BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-249M24
Chromosome8 (Build37)
Map Location 16,461,670 - 16,566,016
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCsmd1
Upstream geneEG665619, LOC634008
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-249M24.bB6Ng01-249M24.g
ACCGA057535GA057536
length1,1671,063
definitionB6Ng01-249M24.b B6Ng01-249M24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,461,670 - 16,462,828)(16,564,952 - 16,566,016)
sequence
gaattcaccaagcacaaagggaaaccggccatccttgttcactcacagca
ggctcagaacttgttctaacaggcacaccacaagccacagcagagataca
cttgagaccagtgtcagtatctctgttgacatctatagagcgatgtcccc
tgctgctaacccctgtgaaagtctgactcctccttcttagacagagaagc
tcttcgtgggataattaactgctcagtgtctacttcgtgacaaagatggg
taaagaccacttagaatatttcagcatatcttgctgatcaccttgcacaa
gtaattactggcttagtattattgacaatgaatcttgaaccagatcatca
caagagtttatacagccagagtctgtgcccctagcatcctctagaacata
cttccctctgtcccagctgtcctttcagagtcaaatctttccctcaggta
catacatactgatctcttattgtttctttactttccttttccttactgtc
gaatccttatgcatggcacagagagttcagtactgcttggagataggaga
gaacatgttgtcatgctcagaagggggttatcagatttgtcactgcctgt
cttggaggggacagaagaacgagactttcatgagtaagctctgccagtat
catcccagcagaaaagtgtgtgcacagtggatggagcatcaggtctaatg
atgacttaatacaagcatatcacctaacaagcgattctgtcaagctgtag
atcatgtccttaataatttcagtcacaacgctgattattttcaacattat
taacatcactttctattttacctgtaagacatacagctggtaggagcgaa
acactaaaacctttatagatgaacaaaattccctttcttcccgtttctgc
tactcaatctttttctatcatttaaaaggctattttcttccccaccctga
tttcattttcaagacatggggctgtgattatcaagaaagagtacaaaaca
tttcacagggtatagtttttgccagcacccccctgtcagccctagggata
taggatgcccaggtggacccggaatggggccatggtgaggcagaaggtcc
tgggaatggcctgagacttggagcaccaggcctacccattgatggaattc
agtgcactatagtagag

gaattctcggaggggggcactctcaaaatttgtatgttaggttagtatca
agccatagttggcactattaaaactaatttccatttcagcattaagacac
catatacctagagtggcttgtctttgggaccctgtgactgcatctctcct
gaaattctggcaagctcctgttgtagctagtccacctcatcatacagtcc
ttatcaaagccatgcccccactggatgtttacagcctttggtagctcaca
atggaatgcagatggaaggctacagcaaaaattgttaggaatcccaggag
agagagaccatgtatgtgctttcggaacaatcagagccgcacagcaatga
agaatgtgacagcagtctgttacaatgatggatttcatctctctctaagt
tcattaaaattaatttgttcttgtatctttatttctgtgactgatttcag
atctcaccctatctcatacgtctataatcacgtgtcttttccatatcaaa
attgtattttaaactctactaattctacataaccttaatgaagcttggaa
atgttgaatatttcaacaccctttttttcaaaaaatttttcaaacattta
tttattttatgtatgtgagtacactgtcaatctcttcagacacgccacaa
gaggcatcagatcccattacagatggttgtgagccaccatgtggttgctg
ggaattgaactcagtacttctgggagagcagttagtgctcttaactgctt
agctatctctccagtccatatttcaacattttatgcagtccacttgcttt
gaattttttttcataaggggcttgccccagactgcttatacttcacaccg
atgggcagcatcagatgacacattttattagaagtgaggaaatacacaca
cacacacacacacacacactcacacactggaaaggtaggcaggtgggtga
ctaaagagttatcagagaaaggaaatctccctgcagaggcagagaaggga
tctaaatctaatcctctggagggcccagggtctttaggattttgggtgct
tcggcagatgctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_16461670_16462828
seq2: B6Ng01-249M24.b_47_1213

seq1  GAATTCACCAAGCACAAAGGGAAACCGGCCATCCTTGTTCACTCACAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCAAGCACAAAGGGAAACCGGCCATCCTTGTTCACTCACAGCA  50

seq1  GGCTCAGAACTTGTTCTAACAGGCACACCACAAGCCACAGCAGAGATACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAGAACTTGTTCTAACAGGCACACCACAAGCCACAGCAGAGATACA  100

seq1  CTTGAGACCAGTGTCAGTATCTCTGTTGACATCTATAGAGCGATGTCCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGACCAGTGTCAGTATCTCTGTTGACATCTATAGAGCGATGTCCCC  150

seq1  TGCTGCTAACCCCTGTGAAAGTCTGACTCCTCCTTCTTAGACAGAGAAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTAACCCCTGTGAAAGTCTGACTCCTCCTTCTTAGACAGAGAAGC  200

seq1  TCTTCGTGGGATAATTAACTGCTCAGTGTCTACTTCGTGACAAAGATGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCGTGGGATAATTAACTGCTCAGTGTCTACTTCGTGACAAAGATGGG  250

seq1  TAAAGACCACTTAGAATATTTCAGCATATCTTGCTGATCACCTTGCACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGACCACTTAGAATATTTCAGCATATCTTGCTGATCACCTTGCACAA  300

seq1  GTAATTACTGGCTTAGTATTATTGACAATGAATCTTGAACCAGATCATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTACTGGCTTAGTATTATTGACAATGAATCTTGAACCAGATCATCA  350

seq1  CAAGAGTTTATACAGCCAGAGTCTGTGCCCCTAGCATCCTCTAGAACATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGTTTATACAGCCAGAGTCTGTGCCCCTAGCATCCTCTAGAACATA  400

seq1  CTTCCCTCTGTCCCAGCTGTCCTTTCAGAGTCAAATCTTTCCCTCAGGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTCTGTCCCAGCTGTCCTTTCAGAGTCAAATCTTTCCCTCAGGTA  450

seq1  CATACATACTGATCTCTTATTGTTTCTTTACTTTCCTTTTCCTTACTGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATACTGATCTCTTATTGTTTCTTTACTTTCCTTTTCCTTACTGTC  500

seq1  GAATCCTTATGCATGGCACAGAGAGTTCAGTACTGCTTGGAGATAGGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCTTATGCATGGCACAGAGAGTTCAGTACTGCTTGGAGATAGGAGA  550

seq1  GAACATGTTGTCATGCTCAGAAGGGGGTTATCAGATTTGTCACTGCCTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACATGTTGTCATGCTCAGAAGGGGGTTATCAGATTTGTCACTGCCTGT  600

seq1  CTTGGAGGGGACAGAAGAACGAGACTTTCATGAGTAAGCTCTGCCAGTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAGGGGACAGAAGAACGAGACTTTCATGAGTAAGCTCTGCCAGTAT  650

seq1  CATCCCAGCAGAAAAGTGTGTGCACAGTGGATGGAGCATCAGGTCTAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCAGCAGAAAAGTGTGTGCACAGTGGATGGAGCATCAGGTCTAATG  700

seq1  ATGACTTAATACAAGCATATCACCTAACAAGCGATTCTGTCAAGCTGTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTTAATACAAGCATATCACCTAACAAGCGATTCTGTCAAGCTGTAG  750

seq1  ATCATGTCCTTAATAATTTCAGTCACAACGCTGATTATTTTCAACATTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGTCCTTAATAATTTCAGTCACAACGCTGATTATTTTCAACATTAT  800

seq1  TAACATCACTTTCTATTTTACCTGTAAGACATACAGCTGGTAGGAGCGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATCACTTTCTATTTTACCTGTAAGACATACAGCTGGTAGGAGCGAA  850

seq1  ACACTAAAACCTTTATAGATGAACAAAAATCCCTTTCTTCCCGTTTCTGC  900
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ACACTAAAACCTTTATAGATGAACAAAATTCCCTTTCTTCCCGTTTCTGC  900

seq1  TACTCAATC-TTTTCTATCATTTAAAAGGCTATTTTCTTCCCCACCCTGA  949
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCAATCTTTTTCTATCATTTAAAAGGCTATTTTCTTCCCCACCCTGA  950

seq1  TTTCATTTCAAAGACAT-GGGCTGTGATTATCAAGAAAGAGTAACAAAAA  998
      ||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| 
seq2  TTTCATTTTCAAGACATGGGGCTGTGATTATCAAGAAAGAGT-ACAAAAC  999

seq1  CATTCACAGGGTATAGTTTTTGCCAGCA-CCCCCTGTCAGCCCTA-GGAT  1046
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  ATTTCACAGGGTATAGTTTTTGCCAGCACCCCCCTGTCAGCCCTAGGGAT  1049

seq1  ATAGGATGCCCA-GTGAACACAGAATGGGGCCAATGTGA-GCAGAAG--T  1092
      |||||||||||| ||| || | |||||||||||  |||| |||||||   
seq2  ATAGGATGCCCAGGTGGACCCGGAATGGGGCCATGGTGAGGCAGAAGGTC  1099

seq1  CTTGGAATGGCTGAAGAACTTGAGCA-CAGGCTAACACAATGTATGAATA  1141
      || ||||||||   |||  | ||||| |||||  || || || ||| | |
seq2  CTGGGAATGGCCTGAGACTTGGAGCACCAGGCCTACCCATTG-ATGGA-A  1147

seq1  TTCA--GCACTATAGTAGAG  1159
      ||||  ||||||||||||||
seq2  TTCAGTGCACTATAGTAGAG  1167


seq1: chr8_16564952_16566016
seq2: B6Ng01-249M24.g_66_1128 (reverse)

seq1  GAGCATCTGCCGGAAGCCACCAAAAATCCTTAAAAGACCCT-GGCCCTCC  49
      ||||||||||| |||| |||| ||||||||  ||||||||| ||||||||
seq2  GAGCATCTGCC-GAAG-CACCCAAAATCCT--AAAGACCCTGGGCCCTCC  46

seq1  AGGGGATTTGGATTTTGGTCCCTTCTCTG-CTCTGCAGGGAGATTTTCTT  98
      || ||| || ||||| | ||||||||||| |||||||||||||||| |||
seq2  AGAGGA-TTAGATTTAGATCCCTTCTCTGCCTCTGCAGGGAGATTTCCTT  95

seq1  TCTCTGATAACTCTTTAGTCACCCACCTGCCTACCTTTCCAGTGTGTGAG  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGATAACTCTTTAGTCACCCACCTGCCTACCTTTCCAGTGTGTGAG  145

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTCCTCACTTCTAATAAAATGTG  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTCCTCACTTCTAATAAAATGTG  195

seq1  TCATCTGATGCTGCCCATCGGTGTGAAGTATAAGCAGTCTGGGGCAAGCC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTGATGCTGCCCATCGGTGTGAAGTATAAGCAGTCTGGGGCAAGCC  245

seq1  CCTTATG-AAAAAAATTCAAAGCAAGTGGACTGCATAAAATGTTGAAATA  297
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATGAAAAAAAATTCAAAGCAAGTGGACTGCATAAAATGTTGAAATA  295

seq1  TGGACTGGAGAGATAGCTAAGCAGTTAAGAGCACTAACTGCTCTCCCAGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTGGAGAGATAGCTAAGCAGTTAAGAGCACTAACTGCTCTCCCAGA  345

seq1  AGTACTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGT  395

seq1  AATGGGATCTGATGCCTCTTGTGGCGTGTCTGAAGAGATTGACAGTGTAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGATCTGATGCCTCTTGTGGCGTGTCTGAAGAGATTGACAGTGTAC  445

seq1  TCACATACATAAAATAAATAAATGTTTGAAAAATTTTTTGAAAAAAAGGG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATACATAAAATAAATAAATGTTTGAAAAATTTTTTGAAAAAAAGGG  495

seq1  TGTTGAAATATTCAACATTTCCAAGCTTCATTAAGGTTATGTAGAATTAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGAAATATTCAACATTTCCAAGCTTCATTAAGGTTATGTAGAATTAG  545

seq1  TAGAGTTTAAAATACAATTTTGATATGGAAAAGACACGTGATTATAGACG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGTTTAAAATACAATTTTGATATGGAAAAGACACGTGATTATAGACG  595

seq1  TATGAGATAGGGTGAGATCTGAAATCAGTCACAGAAATAAAGATACAAGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGATAGGGTGAGATCTGAAATCAGTCACAGAAATAAAGATACAAGA  645

seq1  ACAAATTAATTTTAATGAACTTAGAGAGAGATGAAATCCATCATTGTAAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTAATTTTAATGAACTTAGAGAGAGATGAAATCCATCATTGTAAC  695

seq1  AGACTGCTGTCACATTCTTCATTGCTGTGCGGCTCTGATTGTTCCGAAAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGCTGTCACATTCTTCATTGCTGTGCGGCTCTGATTGTTCCGAAAG  745

seq1  CACATACATGGTCTCTCTCTCCTGGGATTCCTAACAATTTTTGCTGTAGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATACATGGTCTCTCTCTCCTGGGATTCCTAACAATTTTTGCTGTAGC  795

seq1  CTTCCATCTGCATTCCATTGTGAGCTACCAAAGGCTGTAAACATCCAGTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCATCTGCATTCCATTGTGAGCTACCAAAGGCTGTAAACATCCAGTG  845

seq1  GGGGCATGGCTTTGATAAGGACTGTATGATGAGGTGGACTAGCTACAACA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCATGGCTTTGATAAGGACTGTATGATGAGGTGGACTAGCTACAACA  895

seq1  GGAGCTTGCCAGAATTTCAGGAGAGATGCAGTCACAGGGTCCCAAAGACA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTTGCCAGAATTTCAGGAGAGATGCAGTCACAGGGTCCCAAAGACA  945

seq1  AGCCACTCTAGGTATATGGTGTCTTAATGCTGAAATGGAAATTAGTTTTA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACTCTAGGTATATGGTGTCTTAATGCTGAAATGGAAATTAGTTTTA  995

seq1  ATAGTGCCAACTATGGCTTGATACTAACCTAACATACAAATTTTGAGAGT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTGCCAACTATGGCTTGATACTAACCTAACATACAAATTTTGAGAGT  1045

seq1  GCCCCCCTCCGAGAATTC  1065
      ||||||||||||||||||
seq2  GCCCCCCTCCGAGAATTC  1063


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |