BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-252A14
Chromosome8 (Build37)
Map Location 26,481,382 - 26,652,862
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC670822, LOC100040998, Fgfr1
Upstream gene1810011O10Rik, Indol1, Indo, Adam18, Adam3, Adam5, Adam32, Adam9, Tm2d2, Htra4, Plekha2, LOC100042390, Tacc1
Downstream geneD030041N04Rik, LOC100042416, Whsc1l1, Ppapdc1, Bag4, Lsm1, Star, Ash2l, Kcnu1, Hgsnat, 4930444A02Rik, Fnta, Hook3, 1700047A11Rik, Rnf170, Thap1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-252A14.bB6Ng01-252A14.g
ACCGA059143GA059144
length1,1171,173
definitionB6Ng01-252A14.b B6Ng01-252A14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,651,766 - 26,652,862)(26,481,382 - 26,482,561)
sequence
gaattcactcttcggcctctatctcttgcacacacagtatcaaaaacaag
caagcagtctttgcttgaatgctcaaaagagcatggggggggggtctgac
ttttgaggggctctctataccttttttacctggtaatccagaaccatggg
actcttggggtacatacaagcttccctcagctaagcaaccctaatgacct
ctgggaagagaggtctaacattcactcagtggcaggcccagattaagcca
acacagttcagcagagacagacaactgtgctagagagcctagtaccttga
ttctgggctagtgatgtcctgtgaagacccagtctccatgtgggctaacc
cccagccctaggtgccttctggcttagcgtccacatttcacccgaacgcc
aagattctagagtcactgtgcccggccaacttttcatttttaagattaga
gttgttagggtgtggagagatgactgagtggttgagtagtgacagggacc
tggggttcaactcccagcacccacatggaggctcacaaccatctgtaggt
ccagttacagaggaccctagcagggtgctgtacacactcagtgcatgtaa
atgcattgcagcccaaacacaaagcaggtaaaatttaaaagatgaaaata
aaattgaaaacaaagaggtaccttttttaaaaaaatgaaaatggagccca
acatagtatagtggtgcacagctctctaatccccgagctcgggagggtag
aggcaggtagttctctgcaagtttgcaaccagcctgatctacatcggtaa
gacaggtttcataaccaacttgtaattccagcttttgggggatcctgaca
ctctcttctaacttctgtgggcctgcagttcttgtgcaacatacatacat
acatacatacatacatgtaatttaaaaataaatcttaaaaaaaaaccttc
ccacctataatattaaggaaagtagaaacttattccatattcttaggctt
acttccaagccatgcagtctttggcctgcaaataactggattcttcatta
accatttggaaatgaggcgttgaaaacttgaaccctgaaccctcacacat
ggtcaaaacaagcattc
gaattctcatcccccaagtttggagaaagggtaaggaagctactgtcagc
aatcaggagctcctaaggtcggcgtgagggcgctcataacaagcggattg
gcctggaaatattccttgctggacatcctaggcaggtgtcctgacccctc
agttgtggaattctctctgaagggtgggacatcctgaggtttctggggaa
aacaagaagccccgccccttcacacgatcaaacccacagcacagctggtg
tgtggttagcctggtgggaggctttggtgtgcatctctcttgttatcaga
gcaatcaccatcaaatggtattcccccccccccccccccgttttgacata
ctcatctctcggataggcgggttaagctgggtcgttctgccttagtgtag
gaggcttcgtcttcacacccttagtccttcctgcaggtggggtctatcag
cctctctttaccaggagccctagtctacagagaaaggctagcaagcttat
cttcaccgaccctatgcagaggtctttggagacccagattagatttggtt
ggcggtctctgccccaaagctaatgagctgcaaatactcccttcaaaagg
acccccactgtctttgaaacctgcacagactcatccaggataccacagaa
caccacaaccccaggcggggcagcacttcccagcagggatgggaatccca
gtgtgtcccaggaggatcaaaggatggagccagccacctctcttctgctc
atccagcctgagcctcttggctgaaaaagagcagtttagcttcatacccc
atagtttgaacacaacgggaagagcttaacaagtaccgtttgttgagcta
taatcctaccgcagacactgtcctaagcactgtgcataattggagctcct
tcatttgccttacaaacctttgcttaaaacagagatattctgcattaaag
caagatcaaccagttgaacagacccagggactcccacataggactagctg
acttctaagaccacccatgtggcacactggcttcatttctattaaccttg
aagagcagcagcttgatctacatggtgtatgggatcaatgtgctcacggg
cagtaaaattcagtctgtgccttaaataggcaggcttaaggcacatactg
gcagagcgtagggaaagatgcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_26651766_26652862
seq2: B6Ng01-252A14.b_42_1158 (reverse)

seq1  GGATGCTTG-TTTGA-CATGTGTGAGGG-TCTGGGTTC-AGTTTTCAAAA  46
      | ||||||| ||||| |||||||||||| || |||||| |||||||  ||
seq2  GAATGCTTGTTTTGACCATGTGTGAGGGTTCAGGGTTCAAGTTTTC--AA  48

seq1  CGCCTCATCTCAAAATGGTTTATGAAGAAT-CAGTTATTTTGCAG--CCA  93
      |||||||| || |||||||| ||||||||| |||||| |||||||  | |
seq2  CGCCTCATTTCCAAATGGTTAATGAAGAATCCAGTTA-TTTGCAGGCCAA  97

seq1  AGGCTGCATGGCTTGCGAGT-AGCCT-AGAATATGGTAT-AGTTTCTACT  140
      || ||||||||||||  ||| ||||| ||||||||| || ||||||||||
seq2  AGACTGCATGGCTTGGAAGTAAGCCTAAGAATATGGAATAAGTTTCTACT  147

seq1  TTCCTT-ATATTATA-GTTGGAAGGTTTTTTTTTAAGATTTATTTTT-AA  187
      |||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTCCTTAATATTATAGGTGGGAAGGTTTTTTTTTAAGATTTATTTTTAAA  197

seq1  TTACATGTATGTATGTATGTATGTATGTATG-TGCAC-AGGACTGCA-GC  234
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||| ||
seq2  TTACATGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTTGCACAAGAACTGCAGGC  247

seq1  CCACAGAAGTTAGAAGAGAGTGTCA-GATCCCCC-AAAGCTGGAATTACA  282
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
seq2  CCACAGAAGTTAGAAGAGAGTGTCAGGATCCCCCAAAAGCTGGAATTACA  297

seq1  AG-TGGTTATG-AACCTGTCTTA-CGATGTAGATCAGGCTGGTTGCAAAC  329
      || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGTTATGAAACCTGTCTTACCGATGTAGATCAGGCTGGTTGCAAAC  347

seq1  TTGCAGAGAACTACCTGCCTCTA-CCTCCCGAGCTCGGGGATTAGAGAGC  378
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGAGAACTACCTGCCTCTACCCTCCCGAGCTCGGGGATTAGAGAGC  397

seq1  TGTGCACCACTATACTATGTT-GGCTCCATTTTCATTTTTTTAAAAAAGG  427
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCACCACTATACTATGTTGGGCTCCATTTTCATTTTTTTAAAAAAGG  447

seq1  TACCTCTTTGTTTTCAATTTTATTTTCATCTTTTAAATTTTACCTGCTTT  477
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCTTTGTTTTCAATTTTATTTTCATCTTTTAAATTTTACCTGCTTT  497

seq1  GTGTTTGGGCTGCAATGCATTTACATGCACTGAGTGTGTACAGCACCCTG  527
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGGGCTGCAATGCATTTACATGCACTGAGTGTGTACAGCACCCTG  547

seq1  CTAGGGTCCTCTGTAACTGGACCTACAGATGGTTGTGAGCCTCCATGTGG  577
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGTCCTCTGTAACTGGACCTACAGATGGTTGTGAGCCTCCATGTGG  597

seq1  GTGCTGGGAGTTGAACCCCAGGTCCCTGTCACTACTCAACCACTCAGTCA  627
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGGGAGTTGAACCCCAGGTCCCTGTCACTACTCAACCACTCAGTCA  647

seq1  TCTCTCCACACCCTAACAACTCTAATCTTAAAAATGAAAAGTTGGCCGGG  677
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCACACCCTAACAACTCTAATCTTAAAAATGAAAAGTTGGCCGGG  697

seq1  CACAGTGACTCTAGAATCTTGGCGTTCGGGTGAAATGTGGACGCTAAGCC  727
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGACTCTAGAATCTTGGCGTTCGGGTGAAATGTGGACGCTAAGCC  747

seq1  AGAAGGCACCTAGGGCTGGGGGTTAGCCCACATGGAGACTGGGTCTTCAC  777
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGCACCTAGGGCTGGGGGTTAGCCCACATGGAGACTGGGTCTTCAC  797

seq1  AGGACATCACTAGCCCAGAATCAAGGTACTAGGCTCTCTAGCACAGTTGT  827
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACATCACTAGCCCAGAATCAAGGTACTAGGCTCTCTAGCACAGTTGT  847

seq1  CTGTCTCTGCTGAACTGTGTTGGCTTAATCTGGGCCTGCCACTGAGTGAA  877
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTCTGCTGAACTGTGTTGGCTTAATCTGGGCCTGCCACTGAGTGAA  897

seq1  TGTTAGACCTCTCTTCCCAGAGGTCATTAGGGTTGCTTAGCTGAGGGAAG  927
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGACCTCTCTTCCCAGAGGTCATTAGGGTTGCTTAGCTGAGGGAAG  947

seq1  CTTGTATGTACCCCAAGAGTCCCATGGTTCTGGATTACCAGGTAAAAAAG  977
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTATGTACCCCAAGAGTCCCATGGTTCTGGATTACCAGGTAAAAAAG  997

seq1  GTATAGAGAGCCCCTCAAAAGTCAGACCCCCCCCCCATGCTCTTTTGAGC  1027
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAGAGAGCCCCTCAAAAGTCAGACCCCCCCCCCATGCTCTTTTGAGC  1047

seq1  ATTCAAGCAAAGACTGCTTGCTTGTTTTTGATACTGTGTGTGCAAGAGAT  1077
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAGCAAAGACTGCTTGCTTGTTTTTGATACTGTGTGTGCAAGAGAT  1097

seq1  AGAGGCCGAAGAGTGAATTC  1097
      ||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCCGAAGAGTGAATTC  1117

seq1: chr8_26481382_26482561
seq2: B6Ng01-252A14.g_70_1242

seq1  GAATTCTCATCCCCCAAGTTTGGAGAAAGGGTAAGGAAGCTACTGTCAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATCCCCCAAGTTTGGAGAAAGGGTAAGGAAGCTACTGTCAGC  50

seq1  AATCAGGAGCTCCTAAGGTCGGCGTGAGGGCGCTCATAACAAGCGGATTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGGAGCTCCTAAGGTCGGCGTGAGGGCGCTCATAACAAGCGGATTG  100

seq1  GCCTGGAAATATTCCTTGCTGGACATCCTAGGCAGGTGTCCTGACCCCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGAAATATTCCTTGCTGGACATCCTAGGCAGGTGTCCTGACCCCTC  150

seq1  AGTTGTGGAATTCTCTCTGAAGGGTGGGACATCCTGAGGTTTCTGGGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTGGAATTCTCTCTGAAGGGTGGGACATCCTGAGGTTTCTGGGGAA  200

seq1  AACAAGAAGCCCCGCCCCTTCACACGATCAAACCCACAGCACAGCTGGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGAAGCCCCGCCCCTTCACACGATCAAACCCACAGCACAGCTGGTG  250

seq1  TGTGGTTAGCCTGGTGGGAGGCTTTGGTGTGCATCTCTCTTGTTATCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTTAGCCTGGTGGGAGGCTTTGGTGTGCATCTCTCTTGTTATCAGA  300

seq1  GCAATCACCATCAAATGGTATTCCCCCCCCCCCCCCCCCGTTTTGACATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATCACCATCAAATGGTATTCCCCCCCCCCCCCCCCCGTTTTGACATA  350

seq1  CTCATCTCTCGGATAGGCGGGTTAAGCTGGGTCGTTCTGCCTTAGTGTAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCTCTCGGATAGGCGGGTTAAGCTGGGTCGTTCTGCCTTAGTGTAG  400

seq1  GAGGCTTCGTCTTCACACCCTTAGTCCTTCCTGCAGGTGGGGTCTATCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTTCGTCTTCACACCCTTAGTCCTTCCTGCAGGTGGGGTCTATCAG  450

seq1  CCTCTCTTTACCAGGAGCCCTAGTCTACAGAGAAAGGCTAGCAAGCTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCTTTACCAGGAGCCCTAGTCTACAGAGAAAGGCTAGCAAGCTTAT  500

seq1  CTTCACCGACCCTATGCAGAGGTCTTTGGAGACCCAGATTAGATTTGGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACCGACCCTATGCAGAGGTCTTTGGAGACCCAGATTAGATTTGGTT  550

seq1  GGCGGTCTCTGCCCCAAAGCTAATGAGCTGCAAATACTCCCTTCAAAAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGGTCTCTGCCCCAAAGCTAATGAGCTGCAAATACTCCCTTCAAAAGG  600

seq1  ACCCCCACTGTCTTTGAAACCTGCACAGACTCATCCAGGATACCACAGAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCCACTGTCTTTGAAACCTGCACAGACTCATCCAGGATACCACAGAA  650

seq1  CACCACAACCCCAGGCGGGGCAGCACTTCCCAGCAGGGATGGGAATCCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACAACCCCAGGCGGGGCAGCACTTCCCAGCAGGGATGGGAATCCCA  700

seq1  GTGTGTCCCAGGAGGATCAAAGGATGGAGCCAGCCACCTCTCTTCTGCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTCCCAGGAGGATCAAAGGATGGAGCCAGCCACCTCTCTTCTGCTC  750

seq1  ATCCAGCCTGAGCCTCTTGGCTGAAAAAGAGCAGTTTAGCTTCATACCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGCCTGAGCCTCTTGGCTGAAAAAGAGCAGTTTAGCTTCATACCCC  800

seq1  ATAGTTTGAACACAACGGGAAGAGCTTAACAAGTACCGTTTGTTGAGCTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTTGAACACAACGGGAAGAGCTTAACAAGTACCGTTTGTTGAGCTA  850

seq1  TTAATCCTACCGCAGACACTGTCCTAAGCACTGTGCAT-ATTGGAGCTCC  899
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  -TAATCCTACCGCAGACACTGTCCTAAGCACTGTGCATAATTGGAGCTCC  899

seq1  TTCATTTGCCTTACAAACC-TTGCTTAAAACAGAGATATTCTGCAATTAA  948
      ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTCATTTGCCTTACAAACCTTTGCTTAAAACAGAGATATTCTGC-ATTAA  948

seq1  AGCAAGATCACCCAGTTG-ACAGACCCA-GGACT-CCACATAGGACTAGC  995
      |||||||||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||
seq2  AGCAAGATCAACCAGTTGAACAGACCCAGGGACTCCCACATAGGACTAGC  998

seq1  TGACTTCTAAGACCACCCATGTGGCACACTGGCTTCATTTCTATTAAACT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TGACTTCTAAGACCACCCATGTGGCACACTGGCTTCATTTCTATTAACCT  1048

seq1  TTGGAAGAAGCAGCAGCCTTGATCTACAT-GTGTATGGGATCCATGTGCT  1094
      |  |||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  T--GAAG-AGCAGCAG-CTTGATCTACATGGTGTATGGGATCAATGTGCT  1094

seq1  CACGGCCAAGTAGAAATCAGTCTGTGCCTAAAATAAAGCATGCTATAGGG  1144
      ||||| | |||| || ||||||||||||| |||| | ||| ||| || ||
seq2  CACGGGC-AGTAAAATTCAGTCTGTGCCTTAAAT-AGGCAGGCT-TAAGG  1141

seq1  CCAACAAACATGCAAGAGCGTAAGGGAAAGATGCAC  1180
      |  ||| || ||  ||||||| ||||||||||||||
seq2  C--ACATAC-TGGCAGAGCGT-AGGGAAAGATGCAC  1173