BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257P07
Chromosome8 (Build37)
Map Location 12,664,180 - 12,797,466
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTubgcp3, Atp11a
Upstream gene1700016D06Rik, EG665271, LOC665363, LOC624710, LOC665373, Arhgef7, 1700018L24Rik, LOC100040155, LOC100040175, EG434280, EG434279, Sox1, 1700094C09Rik
Downstream geneLOC100040229, Mcf2l, F7, F10, Proz, Pcid2, Cul4a, Lamp1, Grtp1, Adprhl1, Dcun1d2, Tmco3, Tfdp1, Atp4b, Grk1, Gm687, Gas6, LOC434282, 1700029H14Rik, Rasa3, 4932443I19Rik, LOC665516, Cdc16, Upf3a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257P07.bB6Ng01-257P07.g
ACCGA063522GA063523
length1,146946
definitionB6Ng01-257P07.b B6Ng01-257P07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,796,377 - 12,797,466)(12,664,180 - 12,665,096)
sequence
gaattcagtactgcccctggtattacactatctctttgagtaaaagttag
gtcactgcccttcacaggaatctaccatcaccaaggaagaaagaagtttc
agaccgaaggagaaaccagaatagatacttagaactataacagagttaca
tctatacacatatttacaatggcctaaggggaaggtggactatacaatgg
actaaaataggaactatggcaagggcacgaagcccttgaccctggcttct
aagattagtgaatcttagagttgttatcaatgaattctatcccaggtggt
tcccgttagaccttttgtgtttgcattcctctgttttatgaaagattccg
gttaccccatttgtaccttgcgaatatgtcacccaacttccttattgtct
tctgcataaaaagtctgatgcttgatttgaaaaatacattcagattccac
atgacctctcctgtgtgcatctgtttgtcactcatccgacgctttgccca
cccgcgactagagacccgttccacgcagacaaaggggcccagagggtctg
cagcagtactgacagacaggggagacagagctcaggaaggaaagagagca
gccaaggagagactgcactcggcgcaccaaccattagacaccaggctgcc
aagtggacagtggtctgcatgtaagaaccaaggaatacaaagcaccccta
gcagtctttatgttgatagcatggtatagaagtagttagggcatgtcaca
attcatctacatttactgcatctgtaactgtgatatgagaacactcacat
agcagtaaggctggtgacagttcactcaacagggaagatgtctacagctc
caaaggtcctgcatagataccatggctgtggtgggctaactggactttct
ggactctctaaaagataagcagttacatatcttcccccataggaccccca
cccacccaccgctgccttgatgcatcctctgtgttatgggttcgcagaca
gcataccttttgttttctcagaggaaacttggcgcacatgttctgctccc
tctgtctatctgcccacagacatcagactcgaagctcagtgcactgaatt
ggaagccagacgaaagttcttgtggtgtatgttcccttccacttcc
gaattctataaagtttgtaaaagacagcagatatatggaaaaatctagag
gtaagccagactggaaccatagccgttttaaaaggagtgactgaagtcac
agtccaggcatggggcttagaaaggaagcctggcggagagcctttgagtg
gccctcagctctaggaagaaagaggcacaacttgtgtggagaagagtcac
aacataggtttgtctcttttaaaactcacacacacacacaaacacacaca
cacagaataaagcactttaaataaggacatacacttaccaaggcagatgt
gaagccagagagaaaagctagagaacagatgggcatgtggcactgactca
aagactatcaaactagaaacccaatgtctgcaaggtcaggaatgggaagg
ggagtgggactgcccttgtttttggttgccttgataaatacactaacaaa
agcaactcaaaggagaatgtgtttatctgactcacaattctaagttacaa
tccatcactgcaaggaagtcaagagccagggccctgaactggtgacatta
catccagtcaagaaagcaaggaatttaaaactgtatgcccagctccctct
ctctactcttaataaagccatgatactctgtcctggaaatggtgacaccc
acagtaggcaggacttcccacaaatcaatataattccctaaggacgttcc
cacagaccaacctaaacaatctctcattgagactgacttttcagatgatt
ctagattgagtcaagatgataaataaaactaatcaccacaggcagaggca
ggcagatttctgagttcaaggccagcctggtctacagagtgagttccagg
acagccagggctacacagaggaaccctgtctcgaaaaaccaaaaaactag
tcaccacaatttcacctcttgccaagttgacacacaacatatcact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_12796377_12797466
seq2: B6Ng01-257P07.b_100_1190 (reverse)

seq1  GGAAGTGGGAGGGGACATCACAC----AGACCTTTTCCTCCTGGCTTCCC  46
      |||||||| |||| |||| ||||    ||| ||||  |  ||||||| ||
seq2  GGAAGTGGAAGGGAACAT-ACACCACAAGAACTTT--CGTCTGGCTT-CC  46

seq1  ACTTCAGTGCACTGAGCCTCGAGTCTGATGTCTGTGGGCAGATGAGACAG  96
      | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AATTCAGTGCACTGAGCTTCGAGTCTGATGTCTGTGGGCAGAT-AGACAG  95

seq1  AGGGAGCAGAACATGTGCGGCAAGTTTCCTCTGAGAAA--CAAAGGTATG  144
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||
seq2  AGGGAGCAGAACATGTGCGCCAAGTTTCCTCTGAGAAAACAAAAGGTATG  145

seq1  CTGTCTGCGAA-CCATAACACAGAGGATGCATCAAGGCAGCGGTGGGTGG  193
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGCGAACCCATAACACAGAGGATGCATCAAGGCAGCGGTGGGTGG  195

seq1  GTGGGGGTCCTATGGGGGAAGATATGTAACTGCTTATCTTTTAGAGAGTC  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGGTCCTATGGGGGAAGATATGTAACTGCTTATCTTTTAGAGAGTC  245

seq1  CAGAAAGTCCAGTTAGCCCACCACAGCCATGGTATCTATGCAGGACCTTT  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGTCCAGTTAGCCCACCACAGCCATGGTATCTATGCAGGACCTTT  295

seq1  GGAGCTGTAGACATCTTCCCTGTTGAGTGAACTGTCACCAGCCTTACCTG  343
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GGAGCTGTAGACATCTTCCCTGTTGAGTGAACTGTCACCAGCCTTA-CTG  344

seq1  CTATGTGAGTGTTCTCATATCACAGTTACAGATGCAGTAAATGTAGATGA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTGAGTGTTCTCATATCACAGTTACAGATGCAGTAAATGTAGATGA  394

seq1  ATTGTGACATGCCCTAACTACTTCTATACCATGCTATCAACATAAAGACT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGACATGCCCTAACTACTTCTATACCATGCTATCAACATAAAGACT  444

seq1  GCTAGGGGTGCTTTGTATTCCTTGGTTCTTACATGCAGACCACTGTCCAC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGGGGTGCTTTGTATTCCTTGGTTCTTACATGCAGACCACTGTCCAC  494

seq1  TTGGCAGCCTGGTGTCTAATGGTTGGTGCGCCGAGTGCAGTCTCTCCTTG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAGCCTGGTGTCTAATGGTTGGTGCGCCGAGTGCAGTCTCTCCTTG  544

seq1  GCTGCTCTCTTTCCTTCCTGAGCTCTGTCTCCCCTGTCTGTCAGTACTGC  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTCTCTTTCCTTCCTGAGCTCTGTCTCCCCTGTCTGTCAGTACTGC  594

seq1  TGCAGACCCTCTGGGCCCCTTTGTCTGCGTGGAACGGGTCTCTAGTCGCG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGACCCTCTGGGCCCCTTTGTCTGCGTGGAACGGGTCTCTAGTCGCG  644

seq1  GGTGGGCAAAGCGTCGGATGAGTGACAAACAGATGCACACAGGAGAGGTC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGCAAAGCGTCGGATGAGTGACAAACAGATGCACACAGGAGAGGTC  694

seq1  ATGTGGAATCTGAATGTATTTTTCAAATCAAGCATCAGACTTTTTATGCA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGAATCTGAATGTATTTTTCAAATCAAGCATCAGACTTTTTATGCA  744

seq1  GAAGACAATAAGGAAGTTGGGTGACATATTCGCAAGGTACAAATGGGGTA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACAATAAGGAAGTTGGGTGACATATTCGCAAGGTACAAATGGGGTA  794

seq1  ACCGGAATCTTTCATAAAACAGAGGAATGCAAACACAAAAGGTCTAACGG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGGAATCTTTCATAAAACAGAGGAATGCAAACACAAAAGGTCTAACGG  844

seq1  GAACCACCTGGGATAGAATTCATTGATAACAACTCTAAGATTCACTAATC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCACCTGGGATAGAATTCATTGATAACAACTCTAAGATTCACTAATC  894

seq1  TTAGAAGCCAGGGTCAAGGGCTTCGTGCCCTTGCCATAGTTCCTATTTTA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAGCCAGGGTCAAGGGCTTCGTGCCCTTGCCATAGTTCCTATTTTA  944

seq1  GTCCATTGTATAGTCCACCTTCCCCTTAGGCCATTGTAAATATGTGTATA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATTGTATAGTCCACCTTCCCCTTAGGCCATTGTAAATATGTGTATA  994

seq1  GATGTAACTCTGTTATAGTTCTAAGTATCTATTCTGGTTTCTCCTTCGGT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTAACTCTGTTATAGTTCTAAGTATCTATTCTGGTTTCTCCTTCGGT  1044

seq1  CTGAAACTTCTTTCTTCCTTGGTGATGGTAGATTCCTGTGAAGGGCA  1090
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAACTTCTTTCTTCCTTGGTGATGGTAGATTCCTGTGAAGGGCA  1091

seq1: chr8_12664180_12665096
seq2: B6Ng01-257P07.g_70_986

seq1  GAATTCTATAAAGTTTGTAAAAGACAGCAGATATATGGAAAAATCTAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATAAAGTTTGTAAAAGACAGCAGATATATGGAAAAATCTAGAG  50

seq1  GTAAGCCAGACTGGAACCATAGCCGTTTTAAAAGGAGTGACTGAAGTCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCCAGACTGGAACCATAGCCGTTTTAAAAGGAGTGACTGAAGTCAC  100

seq1  AGTCCAGGCATGGGGCTTAGAAAGGAAGCCTGGCGGAGAGCCTTTGAGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCAGGCATGGGGCTTAGAAAGGAAGCCTGGCGGAGAGCCTTTGAGTG  150

seq1  GCCCTCAGCTCTAGGAAGAAAGAGGCACAACTTGTGTGGAGAAGAGTCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCAGCTCTAGGAAGAAAGAGGCACAACTTGTGTGGAGAAGAGTCAC  200

seq1  AACATAGGTTTGTCTCTTTTAAAACTCACACACACACACAAACACACACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATAGGTTTGTCTCTTTTAAAACTCACACACACACACAAACACACACA  250

seq1  CACAGAATAAAGCACTTTAAATAAGGACATACACTTACCAAGGCAGATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAATAAAGCACTTTAAATAAGGACATACACTTACCAAGGCAGATGT  300

seq1  GAAGCCAGAGAGAAAAGCTAGAGAACAGATGGGCATGTGGCACTGACTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCAGAGAGAAAAGCTAGAGAACAGATGGGCATGTGGCACTGACTCA  350

seq1  AAGACTATCAAACTAGAAACCCAATGTCTGCAAGGTCAGGAATGGGAAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTATCAAACTAGAAACCCAATGTCTGCAAGGTCAGGAATGGGAAGG  400

seq1  GGAGTGGGACTGCCCTTGTTTTTGGTTGCCTTGATAAATACACTAACAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGGGACTGCCCTTGTTTTTGGTTGCCTTGATAAATACACTAACAAA  450

seq1  AGCAACTCAAAGGAGAATGTGTTTATCTGACTCACAATTCTAAGTTACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACTCAAAGGAGAATGTGTTTATCTGACTCACAATTCTAAGTTACAA  500

seq1  TCCATCACTGCAAGGAAGTCAAGAGCCAGGGCCCTGAACTGGTGACATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCACTGCAAGGAAGTCAAGAGCCAGGGCCCTGAACTGGTGACATTA  550

seq1  CATCCAGTCAAGAAAGCAAGGAATTTAAAACTGTATGCCCAGCTCCCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCAGTCAAGAAAGCAAGGAATTTAAAACTGTATGCCCAGCTCCCTCT  600

seq1  CTCTACTCTTAATAAAGCCATGATACTCTGTCCTGGAAATGGTGACACCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACTCTTAATAAAGCCATGATACTCTGTCCTGGAAATGGTGACACCC  650

seq1  ACAGTAGGCAGGACTTCCCACAAATCAATATAATTCCCTAAGGACGTTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTAGGCAGGACTTCCCACAAATCAATATAATTCCCTAAGGACGTTCC  700

seq1  CACAGACCAACCTAAACAATCTCTCATTGAGACTGACTTTTCAGATGATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGACCAACCTAAACAATCTCTCATTGAGACTGACTTTTCAGATGATT  750

seq1  CTAGATTGAGTCAAGATGATAAATAAAACTAATCACCACAGGCAGAGGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATTGAGTCAAGATGATAAATAAAACTAATCACCACAGGCAGAGGCA  800

seq1  GGCAGATTTCTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGATTTCTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGG  850

seq1  ACAGCCAGGGCTACACAGAGGAACCCTGTCTCGAAAAACCAAAAAACTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCAGGGCTACACAGAGGAACCCTGTCTCGAAAAACCAAAAAACTAG  900

seq1  TCACCACAATTTCACCT  917
      |||||||||||||||||
seq2  TCACCACAATTTCACCT  917