BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-265B23
Chromosome8 (Build37)
Map Location 50,451,532 - 50,553,199
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4930555F03Rik
Upstream geneOdz3, 2900073C17Rik, LOC100039866
Downstream geneLOC100039919, EG667495, LOC100039954
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-265B23.bB6Ng01-265B23.g
ACCGA068856GA068857
length1,1581,108
definitionB6Ng01-265B23.b B6Ng01-265B23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,451,532 - 50,452,712)(50,552,081 - 50,553,199)
sequence
gaattcaaacaattactttttttttgaagttgaaaacattttttattatt
cactattacagtgtctaaaacgctgtcaatacaataatgtttacacaatt
tatgttcatgtcacacagaagaatatcctgctccacaaaaaatatcagca
tacaagttttgactttgactggtgaggaagaatcattttgtggcataaat
atttgtctgacaaatttaaattgctacaggaacttataccttcaaatctg
ttcccttttatttaggagacattttgatatcaaacaattacttatatttc
tgtatgtactatttatatacaacaccatctctcatcaataggtaaatata
cactaagatgtgtgcacaaccaaaacctaaccttgcacagattgtaacta
atttctggaacatttcttaaccaaaagaagggattttgtaaaagccccgg
ataggaacagacttggaaaagataaatgcagggacatccctaacagtgat
aagttggattgggcacagcaagaaacagagatatgatgtggagtttatag
ttcaagcaatgggaacacatttgatgtcaccatttagttttgcggcatct
gtttgcctattacaataatttgagaaagatattgctaaaaagacagtgat
ctcttaagacatctagtagaatgacatggactgggccagcacattagaag
taggatatagcatgtaaactaagggtagaatgaatagaatagaacccagg
gtttgctggtgagatcttattttccaagacaagaggctgaggaagcaaga
gaaaggtatccaggtagaaaggggccaaagtagaacgtgggatcggtagg
ataatgtggactgtccaaattaaatctaaacttacaaagaatcctggatt
tacagagtggactctgcccagaggaaacatacagctacaatttaactgaa
gcttgagtcccacaggcccatactatcaaaagacttttactgctatgtgt
tttggacattagggtaccatttatagttatatatgttccaaaaatatatt
ttagatgagagtttgatctatctagtacgtctgtagcttgccttacagtc
ttcgcttatgctagaaaatagtggaattccatgcctatgcctggctgctg
cacatggg

gaattcaattatgaaaccagggcaatttaaggtgttgatcagatagtcca
acagaaacaggatgtgaatgtgtgataaggaactcagttatagctgaagc
caagctgaagccactgacttggaggacaaagatgccattacccatagtgg
gtcagcaacaggacatgctgaaacacaaacaggaaagagaagaaaccagg
cacagtagagaacccgctttcttgattagtccatgatacagtcactcctt
acaactctggttcctgcatctacaaactcaacaatctaaagatgaaacat
attaatagatgtcctgacagggccaggtgaactacctcccatgtgagccc
caggagaagtcatgggggaagggagggcagggcagtgactaggaaaagat
ggtgttgctgatctttacaaagtagtcagagagggtttttaatagtgttg
ccttttattaatagggaagacatgtggtggttggcatcaaaagtctttga
actgccagttggcctgagtcattcattagcctcaacttcatccaaatcat
ctgctctgaacttgtctcttcattaagatgtgaatatacttcggaagccc
taacatgaattttaaaatgaggattattcatatagtaaagaatagcgtga
catgtataaaatttctttccattaccccgaatcttactgttgctctgcaa
aaatctaatgaccaaagtatcctaagaaagagctttgaaaggattgagag
agaggagaccatagctcagaccaaaatttgttttcttacttgtggaggag
aacctgaatttacccacctagcagagaagctgggcatggagaccctgagg
tccaggggacttaactagggagctagtcttactacatccccgagatccgg
gttcaatgaaagaacttcccttcaatacttagtggaaatctacagaagac
acaggggtctcacatgtgtgagcacatgtcagcactcccccacacaggca
catatcatgcacacgcatatggagactgagaagatacaagcatcgtcact
gtcgtcagaagacatggagtacgaaatgttagcgtggctccctcagggag
gtgttcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_50451532_50452712
seq2: B6Ng01-265B23.b_46_1203

seq1  GAATTCAAACAATTACTTTTTTTTTGAAGTTGAAAACATTTTTTATTATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACAATTACTTTTTTTTTGAAGTTGAAAACATTTTTTATTATT  50

seq1  CACTATTACAGTGTCTAAAACGCTGTCAATACAATAATGTTTACACAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATTACAGTGTCTAAAACGCTGTCAATACAATAATGTTTACACAATT  100

seq1  TATGTTCATGTCACACAGAAGAATATCCTGCTCCACAAAAAATATCAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTCATGTCACACAGAAGAATATCCTGCTCCACAAAAAATATCAGCA  150

seq1  TACAAGTTTTGACTTTGACTGGTGAGGAAGAATCATTTTGTGGCATAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGTTTTGACTTTGACTGGTGAGGAAGAATCATTTTGTGGCATAAAT  200

seq1  ATTTGTCTGACAAATTTAAATTGCTACAGGAACTTATACCTTCAAATCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTCTGACAAATTTAAATTGCTACAGGAACTTATACCTTCAAATCTG  250

seq1  TTCCCTTTTATTTAGGAGACATTTTGATATCAAACAATTACTTATATTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTTTTATTTAGGAGACATTTTGATATCAAACAATTACTTATATTTC  300

seq1  TGTATGTACTATTTATATACAACACCATCTCTCATCAATAGGTAAATATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTACTATTTATATACAACACCATCTCTCATCAATAGGTAAATATA  350

seq1  CACTAAGATGTGTGCACAACCAAAACCTAACCTTGCACAGATTGTAACTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAAGATGTGTGCACAACCAAAACCTAACCTTGCACAGATTGTAACTA  400

seq1  ATTTCTGGAACATTTCTTAACCAAAAGAAGGGATTTTGTAAAAGCCCCGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGGAACATTTCTTAACCAAAAGAAGGGATTTTGTAAAAGCCCCGG  450

seq1  ATAGGAACAGACTTGGAAAAGATAAATGCAGGGACATCCCTAACAGTGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGAACAGACTTGGAAAAGATAAATGCAGGGACATCCCTAACAGTGAT  500

seq1  AAGTTGGATTGGGCACAGCAAGAAACAGAGATATGATGTGGAGTTTATAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGGATTGGGCACAGCAAGAAACAGAGATATGATGTGGAGTTTATAG  550

seq1  TTCAAGCAATGGGAACACATTTGATGTCACCATTTAGTTTTGCGGCATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGCAATGGGAACACATTTGATGTCACCATTTAGTTTTGCGGCATCT  600

seq1  GTTTGCCTATTACAATAATTTGAGAAAGATATTGCTAAAAAGACAGTGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCCTATTACAATAATTTGAGAAAGATATTGCTAAAAAGACAGTGAT  650

seq1  CTCTTAAGACATCTAGTAGAATGACATGGACTGGGCCAGCACATTAGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAAGACATCTAGTAGAATGACATGGACTGGGCCAGCACATTAGAAG  700

seq1  TAGGATATAGCATGTAAACTAAGGGTAGAATGAATAGAATAGAACCCAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATATAGCATGTAAACTAAGGGTAGAATGAATAGAATAGAACCCAGG  750

seq1  GTTTGCTGGTGAGATCTTATTTTCCAAGACAAGAGGCTGAGGAAGCAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCTGGTGAGATCTTATTTTCCAAGACAAGAGGCTGAGGAAGCAAGA  800

seq1  GAAAGGTATCCAGGTAGAAAGGGGCCAAAGTAGAACGTGGGATCGGTAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGTATCCAGGTAGAAAGGGGCCAAAGTAGAACGTGGGATCGGTAGG  850

seq1  ATAATGTGGACTGTCCAAATTAAATCTAAACTTACAAAGAATCCTGGATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGTGGACTGTCCAAATTAAATCTAAACTTACAAAGAATCCTGGATT  900

seq1  TACAGAGTGGGACTCTGCCCAGAGGAAACATACAGCTACAATTTAACTGA  950
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGAGT-GGACTCTGCCCAGAGGAAACATACAGCTACAATTTAACTGA  949

seq1  AGCTTGAGTCCCACAGGCCCAATACTATCAAAAGACTTTTAACTGCTATG  1000
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGCTTGAGTCCCACAGGCCC-ATACTATCAAAAGACTTTT-ACTGCTATG  997

seq1  TTGTTTTTGGACAATTAGGGTACCATTTATTAGGTTATAATAATGTTCCA  1050
      |   |||||||| |||||||||||||||||   ||||||   ||||||||
seq2  T--GTTTTGGAC-ATTAGGGTACCATTTAT--AGTTATA--TATGTTCCA  1040

seq1  AAAATATAATTTTTAAGATGAGAGTTTGATTCTATTCTAGTACGTTCCTG  1100
      ||||||||   ||| |||||||||||||| |||| ||||||||||  || 
seq2  AAAATATA---TTTTAGATGAGAGTTTGA-TCTA-TCTAGTACGT--CT-  1082

seq1  GTAGGCTTGCCTTACAGTCTTTCGCTTATGCTTAAGAAAATTAGTTTGGA  1150
      ||| ||||||||||||||| ||||||||||||  |||||| |||  ||||
seq2  GTA-GCTTGCCTTACAGTC-TTCGCTTATGCT--AGAAAA-TAG--TGGA  1125

seq1  TTTCATTGCTTATGCCT-GCTGCTGCAC-TGGG  1181
       |||  ||| ||||||| |||||||||| ||||
seq2  ATTCCATGCCTATGCCTGGCTGCTGCACATGGG  1158


seq1: chr8_50552081_50553199
seq2: B6Ng01-265B23.g_65_1172 (reverse)

seq1  TTGAACACCTCCTGGGAGGGAGGCAAACGCT-ACA-TTCGTACTCCATGG  48
      ||||||||||||   ||||||| |  ||||| ||| |||||||||||| |
seq2  TTGAACACCTCC-CTGAGGGAGCC--ACGCTAACATTTCGTACTCCAT-G  46

seq1  TCTTCCTTGACGACAGTGGCGGATGCTTTGTAATCTTTCTCAGTCTCCTT  98
      |||||  ||||||||||| | ||||| |||| ||| |||||||||||| |
seq2  TCTTC--TGACGACAGTGAC-GATGC-TTGT-ATC-TTCTCAGTCTCCAT  90

seq1  ATGCGTGTGCATGATATGTGCCTGTGTGGGGGAGTGCTGACATGTGCTCA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGTGTGCATGATATGTGCCTGTGTGGGGGAGTGCTGACATGTGCTCA  140

seq1  CACATGTGGAGACCCCCTGTGTCTTCTGTAGATTTCCACCTAAGTATTTG  198
      ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||  
seq2  CACATGT-GAGA-CCCCTGTGTCTTCTGTAGATTTCCA-CTAAGTATTGA  187

seq1  AAGGAAGTTCTTTCATTGAACCCGGATCTCGGGGATGTAGTAAGACTAGC  248
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAGTTCTTTCATTGAACCCGGATCTCGGGGATGTAGTAAGACTAGC  237

seq1  TCCCTAGTTAAGTCCCCTGGACCTCAGGGTCTCCATGCCCAGCTTCTCTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAGTTAAGTCCCCTGGACCTCAGGGTCTCCATGCCCAGCTTCTCTG  287

seq1  CTAGGTGGGTAAATTCAGGTTCTCCTCCACAAGTAAGAAAACAAATTTTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGTGGGTAAATTCAGGTTCTCCTCCACAAGTAAGAAAACAAATTTTG  337

seq1  GTCTGAGCTATGGTCTCCTCTCTCTCAATCCTTTCAAAGCTCTTTCTTAG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAGCTATGGTCTCCTCTCTCTCAATCCTTTCAAAGCTCTTTCTTAG  387

seq1  GATACTTTGGTCATTAGATTTTTGCAGAGCAACAGTAAGATTCGGGGTAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTTTGGTCATTAGATTTTTGCAGAGCAACAGTAAGATTCGGGGTAA  437

seq1  TGGAAAGAAATTTTATACATGTCACGCTATTCTTTACTATATGAATAATC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGAAATTTTATACATGTCACGCTATTCTTTACTATATGAATAATC  487

seq1  CTCATTTTAAAATTCATGTTAGGGCTTCCGAAGTATATTCACATCTTAAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTTTAAAATTCATGTTAGGGCTTCCGAAGTATATTCACATCTTAAT  537

seq1  GAAGAGACAAGTTCAGAGCAGATGATTTGGATGAAGTTGAGGCTAATGAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGACAAGTTCAGAGCAGATGATTTGGATGAAGTTGAGGCTAATGAA  587

seq1  TGACTCAGGCCAACTGGCAGTTCAAAGACTTTTGATGCCAACCACCACAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCAGGCCAACTGGCAGTTCAAAGACTTTTGATGCCAACCACCACAT  637

seq1  GTCTTCCCTATTAATAAAAGGCAACACTATTAAAAACCCTCTCTGACTAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCCCTATTAATAAAAGGCAACACTATTAAAAACCCTCTCTGACTAC  687

seq1  TTTGTAAAGATCAGCAACACCATCTTTTCCTAGTCACTGCCCTGCCCTCC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAAAGATCAGCAACACCATCTTTTCCTAGTCACTGCCCTGCCCTCC  737

seq1  CTTCCCCCATGACTTCTCCTGGGGCTCACATGGGAGGTAGTTCACCTGGC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCCCATGACTTCTCCTGGGGCTCACATGGGAGGTAGTTCACCTGGC  787

seq1  CCTGTCAGGACATCTATTAATATGTTTCATCTTTAGATTGTTGAGTTTGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCAGGACATCTATTAATATGTTTCATCTTTAGATTGTTGAGTTTGT  837

seq1  AGATGCAGGAACCAGAGTTGTAAGGAGTGACTGTATCATGGACTAATCAA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCAGGAACCAGAGTTGTAAGGAGTGACTGTATCATGGACTAATCAA  887

seq1  GAAAGCGGGTTCTCTACTGTGCCTGGTTTCTTCTCTTTCCTGTTTGTGTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCGGGTTCTCTACTGTGCCTGGTTTCTTCTCTTTCCTGTTTGTGTT  937

seq1  TCAGCATGTCCTGTTGCTGACCCACTATGGGTAATGGCATCTTTGTCCTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCATGTCCTGTTGCTGACCCACTATGGGTAATGGCATCTTTGTCCTC  987

seq1  CAAGTCAGTGGCTTCAGCTTGGCTTCAGCTATAACTGAGTTCCTTATCAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCAGTGGCTTCAGCTTGGCTTCAGCTATAACTGAGTTCCTTATCAC  1037

seq1  ACATTCACATCCTGTTTCTGTTGGACTATCTGATCAACACCTTAAATTGC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCACATCCTGTTTCTGTTGGACTATCTGATCAACACCTTAAATTGC  1087

seq1  CCTGGTTTCATAATTGAATTC  1119
      |||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTTTCATAATTGAATTC  1108


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |