BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-252C04
Chromosome8 (Build37)
Map Location 108,389,919 - 108,564,367
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNutf2, Edc4, Nrn1l, Pskh1, Ctrl, Psmb10, Lcat, Slc12a4, Dpep3, Dpep2, Ddx28, Dus2l
Upstream geneLOC667754, LOC667760, Ces5, 2310038E17Rik, 2210023G05Rik, LOC436058, EG436059, Es31, EG13909, LOC667774, BC026374, LOC100042408, Cbfb, D230025D16Rik, C76566, Tradd, Fbxl8, Hsf4, Nol3, 4931428F04Rik, Exoc3l, E2f4, Elmo3, Lrrc29, Hspc171, Fhod1, Slc9a5, Plekhg4, Kctd19, Lrrc36, 2700055K07Rik, Zdhhc1, LOC667837, Hsd11b2, Atp6v0d1, Agrp, EG667846, 2310066E14Rik, LOC546100, Ctcf, EG546101, D130029J02Rik, Acd, Pard6a, E130303B06Rik, 4933405L10Rik, Gfod2, Ranbp10, Tsnaxip1, Cenpt, LOC100041617, Thap11
Downstream geneNfatc3, Rbm35b, Lypla3, Slc7a6, Slc7a6os, Prmt7, Smpd3, Zfp90, 6030452D12Rik, Cdh3, LOC100042734, Cdh1, Tmco7, Has3, 5830457O10Rik, Cirh1a, EG234703, Sntb2, Vps4a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-252C04.bB6Ng01-252C04.g
ACCGA059215GA059216
length1,0581,069
definitionB6Ng01-252C04.b B6Ng01-252C04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,389,919 - 108,390,974)(108,563,286 - 108,564,367)
sequence
gaattcactctgttgactaggctaggccttgaactcacaaagatgcacct
acctctgcctcgagggctggggttaatgtcatgtgctgtcaccaccaaca
tgcagctctgttttttaaagaaataaaattccagaattctcaccacatca
actctaaccctttaaagctttttgttttggggtttgttgttgttgtttgg
ttgttttttgtttttgagctgtattagccctggctgtcctggaacccaaa
gcagtctggccttgaacatacagagatccatgcatgcatcccatccctgg
cgctctcttaaccttttaaagatgggtctcactaggttgtcccggctgcc
ctttctcatcctccatccttggcctccaggcctgtgctaccaattccaac
tgaatcccaaccttcatagaaacaggaaagcctgctgcctctggaaggat
ctgtatgggccgcatcacctggagaatgggagagaatgcaagctcgtggt
tgtccctgtggtgaatcagctgtgagctactgagcacatgctcaggtatt
tcttatccttgggcgcctggagcttgctgatatgagacgggaagaaaagc
atggactgtccttgctccctgtgtgcttctgccatcgtggctctcagctg
ctggggtaactactacttccctgttcatcctggctatctatgggtactca
agggctgactgtgctggacggcttttttaaattttaataagatttattta
tttattatgcacacagcattctgcctgcatgtatcctgcagccagaagag
ggcaccaggtctcatcatagctggttgtgagccacccatgtggttgctgg
gaattgaactctgcaagagcagacagtgctcttaacctcttgagccatct
ctccagccatcaagggggcttttgaggtaaaaataactatacccaccctt
gtagaccagttcattgtgaggctcagttcaaagacacatgcaaagacaag
ggtccttttaccatctgtggacttcgtccttttccttggctctgctcaga
tctcgtgg
gaattctagacagatgagggcagcggagagccggttacagtaaaacaggc
cttatctgagagctaaggatatgaaactgttgaaaggccaacagttcacc
accaagaccctccctgctggccaggcgggcaggaacactctccaggtgct
gcctcacacagcagactagacctgattgcccagagtcatcctggcaagcc
ttaaatttgtactttaaggaagggggacactgccaggcccatgaggatcc
atcagaaaaactctcactccagctaggcatgctggcacatgcctcagcac
ttgggaggtaaaggcaggaggagcaggagtccaaggtcattcttgaatca
taaggagcccagagtacgtgagaccttatcgcaaaacacatcaatcaatc
aatcaatcaatcaatcaatcaattccacattagtttaataactctggttc
acagcaacatatctagaaggttccctggcgagtgctaactttgaaccttt
gaaatgcaatgacgaaaataccaagtggtttgatacagttctcagcctta
gagggctcccttttgattcattctaagtagctctaggtactttctaggca
ttcctgttcacattcacattcacaaccaggaaggagattagggaagtgaa
agacccggtcacttgctaggaccacatgagggaagaacaggcaacctgag
gctgtcttagcagtgtggacacgccaccacccagagctaaatcatgtcac
atgtccctgccagaggaggggaaggactaggactagggatgaaattcaca
tctagtgaggaacagaatatccaaccatgagcaggcttgtctcaccagat
ctactggctagcctaaaatacataagattctctctctctctctctctctc
tttctctctctctctctccgcaaaaaaaaaaaaaagaaagaatgaaggaa
ggaggaaggaggaagaggaagagaatttgccattattagctcctgtcccc
accttacttctgtcctgagaatgggttcactgtgtaccccagactgtctt
tgatcttgttacatagtgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_108389919_108390974
seq2: B6Ng01-252C04.b_45_1102

seq1  GAATTCACTCTGTTGACTAGGCTAGGCCTTGAACTCACAAAGATGCACCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTGTTGACTAGGCTAGGCCTTGAACTCACAAAGATGCACCT  50

seq1  ACCTCTGCCTCGAGGGCTGGGGTTAATGTCATGTGCTGTCACCACCAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTGCCTCGAGGGCTGGGGTTAATGTCATGTGCTGTCACCACCAACA  100

seq1  TGCAGCTCTGTTTTTTAAAGAAATAAAATTCCAGAATTCTCACCACATCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTCTGTTTTTTAAAGAAATAAAATTCCAGAATTCTCACCACATCA  150

seq1  ACTCTAACCCTTTAAAGCTTTTTGTTTTGGGGTTTGTTGTTGTTGTTTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTAACCCTTTAAAGCTTTTTGTTTTGGGGTTTGTTGTTGTTGTTTGG  200

seq1  TTGTTTTTTGTTTTTGAGCTGTATTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACCCAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTTTGTTTTTGAGCTGTATTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACCCAAA  250

seq1  GCAGTCTGGCCTTGAACATACAGAGATCCATGCATGCATCCCATCCCTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCTGGCCTTGAACATACAGAGATCCATGCATGCATCCCATCCCTGG  300

seq1  CGCTCTCTTAACCTTTTAAAGATGGGTCTCACTAGGTTGTCCCGGCTGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTCTCTTAACCTTTTAAAGATGGGTCTCACTAGGTTGTCCCGGCTGCC  350

seq1  CTTTCTCATCCTCCATCCTTGGCCTCCAGGCCTGTGCTACCAATTCCAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCATCCTCCATCCTTGGCCTCCAGGCCTGTGCTACCAATTCCAAC  400

seq1  TGAATCCCAACCTTCATAGAAACAGGAAAGCCTGCTGCCTCTGGAAGGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCCCAACCTTCATAGAAACAGGAAAGCCTGCTGCCTCTGGAAGGAT  450

seq1  CTGTATGGGCCGCATCACCTGGAGAATGGGAGAGAATGCAAGCTCGTGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATGGGCCGCATCACCTGGAGAATGGGAGAGAATGCAAGCTCGTGGT  500

seq1  TGTCCCTGTGGTGAATCAGCTGTGAGCTACTGAGCACATGCTCAGGTATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCTGTGGTGAATCAGCTGTGAGCTACTGAGCACATGCTCAGGTATT  550

seq1  TCTTATCCTTGGGCGCCTGGAGCTTGCTGATATGAGACGGGAAGAAAAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATCCTTGGGCGCCTGGAGCTTGCTGATATGAGACGGGAAGAAAAGC  600

seq1  ATGGACTGTCCTTGCTCCCTGTGTGCTTCTGCCATCGTGGCTCTCAGCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACTGTCCTTGCTCCCTGTGTGCTTCTGCCATCGTGGCTCTCAGCTG  650

seq1  CTGGGGTAACTACTACTTCCCTGTTCATCCTGGCTATCTATGGGTACTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGTAACTACTACTTCCCTGTTCATCCTGGCTATCTATGGGTACTCA  700

seq1  AGGGCTGACTGTGCTGGACGGCTTTTTTAAATTTTAATAAGATTTATTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTGACTGTGCTGGACGGCTTTTTTAAATTTTAATAAGATTTATTTA  750

seq1  TTTATTATGCACACAGCATTCTGCCTGCATGTATCCTGCAGGCCAGAAGA  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTTATTATGCACACAGCATTCTGCCTGCATGTATCCTGCA-GCCAGAAGA  799

seq1  GGGCACCAGGTCTCATCATAGCTGGTTGTGAGCCA-CCATGTGGTTGCTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GGGCACCAGGTCTCATCATAGCTGGTTGTGAGCCACCCATGTGGTTGCTG  849

seq1  GGAATTGAACTCTGCAAGAGCAGACAGTGCTCTTAACCTC-TGAGCCATC  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGAATTGAACTCTGCAAGAGCAGACAGTGCTCTTAACCTCTTGAGCCATC  899

seq1  TCTCCAGCCATCAAGGGGGCTTTTGAGGTAAAAATAACTATA-CCAACCT  947
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
seq2  TCTCCAGCCATCAAGGGGGCTTTTGAGGTAAAAATAACTATACCCACCCT  949

seq1  TGTAGGACCAGTTCATTGTGAGGCTCAAGTCAGAGGACACAGGAAAGAAG  997
      |||| ||||||||||||||||||||||  ||| | |||||| | ||  | 
seq2  TGTA-GACCAGTTCATTGTGAGGCTCAGTTCA-AAGACACATGCAAAGAC  997

seq1  AAGGGTCCTTTTACCATCTGTGGACTCCGTCC-TTTCCTTGGCTCTGCTC  1046
      |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
seq2  AAGGGTCCTTTTACCATCTGTGGACTTCGTCCTTTTCCTTGGCTCTGCTC  1047

seq1  AG-TCTCGTGG  1056
      || ||||||||
seq2  AGATCTCGTGG  1058

seq1: chr8_108563286_108564367
seq2: B6Ng01-252C04.g_65_1133 (reverse)

seq1  GCACTGTGTAACAGAGTCCAAGACAGTCTGGGGTACACAGTGAAACCCAT  50
      ||||| |||||||   || ||||||||||||||||||||||||| ||  |
seq2  GCACTATGTAACAAGATCAAAGACAGTCTGGGGTACACAGTGAACCCATT  50

seq1  CTCTAGAACCAAGAAGTTAAGGGTGGGACA-GAGCTAATAATGGCAAATT  99
      ||| || ||  ||||| |||||  |||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTC-AGGAC--AGAAG-TAAGGTGGGGACAGGAGCTAATAATGGCAAATT  96

seq1  TCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCTTTCCTTT  149
        ||||||      ||||| ||||||| |||||||||| |||||| ||||
seq2  CTCTTCCT------CTTCC-TCCTTCC-TCCTTCCTTCATTCTTT-CTTT  137

seq1  TTTTTTTTTTTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAG  199
      |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTGCG-GAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAG  186

seq1  AGAGAATCTTATGTATTTTAGGCTAGCCAGTAGATCTGGTGAGACAAGCC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAATCTTATGTATTTTAGGCTAGCCAGTAGATCTGGTGAGACAAGCC  236

seq1  TGCTCATGGTTGGATATTCTGTTCCTCACTAGATGTGAATTTCATCCCTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCATGGTTGGATATTCTGTTCCTCACTAGATGTGAATTTCATCCCTA  286

seq1  GTCCTAGTCCTTCCCCTCCTCTGGCAGGGACATGTGACATGATTTAGCTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTAGTCCTTCCCCTCCTCTGGCAGGGACATGTGACATGATTTAGCTC  336

seq1  TGGGTGGTGGCGTGTCCACACTGCTAAGACAGCCTCAGGTTGCCTGTTCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGGTGGCGTGTCCACACTGCTAAGACAGCCTCAGGTTGCCTGTTCT  386

seq1  TCCCTCATGTGGTCCTAGCAAGTGACCGGGTCTTTCACTTCCCTAATCTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCATGTGGTCCTAGCAAGTGACCGGGTCTTTCACTTCCCTAATCTC  436

seq1  CTTCCTGGTTGTGAATGTGAATGTGAACAGGAATGCCTAGAAAGTACCTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGGTTGTGAATGTGAATGTGAACAGGAATGCCTAGAAAGTACCTA  486

seq1  GAGCTACTTAGAATGAATCAAAAGGGAGCCCTCTAAGGCTGAGAACTGTA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTACTTAGAATGAATCAAAAGGGAGCCCTCTAAGGCTGAGAACTGTA  536

seq1  TCAAACCACTTGGTATTTTCGTCATTGCATTTCAAAGGTTCAAAGTTAGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACCACTTGGTATTTTCGTCATTGCATTTCAAAGGTTCAAAGTTAGC  586

seq1  ACTCGCCAGGGAACCTTCTAGATATGTTGCTGTGAACCAGAGTTATTAAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCGCCAGGGAACCTTCTAGATATGTTGCTGTGAACCAGAGTTATTAAA  636

seq1  CTAATGTGGAATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATGTGTTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATGTGGAATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATTGATGTGTTT  686

seq1  TGCGATAAGGTCTCACGTACTCTGGGCTCCTTATGATTCAAGAATGACCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGATAAGGTCTCACGTACTCTGGGCTCCTTATGATTCAAGAATGACCT  736

seq1  TGGACTCCTGCTCCTCCTGCCTTTACCTCCCAAGTGCTGAGGCATGTGCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTCCTGCTCCTCCTGCCTTTACCTCCCAAGTGCTGAGGCATGTGCC  786

seq1  AGCATGCCTAGCTGGAGTGAGAGTTTTTCTGATGGATCCTCATGGGCCTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGCCTAGCTGGAGTGAGAGTTTTTCTGATGGATCCTCATGGGCCTG  836

seq1  GCAGTGTCCCCCTTCCTTAAAGTACAAATTTAAGGCTTGCCAGGATGACT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGTCCCCCTTCCTTAAAGTACAAATTTAAGGCTTGCCAGGATGACT  886

seq1  CTGGGCAATCAGGTCTAGTCTGCTGTGTGAGGCAGCACCTGGAGAGTGTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCAATCAGGTCTAGTCTGCTGTGTGAGGCAGCACCTGGAGAGTGTT  936

seq1  CCTGCCCGCCTGGCCAGCAGGGAGGGTCTTGGTGGTGAACTGTTGGCCTT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCCGCCTGGCCAGCAGGGAGGGTCTTGGTGGTGAACTGTTGGCCTT  986

seq1  TCAACAGTTTCATATCCTTAGCTCTCAGATAAGGCCTGTTTTACTGTAAC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAGTTTCATATCCTTAGCTCTCAGATAAGGCCTGTTTTACTGTAAC  1036

seq1  CGGCTCTCCGCTGCCCTCATCTGTCTAGAATTC  1082
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTCTCCGCTGCCCTCATCTGTCTAGAATTC  1069