BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-251M07
Chromosome8 (Build37)
Map Location 102,522,779 - 102,644,680
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042069, LOC436054
Upstream geneCdh8, A330008L17Rik, LOC667531
Downstream geneLOC100042078, LOC100042086, LOC100042092, LOC384895
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-251M07.bB6Ng01-251M07.g
ACCGA058939GA058940
length1,1661,144
definitionB6Ng01-251M07.b B6Ng01-251M07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(102,522,779 - 102,523,968)(102,643,529 - 102,644,680)
sequence
gaattctaacttcattgtagtgtcctcaatgcctctgtgctttgctgctt
catacgtcactgaaaagtcaagtcactgttctaccaaataaaaggataat
agtaatgatggtctcatcattaataatagtaaggcatttagttaagaaca
aaacacaaaattccattatttctgatagtagcctaaagtactatctcttt
taataatggaaaccagagaaataaaacagtttaccctgctcatacttcag
attgtgattgtggaatgagaagaaaatgccaaattttacttctaaatttc
aatattgtttatggagctgacctgaaatactcaagtattcttatttttca
attttattttactcaattgttaaaatcgtgttctcccatcatagaagttt
tgtaaaatggggcatatataaatgtaaagactcttgtaatattgccaact
gatagcatcactgtgaaccttgtctataatgaacatgtatgcagatattt
tattttgatttttaacaagtaaagaacaattcataaagattggctgcaat
aaaagcaaaaccataaaactcttgagacctccctgtactttcatgatcac
agctaatggggcaggcaggcatggtgagagaacggggaatagattatcca
atacagcacaccatccaacctaaaccactcagtttatagtttcccctgtg
atcacttcaactgttatggaaatttctctgccccaaagctccattttagg
atattacataactctgtctgcctgctgaagtagcaaccttttccagcaac
cccaatccatgatacacagaactcaaattggtagataagtttatggagac
cccatggtatcctaaggatgcatgatgagaattaatgtcccaccagtgta
gagcagcacataaaaatggccactccagaagtgattaggtgacacgatcc
atttgtgggccaacagggagaaaatatttcattcagtggtgcccatgaga
acagtggttcagtgctttatgtatgtgagtgtgtgagcaggatccactca
tgagagagagatgctagttgttatattgccttattgatatgtacaattca
gaaaatagaagatctttttatagtctaacagttgtctactcatgagattg
gctctggaagataggt

gaattccattttgcagtagtttcaaccctctgatgcacacatgaaagaaa
caacatttagtgaagtaaatactcatattgcttcacagctgcactgcaag
gttgcctggctgcattactttgattcccaagtagaaaagcagggtattca
gaccacacaacagaggaacccgtttacctcaggcagccaggaagcagaga
gagggaatatcttccctaacagccttctcttcccatttcctttgtttcaa
ctccttgtgcctgcagcttgttagatgttgatagcagcattgagggcagc
ttttgacccttatttaattgttcataaaaatatgttcacatatcaaccca
taaatgaactttgttacttacctacaggcttctcaatcccattgcattaa
taattgatactaacaataatgctaagaaatggtggtacatttctatattt
cacaacatctgactgactgaaataggggaatttgtaatgcaaagacagtg
tcacatacagaggtgaagttcccctgcaccagtatttcccaacatgggga
tcattacttactcctttgggaggatcccatctcaaatatgctgggtatct
gatatttatattatgattcctaccagtaagaaaactacaagtgctgacaa
aataattttatggtgggggaaaatacaagatgagccaggaagcagagaga
gggtatatcttccctaacagccttctcttcccatttcctttgtttcaact
ccttgtgcctgcagcttgttagatgttgatagcagcattgaaggcagctt
ttgacctttaattaactgttcataaaaatacattcacatatcaacccata
aatgaactttgttacttacctacaggcttcccatctcaatatgctgggta
tctgatatttatattatgattcttaccagtaagaaaactacagtgctgac
aaaataattttatggtgggggaaactacaggatgaggaactgtattaaag
ggtgacagctttagaggattgagaaccactgccctagacgataagttaga
ccttatcttcaaagttaaattaaagaaatacttatcattcttcaatgtca
tatgacaagagacttatatagttagacgtctggcactctctgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_102522779_102523968
seq2: B6Ng01-251M07.b_46_1211

seq1  GAATTCTAACTTCATTGTAGTGTCCTCAATGCCTCTGTGCTTTGCTGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAACTTCATTGTAGTGTCCTCAATGCCTCTGTGCTTTGCTGCTT  50

seq1  CATACGTCACTGAAAAGTCAAGTCACTGTTCTACCAAATAAAAGGATAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACGTCACTGAAAAGTCAAGTCACTGTTCTACCAAATAAAAGGATAAT  100

seq1  AGTAATGATGGTCTCATCATTAATAATAGTAAGGCATTTAGTTAAGAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATGATGGTCTCATCATTAATAATAGTAAGGCATTTAGTTAAGAACA  150

seq1  AAACACAAAATTCCATTATTTCTGATAGTAGCCTAAAGTACTATCTCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACAAAATTCCATTATTTCTGATAGTAGCCTAAAGTACTATCTCTTT  200

seq1  TAATAATGGAAACCAGAGAAATAAAACAGTTTACCCTGCTCATACTTCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATGGAAACCAGAGAAATAAAACAGTTTACCCTGCTCATACTTCAG  250

seq1  ATTGTGATTGTGGAATGAGAAGAAAATGCCAAATTTTACTTCTAAATTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGATTGTGGAATGAGAAGAAAATGCCAAATTTTACTTCTAAATTTC  300

seq1  AATATTGTTTATGGAGCTGACCTGAAATACTCAAGTATTCTTATTTTTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTGTTTATGGAGCTGACCTGAAATACTCAAGTATTCTTATTTTTCA  350

seq1  ATTTTATTTTACTCAATTGTTAAAATCGTGTTCTCCCATCATAGAAGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTATTTTACTCAATTGTTAAAATCGTGTTCTCCCATCATAGAAGTTT  400

seq1  TGTAAAATGGGGCATATATAAATGTAAAGACTCTTGTAATATTGCCAACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAATGGGGCATATATAAATGTAAAGACTCTTGTAATATTGCCAACT  450

seq1  GATAGCATCACTGTGAACCTTGTCTATAATGAACATGTATGCAGATATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCATCACTGTGAACCTTGTCTATAATGAACATGTATGCAGATATTT  500

seq1  TATTTTGATTTTTAACAAGTAAAGAACAATTCATAAAGATTGGCTGCAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGATTTTTAACAAGTAAAGAACAATTCATAAAGATTGGCTGCAAT  550

seq1  AAAAGCAAAACCATAAAACTCTTGAGACCTCCCTGTACTTTCATGATCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCAAAACCATAAAACTCTTGAGACCTCCCTGTACTTTCATGATCAC  600

seq1  AGCTAATGGGGCAGGCAGGCATGGTGAGAGAACGGGGAATAGATTATCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAATGGGGCAGGCAGGCATGGTGAGAGAACGGGGAATAGATTATCCA  650

seq1  ATACAGCACACCATCCAACCTAAACCACTCAGTTTATAGTTTCCCCTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGCACACCATCCAACCTAAACCACTCAGTTTATAGTTTCCCCTGTG  700

seq1  ATCACTTCAACTGTTATGGAAATTTCTCTGCCCCAAAGCTCCATTTTAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTTCAACTGTTATGGAAATTTCTCTGCCCCAAAGCTCCATTTTAGG  750

seq1  ATATTACATAACTCTGTCTGCCTGCTGAAGTAGCAACCTTTTCCAGCAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTACATAACTCTGTCTGCCTGCTGAAGTAGCAACCTTTTCCAGCAAC  800

seq1  CCCAATCCATGATACACAGAACTCAAATTGGTAGATAAGTTTATGGAGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATCCATGATACACAGAACTCAAATTGGTAGATAAGTTTATGGAGAC  850

seq1  CCCATGGTATCCTAAGGATGCATGATGAGAATTAATGTCCCACCAGTGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGGTATCCTAAGGATGCATGATGAGAATTAATGTCCCACCAGTGTA  900

seq1  GAGCAGCACATAAAAATGGCCACTCCAGAAGTGATTAGGTGACACGATCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGCACATAAAAATGGCCACTCCAGAAGTGATTAGGTGACACGATCC  950

seq1  ATTTGTGGGCCAACAGGGAAGAAAATAATTTCAATTCAGTGGTGCCCATG  1000
      |||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||
seq2  ATTTGTGGGCCAACAGGG-AGAAAAT-ATTTC-ATTCAGTGGTGCCCATG  997

seq1  AGAAACAGTGGTTCAGTGCTTTATGTATGTGAGTGTGTGGAGCAGGGAAT  1050
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||
seq2  AG-AACAGTGGTTCAGTGCTTTATGTATGTGAGTGTGT-GAGCAGG--AT  1043

seq1  CCACTCATGAGAGAGAGATGCCTAGTGGTTATATTGCCTTTTATTTTTAT  1100
      |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||  |||||     
seq2  CCACTCATGAGAGAGAGATG-CTAGTTGTTATATTGCC--TTATT----G  1086

seq1  ATTTGTACAATCCAAGAAAATAGAGGATCTTTTTTTATAATTCTTAACAG  1150
      || |||||||| | |||||||||| ||||  |||||||| |   ||||||
seq2  ATATGTACAATTC-AGAAAATAGAAGATC--TTTTTATAGT--CTAACAG  1131

seq1  TTGTCTACTTCATAGAAATATGTGCTCTGGAAGAGTAGGT  1190
      |||||||| |||| || || || ||||||||||| |||||
seq2  TTGTCTAC-TCAT-GAGAT-TG-GCTCTGGAAGA-TAGGT  1166


seq1: chr8_102643529_102644680
seq2: B6Ng01-251M07.g_65_1208 (reverse)

seq1  TTCAGAGATGCCCAGACGTCTAACTATTTATAGTCTCTTTGTCAATATGA  50
      ||||||||   |||||||||||||||| || |||||| ||||| ||||||
seq2  TTCAGAGAGTGCCAGACGTCTAACTATATA-AGTCTC-TTGTC-ATATGA  47

seq1  ACCATTTGAG-ATGATAAATTATTTCTTTAATTT-ACTTTTGAGATAGGT  98
        ||||  || ||||| || |||||||||||||| |||||  ||||| | 
seq2  --CATTGAAGAATGAT-AAGTATTTCTTTAATTTAACTTTGAAGATAAGG  94

seq1  TCTAACTTTATCGTCTAGGGCAGTGGTTCTCAATCTTCTTAAAGCTGTCA  148
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||
seq2  TCTAAC-TTATCGTCTAGGGCAGTGGTTCTCAATCCTC-TAAAGCTGTCA  142

seq1  CCCTTTAATACAGTTCCTCATCCTGTAGTTTCCCCCACCATAAAATTATT  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTAATACAGTTCCTCATCCTGTAGTTTCCCCCACCATAAAATTATT  192

seq1  TTGTCAGCACTTGTAGTTTTCTTACTGGTAAGAATCATAATATAAATATC  248
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAGCAC-TGTAGTTTTCTTACTGGTAAGAATCATAATATAAATATC  241

seq1  AGATACCCAGCATATTTGAGATGGGAAGCCTGTAGGTAAGTAACAAAGTT  298
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACCCAGCATA-TTGAGATGGGAAGCCTGTAGGTAAGTAACAAAGTT  290

seq1  CATTTATGGGTTGATATGTGAATGTATTTTTATGAACAGTTAATTAAAGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTATGGGTTGATATGTGAATGTATTTTTATGAACAGTTAATTAAAGG  340

seq1  TCAAAAGCTGCCTTCAATGCTGCTATCAACATCTAACAAGCTGCAGGCAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAGCTGCCTTCAATGCTGCTATCAACATCTAACAAGCTGCAGGCAC  390

seq1  AAGGAGTTGAAACAAAGGAAATGGGAAGAGAAGGCTGTTAGGGAAGATAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGTTGAAACAAAGGAAATGGGAAGAGAAGGCTGTTAGGGAAGATAT  440

seq1  ACCCTCTCTCTGCTTCCTGGCTCATCTTGTATTTTCCCCCACCATAAAAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTCTCTCTGCTTCCTGGCTCATCTTGTATTTTCCCCCACCATAAAAT  490

seq1  TATTTTGTCAGCACTTGTAGTTTTCTTACTGGTAGGAATCATAATATAAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGTCAGCACTTGTAGTTTTCTTACTGGTAGGAATCATAATATAAA  540

seq1  TATCAGATACCCAGCATATTTGAGATGGGATCCTCCCAAAGGAGTAAGTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGATACCCAGCATATTTGAGATGGGATCCTCCCAAAGGAGTAAGTA  590

seq1  ATGATCCCCATGTTGGGAAATACTGGTGCAGGGGAACTTCACCTCTGTAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCCCCATGTTGGGAAATACTGGTGCAGGGGAACTTCACCTCTGTAT  640

seq1  GTGACACTGTCTTTGCATTACAAATTCCCCTATTTCAGTCAGTCAGATGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACACTGTCTTTGCATTACAAATTCCCCTATTTCAGTCAGTCAGATGT  690

seq1  TGTGAAATATAGAAATGTACCACCATTTCTTAGCATTATTGTTAGTATCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAATATAGAAATGTACCACCATTTCTTAGCATTATTGTTAGTATCA  740

seq1  ATTATTAATGCAATGGGATTGAGAAGCCTGTAGGTAAGTAACAAAGTTCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTAATGCAATGGGATTGAGAAGCCTGTAGGTAAGTAACAAAGTTCA  790

seq1  TTTATGGGTTGATATGTGAACATATTTTTATGAACAATTAAATAAGGGTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGGGTTGATATGTGAACATATTTTTATGAACAATTAAATAAGGGTC  840

seq1  AAAAGCTGCCCTCAATGCTGCTATCAACATCTAACAAGCTGCAGGCACAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCTGCCCTCAATGCTGCTATCAACATCTAACAAGCTGCAGGCACAA  890

seq1  GGAGTTGAAACAAAGGAAATGGGAAGAGAAGGCTGTTAGGGAAGATATTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTTGAAACAAAGGAAATGGGAAGAGAAGGCTGTTAGGGAAGATATTC  940

seq1  CCTCTCTCTGCTTCCTGGCTGCCTGAGGTAAACGGGTTCCTCTGTTGTGT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCTCTGCTTCCTGGCTGCCTGAGGTAAACGGGTTCCTCTGTTGTGT  990

seq1  GGTCTGAATACCCTGCTTTTCTACTTGGGAATCAAAGTAATGCAGCCAGG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGAATACCCTGCTTTTCTACTTGGGAATCAAAGTAATGCAGCCAGG  1040

seq1  CAACCTTGCAGTGCAGCTGTGAAGCAATATGAGTATTTACTTCACTAAAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTTGCAGTGCAGCTGTGAAGCAATATGAGTATTTACTTCACTAAAT  1090

seq1  GTTGTTTCTTTCATGTGTGCATCAGAGGGTTGAAACTACTGCAAAATGGA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTTTCTTTCATGTGTGCATCAGAGGGTTGAAACTACTGCAAAATGGA  1140

seq1  ATTC  1152
      ||||
seq2  ATTC  1144


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |