BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-264J24
Chromosome8 (Build37)
Map Location 88,843,058 - 89,002,106
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneD830007F02Rik, 4921524J17Rik, Gpt2, Dnaja2, Neto2, Itfg1, LOC100040798, Phkb, LOC671665, LOC100040165
Downstream geneAbcc12, Lonp2, Siah1a, ENSMUSG00000074178, BC004022, LOC666960, EG625298, EG330819, Cbln1, LOC100040294
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-264J24.bB6Ng01-264J24.g
ACCGA068478GA068479
length8971,070
definitionB6Ng01-264J24.b B6Ng01-264J24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,001,209 - 89,002,106)(88,843,058 - 88,844,115)
sequence
gaattctgaaatgcttgccgataagccatgctttcactttgctggtttcc
tgtctaagtttttaactgactcactaagtagcctatatgctagctgaggc
cacgcccctacacctgtcgactgtaagcattcactgagtgcttcaggaat
taattaaggcaggggttgtgggcactcgtttgctataaagactagagtga
accattgacagaattatctcgaaggacttatggaaggacagaaggattct
agaaggacatatttctcagaaagggacagcgacagcccgaggcctgagaa
gagggttttcgatctggatacaaggcaacattgctgagttcccaaaatcc
ggaatgtggtgcgctgaaaggcaaggcggtagaaacagctgaagtgtgct
tcaccgtgtgtctggggagaggcaaatgtcttccgaagctcgggttgatc
tttttttctttgtatgaagctacagctctatattttccattgttaattct
gtaccagcacagagctcagtgctggtaggattttgggcttgtcgtttcta
tgacgtcaccggatttcctatttcgtaaatattcatccgtcctcacctgc
ctaaaggcaatctagaaatgctcagaggttgtcttgctgctgattggttg
taataaagatctgacagccaatagctgtggcaagaattagggagactttt
ctgatggaggcactgtggcaaggccactgtgaaaggagggagcctcatac
tgccaaataagaccagggggtcaagttcattacacaaaccccaaatccaa
aattagtcatgaaatatcttgctttatctttctctttccccctctttggt
aaacagctcttacctcaccaagttgcttatggcttgtgatctttatt
gaattcttggtagcctgccctgaaaacagcccatgctgggtcccccacca
aactgatacagattccagcatctgaacacctctcttgttccagcttcctt
cttttttccttagtgtgattcctacatgaccttggagccagactctgaca
cttagtatctatttgaccttggataagatacttatctctggcttttatct
ttatctataaactgaacggtacctaatttataaggctgtggtgaagacca
agtgagtaaacacatgtaatgtactaataggatgccaagagagtcctaac
tgagtactaagcattcagtatgtccgcttctcctcttcatctttcctgaa
gtaagatggtttcaccatatgcttccaagggatgatctaaaaccagcccc
tttgtgggcagtgcttctaaaatctgtgctggctctattagcttgctggc
tcatgaaaagtgcatcccagtagttatcatggaggagaggcagcctacta
ctcatgtatggagaagatgctcccagtacttacatcatggagaaggtata
ggctagtgccatggtggtgaaagagttggctaagttgatgaacacagtag
gtagtggtcatgttggctatgtcttactagatcacttgctttcaactcag
atctttaaggaggcttaaatacatgaagaaaagcaacaacaaaacagtaa
gttcattccttcattcattgatatacatcggtgagcttctcagcattgga
gagaaagaactgggcaaaagagagcaaattgtccttgacaaaagtgatgt
taaatggctagagtgacctaggatagctctccattggggtgatatcaggt
agatgtctgatggatgtggcggactgaagaaagacgagggcacatggttc
tactaagcaaaggcactagggcacgccaccttgcttgagacagccaacat
tcttttatttttttttttttacccattgtcctccgcagtgcctcttcttc
agcctttggacagaatatccacaaatcacagatacacagggtcagttggg
cctagcaattccaggcttaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_89001209_89002106
seq2: B6Ng01-264J24.b_44_940 (reverse)

seq1  AATAAAGATCAC-AGCCATAAGCAACTTGGTGAGGTAAAGAGCTG-TTAA  48
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| 
seq2  AATAAAGATCACAAGCCATAAGCAACTTGGTGAGGT-AAGAGCTGTTTAC  49

seq1  CAAAGAGGGGGAAAGAGAAAGACAAAGCAAAGATTATTTCATGACTAATT  98
      |||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||
seq2  CAAAGAGGGGGAAAGAGAAAGATAAAGC-AAGA-TATTTCATGACTAATT  97

seq1  TTGTGATTTAGGGTTTGGGTAATGAACTTGGCCCCCTGGCCTTATTTGGC  148
      ||| ||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||
seq2  TTG-GATTTGGGGTTTGTGTAATGAACTTGACCCCCTGGTCTTATTTGGC  146

seq1  AGTCTGTGGCTCCCTCCTTTCACAGTGGCCCTGCCACAGTGCCTCCATCA  198
      ||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGTATGAGGCTCCCTCCTTTCACAGTGGCCTTGCCACAGTGCCTCCATCA  196

seq1  G-AAAGTCTCCCTAATTCTTGCCACAGCTATTGGCTGTCAGATCTTTATT  247
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGTCTCCCTAATTCTTGCCACAGCTATTGGCTGTCAGATCTTTATT  246

seq1  ACAACCAATCAGCAGCAAGACAACCTCTGAGCATTTCTAGATTGCCTTTA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACCAATCAGCAGCAAGACAACCTCTGAGCATTTCTAGATTGCCTTTA  296

seq1  GGCAGGTGAGGACGGATGAATATTTACGAAATAGGAAATCCGGTGACGTC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGTGAGGACGGATGAATATTTACGAAATAGGAAATCCGGTGACGTC  346

seq1  ATAGAAACGACAAGCCCAAAATCCTACCAGCACTGAGCTCTGTGCTGGTA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAACGACAAGCCCAAAATCCTACCAGCACTGAGCTCTGTGCTGGTA  396

seq1  CAGAATTAACAATGGAAAATATAGAGCTGTAGCTTCATACAAAGAAAAAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATTAACAATGGAAAATATAGAGCTGTAGCTTCATACAAAGAAAAAA  446

seq1  AGATCAACCCGAGCTTCGGAAGACATTTGCCTCTCCCCAGACACACGGTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAACCCGAGCTTCGGAAGACATTTGCCTCTCCCCAGACACACGGTG  496

seq1  AAGCACACTTCAGCTGTTTCTACCGCCTTGCCTTTCAGCGCACCACATTC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACACTTCAGCTGTTTCTACCGCCTTGCCTTTCAGCGCACCACATTC  546

seq1  CGGATTTTGGGAACTCAGCAATGTTGCCTTGTATCCAGATCGAAAACCCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGATTTTGGGAACTCAGCAATGTTGCCTTGTATCCAGATCGAAAACCCT  596

seq1  CTTCTCAGGCCTCGGGCTGTCGCTGTCCCTTTCTGAGAAATATGTCCTTC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTCAGGCCTCGGGCTGTCGCTGTCCCTTTCTGAGAAATATGTCCTTC  646

seq1  TAGAATCCTTCTGTCCTTCCATAAGTCCTTCGAGATAATTCTGTCAATGG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATCCTTCTGTCCTTCCATAAGTCCTTCGAGATAATTCTGTCAATGG  696

seq1  TTCACTCTAGTCTTTATAGCAAACGAGTGCCCACAACCCCTGCCTTAATT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTCTAGTCTTTATAGCAAACGAGTGCCCACAACCCCTGCCTTAATT  746

seq1  AATTCCTGAAGCACTCAGTGAATGCTTACAGTCGACAGGTGTAGGGGCGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCTGAAGCACTCAGTGAATGCTTACAGTCGACAGGTGTAGGGGCGT  796

seq1  GGCCTCAGCTAGCATATAGGCTACTTAGTGAGTCAGTTAAAAACTTAGAC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCAGCTAGCATATAGGCTACTTAGTGAGTCAGTTAAAAACTTAGAC  846

seq1  AGGAAACCAGCAAAGTGAAAGCATGGCTTATCGGCAAGCATTTCAGAATT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAACCAGCAAAGTGAAAGCATGGCTTATCGGCAAGCATTTCAGAATT  896

seq1  C  898
      |
seq2  C  897

seq1: chr8_88843058_88844115
seq2: B6Ng01-264J24.g_66_1135

seq1  GAATTCTTGGTAGCCTGCCCTGAAGACAGCCCATGCTGGGTCCCCCACCA  50
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGGTAGCCTGCCCTGAAAACAGCCCATGCTGGGTCCCCCACCA  50

seq1  AACTGATACAGATTCCAGCATCTGAACACCTCTCTTGTTCCAGCTTCCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGATACAGATTCCAGCATCTGAACACCTCTCTTGTTCCAGCTTCCTT  100

seq1  CTTTTTTCCTTAGTGTGATTCCTACATGACCTTGGAGCCAGACTCTGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTTCCTTAGTGTGATTCCTACATGACCTTGGAGCCAGACTCTGACA  150

seq1  CTTAGTATCTATTTGACCTTGGATAAGATACTTATCTCTGGCTTTTATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTATCTATTTGACCTTGGATAAGATACTTATCTCTGGCTTTTATCT  200

seq1  TTATCTATAAACTGAACGGTACCTAATTTATAAGGCTGTGGTGAAGACCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTATAAACTGAACGGTACCTAATTTATAAGGCTGTGGTGAAGACCA  250

seq1  AGTGAGTAAACACATGTAATGTACTAATAGGATGCCAAGAGAGTCCTAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGTAAACACATGTAATGTACTAATAGGATGCCAAGAGAGTCCTAAC  300

seq1  TGAGTACTAAGCATTCAGTATGTCCGCTTCTCCTCTTCATCTTTCCTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTACTAAGCATTCAGTATGTCCGCTTCTCCTCTTCATCTTTCCTGAA  350

seq1  GTAAGATGGTTTCACCATATGCTTCCAAGGGATGATCTAAAACCAGCCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGATGGTTTCACCATATGCTTCCAAGGGATGATCTAAAACCAGCCCC  400

seq1  TTTGTGGGCAGTGCTTCTAAAATCTGTGCTGGCTCTATTAGCTTGCTGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGGGCAGTGCTTCTAAAATCTGTGCTGGCTCTATTAGCTTGCTGGC  450

seq1  TCATGAAAAGTGCATCCCAGTAGTTATCATGGAGGAGAGGCAGCCTACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGAAAAGTGCATCCCAGTAGTTATCATGGAGGAGAGGCAGCCTACTA  500

seq1  CTCATGTATGGAGAAGATGCTCCCAGTACTTACATCATGGAGAAGGTATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGTATGGAGAAGATGCTCCCAGTACTTACATCATGGAGAAGGTATA  550

seq1  GGCTAGTGCCATGGTGGTGAAAGAGTTGGCTAAGTTGATGAACACAGTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGTGCCATGGTGGTGAAAGAGTTGGCTAAGTTGATGAACACAGTAG  600

seq1  GTAGTGGTCATGTTGGCTATGTCTTACTAGATCACTTGCTTTCAACTCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGGTCATGTTGGCTATGTCTTACTAGATCACTTGCTTTCAACTCAG  650

seq1  ATCTTTAAGGAGGCTTAAATACATGAAGAAAAGCAACAACAAAACAGTAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTAAGGAGGCTTAAATACATGAAGAAAAGCAACAACAAAACAGTAA  700

seq1  GTTCATTCCTTCATTCATTGATATACATCGGTGAGCTTCTCAGCATTGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATTCCTTCATTCATTGATATACATCGGTGAGCTTCTCAGCATTGGA  750

seq1  GAGAAAGAACTGGGCAAAAGAGAGCAAATTGTCCTTGACAAAAGTGATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAGAACTGGGCAAAAGAGAGCAAATTGTCCTTGACAAAAGTGATGT  800

seq1  TAAATGGCTAGAGTGACCTAGGATAGCTCTCCATTGGGGTGATATCAGGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGGCTAGAGTGACCTAGGATAGCTCTCCATTGGGGTGATATCAGGT  850

seq1  AGATGTCTGATGGATGTGGCGGACTGAAGAAAGACGAGGGCACATGG-TC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AGATGTCTGATGGATGTGGCGGACTGAAGAAAGACGAGGGCACATGGTTC  900

seq1  TACTAAGCAAAGGCACTAGGGCACGCCACC-TGCTTGAGACAG-CAACAT  947
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  TACTAAGCAAAGGCACTAGGGCACGCCACCTTGCTTGAGACAGCCAACAT  950

seq1  TCTTTTATTTTTTTTTTT---ACCAATGT-CTCCGCAGTG-CTC-TCTCC  991
      ||||||||||||||||||    ||| ||| |||||||||| ||| ||| |
seq2  TCTTTTATTTTTTTTTTTTTACCCATTGTCCTCCGCAGTGCCTCTTCTTC  1000

seq1  AGCCTTTGGACAG-ATATCCACAAA-CACAGA-ACACAGGG-CAGGTGGG  1037
      ||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| ||| ||||
seq2  AGCCTTTGGACAGAATATCCACAAATCACAGATACACAGGGTCAGTTGGG  1050

seq1  CCTTAGCAAATCCAGGCTTAA  1058
      || |||||| |||||||||||
seq2  CC-TAGCAATTCCAGGCTTAA  1070