BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-262H03
Chromosome8 (Build37)
Map Location 6,550,320 - 6,725,338
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC669429, LOC100040360
Downstream geneEG665127, EG546032
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-262H03.bB6Ng01-262H03.g
ACCGA066859GA066860
length1,1551,112
definitionB6Ng01-262H03.b B6Ng01-262H03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,724,189 - 6,725,338)(6,550,320 - 6,551,451)
sequence
ggctgtctcaacaagctttcctcagtcagtttctgctgaacaccacacac
tattgcttggtgatgctgcacaaatacacactttcattcacatacaattg
aactcctcaacatacactaaaaatgatctgctgtgagaacatcatcataa
gacgttaagtgttaagagaggtggattttaacactcttgaagctaaatgc
attggcagaagaggtgctccgatagttagcacattagcaatgtgcttcat
cacaaagtgtgtcttgacttgatgcataagttcaagttgcctcttcccag
ggatcctcgatcaaacttacttgcccacatctattttcggctttgtcaag
aattttctgatctccaaaccttccctgttgcgttcacctcgtctggcaag
gaaaaacgcaacacggttggattcttctcaatagctttattgcaggaacg
cctagattctacgggaaccccgggaacccagggaggactgcttatataca
ccccagcactggggagggctatgtgtcctcctgggattggtcagtctgtt
ggcactttaatttacatgcacccaatcgggaggggttcgcctgcgcagtg
gcgcgttgtttacggcaaaggtgtaccgcagacctgcgccatcttttagg
tgccagctgcctacacttcccaacccttcagatatcttgtcctgcctccg
gattccaccagattttattctcatttccagaaatctcacacatagatctt
agatgacacaaccagtgaactacatctctaagcgtaatgagatgtctgga
attacttcagcaaacacagagatggaaagtgggtataggagaaacacaag
ttaccatgagccagtatttattgaagctggctgaatactatctaacattt
gaacctccgttgtctttgtcatcatctacatgtgtatacagatgtgagtt
taaaggcaatattagaggttgatgcaaagttctgtcggagcgtttatgtg
actattcataaaaaccagagcatgacaactaatatccacctcatggaatt
ttattttaaatttttatgtcagctattaaccatcagaaatagttaaaata
cgtaaaaatatggttaagatctagtctcgcttagtttaagttccaggttt
aatag

gaattcaaggcaaattaacctcaaagccacttgttctcaattcagtaaga
gaaccaaaaagtgttataacctattactttcatctcctccttatttattg
tgagtgcatttcaactaaagaactttatattcattttaataaaataaata
tctcattgttcccttggaatgtttaaagttctttccacttactataaatt
tccactgtctaaaatttaagtcagctcttattgttatatataaagatatg
aacagtattaatttcaagaataattaatttctaattaatttctagaaatt
aatctaatcattcaaatatttgatatcaagtagagaaagagaaaaccatt
gacatacaagcaagcatgtctctctcctacattacatgaacgttgtaagc
atgtgtttttctttgatattagactttctttagcaaaagccaaattatta
taggaagatttcttcagttttatcttctactatatcatagtgaatgtgta
cagcagacatttgagtgatgtaagtttttgcaaaaacaggtaataaaagc
agagtatttctttctgccataggaaaattaaatggaagaaaagaacattg
tagtggtacttgcctataatcccaaagctcagtgctgaggcaggagaata
tccacaagttcaaagttattctaacatgcatagtaaaacatatctcaaac
tatagagaaatgaaaataaataaaattgtgttggatatgctaaggaagga
catgcccctgggatctgagtgccattgtttttcagacatgtgcttagtga
agagagattctcagtgaacagttctcctcacaaagctttctcttatgtgc
atgccaaatcaattttacagcagcttttcatctctcactctgccaaggga
gagcatgtagtttaaaactaaactctctgttcagcaaatgaaattaaaaa
aaaaaatcagccagagggttttatggtcttaggaaattagtgcctaaaat
ttgcagatgtcccatttgatttaaagaaatcattgcataaattatagcag
aggataactttatcagtacacatgcactcaagcattggattcatgtgcaa
tccatgtcattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_6724189_6725338
seq2: B6Ng01-262H03.b_53_1207 (reverse)

seq1  CTATTAAAC--TGAAATTTAACTAAGCGAGACTAGATCCTAACATTATTT  48
      |||||||||   ||| || ||||||||||||||||||| ||||  |||||
seq2  CTATTAAACCTGGAACTTAAACTAAGCGAGACTAGATCTTAACCATATTT  50

seq1  TACCTTATTTT-ACTATTTCTGATGGGTTATAGCTGACATAAAAA-TTAA  96
      |  | |||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||
seq2  TTACGTATTTTAACTATTTCTGATGGTTAATAGCTGACATAAAAATTTAA  100

seq1  AATAAAA-TCCATGAGGTGGATATTAGTTGTCATGCTCTGGTTTTTATGA  145
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAATTCCATGAGGTGGATATTAGTTGTCATGCTCTGGTTTTTATGA  150

seq1  ATAGTCACATAAACGCTCCGACAGAACTTTGCATCAACCTCTAATATTGC  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCACATAAACGCTCCGACAGAACTTTGCATCAACCTCTAATATTGC  200

seq1  CTTTAAACTCACATCTGTATACACATGTAGATGATGACAAAGACAACGGA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAAACTCACATCTGTATACACATGTAGATGATGACAAAGACAACGGA  250

seq1  GGTTCAAATGTTAGATAGTATTCAGCCAGCTTCAATAAATACTGGCTCAT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCAAATGTTAGATAGTATTCAGCCAGCTTCAATAAATACTGGCTCAT  300

seq1  GGTAACTTGTGTTTCTCCTATACCCACTTTCCATCTCTGTGTTTGCTGAA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAACTTGTGTTTCTCCTATACCCACTTTCCATCTCTGTGTTTGCTGAA  350

seq1  GTAATTCCAGACATCTCATTACGCTTAGAGATGTAGTTCACTGGTTGTGT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATTCCAGACATCTCATTACGCTTAGAGATGTAGTTCACTGGTTGTGT  400

seq1  CATCTAAGATCTATGTGTGAGATTTCTGGAAATGAGAATAAAATCTGGTG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTAAGATCTATGTGTGAGATTTCTGGAAATGAGAATAAAATCTGGTG  450

seq1  GAATCCGGAGGCAGGACAAGATATCTGAAGGGTTGGGAAGTGTAGGCAGC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCGGAGGCAGGACAAGATATCTGAAGGGTTGGGAAGTGTAGGCAGC  500

seq1  TGGCACCTAAAAGATGGCGCAGGTCTGCGGTACACCTTTGCCGTAAACAA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACCTAAAAGATGGCGCAGGTCTGCGGTACACCTTTGCCGTAAACAA  550

seq1  CGCGCCACTGCGCAGGCGAACCCCTCCCGATTGGGTGCATGTAAATTAAA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCGCCACTGCGCAGGCGAACCCCTCCCGATTGGGTGCATGTAAATTAAA  600

seq1  GTGCCAACAGACTGACCAATCCCAGGAGGACACATAGCCCTCCCCAGTGC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCAACAGACTGACCAATCCCAGGAGGACACATAGCCCTCCCCAGTGC  650

seq1  TGGGGTGTATATAAGCAGTCCTCCCTGGGTTCCCGGGGTTCCCGTAGAAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTGTATATAAGCAGTCCTCCCTGGGTTCCCGGGGTTCCCGTAGAAT  700

seq1  CTAGGCGTTCCTGCAATAAAGCTATTGAGAAGAATCCAACCGTGTTGCGT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCGTTCCTGCAATAAAGCTATTGAGAAGAATCCAACCGTGTTGCGT  750

seq1  TTTTCCTTGCCAGACGAGGTGAACGCAACAGGGAAGGTTTGGAGATCAGA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTTGCCAGACGAGGTGAACGCAACAGGGAAGGTTTGGAGATCAGA  800

seq1  AAATTCTTGACAAAGCCGAAAATAGATGTGGGCAAGTAAGTTTGATCGAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTTGACAAAGCCGAAAATAGATGTGGGCAAGTAAGTTTGATCGAG  850

seq1  GATCCCTGGGAAGAGGCAACTTGAACTTATGCATCAAGTCAAGACACACT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCTGGGAAGAGGCAACTTGAACTTATGCATCAAGTCAAGACACACT  900

seq1  TTGTGATGAAGCACATTGCTAATGTGCTAACTATCGGAGCACCTCTTCTG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGATGAAGCACATTGCTAATGTGCTAACTATCGGAGCACCTCTTCTG  950

seq1  CCAATGCATTTAGCTTCAAGAGTGTTAAAATCCACCTCTCTTAACACTTA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGCATTTAGCTTCAAGAGTGTTAAAATCCACCTCTCTTAACACTTA  1000

seq1  ACGTCTTATGATGATGTTCTCACAGCAGATCATTTTTAGTGTATGTTGAG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTCTTATGATGATGTTCTCACAGCAGATCATTTTTAGTGTATGTTGAG  1050

seq1  GAGTTCAATTGTATGTGAATGAAAGTGTGTATTTGTGCAGCATCACCAAG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCAATTGTATGTGAATGAAAGTGTGTATTTGTGCAGCATCACCAAG  1100

seq1  CAATAGTGTGTGGTGTTCAGCAGAAACTGACTGAGGAAAGCTTGTTGAGA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAGTGTGTGGTGTTCAGCAGAAACTGACTGAGGAAAGCTTGTTGAGA  1150

seq1  CAGCC  1150
      |||||
seq2  CAGCC  1155


seq1: chr8_6550320_6551451
seq2: B6Ng01-262H03.g_61_1172

seq1  GAATTCAAGGCAAATTAACCTCAAAGCCACTTGTTCTCAATTCAGTAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGCAAATTAACCTCAAAGCCACTTGTTCTCAATTCAGTAAGA  50

seq1  GAACCAAAAAGTGTTATAACCTATTACTTTCATCTCCTCCTTATTTATTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCAAAAAGTGTTATAACCTATTACTTTCATCTCCTCCTTATTTATTG  100

seq1  TGAGTGCATTTCAACTAAAGAACTTTATATTCATTTTAATAAAATAAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGCATTTCAACTAAAGAACTTTATATTCATTTTAATAAAATAAATA  150

seq1  TCTCATTGTTCCCTTGGAATGTTTAAAGTTCTTTCCACTTACTATAAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATTGTTCCCTTGGAATGTTTAAAGTTCTTTCCACTTACTATAAATT  200

seq1  TCCACTGTCTAAAATTTAAGTCAGCTCTTATTGTTATATATAAAGATATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTGTCTAAAATTTAAGTCAGCTCTTATTGTTATATATAAAGATATG  250

seq1  AACAGTATTAATTTCAAGAATAATTAATTTCTAATTAATTTCTAGAAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTATTAATTTCAAGAATAATTAATTTCTAATTAATTTCTAGAAATT  300

seq1  AATCTAATCATTCAAATATTTGATATCAAGTAGAGAAAGAGAAAACCATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTAATCATTCAAATATTTGATATCAAGTAGAGAAAGAGAAAACCATT  350

seq1  GACATACAAGCAAGCATGTCTCTCTCCTACATTACATGAACGTTGTAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATACAAGCAAGCATGTCTCTCTCCTACATTACATGAACGTTGTAAGC  400

seq1  ATGTGTTTTTCTTTGATATTAGACTTTCTTTAGCAAAAGCCAAATTATTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTTTTCTTTGATATTAGACTTTCTTTAGCAAAAGCCAAATTATTA  450

seq1  TAGGAAGATTTCTTCAGTTTTATCTTCTACTATATCATAGTGAATGTGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAGATTTCTTCAGTTTTATCTTCTACTATATCATAGTGAATGTGTA  500

seq1  CAGCAGACATTTGAGTGATGTAAGTTTTTGCAAAAACAGGTAATAAAAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGACATTTGAGTGATGTAAGTTTTTGCAAAAACAGGTAATAAAAGC  550

seq1  AGAGTATTTCTTTCTGCCATAGGAAAATTAAATGGAAGAAAAGAACATTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTATTTCTTTCTGCCATAGGAAAATTAAATGGAAGAAAAGAACATTG  600

seq1  TAGTGGTACTTGCCTATAATCCCAAAGCTCAGTGCTGAGGCAGGAGAATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGGTACTTGCCTATAATCCCAAAGCTCAGTGCTGAGGCAGGAGAATA  650

seq1  TCCACAAGTTCAAAGTTATTCTAACATGCATAGTAAAACATATCTCAAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAAGTTCAAAGTTATTCTAACATGCATAGTAAAACATATCTCAAAC  700

seq1  TATAGAGAAATGAAAATAAATAAAATTGTGTTGGATATGCTAAGGAAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAGAAATGAAAATAAATAAAATTGTGTTGGATATGCTAAGGAAGGA  750

seq1  CATGCCCCTGGGATCTGAGTGCCATTGTTTTTCAGACATGTGCTTAGTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCCCTGGGATCTGAGTGCCATTGTTTTTCAGACATGTGCTTAGTGA  800

seq1  AGAGAGATTCTCAGTGAACAGTTCTCCTCACAAAGCTTTCTCTTATGTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGATTCTCAGTGAACAGTTCTCCTCACAAAGCTTTCTCTTATGTGC  850

seq1  ATGCCAAATCAATTTTACAGCAGGCTTTTCATCTCTCACTCTGCCAAGGG  900
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAAATCAATTTTACAGCA-GCTTTTCATCTCTCACTCTGCCAAGGG  899

seq1  AGAGCATGTAGTTTAAAACTAAACTCTCTGTTCAGCAAATGAAAATTAAA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |
seq2  AGAGCATGTAGTTTAAAACTAAACTCTCTGTTCAGCAAATGAAATT---A  946

seq1  AAAAAAAAAATCAGCCAGAGGGGTTTTATGGTCTTAGGAAATTAGTGCCT  1000
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAATCAGCCAGA-GGGTTTTATGGTCTTAGGAAATTAGTGCCT  995

seq1  AAAAATTTGCAGATGTCCCATTTGATTTAAAGAAATCATTTGCAATAAAT  1050
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||
seq2  -AAAATTTGCAGATGTCCCATTTGATTTAAAGAAATCA-TTGC-ATAAAT  1042

seq1  ATAAGCAGAGGGATAAACTTTATCCAGTACACATGCCAACTCAGAGCAAT  1100
         |||||| |||| |||||||| ||||||||||||  ||||| ||||  
seq2  TATAGCAGA-GGAT-AACTTTAT-CAGTACACATGC--ACTCA-AGCA--  1084

seq1  TTGGAATTTCAATGTGCAATCAAATGTCATTT  1132
      |||||  ||| ||||||||||  |||||||||
seq2  TTGGA--TTC-ATGTGCAATC-CATGTCATTT  1112


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |