BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-259O03
Chromosome8 (Build37)
Map Location 69,162,224 - 69,310,150
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNpy5r, Npy1r
Upstream geneMarch1, LOC100040986, 1810029B16Rik, Tktl2
Downstream geneBC053440, LOC665453, Nat1, Nat2, LOC100041265, Nat3, Psd3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-259O03.bB6Ng01-259O03.g
ACCGA064952GA064953
length1,039972
definitionB6Ng01-259O03.b B6Ng01-259O03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,162,224 - 69,163,261)(69,309,178 - 69,310,150)
sequence
gaattccaacagtaaatcaggtttctccagaagttaaatgtactctttac
cactgccttaccaatgtggcttcattactaatagaacattttagaaaagg
gacgatgaaagattcaagtttttgccttttgttttttcatgaaaattcaa
gagtgagtttttatgtccttgtttccataaaattgcattataaccattat
gttacaagatttgactgttaggagaaagattttcataaaaagaacatgat
aaatttgtaaacagcatatggaacccgtaacgggttctatataattagag
gaccaattataggctgaatagtgcaaggcttatcattctccttttgcatc
tatgtgacacaaaaatctcagttctgtatcaagcacctacaactcaatcc
tacacaccattcacaccacagcccatacccaccactcacaccacagcccc
tacccaccactcacaccacagcccctacccaccactcacaccacagcccc
tacacaccacttacaccacagcccctacacaccactcacaccacagccca
tacccaacactcacaccacagcccatacccaacactcacaccatagcccc
tacacaccactcacaccatagcccctacccaccactcacaccacagccca
tacccaacactcacaccacagtcttctgcctaccacctttaacacagtat
tctatgtagtattgtcttctgactcctaattctcaaaggattgtgagtcc
atagtctttcaagattataacttggcagtgttcttcagaaaccttaaata
cttgtattttatttattaaaaaattattctaagacaatctcagggctgtc
gggatggttcagcagcttccaccaagcagatgatcgtatttcacagtgtg
gaaagagaaaatgattttctgcaagttgcacccaaatctttacttacact
atgatatcacagagagagagagagagagagagagagagagagagagagag
agagagagacatgtgcatgcacatgcacacatacaaaca

gaattcatcagtgtcagagataggactaacagaggcacacacacaatctg
tttggcattgagagaataccaaaggaacattggcatgacacccacgactc
ctttccaagagagaattggagagcccacaccacccacacttcccaggtgg
ctaaaaaaataaggggatcattactggatagctgagcagtttcatgatgt
ttgaaacaaagtgtccatgcctgcctttcaagattaaaaacatcaaggga
ctcgttgctaggtatttttttttaaagatttagataaattattgtacaaa
ggaagaaagaaggtggcctaattgaggagaggcagatcctggtctttcct
actgctgctgaaatgtctctgctcttggcaaagatatttttctgaaacca
ggagtgactttgcacaaaagattacataataatatggtatatatatatat
atatatatataaattcagcagagttatcactctacagttcatagaatttt
tttgaagtgtttggtgctcatgtatttttagttgtgttcacacacctttg
tgaatacaaatgtttaccagtgccccccattacagattcctgatttcatt
gccttaaaattagggaaaattctttctacgtggttttagttctaatctta
ctagagatgtcgagaatttgagagccacactttccttactgctctcaaga
gtctgtcttttgatggtatgaatcaactgtatagagtagagttgtctaag
tttgtacttcctgggggtttatgagtctcttcaatttatagattcatttt
taacagatttgaggagatttgggtcattgtttttacaccttgtttttcct
tttctcctttctctggtgacttcctgtgtatgtattagttagggttctct
aaaggaacagaacctataggataatatatgtatttatgtgtatgtatata
tgtatgtatacatatatgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_69162224_69163261
seq2: B6Ng01-259O03.b_47_1085

seq1  GAATTCCAACAGTAAATCAGGTTTCTCCAGAAGTTAAATGTACTCTTTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAACAGTAAATCAGGTTTCTCCAGAAGTTAAATGTACTCTTTAC  50

seq1  CACTGCCTTACCAATGTGGCTTCATTACTAATAGAACATTTTAGAAAAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCCTTACCAATGTGGCTTCATTACTAATAGAACATTTTAGAAAAGG  100

seq1  GACGATGAAAGATTCAAGTTTTTGCCTTTTGTTTTTTCATGAAAATTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGATGAAAGATTCAAGTTTTTGCCTTTTGTTTTTTCATGAAAATTCAA  150

seq1  GAGTGAGTTTTTATGTCCTTGTTTCCATAAAATTGCATTATAACCATTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAGTTTTTATGTCCTTGTTTCCATAAAATTGCATTATAACCATTAT  200

seq1  GTTACAAGATTTGACTGTTAGGAGAAAGATTTTCATAAAAAGAACATGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACAAGATTTGACTGTTAGGAGAAAGATTTTCATAAAAAGAACATGAT  250

seq1  AAATTTGTAAACAGCATATGGAACCCGTAACGGGTTCTATATAATTAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTGTAAACAGCATATGGAACCCGTAACGGGTTCTATATAATTAGAG  300

seq1  GACCAATTATAGGCTGAATAGTGCAAGGCTTATCATTCTCCTTTTGCATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAATTATAGGCTGAATAGTGCAAGGCTTATCATTCTCCTTTTGCATC  350

seq1  TATGTGACACAAAAATCTCAGTTCTGTATCAAGCACCTACAACTCAATCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGACACAAAAATCTCAGTTCTGTATCAAGCACCTACAACTCAATCC  400

seq1  TACACACCATTCACACCACAGCCCATACCCACCACTCACACCACAGCCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACCATTCACACCACAGCCCATACCCACCACTCACACCACAGCCCC  450

seq1  TACCCACCACTCACACCACAGCCCCTACCCACCACTCACACCACAGCCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCACCACTCACACCACAGCCCCTACCCACCACTCACACCACAGCCCC  500

seq1  TACACACCACTTACACCACAGCCCCTACACACCACTCACACCACAGCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACCACTTACACCACAGCCCCTACACACCACTCACACCACAGCCCA  550

seq1  TACCCAACACTCACACCACAGCCCATACCCAACACTCACACCATAGCCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAACACTCACACCACAGCCCATACCCAACACTCACACCATAGCCCC  600

seq1  TACACACCACTCACACCATAGCCCCTACCCACCACTCACACCACAGCCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACACCACTCACACCATAGCCCCTACCCACCACTCACACCACAGCCCA  650

seq1  TACCCAACACTCACACCACAGTCTTCTGCCTACCACCTTTAACACAGTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCAACACTCACACCACAGTCTTCTGCCTACCACCTTTAACACAGTAT  700

seq1  TCTATGTAGTATTGTCTTCTGACTCCTAATTCTCAAAGGATTGTGAGTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGTAGTATTGTCTTCTGACTCCTAATTCTCAAAGGATTGTGAGTCC  750

seq1  ATAGTCTTTCAAGATTATAACTTGGCAGTGTTCTTCAGAAACCTTAAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCTTTCAAGATTATAACTTGGCAGTGTTCTTCAGAAACCTTAAATA  800

seq1  CTTGTATTTTATTTATTAAAAAATTATTCTAAGACAATCTCA-GGCTGTC  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTTGTATTTTATTTATTAAAAAATTATTCTAAGACAATCTCAGGGCTGTC  850

seq1  GGGATGGTTCAGCAGCTTCCACCAAGCAGATGATCGTATTTCACAGTGTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGGTTCAGCAGCTTCCACCAAGCAGATGATCGTATTTCACAGTGTG  900

seq1  GAAAGAGAAAATGAATTTCTGCAAGTTGCACCCAAATCTTTACTTACACT  949
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAGAAAATGATTTTCTGCAAGTTGCACCCAAATCTTTACTTACACT  950

seq1  ATGATATCACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATATCACAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  1000

seq1  AGAGAGAGACATGTGCATGCACATGCACACATACAAACA  1038
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGACATGTGCATGCACATGCACACATACAAACA  1039


seq1: chr8_69309178_69310150
seq2: B6Ng01-259O03.g_67_1038 (reverse)

seq1  CACACATATATGTATACATACATATATACATACACATAAATACATATATT  50
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CACACATATATGTATACATACATATATACATACACATAAATACATATA-T  49

seq1  TATCCTATAGGTTCTGTTCCTTTAGAGAACCCTAACTAATACATACACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTATAGGTTCTGTTCCTTTAGAGAACCCTAACTAATACATACACAG  99

seq1  GAAGTCACCAGAGAAAGGAGAAAAGGAAAAACAAGGTGTAAAAACAATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCACCAGAGAAAGGAGAAAAGGAAAAACAAGGTGTAAAAACAATGA  149

seq1  CCCAAATCTCCTCAAATCTGTTAAAAATGAATCTATAAATTGAAGAGACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAATCTCCTCAAATCTGTTAAAAATGAATCTATAAATTGAAGAGACT  199

seq1  CATAAACCCCCAGGAAGTACAAACTTAGACAACTCTACTCTATACAGTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAACCCCCAGGAAGTACAAACTTAGACAACTCTACTCTATACAGTTG  249

seq1  ATTCATACCATCAAAAGACAGACTCTTGAGAGCAGTAAGGAAAGTGTGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATACCATCAAAAGACAGACTCTTGAGAGCAGTAAGGAAAGTGTGGC  299

seq1  TCTCAAATTCTCGACATCTCTAGTAAGATTAGAACTAAAACCACGTAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAATTCTCGACATCTCTAGTAAGATTAGAACTAAAACCACGTAGAA  349

seq1  AGAATTTTCCCTAATTTTAAGGCAATGAAATCAGGAATCTGTAATGGGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTTTCCCTAATTTTAAGGCAATGAAATCAGGAATCTGTAATGGGGG  399

seq1  GCACTGGTAAACATTTGTATTCACAAAGGTGTGTGAACACAACTAAAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGGTAAACATTTGTATTCACAAAGGTGTGTGAACACAACTAAAAAT  449

seq1  ACATGAGCACCAAACACTTCAAAAAAATTCTATGAACTGTAGAGTGATAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAGCACCAAACACTTCAAAAAAATTCTATGAACTGTAGAGTGATAA  499

seq1  CTCTGCTGAATTTATATATATATATATATATATATACCATATTATTATGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCTGAATTTATATATATATATATATATATATACCATATTATTATGT  549

seq1  AATCTTTTGTGCAAAGTCACTCCTGGTTTCAGAAAAATATCTTTGCCAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTTTGTGCAAAGTCACTCCTGGTTTCAGAAAAATATCTTTGCCAAG  599

seq1  AGCAGAGACATTTCAGCAGCAGTAGGAAAGACCAGGATCTGCCTCTCCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGACATTTCAGCAGCAGTAGGAAAGACCAGGATCTGCCTCTCCTC  649

seq1  AATTAGGCCACCTTCTTTCTTCCTTTGTACAATAATTTATCTAAATCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGGCCACCTTCTTTCTTCCTTTGTACAATAATTTATCTAAATCTTT  699

seq1  AAAAAAAAATACCTAGCAACGAGTCCCTTGATGTTTTTAATCTTGAAAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAATACCTAGCAACGAGTCCCTTGATGTTTTTAATCTTGAAAGG  749

seq1  CAGGCATGGACACTTTGTTTCAAACATCATGAAACTGCTCAGCTATCCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCATGGACACTTTGTTTCAAACATCATGAAACTGCTCAGCTATCCAG  799

seq1  TAATGATCCCCTTATTTTTTTAGCCACCTGGGAAGTGTGGGTGGTGTGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGATCCCCTTATTTTTTTAGCCACCTGGGAAGTGTGGGTGGTGTGGG  849

seq1  CTCTCCAATTCTCTCTTGGAAAGGAGTCGTGGGTGTCATGCCAATGTTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCAATTCTCTCTTGGAAAGGAGTCGTGGGTGTCATGCCAATGTTCC  899

seq1  TTTGGTATTCTCTCAATGCCAAACAGATTGTGTGTGTGCCTCTGTTAGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTATTCTCTCAATGCCAAACAGATTGTGTGTGTGCCTCTGTTAGTC  949

seq1  CTATCTCTGACACTGATGAATTC  973
      |||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTCTGACACTGATGAATTC  972


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |