agttggctgacactaggatgtcttaaagtctcctgtctttacagcttaga
ggtctgctgtagggtagagccatgggaggatacagggtgcctctcagcag
acagggacaaatctcacacttttcagatgacagacaccgaaggtagaaaa
agagccattcaccgggggggggtggcgcg
gaattctttacctttgtgtctctaataaaattaccatgatgtctattttc
atttaaaaaaaaaaaagctaacctgagtctcattacagctcttcagatct
atggctcccatgcctgccccatagaactgatcttctaaacaccaaatagc
ctcactttcttaaaccaaaccttgttccacatgagctacatctctttcca
tcagtaatgctttgtggctttttgtttacttatgatgcttagagataagt
tctgtatttctggtattgcagaactggaggggagccgagcaggcctttca
catccttcaactctatgtatcatttgatagcaaattggtcatggccatat
gatatataaagtcatttcttgtagtttaaaataagaatctaagcccaagc
ttggggaccacaatataaggacagtctctgcagggggatttttaagcaca
gctatcatcaaaactacctatggagcttttaaaaaatataaatggttgca
tcctacacaagtcttatagcagtttaagtgtgggacctttgagaagattt
tggaaagcaatatcaagtggtagtaaggccaatacctgaattcaaactca
gactcatgtaatcttataaattatctaaactctctattctcgtatccaaa
aaacaaatgtaaccttggtggggtatcatttaaatgatgaataaattaat
gggattattaaatcagtatgagaagaaaagaaactaggaaacagtccatg
ctaagtgaatatagtctcatgatctgagtatgttgaaatctctgctacca
gctctaacttagaggctgagaaagcagtaacgttatggcggcataacata
gacacctctaagccaaacgcagaacaggtgaccccacacccttcttgggc
aggagttctctgttggcttgtcactaaagtgaaccacaccagcttcctga
caccaggggaccattgaattatgacctctactgggcaatcagtaccttct
ccctcccccctcagactcactggaggtttctgggtcacgctcatgctttg
aatctttcaggatacttttaaaggtgggttatcacatagacttgtcagct
tgagtattccaacaaccttgtcaagaagaggtgttcaaactcagtgacgc
ttatttctaaaaaaaagcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_111957893_111958968
seq2: B6Ng01-249L18.b_45_1123 (reverse)

seq1  CACGC--CCCCCCCCCCGTG-ATTGCTTCTTTTCTACCTTCGGTGTCTGT  47
      | |||  ||||||||| ||| || |||  |||||||||||||||||||||
seq2  CGCGCCACCCCCCCCCGGTGAATGGCTCTTTTTCTACCTTCGGTGTCTGT  50

seq1  CATCTGGAAAGTGTGAGATTTGT-CCTGTCTGCTGAGA-GCACCCTGTTA  95
      |||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||
seq2  CATCTGAAAAGTGTGAGATTTGTCCCTGTCTGCTGAGAGGCACCCTG-TA  99

seq1  TCCTCCCATGGCTCCTACCCTACAGCAGACCTCTAAGCTGTAAAGACAGG  145
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCCATGGCT-CTACCCTACAGCAGACCTCTAAGCTGTAAAGACAGG  148

seq1  AGACTTTAAGACATCCTAGTGTCAGCCAACTGGTTTCCAGTGTGTCATTG  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTAAGACATCCTAGTGTCAGCCAACTGGTTTCCAGTGTGTCATTG  198

seq1  CTCTTTGCCTGTGGCACAGCAAGCCTGCATTGTGTCCAGAAGTGATTCCA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTGCCTGTGGCACAGCAAGCCTGCA-TGTGTCCAGAAGTGATTCCA  247

seq1  GCTCCCGTAGCCATTAGACAACTTTCTCTTAGCAAAGCTTTGGGGAGTCA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCGTAGCCATTAGACAACTTTCTCTTAGCAAAGCTTTGGGGAGTCA  297

seq1  ACTGTCTTTATAGTCTTTTTTTTCCCCCCTGCCCAGGGTACTCACCAGAT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTTTATAGTCTTTTTTTTCCCCCCTGCCCAGGGTACTCACCAGAT  347

seq1  CAAATATTTTGGCCCTTGCATTATGATT-AAGTAGGTGATCAACCCACCT  394
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAAATATTTTGGCCCTTGCATTATGATTAAAGTAGGTGATCAACCCACCT  397

seq1  AGGATATATTTTCTCATGTTTCCAATTTTCTGACTCTGCCTTGACCTGGC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATATATTTTCTCATGTTTCCAATTTTCTGACTCTGCCTTGACCTGGC  447

seq1  TCTCCCAAAGCACAGAGTGATTCTTTACAGGACCAGCCTCGATGGGTCAG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCAAAGCACAGAGTGATTCTTTACAGGACCAGCCTCGATGGGTCAG  497

seq1  AAGAGACACCAGCTGTGAGTAACAGCTAGGGCCATCTCAGAACACCCAGA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGACACCAGCTGTGAGTAACAGCTAGGGCCATCTCAGAACACCCAGA  547

seq1  TGTGGGTTCACCCAGATCCTGCATCTCTGGCCCATTACTGACCCCATCGC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGTTCACCCAGATCCTGCATCTCTGGCCCATTACTGACCCCATCGC  597

seq1  AATTGATGGGCCAGCACACCTGTTATGAAGACCTCCATCCCATCTATTAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGATGGGCCAGCACACCTGTTATGAAGACCTCCATCCCATCTATTAA  647

seq1  CAATTAGATTAAACAAAAGCAACGATATGACACAACCCACTGGGCTGCCA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTAGATTAAACAAAAGCAACGATATGACACAACCCACTGGGCTGCCA  697

seq1  CTGAATCCCAGAGGTTACAAAACCAGTCTACCAGCTACCGCCCCCTGTCG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATCCCAGAGGTTACAAAACCAGTCTACCAGCTACCGCCCCCTGTCG  747

seq1  GCTGCCTCTGGGGCAAGGCAGGAAGCAGTGGAGAATGTGACGCGGTGTGT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCTCTGGGGCAAGGCAGGAAGCAGTGGAGAATGTGACGCGGTGTGT  797

seq1  CTCCTCCACCTTCACCTTTCTCCCTTCAGCATGGCGTTCTTCCTCCCTGC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCACCTTCACCTTTCTCCCTTCAGCATGGCGTTCTTCCTCCCTGC  847

seq1  CTTCAAGGTGCCCTGAGAAAGCTCGATAAAGGCGCCGCGCATCCCCTGTC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAGGTGCCCTGAGAAAGCTCGATAAAGGCGCCGCGCATCCCCTGTC  897

seq1  CTGCCCTCAAATCCCACTCACAGCCCGAGCTCAGATCCTTGACCCAGTGA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCTCAAATCCCACTCACAGCCCGAGCTCAGATCCTTGACCCAGTGA  947

seq1  GGCTGTGTGTTATGACAAGCCAGCCTGGCTCTCATTAATGCCCGGGATTA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTGTGTTATGACAAGCCAGCCTGGCTCTCATTAATGCCCGGGATTA  997

seq1  TCCCCTCTTCCCTTTACTCAAAAGATCCAAATAATATTAAATACTACCCA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCTCTTCCCTTTACTCAAAAGATCCAAATAATATTAAATACTACCCA  1047

seq1  TAAGGTTGCAGCTGTCCCTAGAAATGGAATTC  1076
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTTGCAGCTGTCCCTAGAAATGGAATTC  1079

seq1: chr8_111810750_111811926
seq2: B6Ng01-249L18.g_66_1235

seq1  GAATTCTTTACCTTTGTGTCTCTAATAAAATTACCATGATGTCTATTTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTACCTTTGTGTCTCTAATAAAATTACCATGATGTCTATTTTC  50

seq1  ATTTAAAAAAAAAAAAGCTAACCTGAGTCTCATTACAGCTCTTCAGATCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAAAAAAAAAAAGCTAACCTGAGTCTCATTACAGCTCTTCAGATCT  100

seq1  ATGGCTCCCATGCCTGCCCCATAGAACTGATCTTCTAAACACCAAATAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTCCCATGCCTGCCCCATAGAACTGATCTTCTAAACACCAAATAGC  150

seq1  CTCACTTTCTTAAACCAAACCTTGTTCCACATGAGCTACATCTCTTTCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTTTCTTAAACCAAACCTTGTTCCACATGAGCTACATCTCTTTCCA  200

seq1  TCAGTAATGCTTTGTGGCTTTTTGTTTACTTATGATGCTTAGAGATAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAATGCTTTGTGGCTTTTTGTTTACTTATGATGCTTAGAGATAAGT  250

seq1  TCTGTATTTCTGGTATTGCAGAACTGGAGGGGAGCCGAGCAGGCCTTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTATTTCTGGTATTGCAGAACTGGAGGGGAGCCGAGCAGGCCTTTCA  300

seq1  CATCCTTCAACTCTATGTATCATTTGATAGCAAATTGGTCATGGCCATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTTCAACTCTATGTATCATTTGATAGCAAATTGGTCATGGCCATAT  350

seq1  GATATATAAAGTCATTTCTTGTAGTTTAAAATAAGAATCTAAGCCCAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATATAAAGTCATTTCTTGTAGTTTAAAATAAGAATCTAAGCCCAAGC  400

seq1  TTGGGGACCACAATATAAGGACAGTCTCTGCAGGGGGATTTTTAAGCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGACCACAATATAAGGACAGTCTCTGCAGGGGGATTTTTAAGCACA  450

seq1  GCTATCATCAAAACTACCTATGGAGCTTTTAAAAAATATAAATGGTTGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCATCAAAACTACCTATGGAGCTTTTAAAAAATATAAATGGTTGCA  500

seq1  TCCTACACAAGTCTTATAGCAGTTTAAGTGTGGGACCTTTGAGAAGATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACACAAGTCTTATAGCAGTTTAAGTGTGGGACCTTTGAGAAGATTT  550

seq1  TGGAAAGCAATATCAAGTGGTAGTAAGGCCAATACCTGAATTCAAACTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGCAATATCAAGTGGTAGTAAGGCCAATACCTGAATTCAAACTCA  600

seq1  GACTCATGTAATCTTATAAATTATCTAAACTCTCTATTCTCGTATCCAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCATGTAATCTTATAAATTATCTAAACTCTCTATTCTCGTATCCAAA  650

seq1  AAACAAATGTAACCTTGGTGGGGTATCATTTAAATGATGAATAAATTAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAATGTAACCTTGGTGGGGTATCATTTAAATGATGAATAAATTAAT  700

seq1  GGGATTATTAAATCAGTATGAGAAGAAAAGAAACTAGGAAACAGTCCATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTATTAAATCAGTATGAGAAGAAAAGAAACTAGGAAACAGTCCATG  750

seq1  CTAAGTGAATATAGTCTCATGATCTGAGTATGTTGAAATCTCTGCTACCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTGAATATAGTCTCATGATCTGAGTATGTTGAAATCTCTGCTACCA  800

seq1  GCTCTAACTTAGAGGCTGAGAAAGCAGTAACGTTATGGCGGCATAACATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTAACTTAGAGGCTGAGAAAGCAGTAACGTTATGGCGGCATAACATA  850

seq1  GACACCTCTAAGCCAAACGCAGAACAGGTGACCCCACACCCTTCTTGGGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACCTCTAAGCCAAACGCAGAACAGGTGACCCCACACCCTTCTTGGGC  900

seq1  AAGAGTTCTCTGTTGGCTTGTCACTAAAGTGAACCACACCAGCTTCCTGA  950
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTTCTCTGTTGGCTTGTCACTAAAGTGAACCACACCAGCTTCCTGA  950

seq1  CA-CAAGGGACCATTGAA-TATGACCTCTACTGGGCAATCAGTACC-TCT  997
      || || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CACCAGGGGACCATTGAATTATGACCTCTACTGGGCAATCAGTACCTTCT  1000

seq1  CCCTCCCCCCTCAGACTCACT-GAGGTTTCTGGGTCACGCTCATGCCTTT  1046
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CCCTCCCCCCTCAGACTCACTGGAGGTTTCTGGGTCACGCTCATG-CTTT  1049

seq1  GAATCTTCCAGGATACTTTTAAAGTGGGTTTATCAACATAGACTTGTCAA  1096
      ||||||| ||||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||| |
seq2  GAATCTTTCAGGATACTTTTAAAGGTGGGTTATC-ACATAGACTTGTC-A  1097

seq1  GCTTGAGTATTCAAACAAACTTGTCAAAGAAGA-GTGTTCAAAAAAATCA  1145
      |||||||||||| ||||| |||||| ||||||| |||||||||     | 
seq2  GCTTGAGTATTCCAACAACCTTGTC-AAGAAGAGGTGTTCAAA-----CT  1141

seq1  CAGTGACGCTTATTTTCATAAAAAAAAAGCAT  1177
      |||||||||||||||     ||||||||||||
seq2  CAGTGACGCTTATTT---CTAAAAAAAAGCAT  1170