BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-267O18
Chromosome8 (Build37)
Map Location 5,190,897 - 5,312,719
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneB130050I23Rik, BC068157, Lrrc8e, Map2k7, LOC100039590, Snapc2, Ctxn1, Timm44, Elavl1, Ccl25, LOC664977, Ppia-ps8_36.1, Lass4, Vmn2r-ps89, EG633533, BC003267, LOC665021, EG623133, EG665044, EG623223, LOC100040234, Shcbp1, EG622568, LOC669393, EG631359, LOC100039687, LOC436026, Slc10a2, LOC434275
Downstream geneLOC623409, LOC669429, LOC100040360
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-267O18.bB6Ng01-267O18.g
ACCGA070918GA070919
length1,1861,055
definitionB6Ng01-267O18.b B6Ng01-267O18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,311,547 - 5,312,719)(5,190,897 - 5,191,949)
sequence
gaattctccctgcctcactggaatcactggttcatacttagaacagaggc
tttgcgaacatccccagtagcatatgataagcttaagtgcatattaagtc
ataaagaggaggagacaaaactaacatttgctatggttgtgtgaggcctt
aggttaagtggtctctctgtgtaattaaactgtgtggatgatgcttccaa
gtaagaccctgatacaaagaacaatgaaaagaaaatgaaattcagaactc
aacttaaacaatcatattcatagcaaataagtaggcattgggtttgtatg
caaacctgattccttctgactctcagacaccttcattttccattatgggt
ggaacatagctggattgttttgtaggggatagaatttagctaggctcttt
tataaaagctctgaaaataatgctgtgctataattatatgatatgatgca
cctaaactctattaagctctaaatacagctcagtaccgctataggccaga
cagttttctaaactctgagaacaatcatgaaatgcaacagaagcaatgag
agaggccagaagatggggagcagaggggaaaaatagggaaatgggtggag
aaagaaagggaaacttctggctttgtatttagttgaaaataaatttgctg
atgtatttggaaccataaaatattttacgtatatcttagcaggtccttga
cttactgtaatttaaatgttgttcatctgctcttcccttcatacatccat
ctgatttctctgtattttttttatcattaggcatttttcttattttatat
ttacttcttattccatctctacaggaaagaatgtcaaaccaagaaaagta
tgatgaagttaacagtatatgtttgaagccccaaacacaggatatcccaa
ctcttgtaacaccgctaccacagttaaactggtaccaccttcctatggat
gtacaggtacagttctataatcatatctgaatgccaacaggtcaaagttg
tctcttgagacagagaggatgcatctcactatctgttccacccactgacc
acctcctaattaatcattggtgtcttctgagaccagttttcccacctgta
aaatgaagataaatacctttttccccacctggagtggcctataaggaaca
ataaggcccaacattccgagcacttgcataatagtc
gaattcctgcagtaggcctagatggagacatctcagtagcccaagtcagc
tctttataaaaacagttgttcccatttctcctaaccttagtgctggacaa
cggctgtatagatttcatttgtgtgtgactgcttttcagttgtccttggt
gagtataattattcttttgtatctgactttgttacttctttctcctgctt
tggtgaaatctgtgaaactagatgttccttgatgtaaacaaaacaaacaa
aaacaaaaaacaaaacaaaacaaaatcccccaaaaaaaccaaaattgagg
catggggcacagcacagcacagcacagtcctaatggcccaactgcatcct
gtgtgttctcatcttggaaacaatgtaataaatgcacaatggtagttgga
gattaatgcatgacttacaaagaaagtttgaagaaattattattttgaag
aaattattagaaaattaaataaagccaacattgggaccccaagaaagaaa
aaaaaacctattgaagttatgaaataagttttgtataacatttgagagtg
gttcctggataagcaagtatagaatatataaaatcttttattagtaaaac
taggttaaaacactgggactcttaggagattcattgtgtgcaatgtgcag
aagcagaaagctagtggaactattgagttaagggttaacttgattctttc
tggccactgcctggcagctttgccagtgtcatttattattagagcttcac
aagaatatgcaagtaactggcctctgagctctgagctccggagtataata
agttaaaatttaaataatgataattttgcaattattattttggttgtagg
ttttggaatagggaaacttgaaactttggggaacaactgtaattctttat
tctttgtggggcatgggttattctttgaatttgatatgacaatggttgta
caatgtctctttttttaacctgcttttggagtatcaataaaagacttggg
gcaaaaaaaagggcagcaatcatgagaagagcgtgttgatgagtgagtga
agaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_5311547_5312719
seq2: B6Ng01-267O18.b_51_1236 (reverse)

seq1  GACTATTATGGCAAGTGCTCTGAATGT--GGGCTTATTTGTTCTTATA-G  47
      ||||||||| |||||||||| ||||||  || ||||||  | |||||| |
seq2  GACTATTAT-GCAAGTGCTCGGAATGTTGGGCCTTATTGTTCCTTATAGG  49

seq1  CCACTC--AGTGGGGAAAAA-GTA-TTATC-TCATTTTACAGGTGGAAAA  92
      ||||||   ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| |||
seq2  CCACTCCAGGTGGGGAAAAAGGTATTTATCTTCATTTTACAGGTGGGAAA  99

seq1  ACTGGTCTCAGAAGACACAAATGATTAAATTAGGA-GTGGTCAGT-GGTG  140
      |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||| ||||
seq2  ACTGGTCTCAGAAGACACCAATGATT-AATTAGGAGGTGGTCAGTGGGTG  148

seq1  GAACAGATAGTGAGATGCATCCTCTCTGTCTCAAGAGAC-ACCTTGACCT  189
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||
seq2  GAACAGATAGTGAGATGCATCCTCTCTGTCTCAAGAGACAACTTTGACCT  198

seq1  G-TGGCATTCAGATATGATTATAGAACTGTACCTGTACATCCATAG--AA  236
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | 
seq2  GTTGGCATTCAGATATGATTATAGAACTGTACCTGTACATCCATAGGAAG  248

seq1  GTTGTACCAGTTTAACTGTGGTAGCGGTGTTACAAGAGTTGGGATATCCT  286
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTACCAGTTTAACTGTGGTAGCGGTGTTACAAGAGTTGGGATATCCT  298

seq1  GTGTTT-GGGCTTCAAACATATACTGTTAACTTCATCATACTTTTCTTGG  335
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGGGGCTTCAAACATATACTGTTAACTTCATCATACTTTTCTTGG  348

seq1  TTTGACATTCTTTCCTGTAGAGATGGAATAAGAAGTAAATATAAAATAAG  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACATTCTTTCCTGTAGAGATGGAATAAGAAGTAAATATAAAATAAG  398

seq1  AAAAATGCCTAATGATAAAAAAAATACAGAGAAATCAGATGGATGTATGA  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGCCTAATGATAAAAAAAATACAGAGAAATCAGATGGATGTATGA  448

seq1  AGGGAAGAGCAGATGAACAACATTTAAATTACAGTAAGTCAAGGACCTGC  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAGAGCAGATGAACAACATTTAAATTACAGTAAGTCAAGGACCTGC  498

seq1  TAAGATATACGTAAAATATTTTATGGTTCCAAATACATCAGCAAATTTAT  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATATACGTAAAATATTTTATGGTTCCAAATACATCAGCAAATTTAT  548

seq1  TTTCAACTAAATACAAAGCCAGAAGTTTCCCTTTCTTTCTCCACCCATTT  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAACTAAATACAAAGCCAGAAGTTTCCCTTTCTTTCTCCACCCATTT  598

seq1  CCCTATTTTTCCCCTCTGCTCCCCATCTTCTGGCCTCTCTCATTGCTTCT  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATTTTTCCCCTCTGCTCCCCATCTTCTGGCCTCTCTCATTGCTTCT  648

seq1  GTTGCATTTCATGATTGTTCTCAGAGTTTAGAAAACTGTCTGGCCTATAG  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCATTTCATGATTGTTCTCAGAGTTTAGAAAACTGTCTGGCCTATAG  698

seq1  CGGTACTGAGCTGTATTTAGAGCTTAATAGAGTTTAGGTGCATCATATCA  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTACTGAGCTGTATTTAGAGCTTAATAGAGTTTAGGTGCATCATATCA  748

seq1  TATAATTATAGCACAGCATTATTTTCAGAGCTTTTATAAAAGAGCCTAGC  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATTATAGCACAGCATTATTTTCAGAGCTTTTATAAAAGAGCCTAGC  798

seq1  TAAATTCTATCCCCTACAAAACAATCCAGCTATGTTCCACCCATAATGGA  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTCTATCCCCTACAAAACAATCCAGCTATGTTCCACCCATAATGGA  848

seq1  AAATGAAGGTGTCTGAGAGTCAGAAGGAATCAGGTTTGCATACAAACCCA  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAGGTGTCTGAGAGTCAGAAGGAATCAGGTTTGCATACAAACCCA  898

seq1  ATGCCTACTTATTTGCTATGAATATGATTGTTTAAGTTGAGTTCTGAATT  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTACTTATTTGCTATGAATATGATTGTTTAAGTTGAGTTCTGAATT  948

seq1  TCATTTTCTTTTCATTGTTCTTTGTATCAGGGTCTTACTTGGAAGCATCA  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTCTTTTCATTGTTCTTTGTATCAGGGTCTTACTTGGAAGCATCA  998

seq1  TCCACACAGTTTAATTACACAGAGAGACCACTTAACCTAAGGCCTCACAC  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACACAGTTTAATTACACAGAGAGACCACTTAACCTAAGGCCTCACAC  1048

seq1  AACCATAGCAAATGTTAGTTTTGTCTCCTCCTCTTTATGACTTAATATGC  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATAGCAAATGTTAGTTTTGTCTCCTCCTCTTTATGACTTAATATGC  1098

seq1  ACTTAAGCTTATCATATGCTACTGGGGATGTTCGCAAAGCCTCTGTTCTA  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAGCTTATCATATGCTACTGGGGATGTTCGCAAAGCCTCTGTTCTA  1148

seq1  AGTATGAACCAGTGATTCCAGTGAGGCAGGGAGAATTC  1173
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGAACCAGTGATTCCAGTGAGGCAGGGAGAATTC  1186

seq1: chr8_5190897_5191949
seq2: B6Ng01-267O18.g_71_1125

seq1  GAATTCCTGCAGTAGGCCTAGATGGAGACATCTCAGTAGCCCAAGTCAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCAGTAGGCCTAGATGGAGACATCTCAGTAGCCCAAGTCAGC  50

seq1  TCTTTATAAAAACAGTTGTTCCCATTTCTCCTAACCTTAGTGCTGGACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATAAAAACAGTTGTTCCCATTTCTCCTAACCTTAGTGCTGGACAA  100

seq1  CGGCTGTATAGATTTCATTTGTGTGTGACTGCTTTTCAGTTGTCCTTGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCTGTATAGATTTCATTTGTGTGTGACTGCTTTTCAGTTGTCCTTGGT  150

seq1  GAGTATAATTATTCTTTTGTATCTGACTTTGTTACTTCTTTCTCCTGCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATAATTATTCTTTTGTATCTGACTTTGTTACTTCTTTCTCCTGCTT  200

seq1  TGGTGAAATCTGTGAAACTAGATGTTCCTTGATGTAAACAAAACAAACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGAAATCTGTGAAACTAGATGTTCCTTGATGTAAACAAAACAAACAA  250

seq1  AAACAAAAAACAAAACAAAACAAAATCCCCCAAAAAAACCAAAATTGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAAAACAAAACAAAACAAAATCCCCCAAAAAAACCAAAATTGAGG  300

seq1  CATGGGGCACAGCACAGCACAGCACAGTCCTAATGGCCCAACTGCATCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGGCACAGCACAGCACAGCACAGTCCTAATGGCCCAACTGCATCCT  350

seq1  GTGTGTTCTCATCTTGGAAACAATGTAATAAATGCACAATGGTAGTTGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTTCTCATCTTGGAAACAATGTAATAAATGCACAATGGTAGTTGGA  400

seq1  GATTAATGCATGACTTACAAAGAAAGTTTGAAGAAATTATTATTTTGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAATGCATGACTTACAAAGAAAGTTTGAAGAAATTATTATTTTGAAG  450

seq1  AAATTATTAGAAAATTAAATAAAGCCAACATTGGGACCCCAAGAAAGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATTAGAAAATTAAATAAAGCCAACATTGGGACCCCAAGAAAGAAA  500

seq1  AAAAAACCTATTGAAGTTATGAAATAAGTTTTGTATAACATTTGAGAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACCTATTGAAGTTATGAAATAAGTTTTGTATAACATTTGAGAGTG  550

seq1  GTTCCTGGATAAGCAAGTATAGAATATATAAAATCTTTTATTAGTAAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTGGATAAGCAAGTATAGAATATATAAAATCTTTTATTAGTAAAAC  600

seq1  TAGGTTAAAACACTGGGACTCTTAGGAGATTCATTGTGTGCAATGTGCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTAAAACACTGGGACTCTTAGGAGATTCATTGTGTGCAATGTGCAG  650

seq1  AAGCAGAAAGCTAGTGGAACTATTGAGTTAAGGGTTAACTTGATTCTTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGAAAGCTAGTGGAACTATTGAGTTAAGGGTTAACTTGATTCTTTC  700

seq1  TGGCCACTGCCTGGCAGCTTTGCCAGTGTCATTTATTATTAGAGCTTCAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCACTGCCTGGCAGCTTTGCCAGTGTCATTTATTATTAGAGCTTCAC  750

seq1  AAGAATATGCAAGTAACTGGCCTCTGAGCTCTGAGCTCCGGAGTATAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATATGCAAGTAACTGGCCTCTGAGCTCTGAGCTCCGGAGTATAATA  800

seq1  AGTTAAAATTTAAATAATGATAATTTTGCAATTATTA-TTTGGTTGTAGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGTTAAAATTTAAATAATGATAATTTTGCAATTATTATTTTGGTTGTAGG  850

seq1  TTTTGGAATAGGGAAACTTGAAACTTTGGGGAACAACTGTAATTCTTTAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGAATAGGGAAACTTGAAACTTTGGGGAACAACTGTAATTCTTTAT  900

seq1  TCTTTGTGGGGCAT-GGTTATTCTTTTGAATTTGATATGACAATGGTTGT  948
      |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTGGGGCATGGGTTATTC-TTTGAATTTGATATGACAATGGTTGT  949

seq1  ACAATGTCTCTTTTTTTAACCTGCTTTTGGAGTATCAATAAAAGAC-TGG  997
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACAATGTCTCTTTTTTTAACCTGCTTTTGGAGTATCAATAAAAGACTTGG  999

seq1  GGCAAAAAAAAGGGCAAGCAATCATGAGAAGAGCGTG-TGAAGAGTGAGT  1046
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
seq2  GGCAAAAAAAAGGGC-AGCAATCATGAGAAGAGCGTGTTGATGAGTGAGT  1048

seq1  GAAGAGA  1053
      |||||||
seq2  GAAGAGA  1055