BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-267J18
Chromosome8 (Build37)
Map Location 78,958,052 - 79,059,991
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene1700007B14Rik, LOC666036, LOC100039185, EG631594, LOC666226
Downstream geneLOC100039211, LOC384847, Nr3c2, Arhgap10, LOC100039235
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-267J18.bB6Ng01-267J18.g
ACCGA070685GA070686
length1,1421,170
definitionB6Ng01-267J18.b B6Ng01-267J18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(79,058,829 - 79,059,991)(78,958,052 - 78,959,218)
sequence
gaattcctgaccaatgccatgtgttttgtttgtacttctctgattctaga
gccagcagtcaataagcctctgctctttaaaattattccaattttagata
gtttgctagtgcaacagaaagcggattagaagaacaactttgagatcatc
atgaggcagtgtgagtaggtatctataaatatggtcagactggatccaag
gaataaataaatctaagagacaggtgttgggatccgttccaagaaagagc
aagttgaaggtatccaaattcactaacctttacctctggacacactccaa
tcttagtgcctaccttcagcattgtgaaaggaccaggaaatgttcttgtt
tttaatatatgcacagcaggcatattttccactatggacagtgaggaaga
agtaaaatagtgtggttgtgagtctcccttggtgatcatagagcagtata
catcaatatgatgaggagtcaactttaaagacaccatctttgtttatctt
gtgcactaatctgagttaacaagtttccaaccattttactttagatggaa
ttatttaaagaaaaggtgaaaggcatactcaagaatcacatttgacaata
atactctttatatattttaacagtcatgactcaatgttcccagcagtgat
ggccaagccactcagttacagctagtaaagtataagaagaattcttcagg
gctcctcttcttctctttgcttaaagaaaaacaatatccctcctccatgg
ccacctcctttggtcctgcttgactctgcaatgataatttgagtaagtag
ctgaaattcatcatcatcctgcagtgatagtgtaataagctaaatgaggt
gagcactgcaatgtgattggacaagaggaagcatggctattctgccacac
caatgtggatcctcactctccggacacagatgcacttaggtgatgagtac
aaagatttaggtcattgtatttccatctagcatgcagtgaagtgagatgc
acagagggacaccaggaagagtgaagatgattggttcttcaggattcaaa
gagttcagattagagtattcagacgagaagagtgagagttcaggaagagt
cactggagaatccagtatgtgcaatgtggttcagaagatggc

gaattctcatttccatttcaccaattaagaagtggtggtttagtacaggt
aaaatcattgtctaagatcacaaagctgggactttctaattaatttaacc
tatttctgcagttccccaatcatgttaggctgccaagtggggtttactgt
aaaaataagttaaataattattaaaatatgctcagtgcttggatttatta
taaaccaagttgtccttttgtttttgtattgtctcccattaaaagaaact
ccatttatattattaaatttgggctgggaaggctccaaatgacaatttta
ataacaattgaacctctctttgggcatactagatagatggccatcataag
attctactgactttagttgtctgtggcagccttcactggtgacaatatga
tctcaagggttcactgtacttcttcacatccagctgctgtccttttagca
tgggttgttgtgagatcatcctcaggaaatttgaaggtagaaatgctgga
gactactggtatgtgtggctcatatagaacatatattggtccaagcaata
gttaatgatgtaaagagattgaaaagagctgtggcatattggtgtgttac
tgtgttatcttagctagaagcttgagcgagtcaggatttgttcaggaaag
ctctagtgaccaatgctcatagctctgccaagcttatctgttacttgttc
aattaactgggatgctacagaagattctttgcagttgtctaaaagatcct
acttgcttaactattatggtgtagactgagccatttcatgtatgagcaaa
ctgacatcaagaacacataactattttgtgcaaaccttctgtgtgctagg
cattttttatagatttttgcagaatatctcacacagtaactaagagaccc
aaattctagagatgaacagaataacgtcaattgctttaggttatttagga
caaattgaaagctacatgtcagaatgattaaccactaaaatggagctttt
tcaaaataccaattgctgacataaggacgagatgttctgatctcacctga
ttcaggccagaacattagaatttcaatagtatcgtatttttcttaataat
gataggacctagaggtgatccactcatggggcaatacaggcttgttaatc
ccagggttagtacaggctgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_79058829_79059991
seq2: B6Ng01-267J18.b_46_1187 (reverse)

seq1  GCCATCTTCTCTTATCCCACCTTTGCACATACTGGTATCTCCAATTTGGG  50
      |||||||  ||| | ||   | |||||||||||||  |||||| |   | 
seq2  GCCATCT--TCTGAACC--ACATTGCACATACTGGATTCTCCAGT---GA  43

seq1  CTCCTCTCTTTGAAACTCTTCACTCTATCTCTGTCTGGATAACTCTTTAT  100
      ||| || ||    ||||| ||||||| |||| ||||| || |||| | ||
seq2  CTCTTC-CT---GAACTC-TCACTCT-TCTC-GTCTGAAT-ACTC-TAAT  84

seq1  CTGAAACTTCCTTTTGGAATCCTG-AGAACCAATCATCCTTCACTCTTCC  149
      |||||     || || |||||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTGAA-----CTCTTTGAATCCTGAAGAACCAATCAT-CTTCACTCTTCC  128

seq1  TGGTGT-CCTCTGTGCATCTCACTTCACTGCATGCTTAGATGG-AATACA  197
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||
seq2  TGGTGTCCCTCTGTGCATCTCACTTCACTGCATGC-TAGATGGAAATACA  177

seq1  ATGACCTAAATCTTTGTACTCATTCACCTAAGTGCATCTGTGTCCGGAGA  247
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCTAAATCTTTGTACTCA-TCACCTAAGTGCATCTGTGTCCGGAGA  226

seq1  GTGAGGATCCACATTGGTGTGGCAGAATAGCCATGCTTCCTCTTGTCCAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGATCCACATTGGTGTGGCAGAATAGCCATGCTTCCTCTTGTCCAA  276

seq1  TCACATTGCAGTGCTCACCTCATTTAGCTTATTACACTATCACTGCAGGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATTGCAGTGCTCACCTCATTTAGCTTATTACACTATCACTGCAGGA  326

seq1  TGATGATGAATTTCAGCTACTTACTCAAATTATCATTGCAGAGTCAAGCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGATGAATTTCAGCTACTTACTCAAATTATCATTGCAGAGTCAAGCA  376

seq1  GGACCAAAGGAGGTGGCCATGGAGGAGGGATATTGTTTTTCTTTAAGCAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCAAAGGAGGTGGCCATGGAGGAGGGATATTGTTTTTCTTTAAGCAA  426

seq1  AGAGAAGAAGAGGAGCCCTGAAGAATTCTTCTTATACTTTACTAGCTGTA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGAAGAGGAGCCCTGAAGAATTCTTCTTATACTTTACTAGCTGTA  476

seq1  ACTGAGTGGCTTGGCCATCACTGCTGGGAACATTGAGTCATGACTGTTAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGTGGCTTGGCCATCACTGCTGGGAACATTGAGTCATGACTGTTAA  526

seq1  AATATATAAAGAGTATTATTGTCAAATGTGATTCTTGAGTATGCCTTTCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATAAAGAGTATTATTGTCAAATGTGATTCTTGAGTATGCCTTTCA  576

seq1  CCTTTTCTTTAAATAATTCCATCTAAAGTAAAATGGTTGGAAACTTGTTA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTCTTTAAATAATTCCATCTAAAGTAAAATGGTTGGAAACTTGTTA  626

seq1  ACTCAGATTAGTGCACAAGATAAACAAAGATGGTGTCTTTAAAGTTGACT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGATTAGTGCACAAGATAAACAAAGATGGTGTCTTTAAAGTTGACT  676

seq1  CCTCATCATATTGATGTATACTGCTCTATGATCACCAAGGGAGACTCACA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATCATATTGATGTATACTGCTCTATGATCACCAAGGGAGACTCACA  726

seq1  ACCACACTATTTTACTTCTTCCTCACTGTCCATAGTGGAAAATATGCCTG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACACTATTTTACTTCTTCCTCACTGTCCATAGTGGAAAATATGCCTG  776

seq1  CTGTGCATATATTAAAAACAAGAACATTTCCTGGTCCTTTCACAATGCTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCATATATTAAAAACAAGAACATTTCCTGGTCCTTTCACAATGCTG  826

seq1  AAGGTAGGCACTAAGATTGGAGTGTGTCCAGAGGTAAAGGTTAGTGAATT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTAGGCACTAAGATTGGAGTGTGTCCAGAGGTAAAGGTTAGTGAATT  876

seq1  TGGATACCTTCAACTTGCTCTTTCTTGGAACGGATCCCAACACCTGTCTC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATACCTTCAACTTGCTCTTTCTTGGAACGGATCCCAACACCTGTCTC  926

seq1  TTAGATTTATTTATTCCTTGGATCCAGTCTGACCATATTTATAGATACCT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATTTATTTATTCCTTGGATCCAGTCTGACCATATTTATAGATACCT  976

seq1  ACTCACACTGCCTCATGATGATCTCAAAGTTGTTCTTCTAATCCGCTTTC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACACTGCCTCATGATGATCTCAAAGTTGTTCTTCTAATCCGCTTTC  1026

seq1  TGTTGCACTAGCAAACTATCTAAAATTGGAATAATTTTAAAGAGCAGAGG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCACTAGCAAACTATCTAAAATTGGAATAATTTTAAAGAGCAGAGG  1076

seq1  CTTATTGACTGCTGGCTCTAGAATCAGAGAAGTACAAACAAAACACATGG  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTGACTGCTGGCTCTAGAATCAGAGAAGTACAAACAAAACACATGG  1126

seq1  CATTGGTCAGGAATTC  1163
      ||||||||||||||||
seq2  CATTGGTCAGGAATTC  1142


seq1: chr8_78958052_78959218
seq2: B6Ng01-267J18.g_67_1236

seq1  GAATTCTCATTTCCATTTCACCAATTAAGAAGTGGTGGTTTAGTACAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATTTCCATTTCACCAATTAAGAAGTGGTGGTTTAGTACAGGT  50

seq1  AAAATCATTGTCTAAGATCACAAAGCTGGGACTTTCTAATTAATTTAACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCATTGTCTAAGATCACAAAGCTGGGACTTTCTAATTAATTTAACC  100

seq1  TATTTCTGCAGTTCCCCAATCATGTTAGGCTGCCAAGTGGGGTTTACTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTGCAGTTCCCCAATCATGTTAGGCTGCCAAGTGGGGTTTACTGT  150

seq1  AAAAATAAGTTAAATAATTATTAAAATATGCTCAGTGCTTGGATTTATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAAGTTAAATAATTATTAAAATATGCTCAGTGCTTGGATTTATTA  200

seq1  TAAACCAAGTTGTCCTTTTGTTTTTGTATTGTCTCCCATTAAAAGAAACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCAAGTTGTCCTTTTGTTTTTGTATTGTCTCCCATTAAAAGAAACT  250

seq1  CCATTTATATTATTAAATTTGGGCTGGGAAGGCTCCAAATGACAATTTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTATATTATTAAATTTGGGCTGGGAAGGCTCCAAATGACAATTTTA  300

seq1  ATAACAATTGAACCTCTCTTTGGGCATACTAGATAGATGGCCATCATAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAATTGAACCTCTCTTTGGGCATACTAGATAGATGGCCATCATAAG  350

seq1  ATTCTACTGACTTTAGTTGTCTGTGGCAGCCTTCACTGGTGACAATATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTACTGACTTTAGTTGTCTGTGGCAGCCTTCACTGGTGACAATATGA  400

seq1  TCTCAAGGGTTCACTGTACTTCTTCACATCCAGCTGCTGTCCTTTTAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAGGGTTCACTGTACTTCTTCACATCCAGCTGCTGTCCTTTTAGCA  450

seq1  TGGGTTGTTGTGAGATCATCCTCAGGAAATTTGAAGGTAGAAATGCTGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTGTTGTGAGATCATCCTCAGGAAATTTGAAGGTAGAAATGCTGGA  500

seq1  GACTACTGGTATGTGTGGCTCATATAGAACATATATTGGTCCAAGCAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACTGGTATGTGTGGCTCATATAGAACATATATTGGTCCAAGCAATA  550

seq1  GTTAATGATGTAAAGAGATTGAAAAGAGCTGTGGCATATTGGTGTGTTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATGATGTAAAGAGATTGAAAAGAGCTGTGGCATATTGGTGTGTTAC  600

seq1  TGTGTTATCTTAGCTAGAAGCTTGAGCGAGTCAGGATTTGTTCAGGAAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTATCTTAGCTAGAAGCTTGAGCGAGTCAGGATTTGTTCAGGAAAG  650

seq1  CTCTAGTGACCAATGCTCATAGCTCTGCCAAGCTTATCTGTTACTTGTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAGTGACCAATGCTCATAGCTCTGCCAAGCTTATCTGTTACTTGTTC  700

seq1  AATTAACTGGGATGCTACAGAAGATTCTTTGCAGTTGTCTAAAAGATCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAACTGGGATGCTACAGAAGATTCTTTGCAGTTGTCTAAAAGATCCT  750

seq1  ACTTGCTTAACTATTATGGTGTAGACTGAGCCATTTCATGTATGAGCAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCTTAACTATTATGGTGTAGACTGAGCCATTTCATGTATGAGCAAA  800

seq1  CTGACATCAAGAACACATAACTATTTTGTGCAAACCTTCTGTGTGCTAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACATCAAGAACACATAACTATTTTGTGCAAACCTTCTGTGTGCTAGG  850

seq1  CATTTTTTATAGATTTTTGCAGAATATCTCACACAGTAACTAAGAGA-CC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CATTTTTTATAGATTTTTGCAGAATATCTCACACAGTAACTAAGAGACCC  900

seq1  AAATTCTAGAGATGAACAGAATAACGTCAATTGCTTAAG--TATTTAAGA  947
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||| ||
seq2  AAATTCTAGAGATGAACAGAATAACGTCAATTGCTTTAGGTTATTTAGGA  950

seq1  CAAATTGAAAGCTACATGTCAGAATGATTAACCACTAAAAT-GAGCTTTT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAAATTGAAAGCTACATGTCAGAATGATTAACCACTAAAATGGAGCTTTT  1000

seq1  TCAAAATACCCAATTGCTGACATAAAGACGAGATGTTCTGATCTCACCTG  1046
      |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATA-CCAATTGCTGACATAAGGACGAGATGTTCTGATCTCACCTG  1049

seq1  ATTTCCAGGCCAGAACATTTAGATTTTCATTAGTATCGTA-TTTTCTTTA  1095
      |||  |||||||||||| ||||| ||||| |||||||||| ||||||| |
seq2  ATT--CAGGCCAGAACA-TTAGAATTTCAATAGTATCGTATTTTTCTTAA  1096

seq1  TAATGATAGAACTAAGAGTTGAT-CACTCATGGGGC-ATACAGCTTTGTT  1143
      ||||||||| ||  |||| |||| |||||||||||| ||||||  ||| |
seq2  TAATGATAGGACCTAGAGGTGATCCACTCATGGGGCAATACAGGCTTG-T  1145

seq1  TTATCCCAGTGTTAGTACA-GCTGG  1167
      | ||||||| ||||||||| |||||
seq2  TAATCCCAGGGTTAGTACAGGCTGG  1170


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |