BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-249M03
Chromosome8 (Build37)
Map Location 77,671,120 - 77,765,447
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRasd2
Upstream geneIsx, Hmgb2l1, Tom1, LOC100039134, Hmox1, Mcm5
Downstream geneLOC675507, LOC384845, LOC666211, LOC100039229, 1700007B14Rik, LOC666036
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-249M03.bB6Ng01-249M03.g
ACCGA057493GA057494
length1,1721,076
definitionB6Ng01-249M03.b B6Ng01-249M03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,764,265 - 77,765,447)(77,671,120 - 77,672,200)
sequence
gaattcaatgaaacagctctgttattcagtggcacacttgtgcatacata
ttatatttggggtgacaaggactatataagccttggagactgggaagggg
tttttcatgtgaatgtgcattggctttaagtgtcaatttgatatactcta
aaagagagtctcagtgaaggattgtctagatcaggttggcctgtggttat
ataagggatggcagttgtcttgcttttgttaatgatgtaagaagacacag
tccaccatgggcagcaacatctcctgggctcgaatcttgaactgtatgag
agtggaaagtacaagctgagtgctagaaccatgcacacattcacttctct
ctgctgttgaagacagatataattagctgctttaagttcgtgccacctta
actttcttgctataatggactttgatctggaattgtgaactaaaataaac
cctctctccactaagatttttttgtcagtcaccaacaatagtacacacat
actgcatactgtaagaaacaaaaataacaggccacttggccatccatatt
ctaatccctataacctgtgaacacaatgtacttaaatcacccttatctag
aatatatcatagatttattcaaggattaaagtattaacagcaagtattta
ctctagctgaaatgagagaagtgaaaagtaattagggtaactccagtcat
ggagaactcaacactctgttggagagatgtaaggattcttatataagaag
cctctagtgacctgggagccacactgagtcaataaccaacaggggaaagg
aacagagttctacaatgacaactgttgtatcttgccatagagctgaacat
atgtggagacagagccttgttgagggaagtattaaaaaatgaacccacca
attctctgtgctgtgccagaccaagcttctgcactcctgccagcctgcca
actctccgaggctaaccctcacagcatctgtctcacttatcctgcaagcc
actagttccctttctgctataatcccctgtaaccggtggtcccacacttc
ttggttaccaatagattcgcctatcctcacaggttgacaaaccaatacca
gttaccagcaaatcagactctcaatgcttataccatcgaattgtgtatat
aaatcccaaggtacagatgcca

gaattctttttagctctgtaccccatttttgtttttacttcagttatttg
gtttgttggtgtctaatgtcttgagttctttatatattttggatatgagc
cctctgtcagatgtagagttcatgaagatccttttccaatctatatgctg
ccattttgttctattgacggtgtcgttcgccttacagaagcttttcagtt
ttatgaggtcccatttgtcaattgttgatcttagagcctgagcaatttgt
gctttgttcaggaagttgtctgctgtacagggtctctctccattttattc
aacttcgaactctggataatgcagtgatacaacctatattaaggtgtata
tttccacctcaactaccccagtctagaaaccccttcgcagacatatctag
aggtttgtctcttagttggaatcttagtgatgccagatcctgtcaggtgg
acaatattaaccatcatgaaagggaggctcacctggacctgcatgttgct
aggggccactggcaggttttcacagttgttcttagtcttaatccccacag
atagcatttctgaaatgttaatacagcgtgcaatggggcctggcatgtcc
tgggcttccctcatatcatgtcagaacccttaaattggtggtaatgatac
ttgcagaaactctcaggaaccgtagggcttggagacagacctgagccagg
gcaggggcctcagggctgggaggctggccaaggccttttggagaagcatg
cagaagggggatgcatgctagcaagatgctctcccagaccctagcttcta
cctgatcctcaatgactttcagtggctgtagctcaagactgactatttcg
tacatactgtagctcaggggcagagtgaagatttttaactgtgtctccat
gatactggacatgggccagacatgctgtatgacactactttcagaacctt
acagtccactcagggccatgtgggatgcctactttagcccagaatactct
agaagtatagaagccaatgcttcagtgagacagccagacttgtcttgttg
taatctagtaccccagagtctgtcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_77764265_77765447
seq2: B6Ng01-249M03.b_47_1218 (reverse)

seq1  TGGCATCTTGTACATTGTGATATTATTAATACACAAATCTGATTGGTTAA  50
      ||||||| ||||| ||| ||| ||||  |||||||| || || ||||   
seq2  TGGCATC-TGTACCTTGGGAT-TTAT--ATACACAATTC-GA-TGGT---  41

seq1  TTAAGCATTGAGAGTCTGATTTTGCTGGGTTACTGGGTATTGTGTTGTCA  100
       |||||||||||||||||| |||||| ||| ||| |||||||  ||||||
seq2  ATAAGCATTGAGAGTCTGA-TTTGCT-GGTAACT-GGTATTGGTTTGTCA  88

seq1  AACTGTGAGGAT-GGCGGATCTATTTGGTTACCA--GAGTGTGGGACCAC  147
      | |||||||||| |||| ||||| ||||| ||||   |||||||||||||
seq2  ACCTGTGAGGATAGGCGAATCTA-TTGGTAACCAAGAAGTGTGGGACCAC  137

seq1  CGGTTACAGGGGATTATAGCAGAAAGGGAACTTAGTGGCTTGCAGGATAA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CGGTTACAGGGGATTATAGCAGAAAGGGAAC-TAGTGGCTTGCAGGATAA  186

seq1  GTGAGACAGATGCTGTGAGGGTTAGCCTCGGAGAGTTGGCAGGCTGGCAG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGACAGATGCTGTGAGGGTTAGCCTCGGAGAGTTGGCAGGCTGGCAG  236

seq1  GAGTGCAGAAGCTTGGTCTGGCACAGCACAGAGAATTGGTGGGTTCATTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGCAGAAGCTTGGTCTGGCACAGCACAGAGAATTGGTGGGTTCATTT  286

seq1  TTTAATACTTCCCTCAACAAGGCTCTGTCTCCACATATGTTCAGCTCTAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATACTTCCCTCAACAAGGCTCTGTCTCCACATATGTTCAGCTCTAT  336

seq1  GGCAAGATACAACAGTTGTCATTGTAGAACTCTGTTCCTTTCCCCTGTTG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGATACAACAGTTGTCATTGTAGAACTCTGTTCCTTTCCCCTGTTG  386

seq1  GTTATTGACTCAGTGTGGCTCCCAGGTCACTAGAGGCTTCTTATATAAGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTGACTCAGTGTGGCTCCCAGGTCACTAGAGGCTTCTTATATAAGA  436

seq1  ATCCTTACATCTCTCCAACAGAGTGTTGAGTTCTCCATGACTGGAGTTAC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTACATCTCTCCAACAGAGTGTTGAGTTCTCCATGACTGGAGTTAC  486

seq1  CCTAATTACTTTTCACTTCTCTCATTTCAGCTAGAGTAAATACTTGCTGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATTACTTTTCACTTCTCTCATTTCAGCTAGAGTAAATACTTGCTGT  536

seq1  TAATACTTTAATCCTTGAATAAATCTATGATATATTCTAGATAAGGGTGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACTTTAATCCTTGAATAAATCTATGATATATTCTAGATAAGGGTGA  586

seq1  TTTAAGTACATTGTGTTCACAGGTTATAGGGATTAGAATATGGATGGCCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGTACATTGTGTTCACAGGTTATAGGGATTAGAATATGGATGGCCA  636

seq1  AGTGGCCTGTTATTTTTGTTTCTTACAGTATGCAGTATGTGTGTACTATT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCCTGTTATTTTTGTTTCTTACAGTATGCAGTATGTGTGTACTATT  686

seq1  GTTGGTGACTGACAAAAAAATCTTAGTGGAGAGAGGGTTTATTTTAGTTC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTGACTGACAAAAAAATCTTAGTGGAGAGAGGGTTTATTTTAGTTC  736

seq1  ACAATTCCAGATCAAAGTCCATTATAGCAAGAAAGTTAAGGTGGCACGAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTCCAGATCAAAGTCCATTATAGCAAGAAAGTTAAGGTGGCACGAA  786

seq1  CTTAAAGCAGCTAATTATATCTGTCTTCAACAGCAGAGAGAAGTGAATGT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAAGCAGCTAATTATATCTGTCTTCAACAGCAGAGAGAAGTGAATGT  836

seq1  GTGCATGGTTCTAGCACTCAGCTTGTACTTTCCACTCTCATACAGTTCAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGGTTCTAGCACTCAGCTTGTACTTTCCACTCTCATACAGTTCAA  886

seq1  GATTCGAGCCCAGGAGATGTTGCTGCCCATGGTGGACTGTGTCTTCTTAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCGAGCCCAGGAGATGTTGCTGCCCATGGTGGACTGTGTCTTCTTAC  936

seq1  ATCATTAACAAAAGCAAGACAACTGCCATCCCTTATATAACCACAGGCCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTAACAAAAGCAAGACAACTGCCATCCCTTATATAACCACAGGCCA  986

seq1  ACCTGATCTAGACAATCCTTCACTGAGACTCTCTTTTAGAGTATATCAAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGATCTAGACAATCCTTCACTGAGACTCTCTTTTAGAGTATATCAAA  1036

seq1  TTGACACTTAAAGCCAATGCACATTCACATGAAAAACCCCTTCCCAGTCT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACACTTAAAGCCAATGCACATTCACATGAAAAACCCCTTCCCAGTCT  1086

seq1  CCAAGGCTTATATAGTCCTTGTCACCCCAAATATAATATGTATGCACAAG  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGCTTATATAGTCCTTGTCACCCCAAATATAATATGTATGCACAAG  1136

seq1  TGTGCCACTGAATAACAGAGCTGTTTCATTGAATTC  1183
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCACTGAATAACAGAGCTGTTTCATTGAATTC  1172


seq1: chr8_77671120_77672200
seq2: B6Ng01-249M03.g_67_1142

seq1  GAATTCTTTTTAGCTCTGTACCCCATTTTTGTTTTTACTTCAGTTATTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTTAGCTCTGTACCCCATTTTTGTTTTTACTTCAGTTATTTG  50

seq1  GTTTGTTGGTGTCTAATGTCTTGAGTTCTTTATATATTTTGGATATGAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGTTGGTGTCTAATGTCTTGAGTTCTTTATATATTTTGGATATGAGC  100

seq1  CCTCTGTCAGATGTAGAGTTCATGAAGATCCTTTTCCAATCTATATGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGTCAGATGTAGAGTTCATGAAGATCCTTTTCCAATCTATATGCTG  150

seq1  CCATTTTGTTCTATTGACGGTGTCGTTCGCCTTACAGAAGCTTTTCAGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTTGTTCTATTGACGGTGTCGTTCGCCTTACAGAAGCTTTTCAGTT  200

seq1  TTATGAGGTCCCATTTGTCAATTGTTGATCTTAGAGCCTGAGCAATTTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAGGTCCCATTTGTCAATTGTTGATCTTAGAGCCTGAGCAATTTGT  250

seq1  GCTTTGTTCAGGAAGTTGTCTGCTGTACAGGGTCTCTCTCCATTTTATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGTTCAGGAAGTTGTCTGCTGTACAGGGTCTCTCTCCATTTTATTC  300

seq1  AACTTCGAACTCTGGATAATGCAGTGATACAACCTATATTAAGGTGTATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCGAACTCTGGATAATGCAGTGATACAACCTATATTAAGGTGTATA  350

seq1  TTTCCACCTCAACTACCCCAGTCTAGAAACCCCTTCGCAGACATATCTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCACCTCAACTACCCCAGTCTAGAAACCCCTTCGCAGACATATCTAG  400

seq1  AGGTTTGTCTCTTAGTTGGAATCTTAGTGATGCCAGATCCTGTCAGGTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTGTCTCTTAGTTGGAATCTTAGTGATGCCAGATCCTGTCAGGTGG  450

seq1  ACAATATTAACCATCATGAAAGGGAGGCTCACCTGGACCTGCATGTTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATATTAACCATCATGAAAGGGAGGCTCACCTGGACCTGCATGTTGCT  500

seq1  AGGGGCCACTGGCAGGTTTTCACAGTTGTTCTTAGTCTTAATCCCCACAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCCACTGGCAGGTTTTCACAGTTGTTCTTAGTCTTAATCCCCACAG  550

seq1  ATAGCATTTCTGAAATGTTAATACAGCGTGCAATGGGGCCTGGCATGTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCATTTCTGAAATGTTAATACAGCGTGCAATGGGGCCTGGCATGTCC  600

seq1  TGGGCTTCCCTCATATCATGTCAGAACCCTTAAATTGGTGGTAATGATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTTCCCTCATATCATGTCAGAACCCTTAAATTGGTGGTAATGATAC  650

seq1  TTGCAGAAACTCTCAGGAACCGTAGGGCTTGGAGACAGACCTGAGCCAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGAAACTCTCAGGAACCGTAGGGCTTGGAGACAGACCTGAGCCAGG  700

seq1  GCAGGGGCCTCAGGGCTGGGAGGCTGGCCAAGGCCTTTTGGAGAAGCATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGGCCTCAGGGCTGGGAGGCTGGCCAAGGCCTTTTGGAGAAGCATG  750

seq1  CAGAAGGGGGATGCATGCTAGCAAGATGCTCTCCCAGACCCTAGCTTCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGGGGGATGCATGCTAGCAAGATGCTCTCCCAGACCCTAGCTTCTA  800

seq1  CCTGATCCTCAATGACTTTCAGTGGCTGTAGCTCAGGACTGACTATTTCG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CCTGATCCTCAATGACTTTCAGTGGCTGTAGCTCAAGACTGACTATTTCG  850

seq1  TACATACTGTAGGCTCAGGGGCAGAGTGAAGATTTTTAACTGTGTCTCCA  900
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATACTGTA-GCTCAGGGGCAGAGTGAAGATTTTTAACTGTGTCTCCA  899

seq1  TGATACTGGACAT-GGCCAGACATGCTGTATGACACTACTTTCAGAACCT  949
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACTGGACATGGGCCAGACATGCTGTATGACACTACTTTCAGAACCT  949

seq1  TACAGTCCACTCAGGGCCATGTGGGATGGCCTACTTTAAGCCCAGAATAC  999
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  TACAGTCCACTCAGGGCCATGTGGGAT-GCCTACTTT-AGCCCAGAATAC  997

seq1  TCTTAGAGTATAGAAGCCCATGCTTCAGTGGAGACAGCCAGAC-TGTCTT  1048
      |||   |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||
seq2  TCTAGAAGTATAGAAGCCAATGCTTCAGT-GAGACAGCCAGACTTGTCTT  1046

seq1  GTTTGTAATCTAGGTAACCCCAGAGCCTGTCAT  1081
      | |||||||||||   ||||||||| |||||||
seq2  G-TTGTAATCTAG--TACCCCAGAGTCTGTCAT  1076


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |