BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-251H21
Chromosome8 (Build37)
Map Location 95,398,201 - 95,604,756
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAytl1, Capns2, LOC100040752, Slc6a2, EG244595, LOC382044
Upstream gene4933436C20Rik, Irx5, Irx6, LOC100041325, Mmp2
Downstream geneEs1, LOC676523, Ces3, Es22, AU018778, Ces1, 2310039D24Rik, Ces7, Gnao1, Amfr, Nudt21, Ogfod1, Bbs2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-251H21.bB6Ng01-251H21.g
ACCGA058740GA058741
length1,0861,135
definitionB6Ng01-251H21.b B6Ng01-251H21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,603,664 - 95,604,756)(95,398,201 - 95,399,325)
sequence
gaattcatagatagatgcatatgtggatgattagacaaaggattgtggtt
cacaaagtttatttgacttaaggacaatgttgtgtttgaatgaggactgt
tcccatagtcttgggctttcacttgatccccagttagtggtgctgtttgg
agatatttagaagatatagacttcttagaggaagtatgtcagtggaggta
ggcttagagaatttaaagtctctcatcatttctagttcactctctactgt
gagcttacatttaagtattatgatcaggcttgctacacgtcaccatgctt
ttgcgctgccattatggactcttctccctccggacactttctcctcctta
tgatgtctttgctcttcgtgtttcatcacagcaagcagaagtaactaata
caaacattgtggctaagcagccctgatccaaaagcagtgagatcattaac
agaggtatacactggtgcttcaggttacctggcaggaatagtcaacatca
gaaaacaacactggctgaagagtgagattagaaaacttccaaacttgaga
ccatctcttctaggaaatagatgcatggcagctgggaagtgtgcaatgtt
cccagccgagcaacactggggacttcttcctgactgcatgcatctgcttg
ctggtacctgccttgagaagttcaaggtgcactgagcttttcagttagaa
gtgtttgcataagaggttggcttgatatcagagagtgggtagtgtcttta
aagaaaaagaagagtaaactcgtagtgggtgtggcttggaggtcctaaca
aataccttgggagctctttggagagggggagctttatgtaattatgctaa
ttggtctagaggtgggtccacagcaagaggctctctatttgagctgcaga
cacctccctgtctcctagagttcctgtccttccttctaccatgtggctcc
atgctctggtctgggcttctcttgctctttgccatatgggtagttctttc
tggattacaaacattggttgtacatttggaaacctgtcctgatgagtggg
tgaatgtatacagaagccagcactaaacagttcact
gaattctgtattccaaatagctcattttctaggactcttaaaaatctcat
tgataaaaggctaaatggggaaagcaattgggcagattaatgccatctgt
tgccggcattttaaaatgtgataccagtactagacaccattctgtatatc
ttagcttcaggaaggcgttacgtagttcctattctgccatctctgggatg
gacaggggagcctcagacttaggctctgtttagactggacagtagaaatg
tatgattctcatagagatgacaaggagacctttccagatacagaggtgac
tggtggtagcaaggccggaggcagagtataaccttgggggaggcagtaag
cacaggtggagcatctactggctgaatgagcattggcaagtggtgtggaa
actgtcctagagaactccacatcttctctagagtccaaggctgccccagg
aagcagtgtcttcttgtgcgtcatctggtcccactgttatcctccacaca
ttaactatgctgccctctccagacactgggcttcatgccttaccagaggg
taatcaaaggagggtgtaactgttactcatactaggaaagattatgatct
ctacacctgctcagatttctttttaatgactagcttcacaacttgaatat
ctgcggtaaaaaaggaattaaaatctatcaaacttctactcaggcctctg
tctgtatatttaaatcttcacatattaaaattactgcattgtgtactgct
ttggctattttcttccaaataatcatttttgataaatgataaattatata
tactacatgcacattactttcccagatatgctttgtttgggaaaaaaaat
aaatgaacatgtacaatattttaaattcagaacccagttgttccataaaa
aatatacaggggtgggaagtgatctctgtgcagctgtatagttcagtgtg
attaatgagtttttacatcaattcatgttatttaatagttacaagcttta
tttttagtcttttaatatgttgctttttactctagaaaaaggtctacacg
agttcctaatactaaacaagattattttacctagggttgttttgtaatgg
tgtttttttgagactagcctcaatatagcttctgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_95603664_95604756
seq2: B6Ng01-251H21.b_47_1132 (reverse)

seq1  AGTGAACTGTTTTGTGCTTGC-TCTGTATACATTTCACCCACTTCATCAA  49
      |||||||||||| ||||| || |||||||||| ||||||||| ||||| |
seq2  AGTGAACTGTTTAGTGCTGGCTTCTGTATACA-TTCACCCAC-TCATC-A  47

seq1  GGACAGGTTTCCAAATGTACAACCCAATGTTTGTAATCCAG-AAGAACTT  98
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| 
seq2  GGACAGGTTTCCAAATGTACAA-CCAATGTTTGTAATCCAGAAAGAACT-  95

seq1  ACCCCATATTGGGCAAAGAGCAAGAGAAGCCCAGACCAGAGCATGGAGCC  148
        |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -ACCCATAT--GGCAAAGAGCAAGAGAAGCCCAGACCAGAGCATGGAGCC  142

seq1  ACATGGTAGAAGGAAGGACAGGAACTCTAGGAGACAGGGAGGTGTCTGCA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGTAGAAGGAAGGACAGGAACTCTAGGAGACAGGGAGGTGTCTGCA  192

seq1  GCTCAAATAGAGAGCCTCTTTGCTGTGGACCCACCTCTAGACCAATTAGC  248
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAAATAGAGAGCCTC-TTGCTGTGGACCCACCTCTAGACCAATTAGC  241

seq1  ATAATTACATAAAGCTCCCCCTCTCCAAAGAGCTCCCAAGGTATTTGTTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTACATAAAGCTCCCCCTCTCCAAAGAGCTCCCAAGGTATTTGTTA  291

seq1  GGACCTCCAAGCCACACCCACTACGAGTTTACTCTTCTTTTTCTTTAAAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCTCCAAGCCACACCCACTACGAGTTTACTCTTCTTTTTCTTTAAAG  341

seq1  ACACTACCCACTCTCTGATATCAAGCCAACCTCTTATGCAAACACTTCTA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTACCCACTCTCTGATATCAAGCCAACCTCTTATGCAAACACTTCTA  391

seq1  ACTGAAAAGCTCAGTGCACCTTGAACTTCTCAAGGCAGGTACCAGCAAGC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAAAGCTCAGTGCACCTTGAACTTCTCAAGGCAGGTACCAGCAAGC  441

seq1  AGATGCATGCAGTCAGGAAGAAGTCCCCAGTGTTGCTCGGCTGGGAACAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCATGCAGTCAGGAAGAAGTCCCCAGTGTTGCTCGGCTGGGAACAT  491

seq1  TGCACACTTCCCAGCTGCCATGCATCTATTTCCTAGAAGAGATGGTCTCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACACTTCCCAGCTGCCATGCATCTATTTCCTAGAAGAGATGGTCTCA  541

seq1  AGTTTGGAAGTTTTCTAATCTCACTCTTCAGCCAGTGTTGTTTTCTGATG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGGAAGTTTTCTAATCTCACTCTTCAGCCAGTGTTGTTTTCTGATG  591

seq1  TTGACTATTCCTGCCAGGTAACCTGAAGCACCAGTGTATACCTCTGTTAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACTATTCCTGCCAGGTAACCTGAAGCACCAGTGTATACCTCTGTTAA  641

seq1  TGATCTCACTGCTTTTGGATCAGGGCTGCTTAGCCACAATGTTTGTATTA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTCACTGCTTTTGGATCAGGGCTGCTTAGCCACAATGTTTGTATTA  691

seq1  GTTACTTCTGCTTGCTGTGATGAAACACGAAGAGCAAAGACATCATAAGG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTTCTGCTTGCTGTGATGAAACACGAAGAGCAAAGACATCATAAGG  741

seq1  AGGAGAAAGTGTCCGGAGGGAGAAGAGTCCATAATGGCAGCGCAAAAGCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAAAGTGTCCGGAGGGAGAAGAGTCCATAATGGCAGCGCAAAAGCA  791

seq1  TGGTGACGTGTAGCAAGCCTGATCATAATACTTAAATGTAAGCTCACAGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGACGTGTAGCAAGCCTGATCATAATACTTAAATGTAAGCTCACAGT  841

seq1  AGAGAGTGAACTAGAAATGATGAGAGACTTTAAATTCTCTAAGCCTACCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGTGAACTAGAAATGATGAGAGACTTTAAATTCTCTAAGCCTACCT  891

seq1  CCACTGACATACTTCCTCTAAGAAGTCTATATCTTCTAAATATCTCCAAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGACATACTTCCTCTAAGAAGTCTATATCTTCTAAATATCTCCAAA  941

seq1  CAGCACCACTAACTGGGGATCAAGTGAAAGCCCAAGACTATGGGAACAGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACCACTAACTGGGGATCAAGTGAAAGCCCAAGACTATGGGAACAGT  991

seq1  CCTCATTCAAACACAACATTGTCCTTAAGTCAAATAAACTTTGTGAACCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATTCAAACACAACATTGTCCTTAAGTCAAATAAACTTTGTGAACCA  1041

seq1  CAATCCTTTGTCTAATCATCCACATATGCATCTATCTATGAATTC  1093
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCTTTGTCTAATCATCCACATATGCATCTATCTATGAATTC  1086

seq1: chr8_95398201_95399325
seq2: B6Ng01-251H21.g_68_1202

seq1  GAATTCTGTATTCCAAATAGCTCATTTTCTAGGACTCTTAAAAATCTCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTATTCCAAATAGCTCATTTTCTAGGACTCTTAAAAATCTCAT  50

seq1  TGATAAAAGGCTAAATGGGGAAAGCAATTGGGCAGATTAATGCCATCTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAAAAGGCTAAATGGGGAAAGCAATTGGGCAGATTAATGCCATCTGT  100

seq1  TGCCGGCATTTTAAAATGTGATACCAGTACTAGACACCATTCTGTATATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCGGCATTTTAAAATGTGATACCAGTACTAGACACCATTCTGTATATC  150

seq1  TTAGCTTCAGGAAGGCGTTACGTAGTTCCTATTCTGCCATCTCTGGGATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTTCAGGAAGGCGTTACGTAGTTCCTATTCTGCCATCTCTGGGATG  200

seq1  GACAGGGGAGCCTCAGACTTAGGCTCTGTTTAGACTGGACAGTAGAAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGGGAGCCTCAGACTTAGGCTCTGTTTAGACTGGACAGTAGAAATG  250

seq1  TATGATTCTCATAGAGATGACAAGGAGACCTTTCCAGATACAGAGGTGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATTCTCATAGAGATGACAAGGAGACCTTTCCAGATACAGAGGTGAC  300

seq1  TGGTGGTAGCAAGGCCGGAGGCAGAGTATAACCTTGGGGGAGGCAGTAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGTAGCAAGGCCGGAGGCAGAGTATAACCTTGGGGGAGGCAGTAAG  350

seq1  CACAGGTGGAGCATCTACTGGCTGAATGAGCATTGGCAAGTGGTGTGGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGTGGAGCATCTACTGGCTGAATGAGCATTGGCAAGTGGTGTGGAA  400

seq1  ACTGTCCTAGAGAACTCCACATCTTCTCTAGAGTCCAAGGCTGCCCCAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCCTAGAGAACTCCACATCTTCTCTAGAGTCCAAGGCTGCCCCAGG  450

seq1  AAGCAGTGTCTTCTTGTGCGTCATCTGGTCCCACTGTTATCCTCCACACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGTGTCTTCTTGTGCGTCATCTGGTCCCACTGTTATCCTCCACACA  500

seq1  TTAACTATGCTGCCCTCTCCAGACACTGGGCTTCATGCCTTACCAGAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTATGCTGCCCTCTCCAGACACTGGGCTTCATGCCTTACCAGAGGG  550

seq1  TAATCAAAGGAGGGTGTAACTGTTACTCATACTAGGAAAGATTATGATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCAAAGGAGGGTGTAACTGTTACTCATACTAGGAAAGATTATGATCT  600

seq1  CTACACCTGCTCAGATTTCTTTTTAATGACTAGCTTCACAACTTGAATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACCTGCTCAGATTTCTTTTTAATGACTAGCTTCACAACTTGAATAT  650

seq1  CTGCGGTAAAAAAGGAATTAAAATCTATCAAACTTCTACTCAGGCCTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCGGTAAAAAAGGAATTAAAATCTATCAAACTTCTACTCAGGCCTCTG  700

seq1  TCTGTATATTTAAATCTTCACATATTAAAATTACTGCATTGTGTACTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTATATTTAAATCTTCACATATTAAAATTACTGCATTGTGTACTGCT  750

seq1  TTGGCTATTTTCTTCCAAATAATCATTTTTGATAAATGATAAATTATATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTATTTTCTTCCAAATAATCATTTTTGATAAATGATAAATTATATA  800

seq1  TACTACATGCACATTACTTTCCCAGATATGC-TTGTTTGGGAAAAAAAAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TACTACATGCACATTACTTTCCCAGATATGCTTTGTTTGGGAAAAAAAAT  850

seq1  AAATGAACATGTACAATATTTTAAATTCAGAA-CCAGTTGTTCCAT-AAA  897
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||
seq2  AAATGAACATGTACAATATTTTAAATTCAGAACCCAGTTGTTCCATAAAA  900

seq1  AATATACAGGGGTGGGAAGTGATCTCTGTGCAGCTGTATAG-TCAGTGTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  AATATACAGGGGTGGGAAGTGATCTCTGTGCAGCTGTATAGTTCAGTGTG  950

seq1  ATTAATGAGTTTTTACATCAATTCATGTTATTTAATAGTTACAAGCTT--  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  ATTAATGAGTTTTTACATCAATTCATGTTATTTAATAGTTACAAGCTTTA  1000

seq1  ATTTTAGTC-TTTAATATGTTGCTTTTTACTCTAGAAAAA-GTCTACACG  1042
       |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTTTTAGTCTTTTAATATGTTGCTTTTTACTCTAGAAAAAGGTCTACACG  1050

seq1  AG-TCCTAATACTAAACAAAGATTAATTTTACTA-GGTTG-TTTGTATTG  1089
      || |||||||||||||| ||||||| |||  ||| ||||| |||||| ||
seq2  AGTTCCTAATACTAAAC-AAGATTATTTTACCTAGGGTTGTTTTGTAATG  1099

seq1  TTTGTTTTTTGAGACTAGGCCTC-ATATAGCTTCTGT  1125
       |  ||||||||||||| ||||| |||||||||||||
seq2  GTGTTTTTTTGAGACTA-GCCTCAATATAGCTTCTGT  1135