BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-265A06
Chromosome8 (Build37)
Map Location 109,975,959 - 110,098,741
singlet/doubletdoublet
Overlap geneWwp2
Upstream gene6030452D12Rik, Cdh3, LOC100042734, Cdh1, Tmco7, Has3, 5830457O10Rik, Cirh1a, EG234703, Sntb2, Vps4a, Cog8, Nip7, Tmed6, Terf2, EG667847, Cyb5b, LOC100042791, Nfat5, Nqo1, Nob1, LOC100042812
Downstream genePsmd7, LOC100041744, LOC668038
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-265A06.bB6Ng01-265A06.g
ACCGA068774GA068775
length838950
definitionB6Ng01-265A06.b B6Ng01-265A06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(109,975,959 - 109,976,794)(110,097,786 - 110,098,741)
sequence
gaattctgttttagatgaacttctgcgtttaaccgcatgagtggcagaca
cctgtcaagtgctatcagacaactttgcatggcttgtttagccatttggc
atcactggagagatgttcaatcagatctttaggttcaatgacccataaaa
aactggcttagttgtctgtctgtctgtctgtctgtttatttatttattta
tttatttatttatttatttatatttttggagacaagatgtctatatgtag
tcctggctgttctggaacttactatgtagactgtgcaggccttgaactca
ctctacagctgagaatgaccttgcccgtctacggcctccacctttcaagc
cctgggattataaacttgtgctgtcatacagattgcaggcatggatcacc
atacctgtcctgggattgaggtctccttttacattttttttttttttgtt
ttgttttttgttttttgagacagggtttctctgtatagctctggctgtcc
tggaactcactttgtagaccaggatggcctcaaactcagaaatccacctg
cctctgcctccctagtgctgggattaaaggcatgagccaccacgcccggc
tccttttaaattttaaaatttatttatttttaatatttatttatttaatt
ttatgtgtgtgagtattttgtctgcatctatgtctgcattccatatgcat
gcctgatgcccttggagctgagaagaaggcatcaggctccttagaactgg
agttacagatggttgagaagtgctgtgtgggtgctgggagttgaacccag
gtcctcctccaaggatcacaagcgtttcttaagcactg
gaattccagccaaaggaattaaaggtgtacactaagggctgagccacacc
acaccagaaacagatattttcagtaaataacacaatcttgggattcacta
tgtgatcaaatatgtgacaacaattgtgggtggtacattcctaggctggt
tgtcctgggctctagaagaaagcagactgagcaagccatgaggagcaagc
cagtaagcagcattctttgatggcctctgcatcagctcctgcctctagat
tcctgccctgtttgagttcctgtcctgacttccttcggtgatagactatg
gtgtggaggtgtaagccaaattaaccctttcctccccaagtagtttagtc
atggtttttcatcacagcagtaggaaccctaagataggggctgtgcaaag
tttctgtggtgctgatggtcaaacccaggttcttgtgcgtgctaagcatg
tgcccactgactgagccccatctctagccccctccgttccatgctagatc
caccactcagtgaaggcacacacatcacaattagcgatggcacctttttt
aaactttttcttcttcttttttttttttttttacatgtttaattatgtga
gtctgtgggtatgtgcacatgagttcggtgcccaccgttcctctggagct
ggagttgtgagcaggcagtttcgagctgtttgaggtgggtgccaccttga
gaaactgcactcgggtcctctggaagaacagcgtgtactctaagttgctg
agccatctctctcagctccttaacattttttttcatacattaatgtaatg
tgtgttcacacatgcacacccacgatacattgcaaagatcacgggacact
tgtgggagtcagtcatctctttgagcatatgggtcctggagatcgactca
agcagtcagctgtgcagcagcactttaatagtctgaacatcttgtgggcc

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_109975959_109976794
seq2: B6Ng01-265A06.b_45_882

seq1  GAATTCTGTTTTAGATGAACTTCTGCGTTTAACCGCATGAGTGGCAGACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTTTTAGATGAACTTCTGCGTTTAACCGCATGAGTGGCAGACA  50

seq1  CCTGTCAAGTGCTATCAGACAACTTTGCATGGCTTGTTTAGCCATTTGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCAAGTGCTATCAGACAACTTTGCATGGCTTGTTTAGCCATTTGGC  100

seq1  ATCACTGGAGAGATGTTCAATCAGATCTTTAGGTTCAATGACCCATAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTGGAGAGATGTTCAATCAGATCTTTAGGTTCAATGACCCATAAAA  150

seq1  AACTGGCTTAGTTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTTTATTTATTTATTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGCTTAGTTGTCTGTCTGTCTGTCTGTCTGTTTATTTATTTATTTA  200

seq1  TTTATTTATTTATTTATTTATATTTTTGGAGACAAGATGTCTATATGTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTATTTATTTATTTATATTTTTGGAGACAAGATGTCTATATGTAG  250

seq1  TCCTGGCTGTTCTGGAACTTACTATGTAGACTGTGCAGGCCTTGAACTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGCTGTTCTGGAACTTACTATGTAGACTGTGCAGGCCTTGAACTCA  300

seq1  CTCTACAGCTGAGAATGACCTTGCCCGTCTACGGCCTCCACCTTTCAAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACAGCTGAGAATGACCTTGCCCGTCTACGGCCTCCACCTTTCAAGC  350

seq1  CCTGGGATTATAAACTTGTGCTGTCATACAGATTGCAGGCATGGATCACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGATTATAAACTTGTGCTGTCATACAGATTGCAGGCATGGATCACC  400

seq1  ATACCTGTCCTGGGATTGAGGTCTCCTTTTACATTTTTTTTTTTTTTGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTGTCCTGGGATTGAGGTCTCCTTTTACATTTTTTTTTTTTTTGTT  450

seq1  TTGTTTTTTGTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCTCTGGCTGTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTTTGTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCTCTGGCTGTCC  500

seq1  TGGAACTCACTTTGTAGACCAGGATGGCCTCAAACTCAGAAATCCACCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACTCACTTTGTAGACCAGGATGGCCTCAAACTCAGAAATCCACCTG  550

seq1  CCTCTGCCTCCCTAGTGCTGGGATTAAAGGCATGAGCCACCACGCCCGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCCTCCCTAGTGCTGGGATTAAAGGCATGAGCCACCACGCCCGGC  600

seq1  TCCTTTTAAATTTTAAAATTTATTTATTTTTAATATTTATTTATTTAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTTAAATTTTAAAATTTATTTATTTTTAATATTTATTTATTTAATT  650

seq1  TTATGTGTGTGAGTATTTTGTCTGCATCTATGTCTGCATTCCATATGCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTGTGTGAGTATTTTGTCTGCATCTATGTCTGCATTCCATATGCAT  700

seq1  GCCTGATGCCCTTGGAGCTGAGAAGAAGGCATCAGGCTCCTTAGAACTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGATGCCCTTGGAGCTGAGAAGAAGGCATCAGGCTCCTTAGAACTGG  750

seq1  AGTTACAGATGGTTGAGAAGTGCTGTGTGGGTGCTGGGAGTTGAACCCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACAGATGGTTGAGAAGTGCTGTGTGGGTGCTGGGAGTTGAACCCAG  800

seq1  GTCCT-CTGCAAGGATCACAAGCG-TTCTTAAGCACTG  836
      ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTCCTCCTCCAAGGATCACAAGCGTTTCTTAAGCACTG  838

seq1: chr8_110097786_110098741
seq2: B6Ng01-265A06.g_65_1014 (reverse)

seq1  GGCCCACAAGATGGTCCAGACTATAAAGGTGCTTGCTGCCACAGCTGACT  50
      |||||||||||| || |||||||| || |||| ||||| |||||||||||
seq2  GGCCCACAAGAT-GTTCAGACTATTAAAGTGC-TGCTG-CACAGCTGACT  47

seq1  GCCTGAGTTCGATCCTCAGGACCCATATGCTCAAAGAAGATGACTGACTC  100
      || |||| ||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GCTTGAG-TCGATCTCCAGGACCCATATGCTCAAAG-AGATGACTGACTC  95

seq1  CCACAAGTTGTCCGTGATCTTTGCAAATGTATCGTGGGTGTGCATGTGTG  150
      ||||||||   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAGTGTCCCGTGATCTTTGC-AATGTATCGTGGGTGTGCATGTGTG  144

seq1  AACACACATTACATTAATGTATGAAAAAAAATGTTAAGGAGCTGAGAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACACATTACATTAATGTATGAAAAAAAATGTTAAGGAGCTGAGAGAG  194

seq1  ATGGCTCAGCAACTTAGAGTACACGCTGTTCTTCCAGAGGACCCGAGTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTCAGCAACTTAGAGTACACGCTGTTCTTCCAGAGGACCCGAGTGC  244

seq1  AGTTTCTCAAGGTGGCACCCACCTCAAACAGCTCGAAACTGCCTGCTCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCTCAAGGTGGCACCCACCTCAAACAGCTCGAAACTGCCTGCTCAC  294

seq1  AACTCCAGCTCCAGAGGAACGGTGGGCACCGAACTCATGTGCACATACCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCCAGCTCCAGAGGAACGGTGGGCACCGAACTCATGTGCACATACCC  344

seq1  ACAGACTCACATAATTAAACATGTAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAAGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACTCACATAATTAAACATGTAAAAAAAAAAAAAAAAGAAGAAGAAA  394

seq1  AAGTTTAAAAAAGGTGCCATCGCTAATTGTGATGTGTGTGCCTTCACTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTAAAAAAGGTGCCATCGCTAATTGTGATGTGTGTGCCTTCACTGA  444

seq1  GTGGTGGATCTAGCATGGAACGGAGGGGGCTAGAGATGGGGCTCAGTCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGGATCTAGCATGGAACGGAGGGGGCTAGAGATGGGGCTCAGTCAG  494

seq1  TGGGCACATGCTTAGCACGCACAAGAACCTGGGTTTGACCATCAGCACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCACATGCTTAGCACGCACAAGAACCTGGGTTTGACCATCAGCACCA  544

seq1  CAGAAACTTTGCACAGCCCCTATCTTAGGGTTCCTACTGCTGTGATGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAACTTTGCACAGCCCCTATCTTAGGGTTCCTACTGCTGTGATGAAA  594

seq1  AACCATGACTAAACTACTTGGGGAGGAAAGGGTTAATTTGGCTTACACCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATGACTAAACTACTTGGGGAGGAAAGGGTTAATTTGGCTTACACCT  644

seq1  CCACACCATAGTCTATCACCGAAGGAAGTCAGGACAGGAACTCAAACAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACCATAGTCTATCACCGAAGGAAGTCAGGACAGGAACTCAAACAGG  694

seq1  GCAGGAATCTAGAGGCAGGAGCTGATGCAGAGGCCATCAAAGAATGCTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGAATCTAGAGGCAGGAGCTGATGCAGAGGCCATCAAAGAATGCTGC  744

seq1  TTACTGGCTTGCTCCTCATGGCTTGCTCAGTCTGCTTTCTTCTAGAGCCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGGCTTGCTCCTCATGGCTTGCTCAGTCTGCTTTCTTCTAGAGCCC  794

seq1  AGGACAACCAGCCTAGGAATGTACCACCCACAATTGTTGTCACATATTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAACCAGCCTAGGAATGTACCACCCACAATTGTTGTCACATATTTG  844

seq1  ATCACATAGTGAATCCCAAGATTGTGTTATTTACTGAAAATATCTGTTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACATAGTGAATCCCAAGATTGTGTTATTTACTGAAAATATCTGTTTC  894

seq1  TGGTGTGGTGTGGCTCAGCCCTTAGTGTACACCTTTAATTCCTTTGGCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTGGTGTGGCTCAGCCCTTAGTGTACACCTTTAATTCCTTTGGCTG  944

seq1  GAATTC  956
      ||||||
seq2  GAATTC  950