BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257P08
Chromosome8 (Build37)
Map Location 101,850,833 - 101,979,456
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdh8, A330008L17Rik
Upstream genenone
Downstream geneLOC667531, LOC100042069, LOC436054, LOC100042078
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257P08.bB6Ng01-257P08.g
ACCGA063524GA063525
length1,1071,201
definitionB6Ng01-257P08.b B6Ng01-257P08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,850,833 - 101,851,953)(101,978,251 - 101,979,456)
sequence
gaattccaggacagccagggctatatagagaaaccttatcttggaaaaaa
attaaaaaaaaactgtaaatgacataagatgaatacatacacaggcccta
aatctatacctcaaaatcaattaagatcatttaaccacaggtagtataaa
agagagttgtggaacatctgccactcctagttagattagtttacagcggg
gaggttgaaactggaagaatgtttaacttttgagtcctgcactatcaagt
ttgaattaagattttgttccaaaaaacttcactatctgcaatttctgttt
taactgtacttgaagataagatgagataacccctcagacaggatcccaaa
gactaagataagaacagttgagaaaagagacctgactgtcttgactgaat
tggcatctaagtagttgattgcgagatctcacactctaaagtagtagatg
gctatcagttctcaaagacaaggtgtgtaggtgaccagtccccatgctat
gagtcctgccaaaaagccaatttcatttagtgcccccatgcatgataaaa
gaaagggattctattttatcctccccaatatgtcaacgttctcaccccca
aaggttacctaagtgcatgggccacatggatcggtgggagcatcctgact
caaaggttagctgaaaatccacgtttgttcaagagttaataacttgctta
ggaagaccagcaagaagcccgtggttgaggagggcaaataccttctttag
gaaacccaaatccagagaggcatctgcaaagcctgagagattagcttcaa
ggaaaacagctattccaagacactgaggagaaattagaaagcaccagctg
gagtgaatcaagagaaatatgttgctgcaaggtactgggggaagctatgt
acacagaagcaggcactctctcagcttttttcagacaagctttaaaaaaa
aaaatatatatatatatatatatatatatatatattgttgttgttcatta
tcctccccgccccccccccccgggttttctttgatctttggagaggtgta
gaatgaatgctctaagtgtaaaaagaaatatgggctaaaaatgcttgtga
tccaatc

gaattcactccccaatctttcaccactggaacctgccagagcctaccatg
gtcactgccaactccagagcagcattgccccagcacagacataccacaga
ctgcacactcagacatggatacacacacgcatgcgcacacatggacacag
acacaggcacaggcacaggcacaggcacaggcacagacacatatgtgcaa
gcagggactcttgatgacctcagaggtttattcacaggttttacccctta
aaatagaagtcatgttaagtctttatctggattcaatgttatagattaaa
atgctttttatatataaatagattgattcatggttgtatcaataaagatt
ctgatttataggataaatctccaacttcttacattgtatttaaacttctc
attccgaagtcgcaagttatctgtgccagcttctttccctgcaaataggc
cataagaaaagaccctgccttgcctttcttcccccaaatattattctctt
ctaacctaatggtttatgtgaaagttagcagatgtaaaaattaggcacat
cagttggagggcaaatttaacactgaaaatttgctgttatatgcttacat
tttaacttttgctagaagctacacatgataaaacagaaggttcctttcag
tgaagaccaagaacctgtccatactgaactgagtctcacaaaacaaaata
ggcttgtttgggtgacttccttgttttgtattaatttttagtaggtagat
gaagcaataggtttccttatgacatttttatacatgtatgtcactgtata
ttgctctttttaggccaccctttctccccatctctccctcaaactcccct
tctcctatctagaaacagtcctgctttcaagtcagagacacactggagag
caccctctgttagtttcatttagactccccattggagaaagaccttcacc
aatgtcatctttgtaatatttcatgaatctgccttttatcacataataca
ttaacccaattctttagattctaacgaaatattctgttgaataaattgaa
caattgtataccaccacccctccagaattcaagtgatttgtgtgtcttta
gtttcacaagttctgtcttaagaaatgttggtaattttggtttgttctga
tgacctggactagagaacatagtaatgagcttcatttaagggaagcaatg
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_101850833_101851953
seq2: B6Ng01-257P08.b_49_1155

seq1  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTATATAGAGAAACCTTATCTTGGAAAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGACAGCCAGGGCTATATAGAGAAACCTTATCTTGGAAAAAA  50

seq1  ATTAAAAAAAAACTGTAAATGACATAAGATGAATACATACACAGGCCCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAAAAAAACTGTAAATGACATAAGATGAATACATACACAGGCCCTA  100

seq1  AATCTATACCTCAAAATCAATTAAGATCATTTAACCACAGGTAGTATAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTATACCTCAAAATCAATTAAGATCATTTAACCACAGGTAGTATAAA  150

seq1  AGAGAGTTGTGGAACATCTGCCACTCCTAGTTAGATTAGTTTACAGCGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGTTGTGGAACATCTGCCACTCCTAGTTAGATTAGTTTACAGCGGG  200

seq1  GAGGTTGAAACTGGAAGAATGTTTAACTTTTGAGTCCTGCACTATCAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTTGAAACTGGAAGAATGTTTAACTTTTGAGTCCTGCACTATCAAGT  250

seq1  TTGAATTAAGATTTTGTTCCAAAAAACTTCACTATCTGCAATTTCTGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATTAAGATTTTGTTCCAAAAAACTTCACTATCTGCAATTTCTGTTT  300

seq1  TAACTGTACTTGAAGATAAGATGAGATAACCCCTCAGACAGGATCCCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGTACTTGAAGATAAGATGAGATAACCCCTCAGACAGGATCCCAAA  350

seq1  GACTAAGATAAGAACAGTTGAGAAAAGAGACCTGACTGTCTTGACTGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTAAGATAAGAACAGTTGAGAAAAGAGACCTGACTGTCTTGACTGAAT  400

seq1  TGGCATCTAAGTAGTTGATTGCGAGATCTCACACTCTAAAGTAGTAGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATCTAAGTAGTTGATTGCGAGATCTCACACTCTAAAGTAGTAGATG  450

seq1  GCTATCAGTTCTCAAAGACAAGGTGTGTAGGTGACCAGTCCCCATGCTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATCAGTTCTCAAAGACAAGGTGTGTAGGTGACCAGTCCCCATGCTAT  500

seq1  GAGTCCTGCCAAAAAGCCAATTTCATTTAGTGCCCCCATGCATGATAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCTGCCAAAAAGCCAATTTCATTTAGTGCCCCCATGCATGATAAAA  550

seq1  GAAAGGGATTCTATTTTATCCTCCCCAATATGTCAACGTTCTCACCCCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGATTCTATTTTATCCTCCCCAATATGTCAACGTTCTCACCCCCA  600

seq1  AAGGTTACCTAAGTGCATGGGCCACATGGATCGGTGGGAGCATCCTGACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTACCTAAGTGCATGGGCCACATGGATCGGTGGGAGCATCCTGACT  650

seq1  CAAAGGTTAGCTGAAAATCCACGTTTGTTCAAGAGTTAATAACTTGCTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGTTAGCTGAAAATCCACGTTTGTTCAAGAGTTAATAACTTGCTTA  700

seq1  GGAAGACCAGCAAGAAGCCCGTGGTTGAGGAGGGCAAATACCTTCTTTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGACCAGCAAGAAGCCCGTGGTTGAGGAGGGCAAATACCTTCTTTAG  750

seq1  GAAACCCAAATCCAGAGAGGCATCTGCAAAGCCTGAGAGATTAGCTTCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCCAAATCCAGAGAGGCATCTGCAAAGCCTGAGAGATTAGCTTCAA  800

seq1  GGAAAACAGCTATTCCAAGACACTGAGGAGAAATTAGAAAGCACCAGCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAACAGCTATTCCAAGACACTGAGGAGAAATTAGAAAGCACCAGCTG  850

seq1  GAGTGAATCAAGAGAAATATGTTGCTGCAAGGTACTGGGGGAAGCTATGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAATCAAGAGAAATATGTTGCTGCAAGGTACTGGGGGAAGCTATGT  900

seq1  ACACAGAAGCAGGCACTCTCTCAGCTTTTTTCAGACAAGCTTTAAAAAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGAAGCAGGCACTCTCTCAGCTTTTTTCAGACAAGCTTTAAAAAAA  950

seq1  AAAATATATATATATATATATATATATATATATATTGTTTGTTTGTTTCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||
seq2  AAAATATATATATATATATATATATATATATATATTG-TTGTT--GTTCA  997

seq1  TTATCCTCCCCCGCCCCCCCCCCCCGGTTTTTCTTTGGAATCCTTTGGAG  1050
      ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||  || ||||||||
seq2  TTATCCT-CCCCGCCCCCCCCCCCCGGGTTTTCTTTG--AT-CTTTGGAG  1043

seq1  AGGTGTAGAATGAATGGCTCTAAAGTGTAAAAAAGAAATAT-GGCTGGAA  1099
      ||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||||| ||||  ||
seq2  AGGTGTAGAATGAAT-GCTCT-AAGTGT-AAAAAGAAATATGGGCT--AA  1088

seq1  AAATGCTTTGTGATTCCCAATC  1121
      |||||| |||||||  ||||||
seq2  AAATGC-TTGTGAT--CCAATC  1107


seq1: chr8_101978251_101979456
seq2: B6Ng01-257P08.g_70_1270 (reverse)

seq1  CCATTGCTT-CCTTAAAGGAAGCTCATTACTTATGGTCTCTAGTCAGTTT  49
      ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||| |||||||||    |
seq2  CCATTGCTTCCCTTAAATGAAGCTCATTAC-TATGTTCTCTAGTCCAGGT  49

seq1  AATCAGGAACCAAAACAAAATATAACAAAACATTTTTCTTAAGACAG-AC  98
       |||||  | |||| |||||| || ||| |    ||||||||||||| ||
seq2  CATCAG--AACAAACCAAAAT-TACCAACA----TTTCTTAAGACAGAAC  92

seq1  CTGTGAAACTAAGGACACACAAATTCACTTGAATTCTGGA-GGGTGGTGG  147
       ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||
seq2  TTGTGAAACTAAAGACACACAAA-TCACTTGAATTCTGGAGGGGTGGTGG  141

seq1  TATACAATTTGTTCAATTTATTCAACAGAATTATTTCGTTAG-ATCTAA-  195
      ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| 
seq2  TATACAA-TTGTTCAATTTATTCAACAGAA-TATTTCGTTAGAATCTAAA  189

seq1  -GATTGGGTTAAATGTATTATGTGATAAAAGGCAGATTCATGAAATATTA  244
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTGGGTT-AATGTATTATGTGATAAAAGGCAGATTCATGAAATATTA  238

seq1  CAAAGATGACATTGGTGAAGGTC-TTCTCCAATGGGGAGTCTAAATGAAA  293
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGATGACATTGGTGAAGGTCTTTCTCCAATGGGGAGTCTAAATGAAA  288

seq1  CTAACAGAGGGTGCTCTCCAGTGTGTCTCTGACTTGAAAGCAGGACTGTT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAGAGGGTGCTCTCCAGTGTGTCTCTGACTTGAAAGCAGGACTGTT  338

seq1  TCTAGATAGGAGAAGGGGAGTTTGAGGGAGAGATGGGGAGAAAGGGTGGC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGATAGGAGAAGGGGAGTTTGAGGGAGAGATGGGGAGAAAGGGTGGC  388

seq1  CTAAAAAGAGCAATATACAGTGACATACATGTATAAAAATGTCATAAGGA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAAGAGCAATATACAGTGACATACATGTATAAAAATGTCATAAGGA  438

seq1  AACCTATTGCTTCATCTACCTACTAAAAATTAATACAAAACAAGGAAGTC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTATTGCTTCATCTACCTACTAAAAATTAATACAAAACAAGGAAGTC  488

seq1  ACCCAAACAAGCCTATTTTGTTTTGTGAGACTCAGTTCAGTATGGACAGG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAAACAAGCCTATTTTGTTTTGTGAGACTCAGTTCAGTATGGACAGG  538

seq1  TTCTTGGTCTTCACTGAAAGGAACCTTCTGTTTTATCATGTGTAGCTTCT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGGTCTTCACTGAAAGGAACCTTCTGTTTTATCATGTGTAGCTTCT  588

seq1  AGCAAAAGTTAAAATGTAAGCATATAACAGCAAATTTTCAGTGTTAAATT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAAGTTAAAATGTAAGCATATAACAGCAAATTTTCAGTGTTAAATT  638

seq1  TGCCCTCCAACTGATGTGCCTAATTTTTACATCTGCTAACTTTCACATAA  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTCCAACTGATGTGCCTAATTTTTACATCTGCTAACTTTCACATAA  688

seq1  ACCATTAGGTTAGAAGAGAATAATATTTGGGGGAAGAAAGGCAAGGCAGG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTAGGTTAGAAGAGAATAATATTTGGGGGAAGAAAGGCAAGGCAGG  738

seq1  GTCTTTTCTTATGGCCTATTTGCAGGGAAAGAAGCTGGCACAGATAACTT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTTCTTATGGCCTATTTGCAGGGAAAGAAGCTGGCACAGATAACTT  788

seq1  GCGACTTCGGAATGAGAAGTTTAAATACAATGTAAGAAGTTGGAGATTTA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGACTTCGGAATGAGAAGTTTAAATACAATGTAAGAAGTTGGAGATTTA  838

seq1  TCCTATAAATCAGAATCTTTATTGATACAACCATGAATCAATCTATTTAT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATAAATCAGAATCTTTATTGATACAACCATGAATCAATCTATTTAT  888

seq1  ATATAAAAAGCATTTTAATCTATAACATTGAATCCAGATAAAGACTTAAC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAAAAGCATTTTAATCTATAACATTGAATCCAGATAAAGACTTAAC  938

seq1  ATGACTTCTATTTTAAGGGGTAAAACCTGTGAATAAACCTCTGAGGTCAT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTTCTATTTTAAGGGGTAAAACCTGTGAATAAACCTCTGAGGTCAT  988

seq1  CAAGAGTCCCTGCTTGCACATATGTGTCTGTGCCTGTGCCTGTGCCTGTG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGTCCCTGCTTGCACATATGTGTCTGTGCCTGTGCCTGTGCCTGTG  1038

seq1  CCTGTGCCTGTGTCTGTGTCCATGTGTGCGCATGCGTGTGTGTATCCATG  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGCCTGTGTCTGTGTCCATGTGTGCGCATGCGTGTGTGTATCCATG  1088

seq1  TCTGAGTGTGCAGTCTGTGGTATGTCTGTGCTGGGGCAATGCTGCTCTGG  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTGTGCAGTCTGTGGTATGTCTGTGCTGGGGCAATGCTGCTCTGG  1138

seq1  AGTTGGCAGTGACCATGGTAGGCTCTGGCAGGTTCCAGTGGTGAAAGATT  1193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGCAGTGACCATGGTAGGCTCTGGCAGGTTCCAGTGGTGAAAGATT  1188

seq1  GGGGAGTGAATTC  1206
      |||||||||||||
seq2  GGGGAGTGAATTC  1201


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |